thumb|300px|Biotrén saliendo desde la estación de Concepción. El Biotren es un servicio metropolitano suburbano de Tren, que ha evolucionado paulatinamente para posicionarse en el transporte público del Gran Concepción. Durante su desarrollo ha poseído distinto tipo de material rodante, y las estaciones han evolucionado, desde una estructura muy simple a las estaciones actuales, con mejores prestaciones.

La primera línea, que incorporaba 5 estaciones, se puso en marcha el 1 de diciembre de 1999. Actualmente cuenta con dos líneas, 25 estaciones, y una extensión de 66,6 kilómetros, por los que diariamente se transportan en promedio cerca de 37 mil personas, llegando a su peak histórico el 9 de noviembre de 2023 con 48.724 pasajeros transportados dicho día.

Al 2023 existen dos planes de extensión, en virtud del plan "Mas Movilidad": la extensión de la Línea 2 hacia la comuna de Lota, y la creación de una Línea 3 que conecte a Concepción con la comuna de Penco.

Resumen general centro|miniaturadeimagen|434x434px|Mapa con la red actual del Biotrén LíneaLargoEstac.FechaEstacionessinmarco|14x14pxEl Arenal - Chiguayante23 km51 dic 1999El ArenalLos CóndoresUTFSMConcepciónChiguayantesinmarco|14x14pxPedro Medina - Hualqui13,4 km41 mar 2001Pedro MedinaManquimavidaValle del SolHualquisinmarco|14x14pxLorenzo Arenasestación11 mar 2001sinmarco|14x14pxConcepción - Lomas Coloradas12,2 km524 nov 2005Concepción (nueva)Juan Pablo IIDiagonal BiobíoCosta MarLomas Coloradassinmarco|14x14pxMercado1,6 km124 nov 2005sinmarco|14x14pxHospital Las Higuerasestación124 nov 2005sinmarco|14x14pxLa Leoneraestación124 nov 2005Reemplaza a estación Valle del Solsinmarco|14x14pxAlboradaestación16 mar 2014sinmarco|14x14pxCardenal R. Silva Henríquez - Coronel17 km71 mar 2016Cardenal R. Silva HenríquezHito GalvarinoLos CanelosHuincaCristo RedentorLaguna QuiñencoCoronelsinmarco|14x14pxEl Parqueestación130 ene 2017sinmarco|14x14pxCoronel Sur - Lota9 km4c. 2027Coronel SurPlaya BlancaMatías CousiñoLotaL3Concepción - Lirquén19,4 km5c. 2030Estaciones aún por definir

Puesta en marcha La marcha blanca del servicio Biotrén se inició el 16 de noviembre de 1999, y su puesta en marcha ocurrió el 1 de diciembre del mismo año, operando inicialmente entre las 6:00 y 22:08. Anteriormente se evaluaban nombres para el servicio de metrotrén, sin embargo se optó por el nombre Biotrén ya que era la denominación que le entregó de forma espontánea la población de la zona.

Nombre Una de las características más especiales es que el nombre del servicio fue elegido por los propios usuarios, a través de un concurso abierto donde se recibieron miles de propuestas. El nombre ganador por ser el más propuesto fue precisamente "Biotrén", que une la identidad de la Región del Biobío, con su sistema de transporte ferroviario. Las propuestas fueron recibidas a través del Diario El Sur y el sitio web regional Contactoconce.cl. Entre los jurados estuvo Alejandro Aguín, director de esta última.

Estaciones (primera generación) El sistema consistía en tres estaciones y dos paraderos que eran:

Corredor Talcahuano-ChiguayanteDe noroeste a sureste Estación Talcahuano-El Arenal Los Cóndores Universidad Técnica Santa María Antigua Estación Central de Concepción Estación Chiguayante

La Estación El Arenal de Talcahuano fue refaccionada totalmente después de más de una década sin uso para pasajeros. La Antigua Estación Central de Concepción fue adecuada para su nuevo uso, y la Estación Chiguayante fue reacondicionada, y se instaló un andén de llegada en una de sus vías locales, con una nueva boletería, y confinamiento. Los paraderos constaban de andenes, boletería, iluminación, refugios con bancas y confinamiento. Se reparó la electrificación hacia Talcahuano, y días previos se hicieron viajes de marcha blanca.

Material rodante: Automotor Eléctrico Local (AEL) Se reacondicionó en la Maestranza de San Eugenio (Santiago) cuatro automotores japoneses Nissho Iwai de la serie AEL (35, 36, 37 y 38).

Adecuación del servicio local Para el nuevo servicio se reorganizó el personal de EFE en la zona. También se reorganizaron los servicios locales como el Corto, que llegaba a La Laja y a Renaico.

El servicio en los primeros meses fue cambiando itinerarios con el fin de ajustarse a la demanda del público. Además el servicio regional del Corto se vio potenciado en la época estival ya que consultaba detenciones en las estaciones y paraderos incorporados por el Biotrén.

Modalidad de viaje Para viajar en Biotrén se adquiría un pasaje por el valor de $220 en la boletería, y en la puerta el Controlador, cortaba la colilla. Finalmente uno subía al automotor y llegaba a su destino. El Biotrén se convirtió en una alternativa al paseo familiar de fin de semana, sin embargo, no obtuvo buenos resultados, producto de la época estival.

Programa Ribera Norte y primeros cambios Por otro lado, por esos días, estaba operando el Programa de Recuperación Urbana Ribera Norte, que fue presentado en 1994. Este programa contemplaba la recuperación de terrenos ribereños del Biobío para el uso de la ciudad. Dentro de este programa se contempló la reorganización de las líneas férreas en el sector. Un tema candente fue el Soterramiento de la Vía Férrea, que quedó sepultado por el alto costo que se estimaba en esa época. Finalmente dentro de las soluciones que se propusieron estuvo el crear una "Pieza de Ensanche", que desplazaba la vía 120 m hacia el río.

También contemplaba: Creación de un Barrio Cívico, en torno a la Antigua Estación Central de Concepción que sería la nueva sede del Gobierno Regional del Biobío. Supresión de la Maestranza de Concepción, para la obtención de nuevos terrenos que generarían un Parque Central y terrenos con los que se financiaría la urbanización de los terrenos. Reubicación de pobladores de la ribera, con programas especiales de vivienda. Construcción de una nueva subestación ubicada en un nuevo sitio dentro del triángulo en el sector de Chepe, y la construcción de una variante que uniera la vía hacia Curanilahue con el ramal a Rucapequén. Construcción de una nueva estación ferroviaria, en torno a la nueva ubicación de la vía.

En esos días comenzó la construcción, de la nueva vía férrea 120 m más cerca del río y la construcción de una estación "provisoria", modular y desmontable, para el nuevo servicio de Biotrén. La puesta en marcha de la nueva vía supuso algunos incrementos en los tiempos de viaje.

Finalmente, ese año fue inaugurada la nueva estación que estaba conectada a Prat mediante una prolongación de la calle Ramón Freire (Ramón Freire Poniente). Se empieza a su vez la construcción de un hipermercado en la manzana comprendida por avenida Arturo Prat, Ramón Freire Poniente, Avenida Nueva de Arturo Prat (Avenida Padre Alberto Hurtado) y Maipú Poniente.

El año 2000, con estos nuevos cambios, se vio disminuida la afluencia de público por la mayor distancia de la nueva estación del Biotrén. Se contempló la creación de nuevos paraderos, la extensión del Biotrén a Hualqui y a Puerta Los Leones, y luego la doble vía Chiguayante-La Leonera. También se piensa en hacer una combinación con buses en Concepción y en Talcahuano. También se concretó el Taller Ferroviario Hualqui.

En una nueva época estival se comenzaron a utilizar automotores AEL en el servicio de Corto al poblado de La Laja, y se incrementan algunas frecuencias.

Nuevos cambios Estaciones (segunda generación) En 2001, se terminan los nuevos paraderos y empieza a operar el taller Hualqui. Así queda configurado el nuevo sistema:

Corredor Talcahuano-HualquiDe noroeste a sureste Estación Talcahuano-El Arenal Los Cóndores Universidad Técnica Santa María Lorenzo Arenas Estación Concepción Estación Chiguayante Pedro Medina Manquimávida Valle del Sol Estación Hualqui

Quedó pendiente el tramo a Puerta Los Leones, la combinación con buses y la doble vía Chiguayante-La Leonera.

Modalidad de viaje Con la incorporación de las nuevas estaciones y paraderos cambian algunos aspectos del sistema.

Hay control a la entrada del andén de los boletos entre Talcahuano-el Arenal y Chiguayante, en donde funcionan boleterías (la estación de Hualqui también tiene boletería). En el sector Pedro Medina a La Leonera hay control y venta de boletos a bordo del tren, por la inexistencia de boleterías y confinamiento. Por esto se instaura la presencia de un conductor en los automotores del Biotrén. Los Servicios Regionales a las localidades de La Laja y Renaico, cobraban tarifa Biotrén en el sector Talcahuano-Hualqui. Se acepta pase escolar, en vez del pase especial de Biotrén. El pasaje sube a $250.

Incorporación de material rodante: Automotor Eléctrico Suburbano (AES) En 2002, se comienzan a usar los AES 8 y 14 que habían llegado un año antes desde Merval como cambio por los UT 440 R destinados para esa zona.

Extensión al Puerto y otras innovaciones Luego de varios problemas con el arreglo de una matrices de ESSBIO, y el tratamiento tardío de taludes en la zona del Puente de Arco, comienzan las labores de recuperación del patio de la antigua estación Talcahuano-Puerto, que se renombraría Plaza El Ancla. Se construyó un paradero con boleterías, una vía local y la cola de maniobras. La electrificación llegó hasta antes del cruce Unión. Problemas con el Municipio de Talcahuano, frenaron las obras de electrificación.

En 2003, se consolidan los itinerarios, pasando a ser prácticamente cada una hora, con supresión en hora de almuerzo. Siguen los problemas con la extensión a Plaza El Ancla, a pesar de que intervinieron autoridades regionales, ningún tren llegó hasta Plaza El Ancla.

Se comienza a construir avenida Nueva de Arturo Prat (Avenida Padre Alberto Hurtado) por etapas. Se construye un guardacruzada automático en el cruce de esta avenida con calle Desiderio Sanhueza.

Transformación con Biovías En enero de 2004 el presidente Ricardo Lagos Escobar da a conocer a Biovias: el nuevo Sistema de Transporte Integrado de Concepción, que incluía renovación al Biotren que reemplazaba el parque de automotores, de reestructurar la Red de Biotrén creando, remodelando y reubicando las estaciones y de integrarla con otros modos de transporte a través de Estaciones de Intercambio Modal (EIM).

Gestiones de Ferrocarriles Suburbanos de Concepción S.A. (FESUB Concepción S.A.) Para esto se mandata a Ferrocarriles Suburbanos de Concepción (FESUB Concepción S.A.) para licitar las obras. Así por un lado se licitan las siguientes obras:

Construcción de Estaciones de Biotrén: Grupo Hualqui- Chiguayante Grupo Juan Pablo II - Lomas Coloradas Grupo Mercado - Lorenzo Arenas (así se desmantela la estación Plaza El Ancla.) Readecuación de Estación Central de Concepción. Reconstrucción vías sector Talcahuano - Concepción y Biobío - Lomas Coloradas. Construcción de Segunda Vía y electrificación de Chiguayante- La Leonera. Pintura y Reparación de Puente Biobío (en Concepción). Construcción de Talleres Ferroviarios Omer Huet. Construcción de Edificio para Control de Tráfico Centralizado (CTC) Ferroviario, Control de Sistema Control de Área de Tránsito (SCAT Biobío) y Control de Gestión de Buses, y Estación de Intercambio Modal (EIM) Concepción. Construcción de Puente Paicavi (subramal Concepción-Lirquén). Determinación del tipo de automotor a comprar.

Gestiones de EFE mediante Contratos de Provisión de Infraestructura Ferroviarios (CPIF) y Proyecto de Seguridad Ferroviaria

Por otro lado, la Empresa de los Ferrocarriles del Estado (EFE) había licitado los Contratos de Provisión de Infraestructura Ferroviaria (CPIF)con el Proyecto Señalización, Electrificación y Comunicaciones (SEC) a cargo de la empresa ENYSE ESPAÑA, La energía Eléctrica por CAM y las Comunicaciones por SICE; y el Proyecto Zona Centro (PZC) a cargo del Consorcio Tecsa Dragados (TECDRA).

El Proyecto SEC está encargado de: Mejorar la electrificación existente entre Mercado-Hualqui.