300px|thumb|right|La Iglesia de San Vital en Rávena, consagrada en el año 547, combina elementos occidentales y bizantinos. El papado bizantino fue un periodo de dominación bizantina del papado romano desde el año 537 hasta el 752, en el que los papas requerían la aprobación del emperador bizantino para la consagración episcopal, y muchos papas eran elegidos entre los apocrisiarii (enlaces del papa con el emperador) o los habitantes de Grecia, Siria o Sicilia, gobernados por los bizantinos. Justiniano I conquistó la península itálica en la Guerra Gótica (535-554) y nombró a los tres papas siguientes, una práctica que continuarían sus sucesores y que más tarde se delegaría en el Exarcado de Rávena.
Con la excepción de Martín I, ningún papa de este periodo cuestionó la autoridad del monarca bizantino para confirmar la elección del obispo de Roma antes de que se produjera la consagración; sin embargo, los conflictos teológicos eran habituales entre el papa y el emperador en ámbitos como el monotelismo y la iconoclasia.
Los griegos de Grecia, Siria y Sicilia sustituyeron a los miembros de la poderosa nobleza romana en la silla papal durante este periodo. Roma bajo los papas griegos constituía un «crisol» de tradiciones cristianas occidentales y orientales, que se reflejaba tanto en el arte como en la liturgia.
Historia Orígenes (534-638) thumb|left|150px|La Columna de Focas, el único monumento público existente erigido en la Roma del siglo VII por los bizantinos. Después de su invasión de Italia durante la Guerra Gótica (535-554), el emperador Justiniano I obligó al papa Silverio a abdicar e instaló en su lugar al papa Vigilio, un antiguo apocrisiario de Constantinopla; Justiniano nombró a continuación al papa Pelagio I, celebrando únicamente una «falsa elección» para sustituir a Vigilio; después, Justiniano se contentó con limitarse a la aprobación del papa, como ocurrió con el papa Juan III tras su elección. Los sucesores de Justiniano continuarían esta práctica durante más de un siglo.
Aunque las tropas bizantinas que capturaron Italia se llamaban a sí mismas romanas, muchos habitantes de la ciudad sentían una profunda desconfianza hacia los griegos y, en general, hacia la influencia helenística. En poco tiempo, los ciudadanos de Roma solicitaron a Justiniano que revocara a Narsés (que capturó Roma en el 552), declarando que preferían seguir siendo gobernados por los godos. El sentimiento anti bizantino también se podía encontrar en toda la península italiana, y la recepción de la teología griega en los círculos latinos era más variada.
El poder continuado de nombramiento del emperador bizantino puede verse en la leyenda del papa Gregorio I escribiendo a Constantinopla, pidiéndoles que rechazaran su elección. El papa Bonifacio III emitió un decreto denunciando el soborno en las elecciones papales y prohibiendo la discusión de los candidatos durante los tres días posteriores al funeral del papa anterior; después, Bonifacio III decretó que el clero y los «hijos de la Iglesia» (es decir los nobles clásicos), deberían reunirse para elegir un sucesor, cada uno votando según su conciencia. Esto redujo el faccionalismo en las cuatro sucesiones siguientes, cada una de las cuales resultó en elecciones rápidas y con la aprobación imperial.
El prestigio de Gregorio I aseguró una incorporación gradual de la influencia oriental, que mantuvo el carácter distintivo de la iglesia romana; los dos sucesores de Gregorio fueron elegidos entre sus antiguos apocrisiarii en Constantinopla, en un esfuerzo por ganar el favor de Focas, cuya disputada reclamación al trono Gregorio había respaldado con entusiasmo. El papa Bonifacio III era muy probablemente de origen griego, lo que le convertía en el «oriental en el trono papal» en el año 607 —muchos autores consideran incorrectamente al papa Teodoro I, que reinó del 642 al 649, como el primer papa oriental del papado bizantino—. Bonifacio III consiguió una proclamación imperial en la que se declaraba a Roma como «cabeza de todas las iglesias» —reafirmando el nombramiento de Justiniano I de que el papa era «el primero de todos los sacerdotes»—, un decreto con el que el emperador Focas pretendía tanto humillar al Patriarca de Constantinopla como exaltar al papa.
Focas hizo erigir una estatua dorada de sí mismo sobre una columna monumental en el Foro Romano tres semanas después de la consagración de Bonifacio III, y en el 609 por iussio autorizó la conversión del Panteón en una iglesia cristiana, el primer templo pagano convertido de este modo. El propio Bonifacio III intentó superar los esfuerzos de Focas por cristianizar el lugar, recogiendo veinticuatro carros de huesos de mártires de las catacumbas de Roma para consagrarlos en el templo. Un sínodo del año 610 dictaminó que los monjes podían ser miembros de pleno derecho del clero, una decisión que aumentaría masivamente las hordas de monjes griegos que estaban a punto de huir a Roma mientras los eslavos conquistaban gran parte de la costa de los Balcanes. En esta época, Salona en Dalmacia, Justiniana Prima en Iliria, la Grecia peninsular, el Peloponeso y Creta estaban bajo la jurisdicción eclesiástica de Roma, y Constantinopla era uno de «los últimos lugares a los que se podía acudir en busca de refugio a principios del siglo VII».
Otra oleada de refugiados monásticos, que traían consigo diversas controversias cristológicas, llegó a Roma cuando el Imperio sasánida asoló las posesiones bizantinas orientales. Las siguientes conquistas musulmanas del invirtieron, en efecto, la «avalancha de ascetas hacia Oriente» y la «fuga de cerebros de las emigraciones ascéticas a Tierra Santa» que siguieron a las invasiones góticas de 408-410. Aunque los monjes emigrantes eran relativamente pequeños en número, su influencia fue inmensa:
Conflicto del monotelismo (638-654) Se consideraba obligatorio que un papa electo buscara la confirmación de su nombramiento en Constantinopla antes de la consagración, lo que a menudo provocaba retrasos muy largos (Sabiniano: 6 meses; Bonifacio III: 1 año; Bonifacio IV: 10 meses; Bonifacio V: 13 meses), debido a la dificultad de los viajes, la burocracia bizantina y los caprichos de los emperadores. Las disputas eran a menudo teológicas; por ejemplo, Severino no fue consagrado hasta 20 meses después de su elección debido a su negativa a aceptar el monotelismo, muriendo unos meses después de haber recibido finalmente el permiso para ser consagrado en el año 640. Cuando el papa griego Teodoro intentó excomulgar a dos patriarcas de Constantinopla por apoyar el monotelismo, las tropas imperiales saquearon el tesoro papal del Palacio de Letrán, arrestaron y exiliaron a la aristocracia papal en la corte imperial y profanaron el altar de la residencia papal en Constantinopla.
Teodoro era greco-palestino, hijo del obispo de Jerusalén, elegido por su capacidad para combatir las diversas herejías procedentes de Oriente en su lengua materna. Como resultado de la capacidad de Teodoro para debatir con sus adversarios en su propia lengua, «nunca más el papado sufriría el tipo de vergüenza que había resultado del negligencia lingüística de Honorio». Teodoro tomó la medida casi sin precedentes de nombrar a Esteban de Dor como vicario apostólico por Palestina, con la intención de deponer a los obispo monotelistas sucesores de Sergio de Joppé. La deposición del patriarca Pirro por parte de Teodoro aseguró que «Roma y Constantinopla estaban ahora en cisma y en guerra abierta» sobre la cristología que caracterizaría al imperio cristiano. Un papa griego que excomulgaba al Patriarca resultó sin duda un «espectáculo angustioso» para los emperadores que pretendían restaurar la unidad religiosa. La audacia de Teodoro lo atestigua:
thumb|180px|El papa Martín I fue secuestrado por Constante II y murió en el exilio. El sucesor de Teodoro, el papa Martín I, insistió en ser consagrado inmediatamente sin esperar la aprobación imperial, y fue —tras un retraso debido a la revuelta de Olimpo, el exarca de Rávena secuestrado por las tropas imperiales en Constantinopla, declarado culpable de traición y exiliado a Crimea, donde murió en el 655. Aunque el principal delito de Martín I fue la promoción del Concilio de Letrán de 649, el propio concilio fue un «asunto manifiestamente bizantino» en virtud de sus participantes e influencias doctrinales —en particular su dependencia del florilegio—. El estatus ecuménico del concilio nunca fue reconocido, lo que consolidó la idea de que la convocatoria de concilios ecuménicos era una prerrogativa imperial. A los cuatro años de la clausura del concilio, tanto Martín I como Máximo el Confesor fueron arrestados y juzgados en Constantinopla.
Según Eamon Duffy, «uno de los peores elementos del sufrimiento de Martín fue saber que, mientras él vivía, la Iglesia romana se había plegado a los mandatos imperiales y había elegido un nuevo papa», el papa Eugenio I. Según Ekonomou, «los romanos estaban tan dispuestos a olvidar al papa Martín como Constante II se sintió aliviado al verlo trasladado a la remota orilla norte del Mar Negro». Treinta años después, el Concilio de Constantinopla III —Sexto Concilio Ecuménico— reivindicaría la condena del monotelismo por parte del concilio, pero no antes de que el sínodo «inaugurara el período del "intermezzo griego" de Roma».
Reconciliación (654-678) Los habitantes tanto de Oriente como de Occidente se habían «cansado de las décadas de guerra religiosa», y el arresto de Martín I contribuyó en gran medida a disipar la «fiebre religiosa de los súbditos italianos del imperio». El acercamiento dentro del imperio se consideraba fundamental para combatir la creciente amenaza lombarda y árabe, por lo que ningún papa «volvió a referirse a Martín I» durante setenta y cinco años. Aunque el malestar romano por elegir un sucesor mientras vivía Martín I y el deseo bizantino de castigar a Roma por el concilio hicieron que la sede vacante inmediata durara catorce meses, los siete papas siguientes se mostraron más conformes con Constantinopla y lo aprobaron sin demora, pero el papa Benedicto II se vio obligado a esperar un año en el 684, tras lo cual el emperador consintió en delegar la aprobación en el exarca de Rávena. El exarca, que invariablemente era un griego de la corte de Constantinopla, tenía la facultad de aprobar la consagración papal desde la época de Honorio I.