thumb|276px|Estado de la Cuestión Militar (caricatura de Angelo Agostini, 14/05/1887). El dibujo publicado en la Revista Illustrada ironiza el impase entre los militares y las autoridades civiles. Se conoce como Cuestión Militar (en portugués: Questão Militar) una sucesión de hechos ocurridos entre 1883 y 1887, que involucró a oficiales del Ejército Brasileño y autoridades del gobierno imperial. Ese enfrentamiento entre militares y civiles agravó la crisis política y dio un nuevo ímpetu a la campaña republicana. Al igual que la abolición y la questão religiosa, la llamada "cuestión militar" contribuyó a la crisis del régimen imperial en Brasil, llevando a la proclamación de la República en 1889. Antecedentes La guerra de la Triple Alianza fue determinante tanto para la consolidación del ejército brasileño como para la formación de una conciencia de corporación entre los militares. Además, la permanencia por cinco años del ejército regular y de los cuerpos de voluntarios en las repúblicas del plata también contribuyó a difundir entre la tropa el ideario republicano. Finalizado el conflicto, era natural que los oficiales del ejército tuvieran altas expectativas sobre el reconocimiento a sus sacrificios y sus conquistas durante la larga campaña. El gobierno imperial, por su lado, con recelo de que un grupo de excombatientes, armados e influenciados por sus superiores pudiera involucrarse en reclamos violentos contra el régimen, optó por una recepción discreta y tomó providencias para una rápida desmovilización y fragmentación de las unidades. En la visión de los oficiales, semejante actitud representaba un menosprecio al valor y a los méritos militares
En el campo político, ya en 1883, un proyecto de ley presentado por el vizconde de Paranaguá que obligaba a los militares al pago de la contribución de montepío suscitó las primeras discrepancias entre los oficiales del ejército y la clase política. El teniente coronel Antônio de Sena Madureira (1836-1889) escribió artículos contundentes en el Jornal do Commercio criticando la propuesta que acabó por ser retirada. El episodio fue el anuncio de conflictos aún más serios que en breve ocuparían las tribunas del parlamento brasileño.
Nuevo incidente Al año siguiente (1884), Sena Madureira, que entonces ejercía el comando de la Escuela de Tiro de Campo Grande en Río de Janeiro, autorizó que los alumnos de la escuela organizaran una recepción, con manifestaciones de aprecio, al jangadeiro (en español: "barquero") Francisco José do Nascimento, abolicionista cearense que se hiciera famoso por su resistencia a embarcar esclavos que serían enviados desde Fortaleza a Río de Janeiro. El gesto de los alumnos y la autorización del director de la escuela manifestaban claramente la adhesión de los militares a la causa abolicionista, que en aquel momento ya se había convertido en un tema consensuado entre los militares. Con la intención e imponer una sanción al oficial abolicionista, el entonces ministro de Guerra, senador Franco de Sá, ordenó que sea interpelado por el ayudante general del Ejército. Sena Madureira no acató la interpelación y alegó que solamente su superior directo, el comandante general de artillería Conde d'Eu) podía pedirle explicaciones sobre sus actividades como militar. En respuesta al acto de insubordinación, el ministerio impuso una reprensión al teniente coronel y lo transfirió para la Escuela de Tiro de Rio Pardo en la provincia de Río Grande del Sur.
La prohibición de manifestaciones a través de la prensa Con la finalidad de restringir las manifestaciones públicas de los militares, el sucesor de Franco de Sá en el ministerio de Guerra, senador Cândido de Oliveira, restableció la prohibición a los oficiales de trabar discusiones a través de la prensa sin autorización previa del ministerio. Las prohibiciones impuestas a los militares para manifestarse en la prensa y los castigos para la no observancia de esa imposición se convirtieron en el foco de las tensiones entre los oficiales de ejército y las autoridades del gobierno central. El caso del coronel Cunha Matos En agosto de 1885, durante una inspección rutinaria en Piauí, el coronel Ernesto Augusto da Cunha Matos constató desvíos de suministros en la unidad comandada por el capitán Pedro José de Lima. Ante las pruebas de malversación, el coronel Cunha Matos solicitó la apertura de una investigación para esclarecer los hechos y la destitución del capitán responsable. Este, sin embargo, tenía vínculos con el diputado por Piauí Simplício de Resende, quien desde la tribuna de la Cámara alegó que la conducta del coronel estaba motivada por razones políticas. Haciéndose valer de sus prerrogativas parlamentarias, Simplício de Resende fue más allá: hizo declaraciones injuriosas contra Cunha Matos y declaró públicamente que el coronel, cuando era prisionero de Solano Lopez en la guerra de la Triple Alianza, había llegado al extremo de abrir fuego contra sus compañeros brasileños. thumb|276px|José Antônio Correia Câmara (Vizconde de Pelotas). Mariscal del Ejército y senador del Imperio. La reacción de Cunha Matos se produjo a través de artículos publicados en la prensa. Sin embargo, el coronel no se limitó a defender su propio honor, sino que criticó directamente al ministro de Guerra, Alfredo Chaves, que era un civil. Inmediatamente, el ministro castigó al oficial con una amonestación en el orden del día y 48 horas de detención.
Aunque esta reacción de la autoridad competente estaba plenamente respaldada por los avisos ministeriales de 1859, 1878, 1882 y 1885, la sanción tuvo una gran repercusión entre los militares y en el ámbito político. El mariscal vizconde de Pelotas, que además de oficial del Ejército ocupaba uno de los escaños vitalicios del Senado, asumió la defensa de su compañero de armas en la Cámara Alta. En sus declaraciones, criticó vehementemente la actitud de Alfredo Chaves y argumentó que la sanción representaba una grave ofensa al «honor del uniforme». En el fragor de los debates, no tuvo ningún reparo en afirmar que la reparación del honor militar ofendido era un derecho que estaba por encima de las propias leyes del país.
Mientras tanto, Júlio de Castilhos se había convertido en líder del Partido Republicano Riograndense, y se había hecho amigo del teniente coronel Sena Madureira, quien ya en otras ocasiones había polemizado con políticos de la corte e incluso había sido trasladado a Rio Grande do Sul como castigo por sus críticas al ministro de Guerra. En agosto de 1886, Sena Madureira vuelve a manifestarse públicamente, esta vez escribiendo un artículo en el periódico de Castilhos, A Federação, en el que relacionaba el caso Cunha Matos con lo que le había ocurrido a él mismo en 1884. Madureira argumentaba que ambos fueron sancionados por avisos ministeriales que entraban en conflicto con la Constitución del Imperio, que garantizaba a todos los ciudadanos la libertad de expresión. Como consecuencia de esta nueva publicación, el teniente coronel fue amonestado y destituido de su cargo de mando. thumb|276px|Deodoro da Fonseca. Júlio de Castilhos sale en defensa de su aliado y escribe críticas mordaces contra el gobierno imperial, además de poner en duda la propia legitimidad del castigo impuesto, ya que, en sus palabras, el acto ministerial «ofende, en la persona de un jefe eminente, el justo orgullo y el honor del ejército».
Mientras tanto, los compañeros de Sena Madureira acuartelados en Porto Alegre ya se movilizaban para llevar a cabo un acto de reparación. Solicitaron al mariscal Deodoro da Fonseca —que en aquel momento acumulaba las funciones de comandante de armas y vicepresidente de la provincia de Rio Grande do Sul— permiso para celebrar una reunión en solidaridad con el teniente-El coronel Deodoro da Fonseca no solo autorizó el acto, sino que también dejó claro que la movilización contaba con su apoyo personal.
Al tomar la movilización en el cuartel proporciones inesperadas, el presidente del consejo, Barón de Cotegipe, envió un telegrama al mariscal preguntándole si había tenido conocimiento de la reunión y si la había autorizado. Este no solo confirmó su autorización, sino que respondió que el resentimiento de los oficiales era justificado, teniendo en cuenta el trato dispensado recientemente a los militares.
La adhesión de la Escuela de Praia Vermelha thumb|276px|El Barón de Cotegipe (vestido de emperador) y el ministro Ribeiro da Luz, que intenta entregar al mariscal Deodoro una espada-látigo para que castigue a los oficiales implicados en las protestas. La sucesión de acontecimientos relacionados con Sena Madureira, Cunha Matos y la polémica difundida por la prensa culminó con la manifestación de los alumnos de la Escuela Militar de Praia Vermelha, en Río de Janeiro. El 10 de octubre de 1886, bajo el liderazgo de Benjamim Constant, los oficiales y cadetes presentes aprobaron una moción de apoyo al movimiento de Río Grande del Sur, en la que se declaraba que su principal objetivo era salvaguardar los derechos constitucionales de los militares. Acto seguido, guarniciones repartidas por todo el país enviaron telegramas de apoyo a los líderes del movimiento.
Por su parte, Cotegipe se esforzaba por evitar que el descontento de los militares se convirtiera en una crisis institucional. Como gesto de buena voluntad, accedió a someter al Consejo Supremo Militar una de las principales reivindicaciones de los oficiales descontentos, a saber, que las circulares ministeriales que prohibían las manifestaciones públicas de los militares eran inconstitucionales. A este respecto, el Consejo se pronunció a favor de la demanda de los oficiales. Decidió que los militares, al igual que cualquier otro ciudadano brasileño, tenían garantizada la libertad de expresión, con la única excepción de las cuestiones pertinentes al servicio "entre militares", que se considerarían contrarias a la disciplina militar si se discutieran públicamente. Ahora bien, tal doctrina confinaba los valores de la disciplina y la jerarquía a los muros de los cuarteles y estimulaba peligrosamente la desobediencia a la autoridad civil.
Tras la decisión del Consejo, Cotegipe llegó a creer que los ánimos se calmarían e intentó convencer a Deodoro de que restableciera la disciplina entre las tropas bajo su mando. Sin embargo, aunque esa decisión satisfacía las expectativas de los militares en cuanto a la libertad de expresarse a través de la prensa, el fallo del tribunal no anulaba las sanciones ya impuestas a Cunha Matos y Sena Madureira. Convencido por sus compañeros de que la solución definitiva al conflicto dependía de una concesión más por parte del gabinete, Deodoro reiteró a Cotegipe que las protestas en el cuartel solo terminarían cuando el ministro de Guerra aceptara limpiar los expedientes de servicio de los oficiales que habían sido sancionados. thumb|276px|Caricatura de Angelo Agostini que retrata la destitución por parte del gabinete ministerial del mariscal Deodoro da Fonseca, quien se había negado a castigar a Sena Madureira, de su cargo de presidente y comandante de armas de Rio Grande do Sul (Revista Illustrada, 1887). Al ver frustrados sus intentos de persuasión, Cotegipe ordenó, el 5 de noviembre de 1886, que Deodoro fuera apartado de sus funciones en la provincia de Río Grande del Sur y trasladado a la ciudad de Río de Janeiro para reasumir su cargo en el cuartel general. Con el fin de acompañar a Deodoro en su viaje a la corte, Sena Madureira renunció al cargo de director de la escuela de tiro. La partida de ambos tuvo lugar a finales de diciembre y estuvo rodeada de una efusiva ceremonia de despedida organizada por los oficiales y soldados destinados en Porto Alegre.