A Igreja Católica no Afeganistão é parte da Igreja Católica universal, em comunhão com a liderança espiritual do Papa, em Roma, e da Santa Sé. A liberdade de religião tem sido difícil de se obter nos últimos tempos, especialmente sob o regime talibã, enquanto que a organização Portas Abertas considera que é impossível viver abertamente como cristão no Afeganistão, já que deixar o islã é considerado vergonhoso, e os cristãos convertidos ex-muçulmanos que acabam por ser descobertos têm de fugir do país ou são mortos. O país é considerado pela Portas Abertas como o segundo que mais persegue os cristãos, perdendo apenas para a Coreia do Norte. Há pouquíssimos católicos neste país de maioria muçulmana, cerca de 200, que costumavam participar da missa na única capela que há no território afegão, localizada na embaixada italiana em Cabul, mas que atualmente encontra-se fechada após a ofensiva talibã no Afeganistão em 2021 e a tomada de Cabul. A situação religiosa afegã não é apenas difícil para os católicos, mas também para os outros cristãos e para todos os outros grupos religiosos não sunitas. Até mesmo os muçulmanos xiitas são discriminados pelo grupo majoritário — os sunitas. Certas organizações missionárias cristãs afirmam que pequenas igrejas subterrâneas podem ser encontradas em todo o país, cada uma com menos de 10 membros. Os homens muçulmanos apóstatas são levados à pena de morte e as mulheres devem ser mantidas em cativeiro e espancadas de três em três dias até se arrependerem e regressarem ao islamismo. O Igreja Católica afegã não está sob a supervisão de nenhuma conferência episcopal e nem de um núncio apostólico.

História thumb|200px|left|São Tomé Apóstolo teria sido o primeiro evangelizador da região onde hoje está o território do Afeganistão. Cristianismo primitivo De acordo com o evangelho apócrifo de Tomé e outros documentos antigos, São Tomé pregou na Báctria, que é hoje o norte do Afeganistão. Devido a isso, São Tomé é considerado o santo padroeiro do Afeganistão. Eis o que a Enciclopédia Católica diz a respeito desse assunto:

Também há a tradição que diz que, além de Tomé, outro apóstolo que teria pregado na região foi São Bartolomeu, quando estava a caminho das Índias.

Idade Média Os nestorianos implantaram o cristianismo na área, e houve nove bispos e dioceses na região, incluindo Herat (424-1310 —com interrupções), Farah (544-1057), Candaar e Balkh. Esta organização nestoriana foi destruída por invasões muçulmanas no século VII, e com o tempo desapareceram, embora o território não tenha sido substancialmente controlado pelos muçulmanos até aos séculos IX e X. No século XIII, um governante cristão teria se convertido ao islã e ganhando também o título de sultão, levando a um declínio do cristianismo, a ponto de quase ser extinto completamente pelo reinado de Timur, em 1405. Em 1581 e 1582, os jesuítas e o português Bento de Góis foram calorosamente recebidos pelo Imperador Akbar, mas não houve presença duradoura dessa ordem no país. A região de Bactro, ao norte afegão, serviu como um importante centro missionário de onde os cristãos de rito siríaco espalharam a fé até a China. Missionários jesuítas tentaram mais uma vez viajar a Cabul no século XVII, mas o número de conversões foi pequeno.

Século XX A Itália foi o primeiro país a reconhecer a independência do Afeganistão em 1919, e o governo afegão perguntou como poderia agradecer por isso. Roma solicitou o direito de construir uma capela, que estava sendo solicitada por estrangeiros que viviam na capital afegã. Uma cláusula que dá a Itália o direito de construir uma capela em sua embaixada foi incluída no tratado ítalo-afegão de 1921, e nesse mesmo ano os barnabitas chegaram para começar o trabalho pastoral. Porém, esse trabalho só começou verdadeiramente em 1933, quando a capela começou a ser construída. Na época, um padre barnabita foi designado para residir na capital afegã e dirigir a capela. Na década de 1950, foi terminada sua construção.

O Papa João Paulo II pediu uma solução para a invasão soviética do Afeganistão na década de 1980. De 1990 a 1994, Giuseppe Moretti era o único padre no Afeganistão, mas ele foi forçado a sair e voltar à Itália em 1994, depois de ser atingido por estilhaços. Após seu tratamento médico, o sacerdote barnabita regressou ao território afegão. Depois de 1994, apenas as Irmãzinhas de Jesus foram autorizadas a permanecer no Afeganistão, porque estavam lá desde 1955 e tiveram seu trabalho reconhecido. Contudo, os talibãs chegaram ao poder, mas foram derrotados pela invasão norte-americana em 2001. Por causa desta invasão, o Padre Moretti novamente foi forçado a fugir, mas retornou mais tarde, quando os talibãs foram derrotados.

Atualmente

thumb|170px|left|O terrorista Osama bin Laden foi o responsável pelos atentados de 11 de setembro. Depois que os fundamentalistas islâmicos assumiram o controle do governo no final do século XX, os missionários cristãos foram proibidos de fazer proselitismo, e sua presença no Afeganistão apenas continuou a ser tolerada por causa da ajuda humanitária oferecida. Embora os capelães católicos do Paquistão visitassem regularmente o vizinho, seu objetivo era apenas ministrar aos poucos católicos não residentes que viviam no país enquanto se dedicavam ao trabalho técnico. Em 1999, os não-muçulmanos foram obrigados pelo Talibã a marcar suas casas com um pano amarelo colocado no telhado e a se identificar com roupas amarelas para que pudessem ser evitados pelos muçulmanos. Já em janeiro de 2001, o líder do governo do Talibã, mulá Mohammed Omar, anunciou que a conversão ao cristianismo era punível com a morte, como reação do governo aos relatos de que trabalhadores humanitários haviam se envolvido em atividades missionárias "proibidas pela lei afegã". Líderes da Igreja de todo o mundo ficaram alarmados não apenas com a falta de liberdade religiosa no Afeganistão, mas também com a crescente repressão de todos os cidadãos afegãos, e em particular das mulheres, que estavam sendo gradualmente excluídas da vida pública. Em resposta, em fevereiro daquele mesmo ano, o Papa João Paulo II citou a "grave crise humanitária" que estava ocorrendo no Afeganistão e encorajou as organizações de direitos humanos a continuarem suas tentativas de ajudar o povo afegão. Mas, ainda em 2001, no mês de agosto, oito trabalhadores humanitários cristãos foram acusados pelo regime talibã de espalhar o cristianismo no país fundamentalista e acabaram presos.

11 de setembro e invasão

200px|right|thumb|Colisão do voo 175 da United Airlines contra a Torre Sul do World Trade Center. Após os ataques de 11 de setembro, quando o governo dos Estados Unidos e diversos aliados decidiram atacar o Afeganistão para capturar o terrorista Osama bin Laden, a Catholic Relief Services enviou alimentos, vestuário e roupa de cama para os refugiados. Eles também enviaram material escolar para que as crianças retornassem à escola.

A primeira missa em 9 anos foi celebrada em 27 de janeiro de 2002 para os membros da Força de Segurança Internacional e vários membros de agências estrangeiras. Em 16 de maio de 2002, uma missão sui iuris foi criada englobando todo o território do país. Projetos da nova missão incluem uma "escola de paz" para 500 alunos, que será operada segundo "normas europeias". Três freiras também trabalhavam com deficientes mentais em Cabul: como por exemplo, elas ensinam às pessoas com paralisia cerebral como ir ao banheiro e como comer sozinhos. A pequena comunidade passou por um período de crise durante o sequestro de Clementina Cantoni, da Care International, por quatro homens armados em Cabul quando se dirigia a seu carro em 17 de maio de 2005. Em 2004, as Missionárias da Caridade chegaram em Cabul para desenvolver trabalho humanitário, e tiveram sua casa abençoada em 9 de maio de 2006, e começaram a adotar crianças de rua. Houve temores de que o hábito azul e branco iria fazê-las se destacarem e serem perseguidas pelos muçulmanos, mas geralmente são respeitadas. O Serviço Jesuíta aos Refugiados também se juntou ao crescente número de ordens religiosas no país. Os jesuítas também abriram uma escola técnica em Herat para 500 alunos, incluindo 120 meninas.

Esforços para iniciar o diálogo inter-religioso entre o Vaticano e o Supremo Tribunal afegão vinham ocorrendo. O mulá Faisal Ahmad Shinwari participou da inauguração da nova missão e manifestou o desejo de se encontrar com o Papa.

A comunidade católica no Afeganistão é formada principalmente por estrangeiros, não havendo afegãos atualmente a fazerem parte da Igreja, principalmente devido à pressão social e legal para não se converterem a religiões não islâmicas. Alguns afegãos se converteram no estrangeiro, mas mantêm segredo quando regressam ao seu país, tentando assim evitar problemas que afetaram, por exemplo, Abdul Rahman. Apesar disso, a comunidade cresceu de apenas algumas freiras a cerca de 100 pessoas em uma missa dominical.

As relações com o novo governo democrático do Afeganistão vinham sendo positivas: o presidente Hamid Karzai esteve presente no funeral do Papa São João Paulo II e felicitou o Papa Bento XVI pela sua eleição. O Núncio Apostólico do Paquistão visitou o Afeganistão em 2005 e realizou uma missa na capela da Embaixada italiana para uma grande multidão. Os católicos têm a esperança de que uma igreja católica aberta ao público afegão e laços diplomáticos oficiais entre a Santa Sé e o Afeganistão serão possíveis no futuro. Após 2015, quando o Papa Francisco nomeou o padre Giovanni Scalese como líder da missão sui iuris, ele sempre teve a esperança de um futuro de paz para o Afeganistão:

120px|right|thumb|Missionárias da Caridade usando o tradicional hábito azul e branco.

A Capela Nossa Senhora da Divina Providência foi fechada, juntamente com a embaixada italiana devido à pandemia de COVID-19. O padre responsável pelo local, Giovanni Scalese, afirmou que continuou a celebrar as eucaristias lá a portas fechadas. A maioria dos católicos deixou o Afeganistão ao início da pandemia.

As ordens religiosas presentes até aquele momento no país eram: Os jesuítas, com o seu Serviço dos Refugiados Jesuítas, envolvidos no campo da educação As Missionárias da Caridade, que administravam um orfanato para crianças abandonadas e davam assistência a cerca de 400 famílias pobres A comunidade intercongregacional Pro Bambini of Kabul, que tem uma pequena escola para crianças com deficiências mentais leves, por exemplo, com síndrome de Down e outras, como preparação para a escola primária, apoiada por uma organização italiana sem fins lucrativos. Foi fundada em 2001 em resposta a um apelo do Papa São João Paulo II, que disse em sua mensagem de Natal naquele ano: "Salvem as crianças de Cabul". À época, o padre responsável pelo projeto, Giancarlo Pravettoni, contou com a ajuda de 14 ordens religiosas masculinas para alcançar o objetivo.

Em junho de 2014, o padre Alexis Prem Kumar, sacerdote jesuíta indiano, foi sequestrado por milicianos talibãs quando visitava uma escola na província de Herat, e só foi libertado em fevereiro de 2015. Em 2017, o padre responsável pela missão sui iuris, Giovanni Scalese, consagrou o Afeganistão a Nossa Senhora de Fátima e ao Imaculado Coração de Maria. Ele afirma ter feito isso pela "deterioração da situação" do país.

Retomada do Talibã

thumb|right|250px|Forças do governo afegão na província de Josjã. Durante a ofensiva talibã de 2021, o grupo fundamentalista tomou todas as grandes cidades do país, sendo a última delas a capital, Cabul. Os serviços secretos norte-americanos previam esse evento em um período de três meses a partir da retirada de suas tropas do país. Enquanto isso, o presidente Ashraf Ghani teve de fugir do território afegão. Os fatos que se foram decorrendo geraram reações em todo o mundo, incluindo do Papa Francisco, que apelou à paz e ao diálogo entre as partes envolvidas, e afirmando que só dessa forma o povo afegão poderá viver em segurança.