miniatura|Escudo de Santafé de Bogotá en la fachada del Museo Nacional.
La historia de Bogotá cubre dos periodos. Antes de la fundación de la ciudad española, y después de esta. El primero va del 800a.C., con los primeros asentamientos humanos, al 6 de agosto de 1538, cuando Gonzalo Jiménez de Quesada la fundó. El segundo va desde ese momento hasta la actualidad. Hoy es la ciudad más extensa, poblada y activa de Colombia. Pero durante la Colonia rivalizó con Cartagena y Tunja por el primer puesto en importancia en el Nuevo Reino de Granada. Fue uno de los principales escenarios de la lucha por la Independencia. El estuvo marcado por El Bogotazo y sus consecuencias, así como por un fuerte crecimiento y un desarrollo urbano poco regulado, con altos niveles de especulación inmobiliaria y con una clara tendencia de crecimiento hacia el norte y el occidente de la sabana. En los años cincuenta se conformó el Distrito Especial. Su desarrollo estuvo marcado a principios del por problemas de abastecimiento de agua y alcantarillado, que han sido substituidos por notables dificultades de movilidad. Es la principal economía de Colombia, y la cuarta de América Latina. En la actualidad, su área metropolitana es la mayor del país y la octava de América.Áreas metropolitanas definidas según el DANE en el censo de 2005. Los datos son tomados de los cálculos oficiales del DANE.
Época prehispánica miniatura|La Balsa Muisca, en el Museo del Oro. Desde el 10500a.C., la cultura abriense se desarrolló el altiplano cundiboyacence. Su sustento dependía de la caza y recolección, de lo que quedan vestigios en El Abra. Desde el 3500a.C. se registran actividades hortícolas, de alfareríaHistoria de Bogotá — Conquista y Colonia, pág. 28. y la domesticación del curí por grupos que aún dependían de la caza y la recolección. En el 500a.C. estaba difundido el cultivo del maíz y la papa.
Periodo muisca Los muiscas llegaron en el tras una migración de origen chibcha, sobre cuyos orígenes hay diferentes teorías, que se habría mezclado con la población anterior. El territorio ocupado por la confederación muisca se extendía, durante la colonización española de América, del 4.º al 6.º de latitud boreal, con un largo de 45 leguas y un ancho de 13 leguas en promedio. Su superficie, por consiguiente, se aproximaba a los 14 000 km². La región fría, de una altitud de 2000 a 3000 , se hallaba en las cercanías de las regiones tibias limítrofes de Fusagasugá, Pacho y Cáqueza.Adaptado de: Boussingault, Jean Baptiste Joseph Dieudonné, 1802-1887. Memorias. miniatura|Hunzahúa, bajo cuyo mandato se unificaron el idioma y la religión muiscas.
La cultura muisca careció de escritura. Por eso, las historias reconstruidas por los cronistas europeos se basan en las recopilaciones de relatos orales que se remontan a los años 1470, cuando gobernaba el zipa Saguanmachica.
En la cumbre de la estratificación social muisca estaba el zipa, seguido por los chyquy, o sea los sacerdotes, a quienes los españoles llamaron jeques, y los uzaques, que eran caciques menores. Después estaban los güechas (guerreros), seguidos por los artesanos, mercaderes, campesinos, etc. Contaban con un preciso calendario lunar y una compleja estructura jurídica, conocida con el nombre de Código de Nemequene.Historia de Bogotá — Conquista y Colonia, pág. 31-34.
En su territorio había unos dos millones de habitantes, repartidos en cinco federaciones independientes, enemigas entre sí, situadas en los actuales departamentos de Boyacá y de Cundinamarca.Historia de Bogotá — Conquista y Colonia, pág. 29. La más fuerte era la Bacatá, que ocupaba el 40% del territorio. Cubría la sabana de Bogotá y se componía de tribus que se ubicaban en territorios que hoy componen el Distrito, o con los que este limita, como Simijaca, Guachetá, Ubaté, Chocontá, Nemocón, Zipaquirá, Guatavita, Suba, Ubaque, Tibacuy, Fusagasugá, Pasca, Subachoque, Cáqueza, Teusacá, Tosca, Guasca y Pacho.
Las restantes cuatro federaciones que conformaban el territorio muisca fueron la Hunza, que dio su nombre a la ciudad de Tunja, la capital de Boyacá; la Iraca o Sugamuxi; la Tundama, que se extendía al norte hasta el Chicamocha; y la Guanentá.
Cuando llegaron los españoles, tres gobernantes independientes reinaban sobre los muiscas: el zipa en Funza, el zaque en Hunza y el jefe de Iraca, quien tenía un carácter sacerdotal como sucesor de Bochica, el civilizador.
Conquista y fundación El 6 de abril de 1536 Gonzalo Jiménez de Quesada partió desde la recién fundada ciudad costera de Santa Marta hacia el interior del país. Iba a la cabeza de 500 infantes, entre ellos Gonzalo Suárez Rendón, el fundador de Tunja, y con 80 caballos, con el fin de explorar las montañas de las riberas del río Magdalena. El primer asentamiento al que llegaron fue a Tora de las Barrancas Bermejas, actual Barrancabermeja, en donde tuvieron noticias de una civilización que les llamó la atención debido al hallazgo de vasijas con sal y mantas de algodón.Historia de Bogotá — Conquista y Colonia, pág. 83-89. Después de un año, 166 hombres y unos pocos caballos llegaron a las tierras habitadas por el pueblo muisca.
miniatura|180px|izquierda|Retrato de Gonzalo Jiménez de Quesada en la sabana de Bogotá, ubicado en el palacio Liévano. En febrero de 1537 salieron los españoles de las inmediaciones de Vélez. Marcharon al sur por los poblados muiscas de Ubazá, Turca o Becerrilandia, Moniquirá, Susa, Tinjacá y Guachetá, adonde llegaron el 12 de marzo de 1537, y luego por Lenguazaque, Cucunubá, Suesuca, Nemocón y Busongote.Adaptado de: Ibáñez, Pedro María. Crónicas de Bogotá. Tomo I, Capítulo II. El 5 de abril llegaron a Chía y acamparon en los cerros de Suba. Desde allí vieron un sabana con numerosos bohíos y columnas de humo. Quesada la llamó Valle de los Alcázares.
Dos comisiones fueron enviadas a buscar un lugar donde asentar la tropa. La primera se dirigió hacia el occidente de Muyquytá, actual Funza, en un principio llamada "Facatá", sede del zipazgo. La segunda, hacia el oriente, comandada por Pedro Fernández de Valenzuela, quien encontró un caserío llamado Thybzaquillo, por donde pasaba una quebrada que luego se llamaría San Bruno, afluente del río Vicachá, llamado San Francisco por los españoles.
Existen tres momentos en la fundación de Santafé de Bogotá.Las Nieves la ciudad al otro lado, "Los orígenes del barrio: el lugar de la misa de la Conquista" págs. 13 y 14. El primero sucedió cuando se creó el primer asentamiento español, en la actual carrera Segunda con calle Trece, no lejos del Chorro de Quevedo, que posteriormente se llamó Pueblo Viejo, entonces conocido como Teusaquillo.
El historiador fray Pedro Pablo Villamor, escribió en 1723, refiriéndose al origen de Santafé: «Su primera fundación fue con nombre de villa y hecha en los alcázares donde estaba fundado el lugar deleitoso recreo de los Reyes de Bogotá, llamado Thybzaquillo.»
El segundo momento ocurrió el 6 de agosto de 1538. En esa fecha Jiménez de Quesada realizó una ceremonia donde escogió el nombre y el lugar donde se desarrollaría la ciudad, proceso que se desarrolló en la plaza de las Yerbas, actual parque Santander. La primera misa, según versión de Juan de Castellanos, la ofició ese mismo día fray Domingo de las Casas.Historia de Bogotá — Conquista y Colonia, pág. 93-94.
En marzo de 1539, Quesada tuvo noticias de tropas españolas provenientes de Venezuela comandadas por Nicolás Federmann y del sur por Sebastián de Belalcázar, quienes acamparon en el valle de los Alcázares. Quesada organizó de un festejo para los recién llegados. Este encuentro entre conquistadores fue crucial para que se llevaran a cabo las ceremonias oficiales de fundación.
Así, en un tercer y último momento se realizó la "fundación jurídica" de Bogotá el 27 de abril de 1539 junto con Nicolás Federmann y Sebastián de Belalcázar en lo que serría la plaza Mayor, que actual corresponde a plaza de Bolívar. En esafecha se designaron los lugares para la iglesia principal, la casa de gobierno, la cárcel, así como los solares para los primeros vecinos. Se nombraron como primeros alcaldes a los capitanes Juan de Arevalo y Jerónimo de La Inza.Esta situación implicó una fuerte bipolaridad durante los primeros años de la ciudad, que se desarrolló en torno al eje definido por la plaza Mayor y por la de las Yerbas.
Los primeros expedicionarios que llegaron a la sabana de Bogotá no iban acompañados de ninguna mujer española. Quesada trajo los caballos, Federmann las gallinas y Belalcázar los cerdos.Acosta de Samper, Soledad. La mujer española en Santafé de Bogotá. (1890). Por otra parte, fray Pedro Simón, en la Segunda Noticia Historial, capítulo 36, después de referir cómo fueron construidos los doce bohíos o cabañas, dice:
Aunque el plano fundacional se ha perdido, se sabe que la división de los predios se hizo mediante la asignación de solares de diferentes tamaños: los de 800 pasos de frente y 1600 de fondo se llamaban caballerías mayores, los de 600 pasos de frente y 1200 de fondo eran conocidos como caballerías menores, y las unidades más pequeñas como peonías.De Santafé a Bogotá: el crecimiento de la ciudad en sus mapas e imágenes Revista Credencial Historia. Edición 133. agosto de 2001.
Época virreinal 200px|miniatura|Portada de la recopilación de las Actas de Cabildo tras su desaparición de los registros originales. Durante el virreinato, Bogotá rivalizó con Cartagena de Indias y Tunja por el primer puesto en importancia del Nuevo Reino de Granada.
Por Real Cédula del rey Carlos I de España se elevó a Santa Fe a la categoría de ciudad el 27 de julio de 1540. El cabildo de Santa Fe ya había sido establecido en 1539. En 1548 el rey otorgó las armas y divisas para los estandartes, banderas, sellos y el escudo, que son: águila negra, rampante y coronada, en campo de oro, con una granada abierta en cada garra y por orla algunos ramos de oro en campo azul.
En 1549, por Real Cédula, fechada en Valladolid el 17 de julio, se dispuso la manera como se debía recibir en Santafé el real sello. El 7 de abril de 1550 se estableció la Real Audiencia y la Silla Arzobispal, con potestades que le dieron a Bogotá el rango de capital, en donde se centralizarían los poderes administrativos, judiciales, políticos y eclesiásticos para el territorio del Nuevo Reino de Granada. Ese mismo año se fundaron la iglesia de Santo Domingo y la de San Francisco, y en 1554 la de Veracruz. El 27 de agosto de 1565 se le otorgó a Santafé el título de muy noble y muy leal.Adaptado de: Ibáñez, Pedro María. Crónicas de Bogotá. Tomo I, Capítulo II.
La plaza mayor fue desde un principio el lugar de congregación tanto del poder civil como del eclesiástico, y epicentro urbano. Era un espacio público donde se realizaban las fiestas y celebraciones santas y en el que también se instalaba el mercado público.
Por otro lado, como consecuencia del proceso de fundación y del repartimiento de los ejidos de la ciudad, la plaza de las Yerbas, que luego se llamó de San Francisco y finalmente parque de Santander, fue donde se realizaron las primeras construcciones residenciales para los personajes distinguidos. De hecho, en vez de ubicarse en la plaza mayor, el fundador Jiménez de Quesada tuvo su residencia en la plaza de las Yerbas.
Los primeros alcaldes fueron Juan de Arévalo y Jerónimo de Lainza. Los primeros sacerdotes, el presbítero Juan Verdejo y Vicente de Requesada, fraile agustino, y el primer escribano, Juan Rodríguez de Benavides.