Las persecuciones contra la Iglesia católica tuvieron lugar durante el papado del Papa Pío XII (1939-1958). El reinado de Pío coincidió con la Segunda Guerra Mundial (1939-1945), seguida del inicio de la Guerra Fría y la acelerada descolonización europea. Durante su papado, la Iglesia católica se enfrentó a la persecución de los gobiernos Fascista y Comunista.
La persecución nazi contra la Iglesia tuvo su punto álgido en la Polonia ocupada. La derrota del fascismo al final de la Segunda Guerra Mundial puso fin a una serie de persecuciones, pero fortaleció la posición del comunismo en todo el mundo, intensificando otra serie de persecuciones, especialmente en Europa Oriental, la URSS y, más tarde, la República Popular China. La Iglesia católica sufrió ataques en todos los países gobernados por el comunismo y perdió la mayor parte de su existencia en Albania, Bulgaria, Yugoslavia, Rumanía, China comunista y la Unión Soviética (incluidas Estonia, Letonia y Lituania). Persecuciones fascistas La Iglesia católica fue reprimida por la Alemania nazi a partir de la firma por parte de la Santa Sede de un concordato (Reichskonkordat) con la Alemania nazi en 1933, con la esperanza de proteger los derechos de los católicos bajo el gobierno nazi. Los nazis violaron los términos del concordato. Las persecuciones nazis también fueron adoptadas en diversos grados por los aliados nazis y los regímenes títeres durante la Segunda Guerra Mundial (1939-1945). La Iglesia católica en Alemania fue sistemáticamente reprimida por los nazis y la persecución fue más severa en la Polonia ocupada por los nazis, donde las iglesias, seminarios, monasterios y conventos fueron sistemáticamente cerrados y miles de sacerdotes y monjas fueron asesinados, encarcelados o deportados.
Según John Cornwell, la Iglesia se enfrentó a un dilema: transigir con los gobiernos para mantener una estructura con la que sobrevivir, o resistir o enfrentarse y arriesgarse a la aniquilación.Cornwell 333 Para salvar a sus fieles, la Santa Sede intentó ambas cosas en distintos momentos. Persecuciones nazis Alemania La Iglesia católica había sido una de las principales opositoras al ascenso del Partido Nacionalsocialista Obrero Alemán durante los años veinte y principios de los treinta. Al tomar el poder en 1933, y a pesar del Concordat que firmó con la Iglesia prometiendo lo contrario, el gobierno nazi de Adolf Hitler comenzó a reprimir a la Iglesia católica como parte de una política general de eliminar las fuentes de autoridad rivales. Los nazis arrestaron a miles de miembros del Partido del Centro Católico alemán, así como a clérigos católicos, y cerraron escuelas e instituciones católicas. A medida que el Tercer Reich se expandía, miles de sacerdotes católicos más fueron encarcelados o asesinados y las instituciones católicas disueltas por los nazis.
Según el biógrafo de Hitler Alan Bullock, Hitler era un "hombre que no creía ni en Dios ni en la conciencia ('una invención judía, una mancha como la circuncisión')".Alan Bullock; Hitler, a Study in Tyranny; HarperPerennial Edition 1991; p216 Bullock escribió: Hitler pensaba que las enseñanzas católicas, llevadas a su conclusión, "significarían el cultivo sistemático del fracaso humano".Alan Bullock; Hitler, un estudio sobre la tiranía; HarperPerennial Edition 1991; p218 Bullock añade que "una vez terminada la guerra, [Hitler] se prometió a sí mismo, erradicaría y destruiría la influencia de las iglesias cristianas, pero hasta entonces sería circunspecto":Alan Bullock; Hitler, un estudio sobre la tiranía; HarperPerennial Edition 1991; p219
Alfred Rosenberg fue el redactor original y portavoz del programa del Partido Nazi e ideólogo oficial del Partido Nazi. Era un antisemita rabioso y anticatólico. En su obra el "El mito del siglo XX", publicado en 1930, Rosenberg proponía sustituir el cristianismo tradicional por el neopagano "mito de la sangre":
Rosenberg y el lugarteniente de Hitler Martin Bormann colaboraron activamente en el programa nazi para eliminar la influencia de la Iglesia, un programa que incluía la abolición de los servicios religiosos en las escuelas, la confiscación de propiedades religiosas, la distribución de material antirreligioso a los soldados y el cierre de las facultades de teología.
El gobierno nazi cerró publicaciones católicas, disolvió la Liga de la Juventud Católica y acusó a miles de sacerdotes, monjas y líderes laicos de cargos falsos. La Gestapo violó la inviolabilidad del confesionario para obtener información. Erich Klausener, presidente de Acción Católica en Alemania, pronunció un discurso ante el Congreso Católico en junio de 1934, criticando al gobierno. Fue asesinado a tiros en su despacho en la Noche de los cuchillos largos del 30 de junio. Todo su personal fue enviado a campos de concentración. Se cerraron las guarderías de la Iglesia, se retiraron los crucifijos de las escuelas, se clausuró la prensa católica y se restringieron los programas católicos de asistencia social porque ayudaban a los "racialmente inadaptados".
Muchos clérigos alemanes fueron enviados a campos de concentración por oponerse a las autoridades nazis o, en algunas regiones, simplemente por su fe. Muchos laicos católicos también pagaron con su vida su oposición. Las SS expropiaron más de 300 monasterios y otras instituciones.
El papa publicó dos encíclicas oponiéndose a las políticas de Mussolini y Hitler: Non abbiamo bisogno en 1931 y Mit brennender Sorge en 1937. La Iglesia católica condenó oficialmente la teoría nazi del racismo en Alemania en 1937 con la encíclica "Mit brennender Sorge", firmada por el Papa Pío XI. Introducida de contrabando en Alemania para evitar la censura previa y leída desde los púlpitos de todas las iglesias católicas alemanas, condenaba la ideología naziFrattini, p. 230 como "insensata y arrogante". Denunciaba el mito nazi de "sangre y tierra", censuraba el neopaganismo del nazismo, su guerra de aniquilación contra la Iglesia y describía al Führer como un "profeta loco poseído de una arrogancia repulsiva". Fue escrito en parte como respuesta a las Leyes de Núremberg y a la persecución de la Iglesia.
Tras el estallido de la Segunda Guerra Mundial, la Santa Sede bajo el mandato del Papa Pío XII siguió una política de neutralidad. La Santa Sede abogó por la paz y se pronunció contra el racismo, el nacionalismo egoísta, las atrocidades en Polonia, el bombardeo de civiles y otras cuestiones.Reflexiones de la Encyclopædia Britannica sobre el Holocausto: Pío XII - La Segunda Guerra Mundial y el Holocausto El Papa permitió que las jerarquías nacionales evaluaran y respondieran a sus situaciones locales, pero estableció el Servicio de Información del Vaticano para proporcionar ayuda a miles de refugiados de guerra, y salvó otros miles de vidas dando instrucciones a la iglesia para que proporcionara ayuda discreta a los judíos.
Polonia thumb|upright|Edith Stein y Maximiliano Kolbe, vidrieras de Alois Plum en Kassel. Los dos santos fueron asesinados como prisioneros de los nazis en Auschwitz. Según Norman Davies, el terror nazi fue "mucho más feroz y prolongado en Polonia que en cualquier otro lugar de Europa". La ideología nazi consideraba a los "polacos" étnicos -la mayoría étnica mayoritariamente católica de Polonia- como "infrahumanos". Tras la invasión de Polonia occidental en 1939, los nazis instigaron una política de genocidio contra la minoría judía de Polonia y de asesinato o supresión de las élites étnicas polacas, incluidos los líderes religiosos. En 1940, Hitler proclamó: "Los polacos sólo pueden tener un amo: un alemán. No pueden coexistir dos amos, y por eso hay que matar a todos los miembros de la Polish intelligentsia"Museo Conmemorativo del Holocausto de Estados Unidos: Polacos: Víctimas de la era nazi
La Iglesia Católica fue brutalmente reprimida en Polonia. Entre 1939 y 1945, unos 3.000 miembros (18%) del clero polaco fueron asesinados; de ellos, 1.992 murieron en campos de concentración.Craughwell, Thomas J., The Gentile Holocaust Catholic Culture, consultado el 18 de julio de 2008 Durante la invasión de 1939, escuadrones de la muerte especiales de las SS y la policía detuvieron o ejecutaron a quienes se consideraba capaces de resistirse a la ocupación, incluidos profesionales, clérigos y funcionarios del gobierno. El verano siguiente, la A-B Aktion (Operación Extraordinaria de Pacificación) de las SS detuvo a varios miles de intelectuales polacos y fusiló a muchos sacerdotes en el sector del Gobierno General.
Históricamente, la Iglesia había sido una fuerza destacada en el nacionalismo polaco contra la dominación extranjera, por lo que los nazis se centraron en el clero, los monjes y las monjas en sus campañas de terror. El trato fue más severo en las regiones anexionadas, donde las iglesias se cerraron sistemáticamente y la mayoría de los sacerdotes fueron asesinados, encarcelados o deportados. Se cerraron seminarios y conventos.
El ochenta por ciento del clero católico y cinco obispos de Warthegau fueron enviados a campos de concentración en 1939, donde murieron 1.992 clérigos polacos a lo largo del periodo; 108 de Warthegua son considerados mártires beatos. Alrededor de 1,5 millones de polacos fueron transportados para realizar trabajos forzados en Alemania. Tratados como inferiores racialmente, tenían que llevar la P púrpura cosida en la ropa; las relaciones sexuales con polacos se castigaban con la muerte. Además del genocidio de los judíos polacos, se calcula que entre 1,8 y 1,9 millones de civiles polacos fueron asesinados durante la ocupación alemana y la guerra.
En otros lugares Durante la ocupación nazi de los Países Bajos, los obispos holandeses condenaron el secuestro de judíos por parte de los nazis. Los nazis tomaron represalias con una serie de medidas represivas.http://www.yadvashem.org/odot_pdf/Microsoft%20Word%20-%20684.pdf Muchos católicos participaron en huelgas y protestas contra el trato a los judíos, y los nazis ofrecieron eximir a los conversos y a los judíos casados con no judíos si cesaban las protestas. La Vieja Iglesia Católica de los Países Bajos y otros católicos se negaron a acceder y los nazis comenzaron una redada de todos los católicos étnicamente judíos. Unos 40 000 judíos fueron ocultados por la Iglesia holandesa y 49 sacerdotes asesinados en el proceso. Entre los católicos de los Países Bajos secuestrados de esta manera se encontraba Santa Edith Stein, que fue asesinada en Auschwitz. Persecuciones japonesas La expansión del Japón Imperial por Asia-Pacífico a partir de 1941 estuvo acompañada de muchas atrocidades contra misioneros, clérigos, monjas y laicos católicos. El Japón imperial había desarrollado el Sintoísmo estatal como religión imperial y promovía la noción del divinidad del Emperador. La propaganda japonesa identificaba a los católicos con la dominación europea, especialmente entre la pequeña comunidad católica del propio Japón, pero también entre las comunidades asiáticas más grandes de Timor Oriental, Corea, Indochina Francesa, Indias Orientales Holandesas, Filipinas, Singapur, Hong Kong, Papúa Australiana, Nueva Guinea Australiana y otros lugares.
En Filipinas, de mayoría católica, sacerdotes y seminaristas fueron internados. Los cinco sacerdotes Columbanos asesinados en Malate son recordados como los Mártires de Malate.