En Chile Isla Magdalena puede referirse a:
Isla Magdalena ubicada en la comuna de Cisnes, correspondiente a la Región de Aysén del General Carlos Ibáñez del Campo. Isla Magdalena ubicada en las cercanías de la ciudad de Punta Arenas, formando parte del Monumento Natural Los Pingüinos en la Región de Magallanes y de la Antártica Chilena.