thumb|300px|Henry M. Stanley con los oficiales de la Advance Column, Cairo, 1890. De izquierda a derecha: Dr. Thomas Heazle Parke, Robert H. Nelson, Henry M. Stanley, William G. Stairs y Arthur J. M. Jephson
La Expedición en auxilio (o socorro) de Emin Pasha de 1886-1889 fue una de las últimas grandes expediciones europeas del en el interior del África, aparentemente en auxilio de Emin Pasha, el sitiado gobernador de Equatoria que había sido nombrado en 1878 en la administración colonial en sustitución del entonces coronel Charles Gordon, y que estaba amenazado por las fuerzas mahdistas que ya habían decapitado al mismo Gordon en 1885. Dirigida por el ya famoso Henry Morton Stanley, consiguió su objetivo y la expedición fue primero celebrada —por su ambición en el cruce del África profunda—, luego criticada por la muerte de muchos de sus miembros y más adelante acusada de haber provocado a su paso en la región, según algunos y sin saberlo, una devastadora epidemia entre 1898 y 1900 de la enfermedad del sueño.
La ansiedad sobre el destino de Equatoria thumb|right|200px|Eduard Schnitzer, Emin Pacha. thumb|right|200px|La obra General Gordon's Last Stand (1893), el episodio que hizo que la opinión pública británica quisiera ayudar a Emin Pasha. Cuando los mahdistas capturaron la ciudad de Jartum en 1885, la administración egipcia del Sudán se derrumbó, y la provincia más meridional de Equatoria, localizada en el curso alto del Nilo, cerca del lago Alberto quedó casi aislada del mundo exterior. Eduard Schnitzer, llamado Emin Pasha, un médico y naturalista alemán, era en ese momento el gobernador de Ecuatoria. Logró enviar y recibir cartas a través de Buganda y Zanzíbar y había sido informado en febrero de 1886 de que el gobierno egipcio tenía previsto abandonar Equatoria y el primer ministro Nubar Pasha le ordenó evacuar la provincia, junto a los 10.000 soldados egipcios que estaban repartidos en diferentes fuertes, vía Zanzíbar, una orden difícil de cumplir ya que implicaba atravesar 2000 km de territorio hostil. En julio, animado por el misionero Alexander Mackay, lanzó un llamamiento al gobierno británico para que se anexionase de Equatoria. Aunque el gobierno no estaba interesado en tan dudosa empresa, la opinión pública británica, alertada por Wilhelm Junker, llegó a ver Emin como un segundo caso Gordon, también en peligro de muerte a causa de los mahdistas. El sentimiento de culpa británico por la muerte del ya entonces general Gordon, que había organizado la defensa de Jartum el año anterior y había sido decapitado tras la toma por los mahdistas, hizo que su llamada tuviera eco.
En noviembre, el empresario y filántropo escocés William Mackinnon, que había participado en varias empresas coloniales, se dirigió a Stanley para saber si podría liderar de una expedición de socorro. Stanley, que contaba entonces 44 años y era uno de los pocos europeos con experiencia en el África central, se declaró dispuesto a ir «en cualquier momento». Mackinnon se encontró luego con J. F. Hutton, otro conocido hombre de negocios que también participaba en actividades coloniales y juntos organizaron el «Comité de Auxilio de Emin Pasha» (Emin Pasha Relief Committee), en su mayoría compuesto por amigos de Mackinnon, cuya primera reunión tuvo lugar el 19 de diciembre de 1886. El Comité recaudó un total de alrededor de £32.000.
Stanley aún estaba oficialmente al servicio de Leopoldo II de Bélgica, que le había empleado durante años para ayudarle a establecer el Estado Libre del Congo. Como solución de compromiso para dejarle ir, en una reunión en Bruselas, acordó con el rey que la expedición tomaría una ruta más larga a través del río Congo, en contra de los planes iniciales de acercarse por una ruta más corta hacia el interior partiendo desde la costa de África oriental. A cambio, Leopoldo proporcionaría sus barcos de vapor del Estado Libre para realizar el transporte de la expedición remontando el río Congo, desde la Stanley Pool (ahora Pool Malebo) hasta la desembocadura del río Aruwimi.
El 1 de enero de 1887 Stanley estaba de regreso en Londres preparando la expedición, con un éxito generalizado entre la opinión pública. El propio Stanley tenía la intención de que la expedición fuese de asistencia humanitaria y no de conquista militar. Declaró:
Preparativos thumb|250px|Grabado que muestra la embarcación desmontable Advance, con una sección desmontada y la forma en que podía transportarse. thumb|200px|La ametralladora Maxim, un arma transportable con la que pensaban intimidar a los nativos hóstiles.
El plan de la expedición era ir a El Cairo y a continuación seguir hasta Zanzíbar para contratar porteadores; luego navegarían al sur de África, alrededor del Cabo, hasta alcanzar la desembocadura del Congo. Remontarían el Congo en los barcos de vapor de Leopoldo, hasta la desembocadura del río Aruwimi. Stanley quería establecer un campamento en el Aruwimi para luego ir hacia el este por tierra a través de un territorio entonces desconocido hasta alcanzar el lago Alberto y luego Equatoria. Luego esperaba que Emin enviaría a las familias de sus empleados egipcios de vuelta siguiendo esa ruta pionera, junto con el gran cargamento de marfil que estaba acumulado en Equatoria; mientras, Stanley, Emin y los soldados de Emin seguirían hacia el este hasta llegar a Zanzíbar. Las dudas del público sobre el éxito del plan eran sobre si podrían lograrlo; la posibilidad de que Emin pudiera no querer salir parecen no haber sido consideradas por nadie.
La expedición fue la más grande y mejor equipada de las que fue a África; se diseñó un barco de acero de 28 pies, bautizado Advance (Avance), que pudiera ser dividido en 12 secciones que pudieran transportarse por tierra, y Hiram Maxim equipó a la expedición con una de sus recientemente inventadas ametralladora Maxim, un arma transportable que fue llevada por vez primera a África. Simplemente se pensaba que con exhibir el arma lograrían asustar a los hostigadores, lo que evitaría problemas de la expedición con nativos problemáticos.
El Comité de Socorro recibió 400 solicitudes de esperanzados participantes. Entre ellos, Stanley eligió a los oficiales que le acompañarían a África:
James S. Jameson, John Rose Troup y Herbert Ward, que ya habían viajado por todo África antes: Jameson como cazador de caza mayor, artista y viajero; Troup y Ward como empleados del Estado Libre del Congo. Robert H. Nelson, William Bonny, William G. Stairs y Edmund Barttelot, que eran todos militares: Barttelot había estado haciendo el servicio en la India. A. J. Mounteney-Jephson, un joven 'gentleman of leisure' (caballero ocioso) que venía de la marina mercante, fue contratado solo por la calidad de su rostro, pero que pagó, al igual que Jameson, £1000 para el Comité de Socorro, con el fin de participar en la expedición. Thomas Heazle Parke, el médico de la expedición, que fue contratado a última hora en Alejandría, donde había hecho el servicio militar, mientras la expedición estaba en marcha hacia Zanzíbar. William Hoffmann, el sirviente personal de Stanley, al que curiosamente Stanley apenas menciona en el relato de los acontecimientos. thumb|right|170px|Tippu Tib, el tratante de esclavos (negrero) que acompañó a la expedición. Stanley partió de Londres el 21 de enero de 1887 y llegó a El Cairo el 27 de enero. Las objeciones que ponía Egipto a la ruta que querían seguir por el Congo fueron anuladas por un telegrama del entonces primer ministro lord Salisbury, y se permitió que la expedición marchase bajo bandera egipcia. Stanley también se reunió con Mason Bey, Schweinfurth y Junker, que tenían mucha más información actualizada sobre Equatoria.
Stanley dejó El Cairo el 3 de febrero, reuniéndose con los miembros de la expedición durante paradas en Suez y Adén, y llegó a Zanzíbar el 22 de febrero. Los siguientes tres días los pasaron embalando lo necesario para la expedición, cargando el Madura, y realizando negociaciones. Stanley, actuando como representante de Mackinnon, convenció al sultán de Zanzíbar para que otorgase una concesión, que fue refrendada en la Conferencia de Berlín de ese mismo año, cuya explotación daría lugar a la Compañía Británica de África Oriental (Imperial British East Africa Company, I.B.E.A.C.). También llegó a dos acuerdos con Tippu Tib, un poderoso tratante de esclavos suajili originario de Zanzíbar que estaba al servicio del sultán: el primero fue nombrarlo como gobernador de Stanley Falls, un acuerdo muy criticado en Europa al ser un trato con un traficante de esclavos, y el segundo con respecto a las disposiciones de los porteadores para la expedición. Además de transportar provisiones, ahora también deberían portear unas 75 toneladas de marfil almacenado en Equatoria. Stanley envió cartas a Emin anunciándole que su llegada al lago Alberto sería alrededor del mes de agosto.
Aguas arriba por el Congo thumb|300px|La ruta de la expedición entre el río Alto Congo y Bagamoyo. thumb|right|250px|El vapor Peace. La expedición partió de Zanzíbar el 25 de febrero y llegó al pequeño puerto de Banana en la desembocadura del Congo, el 18 de marzo, de forma un tanto inesperada debido ya que se había roto un cable telegráfico y las autoridades locales no había recibido instrucciones de la llegada del grupo. Mediante barcos de vapor alquilados la expedición llegó a Matadi, la aún pequeña ciudad que había fundada el propio Stanley en 1879, y límite navegable a causa de la zona de las cataratas Livingstone. Allí los porteadores se hicieron cargo de unos 800 bultos de suministros y municiones que acercaron hasta Leopoldville, a orillas de la ahora llamada Stanley Pool. El progreso fue lento, ya que la temporada de lluvias estaba en su apogeo, y la comida era escasa, un problema que iba a ser persistente en toda la expedición (que iba a atravesar una región con una economía de subsistencia, siguiendo una ruta en la que rara vez tenían comida para los 1000 trabajadores).
El 21 de abril la expedición llegó a Leopoldville. Aunque el rey Leopoldo había prometido una flotilla de vapores fluviales, sólo uno (el Stanley) estaba en servicio. Stanley requisó en su nombre otros dos (el Peace y el Henry Reed) a los misioneros de la Misión Bautista y de la Misión de Livingstone Inland, cuyas protestas no fueron atendidas, y el Florida, que todavía estaba en construcción y que fue utilizado como barcaza. Incluso con éstos vapores no podían transportar todo lo previsto, por lo que se dejaron en Leopoldville muchas provisiones y más en Bolobo. En este punto Stanley también anunció la división de la expedición en una columna de retaguardia (Rear Column) y una columna de avanzada (Advance Column), acampando la primera en Yambuya, a orillas del Aruwimi, mientras que la columna de avanzada seguiría hacia Equatoria.
El viaje remontando el Congo comenzó el 1 de mayo y se desarrolló sin incidentes. En la estación de Bangala, mientras Stanley tomaba el Aruwimi hasta Yambuya, el grupo de Barttelot y Tippu Tib continuaba aguas arriba en el Henry Reed hasta las cataratas Stanley (hoy cataratas Boyoma), un conjunto de rápidos y caídas que se extienden durante más de y que dan inicio al curso superior del Alto Congo, el río Lualaba. Al llegar a Yambuya Stanley se encontró con que sus habitantes le negaron el permiso para residir en su poblado, por lo que les atacó y expulsó a cierta distancia, convirtiendo el poblado abandonado en un campamento fortificado. Mientras tanto, en las cataratas Stanley, Tippu Tib intentaba conseguir porteadores, pero dado que creía que Stanley había roto su parte del acuerdo, dejando atrás las municiones, daba largas y Barttelot llegó a Yambuya sólo con una promesa indefinida de que los porteadores llegarían en varias semanas.
El África profunda (Darkest Africa) thumb|right|250px|En la orilla sur del lago Alberto.