San Juan Nepomuceno puede referirse a:
Localidades San Juan Nepomuceno, municipio del Departamento de Bolívar, Colombia. San Juan Nepomuceno, distrito del Departamento de Caazapá, Paraguay.
Localidades desaparecidas San Juan Nepomuceno de Atures, localidad desaparecida de Venezuela.
Buques San Juan Nepomuceno, navío de línea de la Armada Española.