thumb|El Jirón de la Unión fue la vía más importante de Lima durante la primera mitad del . La historia de la ciudad de Lima se puede rastrear hasta las culturas Miramar y Lima. La ciudad fue establecida en el valle del río Rímac en un área poblada por el señorío de Ichma y que luego tuvo presencia Inca. La ciudad fue refundada, 18 de enero de 1535 por Francisco Pizarro tomando el nombre «Ciudad de los Reyes». Se convirtió en capital del Virreinato del Perú y sede de una Real Audiencia en 1543. En el , la ciudad prosperó como centro de una extensa red comercial a pesar de los frecuentes terremotos y la amenaza de la piratería. Este auge llegó a su final en el a consecuencia del declive económico de Lima y de las reformas borbónicas.
La población limeña jugó un papel ambiguo en el proceso de independencia del Perú (1821-1824); la ciudad sufrió los desmanes de las fuerzas realistas y patriotas por igual. Tras la emancipación, Lima pasó a ser la capital de la República del Perú. Gozó de un corto periodo de prosperidad a mediados del , hasta su ocupación y saqueo a manos de tropas chilenas durante la guerra del Pacífico (1879-1883). Después de la guerra, se inició un período de expansión demográfica y renovación urbana. La población creció aceleradamente a partir de la década de 1940 como consecuencia de una fuerte migración desde las regiones andinas del Perú. Esto llevó a la proliferación de barrios periféricos conocidos como "pueblos jóvenes". Actualmente es la quinta ciudad más poblada de Sudamérica.
Etimología La teoría más aceptada es que el término Lima se deriva del nombre del valle por el discurre el río Rímac, que proviene del quechua y significa "hablador", motivo por el cual este río es también conocido por los limeños como el río Hablador. Este nombre le fue dado probablemente en la época de los incas, debido al fuerte ruido que hacen sus aguas en temporadas altas al chocar con las piedras del fondo. Y de su nombre procede el nombre de Valle de Lima, pronunciación con el que conocían los españoles el Valle del río Rímac, consecuentemente el nombre se extendió a la ciudad de Lima, que se denominaba solo Ciudad de los Reyes en la documentación virreinal. El nombre del Valle y el de la ciudad se pronunciaron de forma igual que el fruto del limero, palabra de origen persa para llamar al cítrico (limu) que pasó al árabe andalusí (limah) de donde lo tomó el castellano, y motivo por el que este fruto aparece como ornamento del escudo de la ciudad.
Cultura Miramar Al decaer la Cultura Chavín, las comunidades de la costa central del actual Perú se desarrolló la cultura Miramar ( a.C. al II d.C.) Esta etapa cultural es el antecedente inmediato de la cultura lima y se ubica en las postrimerías de la influencia Chavín y los inicios del Intermedio Temprano ( a II d.C.) Otras excavaciones realizadas en Miramar (cerca de Ancón) sacaron a la luz diversos ejemplares de cerámica con otra modalidad del estilo Blanco sobre Rojo, que fue bautizado como “estilo Miramar”. El estilo Blanco sobre Rojo, en Miramar, se impuso en la cerámica de los alfareros de todas las comunidades aldeanas de la costa central de Lima (valles de Chancay, Ancón [valle seco], Chillón, Rímac y Lurín). Las excavaciones han sacado a la luz restos de ollas casi globulares, con cuello corto, de abertura dilatada y casi convexa. También se encontraron platos, vasos, cántaros pequeños, etc. De esta etapa se conocen pequeñas aldeas de pescadores (Ancón) y de agricultores. Estos últimos ocupaban laderas aterrazadas de cerros al borde del valle. Las quebradas laterales tenían particular importancia pues recogían agua durante la temporada de lluvias. Un sistema de reservorios en Huachipa permitía almacenar agua. En Tablada de Lurín se han hallado extensos cementerios, de 20 a 50 hectáreas, que albergaban miles de entierros de esta época.
Por la década de 1920 Alfred Kroeber continuó los estudios en Cerro Trinidad, y tiempo después, William D. Strong y John M. Corbett encontraron restos de cerámica del estilo Blanco sobre Rojo en Pachacámac, más al sur, en el valle de Lurín. Fue Gordon Willey quien se encargó de fijar correctamente la secuencia cronológica de los estilos cerámicos hallados en Cerro Trinidad, colocando al estilo Blanco sobre Rojo como el más antiguo de esa parte de la costa central.
Cultura Lima (100-650 d. C.) Lima es una cultura arqueológica del Antiguo Perú que se desarrolló en la Costa central, en la actual provincia epónima, entre los años 100 y los 650 de la era cristiana, durante el período Intermedio Temprano e inicios del Horizonte Medio. Es coetánea con las culturas Moche, Nasca, Recuay y Huarpa. Se conoce a la cultura lima por sus edificios hechos con pequeños adobes hechos a mano y así como su fina y policroma cerámica decorada con motivos geométricos. La cultura lima se desarrolló fundamentalmente en los valles de los ríos Chillón, Rímac y Lurín, situados en la costa central del Perú. Estos tres valles (incluyendo el valle seco de Ancón) tienen caracteres comunes que les confieren unidad geográfica.
Cultura Ichma (1100-1469 d. C.)(Rostworowski, 1989: 71, 1992: 77) El Reino ichma estaba ubicado al sur de Lima, Perú, en el valle del río Lurín; luego se extendió hacia el norte en el valle del río Rímac.Conlee et al., "Late Prehispanic sociopolitical complexity", p. 218. La cultura ichma se formó alrededor del 1100d.C. luego de la desintegración del Imperio Wari.
A pesar de ocupar un desierto, los habitantes de Ichma tenían un alto nivel de vida, gracias a su experiencia en idear múltiples canales de riego hasta donde alcanzaban las aguas del río, para dar vida a un extenso huerto y bosques. El valle de estos 3 ríos y sus alrededores estaba ocupado por una serie de edificaciones de distintas épocas construidas en adobe, barro y piedra asociadas al sistema de irrigación de los valles;Conlee et al, "Late Prehispanic sociopolitical complexity", pp. 220-221. al día de hoy existen aproximadamente 500 de esos restos (comúnmente llamadas "huacas") en formas de pirámides, plataformas y más, dispersos por la ciudad.
Este sistema de señorío preinca luego fue absorbido por el Imperio Inca y reorganizado como wanami (provincia). Para los incas se conocía como Pachakamaq (Pachacamac), en lugar de su nombre original de Ichma. La autonomía Ichma duró hasta alrededor de 1469 cuando fueron absorbidos por el Imperio Inca.
Época inca En el , los incas conquistaron la región, ocuparon algunos de estos sitios y además erigieron sus propios edificios públicos en sitios como Pachacámac de origen wari.
Taulichusco, llamado el Viejo, fue un curaca inca que administró parte del valle del río Rímac a mediados del siglo. Según testimonios de indígenas recogidos por las autoridades virreinales, Taulichusco era "yanacona y criado de Mama Vilo, mujer de Huayna Cápac". Su nombre, proveniente del quechua, significaría en español "cuatro pueblos" o "parcialidades". Sus dominios se extendían por una parte del fértil valle del río Rímac, un paraje lleno de huertos y árboles frutales. Comandaba un ejército de 3,000 soldados. Su residencia estaba ubicada en el solar donde luego se levantó la Casa de Pizarro, actual sede del gobierno peruano, un lugar estratégico porque era un nudo de control de las acequias que distribuían el agua para las huertas del valle.No opuso resistencia a los españoles y les recibió con hospitalidad, ofreciéndoles regalos y viandas, incluso colaboró con ellos. En ese tiempo, debido a su avanzada edad, cogobernaba el territorio junto a su hijo Guachinamo. Se fue a vivir a la localidad de Chuntay (posterior parroquia de San Sebastián, sector oeste del centro histórico) y luego en la Bendita Magdalena de Chacalea (posterior centro del distrito de Magdalena Vieja), donde falleció entre 1562 y 1576.Su nieto, Gonzalo Taulichusco, fue cacique de la doctrina de indios de Santa María Magdalena, germen del limeño distrito de Pueblo Libre.
Fundación de la Ciudad de los Reyes miniaturadeimagen|Fundación de Lima. Óleo sobre tela de José Effio (1845-1920) en el Museo Nacional de Antropología, Arqueología e Historia del Perú. La Corona Española había nombrado a Pizarro gobernador,Hemming, The conquest, p. 28. éste emprendió la búsqueda de un lugar adecuado para establecer la futura sede de la gobernación de Nueva Castilla.
Su primera elección fue la ciudad de Jauja, sin embargo, esta ubicación fue considerada inconveniente por su altitud y su lejanía del mar al estar situada en medio de los Andes.Hemming, The conquest, pp. 140, 145. Exploradores españoles dieron cuenta de un mejor lugar en el valle del Rímac, cerca del océano Pacífico, con abundantes provisiones de agua y madera, extensos campos de cultivo y un buen clima. Se trataba del pueblo de Rimac (pronunciado por los Yungas como Limac), habitado aproximadamente por 20 000 habitantesFernandez, J. (productor). (2013), Sucedió en el Perú (serie documental). Lima, Perú: TV Perú. y ubicado en territorios del curaca de Rímac, Taulichusco, en la que sería la Plaza Mayor de Lima.
El rey Carlos I de España dictó en 1523 las Ordenanzas para la fundación de ciudades en el nuevo mundo. En ellas se señalaba que, luego de trazado el plano de la ciudad por fundarse, este debía ser repartido a cordel y regla en forma de cuadrícula desde la localización de la plaza Mayor de tal forma que la ciudad siempre pueda expandirse.
Pizarro, como era costumbre entre los españoles, fundó su nueva capital sobre una ciudad ya existente, en la mañana del 18 de enero de 1535 con el nombre de Ciudad de los Reyes.Klarén, Peru, p. 39. Francisco Pizarro, conforme a la práctica plantó, en el centro del solar destinado a ser plaza mayor, el rollo o picota. Pizarro junto con Nicolás de Ribera, el capitán Diego de Agüero y el piloto Francisco Quintero trazaron la cuadrícula de la ciudad, las calles y manzanas. Cada manzana contaba con cuatro lotes. Pizarro, aprovechando su condición de fundador y gobernador se adjudicó la manzana entera ubicada en el lado norte de la plaza, entre ésta y el río Rímac. El lote norte del lado oriental de la plaza fue destinada a la vivienda del sacerdote, el lote sur de ese mismo lado a la construcción de la iglesia y el lote norte del lado occidental fue destinado a servir de ayuntamiento, repartiéndose las demás manzanas.
El historiador y sacerdote Bernabé Cobo señaló con respecto a la plaza Mayor:
Así, según la costumbre española, se asignaron a la iglesia y al cabildo los solares más cercanos a la plaza, luego se procedió a repartir los solares entre los vecinos de la ciudad de Jauja, que fue fundada como la primera capital de estos territorios, y los demás conquistadores, habiéndose realizado la distribución de acuerdo con el plano de la ciudad, denominado Damero de Pizarro, delineado, en pergamino y después a cordel, por Nicolás de Ribera y Laredo, el capitán Diego de Agüero y el piloto Francisco Quintero, quienes la dividieron en ciento diecisiete manzanas, cada una con cuatro solares o terrenos que Francisco Pizarro asignó a sus hombres de acuerdo con la jerarquía que tenían.Pizarro se adjudicó los cuatro solares que formaban la manzana ubicada al norte de la plaza, es decir toda la séptima manzana de la hilera contigua al río Rímac. La casa del gobernador fue sencilla y sin ningún alarde de arquitectura.Al poco tiempo de fundada, los antiguos pobladores de Lima fueron trasladados a Chuntay que se ubicaba en donde actualmente se encuentra la iglesia de San Sebastián..
En agosto de 1536, la recién fundada ciudad fue sitiada por las tropas de Manco Inca, hijo de Huayna Cápac y de la ñusta Mama Runtu. Los españoles y sus aliados nativos, encabezados por el propio Pizarro, derrotaron a los sitiadores.Hemming, The conquest, pp. 203-206. El 3 de noviembre de 1536, la Corona Española reconoció la fundación y el 7 de diciembre de 1537, el emperador Carlos I de España confirió un escudo de armas a la ciudad.