thumb|275px|Ubicación de Guinea Ecuatorial en el continente africano.
La historia de Guinea Ecuatorial se asienta sobre las raíces de reinos tribales medievales de escasa organización, surgidos por la influencia de estructuras protoestatales más avanzadas que se desarrollaron paralelamente en la zona: el Imperio oyo, el Reino de Dahomey, el Reino de Benín, el Reino de Loango, el Reino del Congo, el reino benga de la isla Mandj (luego llamada Corisco), la organización de los clanes bubi de la isla de Bioko y las villas-estado de los clanes bubi de la isla de Bioko y las villas-estado de los clanes fang de la parte continental.
Existe la posibilidad de que la zona del golfo de Guinea fuera visitada por Hannón el Navegante, un general cartaginés que realizó un viaje bordeando las costas de África hacia finales del o comienzos del
Período precolonial Etnias de Río Muni 275px|miniaturadeimagen|Lenguas africanas de Guinea Ecuatorial y su entorno.
La parte continental del territorio de Guinea Ecuatorial, conocida como Río Muni (Mbini), y actualmente dividida en 4 provincias (Litoral, Centro Sur, Kié-Ntem y Wele-Nzas) fue poblada desde tiempos mucho más antiguos que las islas. Todos los pueblos históricos conocidos de estos territorios son pueblos bantúes aunque pertenecen a ramas de la familia lingüística bantú, lo cual sugiere una historia compleja de poblaciones, repoblaciones y desplazamientos entre pueblos. La principal etnia es la de los fang que ocupan la región más interior y cuya lengua, el idioma fang, es una variedad dialectal del beti y es actualmente el grupo étnico mayoritario en Guinea Ecuatorial. Otros grupos étnicos localizados básicamente sobre la costa son:
los molengues (grupo kele) Pueblos que hablan lenguas sawabantúes, cuyo origen parece ser la costa de Camerún. Entre estos grupos se encuentran: los ndowés que hablan kombe o ngumbi. los batangas, cuya lengua el noho. los bengas cuya lengua el benga. los ngumba, los kwasio, los gyele y los mabi, todos ellos hablan kwasio (grupo makaa-njem) que parecen proceder del sureste de Camerún.
Edad del Hierro en la isla de Corisco Durante la Edad del Hierro (50 a.C. - 1400 d.C.) la isla de Corisco fue colonizada densamente. La prueba más importante de la ocupación humana proviene de la zona de Nandá, cerca de la costa oriental de la isla, donde se han excavado decenas de enterramientos prehistóricos.Digital.CSIC: Arqueología en el Estuario del Muni (Guinea Ecuatorial) Estos hallazgos pertenecen principalmente a dos períodos diferentes: Edad del Hierro (50 a. C. - 450 d. C.) y Edad del Hierro Media (1000-1150 d. C.). Durante el primer período, los habitantes isleños depositaron, por ejemplo, montones de huesos humanos y objetos de hierro (hachas, brazaletes, lanzas, cucharas, moneda de hierro) en pozos poco profundos excavados en la arena. Se han documentado tumbas de enterramientos rituales del segundo período. En 2011 una serie de excavaciones en una zona de enterramientos de inicios de la Edad del Hierro en Corisco descubrieron la que es la mayor necrópolis prehistórica del África centro-occidental. Fueron descubiertos en las tumbas: ajuares cerámicos y metálicos, abundantes hachas, collares, brazaletes y lingotes-monedas.
La isla fue aparentemente abandonada hacia el . Después de más de tres siglos de abandono, durante el cual visitaron la isla esporádicamente marineros europeos y africanos, Corisco fue ocupada de nuevo permanentemente por clanes del pueblo benga, que se extendía hasta allí desde la zona costera del río Muni en la segunda mitad del , atraídos por las perspectivas de comercio con los navegantes europeos.
Poblamiento humano de la isla de Bioko Con respecto al poblamiento humano de la principal isla de la actual Guinea Ecuatorial, Bioko, se produjo entre los V y VI d. C. aproximadamente, por pequeñas expediciones desde diferentes puntos de la costa del Golfo, y configurando con el tiempo un grupo sociocultural diferenciado de sus orígenes bantú, los clanes bubi. Dentro de la mitología popular ha pervivido el nombre de Momiatú como el legendario líder de los primeros establecimientos. La estructura de clanes que se irá configurando con el paso del tiempo mantendrá unas regulares pero débiles comunicaciones con el continente. La isla recibió el nombre de Etulá por parte de los antiguos colonos bubis.Datos sobre la prehistoria en las costas de Guinea, artículo de varios autores con datos sobre la prehistoria de Bioko.
Dominio portugués (1471 - 1777)
Fueron navegantes portugueses los primeros europeos que con certeza exploraron el golfo de Guinea en 1471. Ese año, el portugués Fernão do Pó (que buscaba una ruta hacia la India) situó la isla de Bioko en los mapas europeos. La bautizó "Formosa" (hermosa). Sin embargo, pronto fue conocida por el nombre de su descubridor.
Hacia 1493, don Juan II de Portugal añadió a la serie de sus títulos reales el de Señor de Guinea y primer Señor de Corisco. Los portugueses iniciaron la colonización las islas de Bioko, Annobón y Corisco en 1494, las cuales se convirtieron en "factorías" o puestos para el tráfico de esclavos.
A principios del (1507), el portugués Ramos de Esquível realizó un primer intento de colonización en la isla de Bioko. Estableció una factoría en Riaba y desarrolló las plantaciones de caña de azúcar, pero la hostilidad del pueblo insular bubi y las enfermedades pusieron fin rápidamente a esta experiencia. El clima lluvioso de la isla, la humedad extrema y los cambios de temperatura acabaron con la vida de la mayoría de los colonos europeos a las pocas semanas, y pasarían siglos hasta el próximo intento de establecer una colonia.
Con la llegada del explorador portugués Fernando Poo la vida de los nativos bubis cambió drásticamente. Algunas fuentes afirman que hasta un 80 % de los bubis murieron por las enfermedades traídas por lo europeos. Otras fuentes sugieren que la tasa de mortalidad tan alta es el resultado de un genocidio. Durante varios siglos los europeos trataron de penetrar en la isla de Bioko. Sin embargo, se encontraron con una gran resistencia y un supuesto salvajismo por parte de los bubis. Un comerciante de la colonia brandemburguesa de Costa de Oro escribió "La isla de Fernando Pó está habitada por un pueblo salvaje y cruel", y que los europeos no se atrevían a desembarcar en sus playas por temor a ataques sorpresa de los nativos armados con arcos; los ataques a exploradores y colonos eran un fenómeno común en esta época. De hecho, los bubis tenían una jerarquía social que dependía en gran medida de cuántos rivales había matado un hombre sigilosamente o mediante subterfugios. Debido a esto los bubis no fueron conquistados por el imperialismo europeo hasta comienzos del .From slaving to neoslavery: the bight of Biafra and Fernando Po in the era of abolition, 1827-1930; I. K. Sundiata; Univ of Wisconsin Press, 1996; , ; p. 4. Liderados por sus reyes, los bubis eran conscientes del comercio de esclavos en la región y, durante siglos, se mantuvieron fuera del alcance de los extranjeros. Este aislamiento deliberado se reduciría cuando los líderes de la isla comenzaran a comerciar con los europeos, de modo que estos consiguieron infiltrarse en las estructuras sociopolíticas de la isla.
Colonización de la isla de Annobón (1592) La expedición oceánica portuguesa de João de Santarém y Pêro Escobar redescubrió el 1 de enero de 1475 la isla de Annobón, buscando puertos seguros de escala para el tráfico de esclavos y el camino hacia Las Indias bordeando el sur de África. Ano Bom, a la que llamaron "Ilha do Annobom" (o "Isla del Año Bueno"), había sido descubierta ya en el reinado de Juan II, hipotéticamente en 1484 por Diogo Cão. El 21 de diciembre de 1474, João de Santarém descubrió la isla de Santo Tomé y Pêro Escobar descubrió el 17 de enero de 1475 la isla de Príncipe.
En 1525 la expedición española de García Jofré de Loaísa realiza una parada en la isla de Annobón, que nombraron como "San Mateo". En 1592 los portugueses enviaron un gobernador subalterno del gobernador de la isla de Santo Tomé a Annobón, junto con un maestro de escuela y algunos africanos a los que denominaban semicivilizados. En 1656, Diego Delgado, vecino de Santo Tomé de origen español, intentó sin éxito establecer plantaciones de caña de azúcar en la isla de Annobón.
En la actualidad el criollo annobonense (fa d'Ambu), que es un criollo de base portuguesa, es hablado todavía por unas cinco mil personas en la isla de Annobón.
Presencia neerlandesa (1641-1648) y retorno de los portugueses (1648-1777) thumbnail|Mapa de 1729 mostrando el área geográfica del golfo de Guinea donde se desarrollan las culturas bubi, fang y benga, entre otras. En 1641 la Compañía Neerlandesa de las Indias Orientales se estableció sin el consentimiento portugués en la isla de Bioko, centralizando desde allí temporalmente el comercio de esclavos del golfo de Guinea. Entre 1642 y 1648, mientras Portugal luchaba contra España para mantener su independencia, los holandeses tomaron posesión de las islas del Golfo de Guinea. Los portugueses volvieron a hacer acto de presencia en la isla en 1648, sustituyendo la Compañía neerlandesa por una propia, la Compañía de Corisco, dedicada al mismo tipo de comercio. Para tal fin construyeron una de las primeras edificaciones europeas en la isla, el fuerte de Punta Joko.
Portugal vendió mano de obra esclava desde Corisco con contratos especiales a Francia (a quien contrató hasta cuarenta y nueve mil guineanos esclavos), a España y a Inglaterra entre 1713 y 1753, siendo los principales colaboradores en este comercio los bengas, pueblo dedicado a las razzias o apresamientos humanos, y que tenían buenas relaciones con las autoridades coloniales europeas (quienes, a su vez no intervenían en la política interna del país, lo que sin duda ayudaba), y que también poseían un sistema económico esclavista propio.
A lo largo de este mismo se configura lentamente un embrionario reino conformado por los clanes bubis, sobre todo tras la actuación en ese sentido de algunos jefes locales como Molambo (aprox. 1700-aprox. 1760) durante un periodo de fuerte esclavitud en la zona a manos de los portugueses, situación que obligó a los clanes bubis a abandonar sus establecimientos costeros e instalarse en el interior de la isla.
thumb|Mapa mostrando el reparto acordado entre Portugal y España de 1777 y concretado en 1778.
Dominio español (1778-1968) miniaturadeimagen|300px|Evolución de las posesiones y reclamaciones españolas en el Golfo de Guinea (1778-1968).
Comienzo de la presencia española (1778-1827)
El territorio continental y las islas que actualmente conforman Guinea Ecuatorial permanecieron en manos portuguesas hasta marzo de 1777, tras el tratado de San Ildefonso (1777) y El Pardo (1778) entre la reina María I de Portugal y el rey Carlos III de España, por los que se cedían a España las islas de Ano Bon y Fernando Pó (renombradas Annobón y Fernando Poo respectivamente por los españoles), junto con derechos de trata esclavista y libre comercio en un sector de la costa del golfo de Guinea, entre los ríos Níger y Ogooué, junto con la disputada Colonia del Sacramento, en Uruguay, a cambio de la zona de la isla de Santa Catarina, junto a la zona de la Laguna de los Patos, y el reconocimiento de la Amazonia como territorio portugués, que pasaban a formar parte de la colonia portuguesa de Brasil. Con esto España pretendía ganar acceso a la fuente de esclavos desde la que los británicos habían estado suministrando a los dominios españoles en América.