thumb|300px|Infografía que resume la historia del pensamiento evolucionista. El pensamiento evolucionista o transformista, la concepción de que las especies cambian a lo largo del tiempo, tiene sus orígenes en la antigüedad, en las ideas de los griegos, romanos, chinos y musulmanes. Sin embargo, hasta el siglo XVIII, el pensamiento biológico occidental estaba dominado por el esencialismo, la idea de que las formas de vida permanecen inmutables. Esta idea comenzó a cambiar, durante la Ilustración, una vez que la cosmología evolutiva y la filosofía mecánica se extendieron de las ciencias físicas a la historia natural. Los propios naturalistas comenzaron a concentrarse en la variabilidad de las especies; el surgimiento de la paleontología con el concepto de extinción, minó aún más la concepción estática de la naturaleza. A principios del , Jean-Baptiste Lamarck postuló su teoría de la transmutación de las especies, que fue la primera teoría científica de la evolución completamente formada.
En 1858, Charles Darwin y Alfred Russel Wallace publicaron una nueva teoría evolutiva, que fue explicada en detalle en la obra de Darwin El origen de las especies (1859). A diferencia de Lamarck, Darwin proponía la idea de una ascendencia común y un árbol de la vida compuesto por muchas ramificaciones. Esta teoría se basaba en la idea de la selección natural y sintetizaba una gran variedad de hallazgos en varias disciplinas como la crianza de animales, la biogeografía, la geología, la morfología y la embriología. El debate en torno a la obra de Darwin llevó a la rápida aceptación de la evolución, pero el mecanismo que proponía, la selección natural, no fue ampliamente aceptado hasta la década de 1940. La mayoría de biólogos argumentaban que otros factores impulsaban la evolución como la herencia de caracteres adquiridos (neolamarquismo), un impulso innato hacia el cambio (ortogénesis), o grandes mutaciones repentinas (saltacionismo). La síntesis de la selección natural con la genética mendeliana en las décadas de 1920 y 1930 fundaron la nueva disciplina de la genética de poblaciones. Durante las décadas de 1930 y 1940, la genética de poblaciones se integró con otros campos de la biología, resultando en una teoría evolutiva ampliamente aplicable que comprendía gran parte de la biología; la síntesis evolutiva moderna.
Tras el establecimiento de la biología evolutiva, los estudios de las mutaciones y las variaciones en poblaciones naturales, en combinación con la biogeografía y la sistemática, condujeron a sofisticados modelos evolutivos matemáticos y causales. Asimismo, se mantuvieron vigentes los movimientos y corrientes creacionistas que rechazaron la selección natural y mantuvieron la idea del diseño inteligente, según la cual el ser humano y el universo fueron creados ya sea por uno o varios entes divinos. La paleontología y la anatomía comparada permitieron reconstrucciones más detalladas de la historia de la vida. Tras la aparición de la genética molecular en la década de 1950, se desarrolló el campo de la evolución molecular, basado en secuencias proteicas y pruebas inmunológicas, incorporando más tarde estudios del ARN y del ADN. La visión genocéntrica de la evolución se hizo prominente en la década de 1960, seguida por la teoría neutralista de la evolución molecular, acalorando los debates sobre el adaptacionismo, las unidades de selección y la importancia relativa de la deriva genética y de la selección natural. A finales del , la secuenciación de ADN condujo a la filogenia molecular y la reorganización del árbol de la vida en el sistema de tres dominios. Asimismo, los factores recientemente reconocidos de la simbiogénesis y la transferencia horizontal de genes introdujeron aún más complejidad a la historia evolutiva.
Antigüedad Griegos thumb|393x393px|Platón (a la izquierda) y Aristóteles (a la derecha), un detalle de La Escuela de Atenas.Los filósofos griegos discutieron conceptos que implicaban formas de evolución. Un antecedente lo tenemos en la pugna entre Parménides y Heráclito. Anaximandro (aprox. 610-546 a. C.) afirmaba que la vida se había desarrollado originalmente en el mar y que posteriormente esta se trasladó a la tierra, en tanto Empédocles (aprox. 490-430 a. C.) escribió que los primeros seres vivos provenían de la tierra y las especies surgieron mediante procesos naturales sin un organizador o una causa final. Empédocles incluso parece haber sugerido una forma de selección natural, tal y como lo transmitió Aristóteles, aunque él personalmente estaba en contra: «Así, cuando tales partes resultaron como si hubiesen llegado a ser por un fin, sólo sobrevivieron las que por casualidad estaban convenientemente constituidas, mientras que las que no lo estaban perecieron y continúan pereciendo, como los terneros de rostro humano de los que hablaba Empédocles».Aristóteles, Física, 199a (libro II,8) Tales propuestas sobrevivieron hasta la época romana. El poeta y filósofo Lucrecio, siguió a Empédocles en su obra maestra De rerum natura (Sobre la naturaleza de las cosas) donde el universo funciona a través de mecanismos naturalistas, sin ninguna intervención sobrenatural. Si la visión mecanicista se encuentra en estos filósofos, la teleológica ocurre en Heráclito, quien concibe el proceso como un desarrollo racional, de acuerdo con el Logos. El desarrollo, así como el proceso de convertirse, en general, fue negado por los filósofos eleáticos. Otros filósofos, que llegaron a ser más influyentes en la Edad Media, creyeron que las especies o formas de todas las cosas, no solo las cosas vivas, se fijaron por diseño divino. Platón (aprox. 428-348 a. C.) fue, en palabras del biólogo e historiador Ernst Mayr, «el gran antihéroe del evolucionismo», pues estableció la filosofía del esencialismo, que llamó teoría de las Formas. Esta teoría mantiene que los objetos observados en el mundo real no son más que «reflejos» de un número limitado de esencias (eide). La variación es simplemente el resultado de una reflexión imperfecta de estas esencias constantes. En el Timeo Platón presentó la idea de que el Demiurgo había creado el cosmos y todo lo que hay porque Él es bueno, y por tanto, «[...] libre de celos, Él deseó que todas las cosas fueran como Él». El creador creó todas las formas de vida concebibles, ya que «[...] sin ellas, el universo sería incompleto, pues no contendría todos los tipos de animales que debería contener, si quisiera ser perfecto». Esta idea de que todas las formas de vida potenciales son esenciales para una creación perfecta, recibe el nombre de principio de plenitud e influyó significativamente en el pensamiento cristiano. Sin embargo, algunos historiadores de la ciencia han cuestionado el grado de influencia del esencialismo de Platón en la filosofía de la naturaleza al afirmar que muchos filósofos después de Platón creyeron que las especies podrían ser capaces de transformarse y la idea de que estas especies biológicas se fijaron y poseían características inmutables esenciales no llegó a ser importante hasta el inicio de la taxonomía biológica en los siglos y .
Aristóteles (384 a. C.-322 a. C.), uno de los filósofos griegos más influyentes, es el primer historiador natural, de quien ha quedado preservada su obra con cierto detalle. Sus escritos sobre biología fueron el resultado de su investigación sobre la historia natural en la isla de Lesbos, y han sobrevivido en forma de cuatro libros, conocidos habitualmente por sus nombres latinos, De anima (sobre la esencia de la vida), Historia animalium (investigaciones sobre los animales), De generatione animalium (reproducción) y De partibus animalium (anatomía). Las obras de Aristóteles contienen algunas observaciones e interpretaciones sumamente inteligentes, junto con varios mitos y errores —reflejando el estado desigual del conocimiento en su época. Sin embargo, según Charles Singer, «Nada es más destacable que los esfuerzos de Aristóteles por mostrar las relaciones entre los seres vivos en forma de scala naturæ». Esta scala naturæ, descrita en Historia animalium, clasificaba los organismos en relación con una «escala de la vida» o «cadena de los seres» jerárquica, situándolos según su complejidad estructural y funcional, de manera que los organismos que presentaban una mayor vitalidad y capacidad de moverse eran descritos como «organismos superiores». Asimismo, Aristóteles creía que las características de los organismos vivos mostraban claramente lo que él denominaba una «causa final», es decir, que habían sido diseñadas con un propósito. Con esto, él rechazaba explícitamente la opinión de Empédocles respecto a que los seres vivos podrían haberse originado por casualidad.
Los estoicos siguieron a Heráclito y Aristóteles en las líneas principales de su física. Con ellos, todo el proceso se lleva a cabo de acuerdo a los fines de la Divinidad. Las variaciones de esta idea se convirtieron en la comprensión estándar de la Edad Media y se integraron al cristianismo.
Chinos Las ideas sobre la evolución fueron expresadas por antiguos filósofos chinos, como Zhuangzi (Chuang Tzu), un filósofo taoísta que vivió cerca del Según Joseph Needham, el taoísmo rechaza explícitamente el fijismo de las especies biológicas, y los filósofos taoístas especulaban que las especies habían desarrollado características diferentes en respuesta a ambientes diferentes. Los humanos, la naturaleza y los cielos se consideraba que existían en un estado de «transformación constante» conocido como Tao, en contraste con la concepción más estática de la naturaleza típica del pensamiento occidental.
Romanos Lucrecio (fallecido el 50 a. C.), el filósofo atomista romano, escribió el poema didáctico De la naturaleza de las cosas (De rerum natura) donde ofrece la mejor explicación de las ideas de los filósofos griegos epicúreos que se ha conservado. Describe el desarrollo del cosmos, la Tierra, los seres vivos y la sociedad humana por medio de mecanismos puramente naturales, sin ninguna referencia a un agente sobrenatural. El poema influiría en las especulaciones cosmológicas y evolucionistas de los filósofos y científicos, durante y después del Renacimiento.
Agustín de Hipona El teólogo del Agustín de Hipona escribió que el relato de la creación del Génesis no debería interpretarse literalmente. Como expone en su libro De Genesi ad litteram ("Sobre la interpretación literal del Génesis"), creía que en algunos casos las nuevas criaturas se formaban debido a la «descomposición» de formas de vida más primitivas. Para él, «plantas, aves de corral y animales no son perfectos... pero fueron creados en un estado de potencialidad». No obstante, consideraba teológicamente perfectos a los ángeles, al firmamento y al alma humana. Su idea de que los seres vivos se transformaban lentamente con el tiempo llevó a Giuseppe Tanzella-Nitti, profesor de teología de la Pontificia Universidad de la Santa Cruz, en Roma, a afirmar que Agustín había sugerido una forma de evolución.
Edad Media Filosofía islámica y la lucha por la existencia
Mientras que las ideas evolucionistas griegas y romanas desaparecieron de Europa con posterioridad a la caída del imperio romano, no fue así entre los científicos y filósofos musulmanes. Durante la Edad de Oro del Islam, en las escuelas islámicas se enseñaban teorías primitivas de la evolución. El científico, filósofo e historiador del John William Draper enmarcó los escritos del de al-Khazini como parte de lo que denominó la «teoría mahometana de la evolución». Comparó estas ideas primitivas con teorías biológicas posteriores, argumentando que las primeras estaban desarrolladas «[...] mucho más allá de lo que nosotros lo hacemos, extendiéndolas hasta los objetos inorgánicos o minerales».