Durante varios años, tras las controvertidas consagraciones de 1988, el diálogo entre la Fraternidad Sacerdotal San Pío X y la Santa Sede fue escaso o nulo. Esta situación terminó cuando la Fraternidad encabezó una gran peregrinación a Roma con motivo del Jubileo del año 2000.
Bajo el Papa Juan Pablo II El Papa Juan Pablo II estableció la Pontificia Comisión Ecclesia Dei el 2 de julio de 1988 para el cuidado de aquellos antiguos seguidores del arzobispo Marcel Lefebvre que rompieron con él como resultado de su consagración de cuatro sacerdotes de su Fraternidad Sacerdotal San Pío X como obispos el 30 de junio de 1988, un acto que la Santa Sede consideró ilícito y un acto cismático.Apostolic Letter Ecclesia Dei, 3 Quote: "Such disobedience - which implies in practice the rejection of the Roman primacy - constitutes a schismatic act. ... The root of this schismatic act can be discerned in an incomplete and contradictory notion of Tradition" (emphases added) La comisión trabajó inicialmente con el Padre Josef Bisig para establecer la Fraternidad Sacerdotal de San Pedro y luego permaneció inactiva hasta el año 2000.
Papel del Cardenal Castrillón Hoyos Un cardenal comprensivo, Darío Castrillón Hoyos, presidente de la Pontificia Comisión Ecclesia Dei, se acercó a los obispos de la FSSPX durante la peregrinación y, según Monseñor Bernard Fellay, les dijo que el Papa estaba dispuesto a concederles una prelatura personal (una nueva estructura jurídica introducida por el Vaticano II; actualmente el Opus Dei es la única prelatura personal) o una administración apostólica (el estatus dado a los sacerdotes tradicionalistas de Campos, Brasil). So I told all these things to the Cardinal.... He spoke about an arrangement like that of Opus Dei, that is, a personal prelature (talk given by Bishop Bernard Fellay in Kansas City, Missouri on 5 March 2002 ). On an earlier occasion Bishop Fellay said that what was under consideration was not a personal prelature but an apostolic administration (Communicantes: August 2001 ). El liderazgo de la FSSPX respondió con desconfianza,The Superior General expressed his point of view, his distrust, his apprehension (Statement of Bishop Fellay to SSPX Members & Friends January 22, 2001 ) diciendo que Castrillón era vago sobre cómo se implementaría y mantendría la nueva estructura, y criticando el supuesto trato autoritario de la Santa Sede a la Fraternidad Sacerdotal San Pedro. "Rome’s failure to understand our position is such that if today we accepted their agreement, tomorrow we would have to undergo exactly the same treatment as Saint Peter’s Fraternity, which is muzzled, and being led where it does not want to go". See also. Pidieron dos "señales" preliminares antes de continuar las negociaciones: que la Santa Sede concediera permiso a todos los sacerdotes para celebrar la Misa Tridentina; y que se declare nula su declaración de que las consagraciones de 1988 habían tenido como resultado la excomunión de los clérigos involucrados.On January 16, there was another meeting with Cardinal Castrillon, during which the Superior General exposed the necessity of having guaranties from Rome before going ahead in the details of eventual discussions or an agreement: That the Tridentine Mass be granted to all priests of the entire world; That the censures against the Bishops be declared null (Statement of Bishop Fellay to SSPX Members & Friends January 22 2001 ); We thus did require these two signs, first the withdrawal of the decree of excommunication and, secondly, the permission for all the priests of the Latin rite, without distinction, to celebrate the traditional Mass. I believe these two steps would have been able to create a truly new climate in the universal Church ( Interview with Bishop Fellay, August 2001, Angelus magazine)
Carta de 2002 El cardenal Castrillón se negó a conceder entrevistas sobre el tema para «mantener la privacidad de los detalles de nuestro diálogo», aunque este silencio se rompió con la publicación posterior de su carta del 5 de abril de 2002 al obispo Bernard Fellay. Letter to Fellay Esta contenía el texto de un protocolo que resumía la reunión entre ambos, celebrada el 29 de diciembre de 2000. Este preveía una reconciliación basada en el protocolo Lefebvre-Ratzinger del 5 de mayo de 1988; las excomuniones de 1988 serían levantadas en lugar de ser declaradas nulas. A partir de 2003, los informes anuales de la Comisión Ecclesia Dei comenzaron a informar sobre el diálogo entre las autoridades vaticanas y la FSSPX, comenzando con "algunas reuniones de alto nivel y... un intercambio de correspondencia" en 2003,2003 edition of L'Attività della Santa Sede (), page 1097 continuando con "el diálogo a varios niveles... [y] reuniones, algunas de alto nivel" en 2004,2004 edition of L'Attività della Santa Sede (), page 1090 y conduciendo a un diálogo "algo mejorado" con "propuestas más concretas" en 2005.2005 edition of L'Attività della Santa Sede (), page 1168.
Bajo el Papa Benedicto XVI El año 2005 fue de gran importancia, ya que presenció la ascensión al papado de Benedicto XVI, quien había participado en las negociaciones de 1988 y se consideraba favorable al uso de la liturgia tridentina. En agosto de 2005, Benedicto XVI se reunió con el obispo Fellay durante 35 minutos, a petición de este último.Benedict and the Lefebvrites, John L. Allen Jr., Word From Rome, National Catholic Reporter, September 2, 2005. No hubo avances, pero ambas partes declararon que el ambiente era positivo. Se informó que la cuestión de la FSSPX fue uno de los temas de debate en las reuniones del Papa con cardenales y funcionarios de la Curia a principios de 2006.Pope, Curia to discuss reconciliation with SSPX, National Catholic Reporter, 24 March 2006
Summorum Pontificum En julio de 2007, el Papa emitió el Summorum Pontificum, que liberalizó las restricciones a la celebración de la Misa Tridentina. En una carta adjunta, escribió que deseaba ver «una reconciliación interior en el seno de la Iglesia» y «hacer todo lo posible para que todos aquellos que verdaderamente desean la unidad puedan permanecer en ella o alcanzarla de nuevo», presumiblemente en referencia a la FSSPX y otros tradicionalistas en disputa con Roma. Monseñor Bernard Fellay, si bien celebró la decisión del Papa, se refirió a «las dificultades que aún persisten» y afirmó que la FSSPX deseaba que el nuevo «clima favorable» permitiera, tras la revocación del decreto de excomunión que aún afecta a sus obispos, considerar con mayor serenidad las cuestiones doctrinales en disputa.
En abril de 2008, Monseñor Fellay publicó la Carta a los Amigos y Benefactores N° 72, informando a los fieles de la FSSPX que, a pesar del Summorum Pontificum y de los recientes documentos del Vaticano sobre el verdadero significado de la Lumen gentium y la evangelización, la Fraternidad aún no podía firmar un acuerdo con la Santa Sede, el cual no iba a tratar los errores doctrinales.
Dos meses después, tras una reunión celebrada en Roma entre ambos, el cardenal Castrillón Hoyos indicó cinco condiciones que la FSSPX debía cumplir como paso preparatorio para alcanzar la plena comunión.Conditions qui résultent de l'entretien du 4 juin 2008 entre le Cardinal Dario Castrillon Hoyos et l'Evêque Bernard Fellay. See also http://www.la-croix.com/illustrations/Multimedia/Actu/2008/6/25/vatican.rtf La Croix, 25 June 2008. El cardenal no pidió explícitamente la aceptación del Concilio Vaticano II como un verdadero Concilio Ecuménico ni la validez de la Misa de Pablo VI, asuntos sobre los que la Secretaría de Estado del Vaticano posteriormente dejó claro que se requiere un acuerdo para la unidad de doctrina.Note of the Secretariat of State, 4 February 2009 En la homilía que Fellay predicó en Lourdes para la peregrinación de la FSSPX, el 26 de octubre de 2008, respondió que las peticiones del Vaticano eran ambiguas. También lanzó una nueva Cruzada mundial del Rosario del 1 de noviembre a la Navidad de 2008. La primera de estas Cruzadas se llevó a cabo para pedir la liberalización de la Misa Tridentina. La segunda fue para rezar por la nulidad de las excomuniones de 1988.
Remisión de la excomunión Por decreto del 21 de enero de 2009 (Protocolo número 126/2009), emitido en respuesta a una nueva petición, de fecha 15 de diciembre de 2008, que Mons. Fellay hizo en nombre de los cuatro obispos que Lefebvre había consagrado el 30 de junio de 1988, el Prefecto de la Congregación para los Obispos, por el poder que le concedió expresamente el Papa Benedicto XVI, les condonó la excomunión automática en que habían incurrido por ello y expresó el deseo de que a esto le siguiera rápidamente la plena comunión de toda la Fraternidad San Pío X con la Iglesia, dando así testimonio, por la prueba de la unidad visible, de una verdadera lealtad y un verdadero reconocimiento del Magisterio y de la autoridad del Papa.Decree remitting the excommunication "latae sententiae" of the Bishops of the Society of St Pius X (January 21, 2009)
Una nota de la Secretaría de Estado, emitida el 4 de febrero de 2009, especificó que, si bien el levantamiento de la excomunión liberó a los cuatro obispos de una gravísima pena canónica, no modificó la situación jurídica de la Fraternidad San Pío X, que seguía careciendo de reconocimiento canónico en la Iglesia católica, y que los cuatro obispos seguían sin función canónica en la Iglesia ni ejercían legítimamente ningún ministerio en ella. La nota añadía que el futuro reconocimiento de la Fraternidad requería el pleno reconocimiento del Concilio Vaticano II y de las enseñanzas de los papas Juan XXIII, Pablo VI, Juan Pablo I, Juan Pablo II y Benedicto XVI, y reiteró la garantía dada en el decreto del 21 de enero de 2009 de que la Santa Sede estudiaría, junto con los implicados, las cuestiones aún no resueltas, a fin de alcanzar una solución plenamente satisfactoria de los problemas que dieron lugar a la escisión.Bulletin of the Press Office of the Holy See, 4 February 2009
El Papa Benedicto XVI confirmó esta postura en su motu proprio Ecclesiae unitatem del 2 de julio de 2009, donde declaró que, al levantar la excomunión de los cuatro obispos, «pretendía eliminar un impedimento que podría haber puesto en peligro la apertura de una puerta al diálogo e invitar así a los obispos y a la Fraternidad San Pío X a redescubrir el camino hacia la plena comunión con la Iglesia... la remisión de la excomunión fue una medida adoptada en el contexto de la disciplina eclesiástica para liberar a los individuos del peso de conciencia que constituye la más grave de las sanciones eclesiásticas. Sin embargo, las cuestiones doctrinales obviamente persisten y, hasta que se aclaren, la Fraternidad carece de estatus canónico en la Iglesia y sus ministros no pueden ejercer legítimamente ningún ministerio».
Charlas Fellay-Levada, 2009-2011 En 2009, el Papa Benedicto XVI encomendó a la Congregación para la Doctrina de la Fe, entonces presidida por el cardenal William Levada, la tarea de continuar el diálogo con la Fraternidad de San Pío X sobre cuestiones teológicas con la esperanza de alcanzar la reconciliación.Catholic World Report, "Vatican newspaper addresses traditionalist concerns" El equipo responsable del diálogo con la FSSPX en nombre de la Iglesia Católica incluía a Charles Morerod, ex Rector Magnífico y profesor de teología y filosofía de la Universidad Pontificia de Santo Tomás de Aquino, Angelicum.