miniaturadaimagem|Um grafito em Tutuala com a palavra “assassino” indicia os crimes de 1999 Operação Trovão () foi uma operação retaliatória dos militares indonésios (TNI) contra o povo timorense por ocasião do resultado positivo do referendo de independência em Timor-Leste em 30 de agosto de 1999. O objectivo desta acção, planeada em Julho sob o nome de Operação Wiradharma, era fazer com que o Parlamento Indonésio (MPR) anulasse o referendo face à violência. A operação teria estado sob o comando dos major-generais indonésios Zacky Anwar Makarim e Adam Damiri.
De acordo com investigações da Comissão de Acolhimento, Verdade e Reconciliação de Timor-Leste (CAVR), cerca de 1.400 a 1.500 pessoas morreram nesta última onda de violência da ocupação indonésia de Timor-Leste. Somente uma força de intervenção internacional das Nações Unidas restaurou a paz e a ordem.
Eventos anteriores A Indonésia ocupava a antiga colónia portuguesa desde 1975. Após a queda do ditador indonésio Suharto e devido à crescente pressão da comunidade internacional, a Indonésia finalmente concordou em 11 de março de 1999 em realizar um referendo no qual a população pudesse escolher entre a autonomia dentro da Indonésia ou a independência completa.
Já no período que antecedeu o referendo, milícias (as chamadas Wanra), como Besi Merah Putih e Aitarak, apoiadas pelo exército e pela polícia indonésios, começaram a intimidar os possíveis apoiantes da independência e a população. A 6 de abril de 1999, milícias pró-Indonésia, juntamente com os militares indonésios, levaram a cabo o massacre na igreja de Liquiçá, no qual morreram entre 61 e mais de 200 pessoas. No dia 17 de abril ocorreu um massacre na casa do político Manuel Carrascalão, no qual morreram pelo menos 14 pessoas. A Comissária dos Direitos Humanos, Mary Robinson, manifestou grande preocupação com a situação tensa.Human Rights Watch: 1999
Em 11 de março de 1999, o líder da milícia Lafaek Saburai escreveu uma carta a João da Costa Tavares, o principal chefe da milícia em Timor-Leste, identificando-se como o idealizador da milícia Darah Merah (Sangue Vermelho, em indonésio). Lafaek Saburai descreveu as várias milícias como demasiado fracas na sua luta até agora, razão pela qual lançou uma “Operação Expurgo” (). Todos os apoiantes pró-independência deveriam ser capturados e eliminados depois de os timorenses pró-indonésios terem sido “transportados para um local seguro” da capital Díli, a oeste, para o município de Bobonaro. A carta tornou-se do conhecimento público e causou mais incerteza entre a população antes do próximo referendo sobre a independência em Timor Leste. Os especialistas rapidamente chegaram à conclusão de que poderiam haver planos concretos por parte do exército indonésio a serem executados pelas forças de segurança e milícias indonésias contra a população em retaliação depois de terem votado por separaram-se da Indonésia no referendo e desta forma os primeiros terem sido lançados para o público.Geoffrey Robinson: East Timor 1999 Crimes against Humanity – A REPORT COMMISSIONED BY THE UNITED NATIONS OFFICE OF THE HIGH COMMISSIONER FOR HUMAN RIGHTS (OHCHR) (PDF; 1,7 MB), Apêndice 1 do "Chega!" - Relatório da CAVR Lafaek Saburai era conhecido pelas suas relações com o major-general Zacky Anwar Makarim, chefe da agência de inteligência militar Badan Intelijen ABRI (BIA). No entanto, a milícia de Lafaek Saburai era relativamente pequena e o nome “Operação Expurgo” já não aparece mais tarde, razão pela qual é controverso até que ponto já existiam planos no exército. No próprio dia 1º de maio, as coisas permaneceram calmas. Esta seria a primeira vez que planos de retaliação das forças de segurança indonésias e das milícias contra a população foram tornados públicos depois de terem votado pela independência da Indonésia no referendo.
Hermínio da Costa, chefe do Estado-Maior da organização guarda-chuva das milícias, ameaçou anular o resultado. Quando ficou claro, após o dia das eleições, que a população havia decidido a favor da independência, ele anunciou:
De Kupang, em Timor Ocidental, Indonésia, Costa ameaçou que o PPI arrasaria Timor Leste (). “Não é uma guerra entre a Indonésia e Timor-Leste, mas uma guerra entre a autonomia e a independência.”
Sequência miniaturadaimagem|Em grutas como esta em Lamegua, timorenses encontraram protecção contra as milícias miniaturadaimagem|Destruição em Díli em Outubro de 1999 miniaturadaimagem|Destruição em Manatuto em Outubro de 1999 O Major General Zacky Anwar Makarim iniciou o planeamento concreto para a destruição de Timor-Leste no dia da votação, quando ficou claro qual seria o resultado do referendo. Segundo depoimentos, Zacky estava presente numa reunião entre agentes de inteligência militar e chefes de milícias quando foi dada a ordem para destruir todos os edifícios e assassinar todos os activistas pró-independência se o resultado fosse a favor da independência. No dia 1º de setembro, a decisão pela Operação Trovão foi tomada em reunião que contou com a presença, entre outros, do major-general Sjafrie Sjamsoeddin.
O referendo de 30 de agosto de 1999 teve como resultado uma clara maioria de 344.580 votos (78,5 %) pela independência de Timor-Leste contra 94.388 votos (21 %) para autonomia, com participação de mais de 98 %. O resultado foi anunciado no dia 4 de setembro. Poucas horas após o anúncio, os militares indonésios lançaram a Operação Trovão. Juntamente com os Wanras, começaram a destruir as infra-estruturas da região, caçando activistas independentistas e expulsando a população das suas casas.
Cerca de 280.000 timorenses, um quarto da população, foram evacuados à força para Timor Ocidental pelas forças de segurança indonésias após o dia da votação, alguns deles também teriam fugido; De acordo com os planos dos apoiantes militares, eles deveriam estar ainda mais dispersos por toda a Indonésia. 200.000 timorenses estavam em fuga dentro do país. miniaturadaimagem|Destruição em Díli em Outubro de 1999 Os decepcionados opositores do movimento de independência, os Wanra e o exército indonésio massacraram pessoas em muitas partes do país e deixaram terra arrasada após a sua retirada. Um incidente particularmente grave foi o massacre da igreja de Suai, no qual cerca de 200 pessoas foram mortas em 6 de Setembro de 1999. No dia 25 de setembro, nove pessoas foram assassinadas em Lautém (caso Lospalos). Em Passabe, 64 pessoas foram mortas com facões e armas de fogo. O Batalhão de Infantaria Indonésio 745 de Lospalos deixou um rasto de violência e morte na sua retirada para o Timor Ocidental Indonésio.
Os alvos dos assassinatos cometidos pelos militares e milícias indonésias eram principalmente jovens que tinham trabalhado para a UNAMET. Cerca de 70 % da população teve de fugir das suas casas ou foi deportada à força para Timor Ocidental pelos indonésios, e as casas e infra-estruturas foram destruídas. Documentos administrativos como registos prediais, registos de casamento, documentos fiscais e judiciais foram completamente destruídos. Todo o acervo de artefatos antigos do Museu de Timor Leste foi trazido para a Indonésia. De acordo com documentos secretos recebidos pelas Nações Unidas e pelas FALINTIL, o líder da milícia João da Costa Tavares emitiu mesmo a ordem em 17 de Julho de 1999 indicando que, se o referendo sobre a independência fosse bem sucedido, todos os timorenses com mais de 15 anos, homens e mulheres, sem excepção seriam mortos.
Enquanto a onda de violência ainda assolava Timor-Leste, Hermínio da Costa anunciou que os seus subordinados tinham declarado um cessar-fogo e “deixaram todas as questões de segurança para as forças armadas indonésias”. Afirmou então que não era responsável pela destruição de Timor-Leste porque os seus comandantes tinham “perdido o controlo dos rapazes desde 4 de Setembro, dia em que os resultados das eleições foram anunciados”.
Despacho da força de intervenção miniaturadaimagem|Destruição em Díli em Outubro de 1999 miniaturadaimagem|Destruição em Díli em Outubro de 1999 A 6 de Setembro, o Ministro da Defesa indonésio, General Wiranto, declarou uma emergência militar em Timor-Leste. Nessa mesma noite, o Presidente da Indonésia, Habibie, declarou a lei marcial na área através do Decreto Presidencial n.º 107 de 1999. O major-general Kiki Syahnakri foi nomeado administrador e novo comandante territorial em 7 de setembro. Os ataques à população atingiram então o seu ápice.
Taur Matan Ruak, número dois das FALINTIL depois de Gusmão e com os outros guerrilheiros nos campos de concentração, declarou no dia 7 de Setembro que não poderia mais impedir o seu povo de escapar e proteger as suas famílias. Isto teria desencadeado a guerra civil que a liderança militar indonésia queria para impedir a intervenção internacional. Na verdade, de acordo com o acordo, as tropas da ONU deveriam estar estacionadas em Timor-Leste após o referendo, mas o Ministro dos Negócios Estrangeiros da Indonésia, Ali Alatas, recusou-se a concordar com as forças de manutenção da paz no dia 8 de Setembro.
No dia 8 de Setembro, a Ministra do Desenvolvimento, Heidemarie Wieczorek-Zeul (SPD), foi o primeiro membro do governo alemão a apelar ao envio imediato de uma força de manutenção da paz. No dia seguinte, o Ministro dos Negócios Estrangeiros Joschka Fischer (Verdes) declarou que a Indonésia deve agora agir contra o terrorismo em massa ou permitir uma missão de paz. Michael Steiner, porta-voz de política externa do chanceler Gerhard Schröder (SPD), considerou prematuro o envio de uma força de manutenção da paz. A primeira prioridade seria garantir que a Indonésia não ficasse isenta das suas obrigações. As pessoas estavam tão hesitantes como o presidente dos EUA, Bill Clinton, até que o primeiro-ministro australiano, John Howard, tomou a iniciativa. Em resposta ao pedido de Howard por tropas de combate, Clinton explicou que os militares americanos estavam atualmente sob forte pressão, por exemplo no Kosovo, de modo que não foi possível fornecer apoio. Howard e o Ministro dos Negócios Estrangeiros da Austrália, Alexander Downer, criticaram então publicamente os EUA de uma forma sem precedentes. Clinton havia prometido apoio à Austrália em todos os momentos e agora não cumpriria a promessa. A Austrália nunca perdoaria os Estados Unidos se não apoiasse uma missão da ONU. O primeiro-ministro de Portugal, António Guterres, ameaçou Clinton de que retiraria as unidades portuguesas do Kosovo e da NATO. Impediu também a partida de 16 voos militares norte-americanos da base militar dos Açores. Além disso, Guterres também convenceu o primeiro-ministro britânico, Tony Blair, a pressionar Clinton. O secretário-geral da ONU, Kofi Annan, também influenciou Clinton e tentou convencer o presidente de que era do interesse dos EUA apoiar as Nações Unidas. Annan e Clinton já tinham sofrido danos políticos quando não conseguiram impedir o genocídio em Ruanda em 1994. A situação agora o lembrava disso. A Austrália e Portugal não estavam entre os aliados mais importantes dos EUA, mas as conversas telefónicas entre os chefes de governo e o Presidente Clinton provocaram uma mudança, provavelmente também porque os apelos mostraram tão claramente que, no caso de uma recusa americana, Portugal em particular retirar-se-ia da sua aliança com os Estados Unidos em pontos importantes.