El lugar donde actualmente se encuentra la ciudad, fue habitada alguna vez por varios indígenas, los más reconocidos son los Quimbayas, a la llegada de los españoles estos fueron desapareciendo, y el territorio se fue anexando a Antioquia, en 1842 la colonización Antioqueña llega a la ciudad y más tarde se funda, y comienza su vida histórica, en el , se crea el departamento de Caldas, y Manizales queda como su capital, posteriormente llegaría el ferrocarril de Caldas y después el Cable Aéreo Manizales-Mariquita, la ciudad es impactada por varios desastres. incendios, terremotos y la erupción del Nevado del Ruiz, (que solo la dejó incomunicada), la ciudad se reconstruyó después de estos desastres hasta quedar como hoy se conoce.
Pobladores indígenas En la zona donde hoy se asienta Manizales estuvo habitado en la época precolombina por los quimbayas principalmente, quienes trabajaban la cerámica desde el ,y florecieron en lo que se llama el periodo tardío, que va desde el hasta el XV, desarrollaron un recipiente ritual en el que se deposita cal llamado poporo, dicho objeto es una de las figuras indígenas más conocidas en Colombia y fue la primera pieza que el gobierno colombiano compra en función de recuperar y estudiar las culturas prehispánicas de la región. Alrededor de 1540 el conquistador Jorge Robledo, conoce la región y emprende la lucha con los indígenas de la región. Otros indígenas de la zona eran las arma, ansermas, pícaras, zopias, páucuras, y carrapas los cuales estaban en alto grado de desarrollo económico y social.
Fundación En 1834, el colonizador antioqueño Fermín López se establece en lo que hoy es Salamina posteriormente va al sur, a lo que hoy se conoce como Morro San Cancio. En 1842 Manuel María Grisales explora la región que hay entre Sonsón en Antioquia hasta Manizales, él y otros colonizadores como Antonio Ceballos, Joaquín Arango Restrepo y Marcelino Herrera Palacios alcanzan Morrogacho (sector Monumento Los Colonizadores o posición de actual Iglesia Nuestra Señora del Rosario en Chipre) y se establecen con sus familias en lo que hoy son los barrios La Francia y Chipre, un año más tarde exploran el Nevado del Ruiz y en 1847 se inicia la construcción del caserío que se fundaría el 6 de julio del año siguiente; pero no es hasta el 12 de octubre de 1849 que se sanciona la Ordenanza para la fundación del municipio a manos del Gobernador Provincial de Antioquia, Jorge Gutiérrez de Lara, luego que se ejecutara La Expedición de los 20, una expedición colonizadora liderada por: Manuel María Grisales, José María Osorio, José María De La Pava, Antonio María Arango, Joaquín Arango, Victoriano Arango, Pedro Arango, José Pablo Arias, Silverio Buitrago, Antonio Ceballos, José María Correa, José Joaquín Echeverri, Nicolás Echeverri, Alejandro Echeverri, Esteban Escobar, Vicente Gil, Vicente Giraldo, Marcelino Palacios, Antonio Quintero y Benito Rodríguez.
En 1850 Manizales es erigida como Distrito Parroquial de Manizales y se inicia la construcción del camino del Ruiz. El 19 de enero inicia sesiones el primer Concejo Municipal, conformado por Julián Salazar, como presidente; Agustín Patiño en calidad de secretario y Antonio Ceballos, Pedro Palacios, Nepomuceno Franco y Vicente Gil. Nombran ad honorem: alcalde Antonio Ceballos; Juez, Antonio María Arango Restrepo y procurador municipal a Joaquín Arango.
Finales del En 1869, durante la administración de Alejandro Gutiérrez Arango se repartieron los solares y se entregaron los terrenos a los primeros pobladores de la ciudad, después de un largo y violento litigio contra la compañía González y Salazar, herederos de la Concesión Aranzazu, propietaria de los terrenos donde se construyó la mayoría de los pueblos del norte y del centro del departamento de Caldas. La ciudad pronto se convirtió en centro educativo y hacia 1880 era un centro industrial con cultura típica antioqueña en el que el café se constituía como base de la economía regional. Adquirió importancia en las numerosas guerras civiles acaecidas en Colombia. Fue baluarte de la Antioquia conservadora y solo durante una ocasión fue ocupada por los liberales caucanos. De ahí que la ciudad recibiera el apodo de Nido de Águilas. El impacto de estos conflictos bélicos, paradójicamente, acrecentó su importancia como centro de comercio y comunicaciones. Manizales en 1880 tenía 10 ingenios paneleros, ocho tejares, una fábrica de licor, dos tenerías para curtir, tres zapaterías, tres telares y cuatro talabarterías.
Guerra civil (1860-1862)
La guerra civil, tuvo consecuencias bélicas sobre la ciudad, con el ánimo de invadir Antioquia que se hallaba en poder conservador por el sur, Mosquera con 3.000 hombres marcharon sobre Manizales vía Santa Rosa de Cabal, el presidente Ospina enterado de sus planes mandó tropas con el general Joaquín Posada Gutiérrez a hacerle frente.
El gobernador del Estado Soberano de Antioquia, Rafael María Giraldo organizó la tercera división del Ejército de la Confederación ordenada por el gobierno central para hacerle frente a Mosquera, nombrando como jefe al general Braulio Henao y a Posada Gutiérrez como comandante general; después del triunfo del general Mosquera en el combate de Las Guacas, llegó a la Aldea de María (Villamaría), e intentó un acuerdo de paz con Henao y Posada, pero estos se mostraron intransigentes ante la certeza del triunfo debido a lo bien fortificada que estaba Manizales, pues habían ubicado gran cantidad de soldados y cañones en sitios claves de la ciudad como en el alto de Chipre y en Olivares en la salida para Neira.
Mosquera entró por sorpresa la noche del 28 de agosto, presentándose un combate de más de ocho horas. En el sitio conocido como El Observatorio (actual barrio Chipre) Mosquera es derrotado y obligado a retroceder a la Aldea de María, viéndose obligado a llegar a un acuerdo. Al día siguiente celebró un convenio llamado la esponsión de Manizales, por el cual se comprometía a retirarse al Cauca, desarmar su ejército y entregar sus armas, mediante ciertas garantías que debería otorgarle el gobierno de la Confederación como amnistía general a los rebeldes y el anulamiento del decreto de desmembración del Estado Soberano del Cauca, sin embargo, tanto el presidente Ospina Rodríguez no aprobó expresamente ese arreglo (porque contaba con un ejército bien armado y disciplinado de 6.000 hombres) como el jefe revolucionario aprovechó la tregua para continuar mejorar su posición y preparase para atacar la capital.
Guerra civil (1876-1877)
El general Trujillo después de haber ganado varias batallas, adquirió poder político y militar en el gobierno de los radicales y sus hombres se tomaron Manizales después de una serie de combates en sus alrededores. Poco tiempo después se llegó al Acuerdo de Manizales, con el triunfo del gobierno radical del presidente Parra y de las fuerzas gubernamentales comandadas por el general Trujillo. En 1877 fue nombrado Jefe Civil y Militar y presidente del Estado Soberano de Antioquia, con el fin de dominar esa región conservadora. Con este hecho se dio por terminada la contienda militar.
Manizales como capital La ciudad desde su fundación, se fue convirtiendo en una ciudad importante, debido a su rápido crecimiento Manizales se convirtió en la segunda ciudad de Antioquia, después de Medellín, la ciudad se había convertido en la capital del departamento sur del Estado Soberano de Antioquia en 1865, hasta 1886 cuando Antioquia pasó de ser un estado soberano a un departamento, debido a esto Manizales volvió a ser otra de las ciudades del vasto territorio que componía dicho departamento, a principios del , la crisis económica surgida a causa de la Guerra de los Mil Días y la separación de Panamá llevó al gobierno de Rafael Reyes a realizar varias reformas administrativas que llevaron a una reorganización político administrativa profunda del país. De estas reformas surge la ley del 11 de abril de 1905, que segrega las provincias Sur de Antioquia y las provincias de Robledo y Marmato del Cauca, creando así un nuevo departamento con el nombre de Caldas y con capital en Manizales. En 1966 el Viejo Caldas se dividió dando origen a los tres departamentos actuales, Risaralda con capital Pereira, Quindío con Armenia como su capital y el actual departamento de Caldas con Manizales como su capital.
Incendios El 19 de julio de 1922, se presentó el primer incendio de grandes proporciones, a las tres de la mañana, en un depósito de velas de parafina, que funcionaba en la actual calle 20 entre carreras 20 y 21, propiedad de Joaquín Gómez Botero, enseguida funcionaban los talleres del diario La Patria los cuales fueron consumidos por el fuego, igualmente la prestigiosa casa alemana. El incendio destruye toda la manzana, la cual en esa época estaba ubicada entre las calles 14 y 15 y las carreras 10 y 11.Luego las llamas saltaron a la acera del frente hoy carrera 21 entre calles 19 y 20, consumiendo gran parte de los locales comerciales y viviendas allí ubicados, destacándose el salón Olimpia que era una de las principales salas de espectáculos. Para poder controlar el feroz avance de las llamas, fue necesario destruir varias viviendas, logrando controlar el incendio hacia las nueve de la mañana. El 3 de julio de 1925, ocurrió el segundo y más pavoroso incendio, se inició en la Droguería Andina situada donde actualmente funciona Bancolombia, carrera 22 con calle 21, Los materiales inflamables que tenían almacenados en el sitio, avivaron las llamas con tal rapidez que en pocos minutos todo el centro de la ciudad quedó envuelto por las llamas, en total fueron 32 manzanas calcinadas por la acción devastadora del fuego. Como la ciudad no contaba con elementos para la extinción del fuego y había poca agua, fue necesario utilizar dinamita para controlar el fuego que arremetía contra la ciudad. El incendio destruyó las actuales carreras 20, 21, 22, 23. y 24 entre calles 23 y 17 salvándose únicamente la catedral de madera, la alcaldía y una manzana del centro de la ciudad. 200px|right|thumb|Primera catedral de Manizales, destruida por el incendio del 20 de marzo de 1926. El 20 de marzo de 1926, se presentó el tercer incendio aproximadamente a las cinco de la mañana, donde queda actualmente la carrera 22 con calle 23 esquina y donde en ese entonces funcionaba el Centro Social, quemándose dos manzanas y la Catedral. Para este incendio la ciudad ya contaba con un Cuerpo de Bomberos el cual había sido instalado el 12 de octubre de 1925, pero todavía no contaba con los elementos necesarios para su labor. Una de las labores destacadas de los bomberos en esta actuación fue el rescate de los planos de la catedral.
Consecuencias En Manizales, a raíz de los devastadores incendios de 1925 el gobierno contrata la asesoría de los capitanes Juan Antonio Guizado y Ernesto Arozemena, traídos de la ciudad de Panamá, para crear el Cuerpo de Bomberos, siendo instalado oficialmente por el decreto 023 del 1 de noviembre de 1925. La ciudad también tuvo que ser remodelada, muchos edificios históricos se perdieron en estos incendios.
Actividad Sísmica