A Igreja Católica no Paraguai é parte da Igreja Católica universal, em comunhão com a liderança espiritual do Papa, em Roma, e da Santa Sé. O país tem a maior porcentagem de católicos do continente americano, e o catolicismo tem grande influência na sociedade. Expressões públicas da religiosidade católica são comuns. É comum no país que as missas sejam celebradas nas duas línguas oficiais, o espanhol e o guarani.
História Colonização A área onde hoje está o Paraguai era originalmente habitada pelo povo carijó e foi descoberta por Aleixo Garcia em 1524, iniciando-se assim a colonização. No período colonial, a Espanha forneceu um amplo número de padres para a região e protegeu as ordens religiosas para evangelizar os carijós e multiplicar os súditos da Coroa. Os franciscanos chegaram em 1537 e, de Assunção, realizaram missões no interior. Entre os primeiros missionários estavam Alonso Lebrón, Alonso de San Buenaventura, Luís de Bolaños, Bernardo de Armenta e os nativos Gabriel de la Anunciación e Francisco de Guzmán. O primeiro bispo a chegar foi Pedro Fernández de la Torre. Os mercedários, jerônimos e dominicanos precederam os jesuítas, cada uma das ordens fundando diversas escolas e conventos. Os jesuítas mais famosos do Paraguai colonial foram Manuel de Lorenzana, Antonio Ruiz de Montoya, Nicolás de Techo, Pedro Lozano, Pierre François Xavier de Charlevoix, Nicolás Yapuguai, José Guevara, Simón Bandini, José Cardiel, José Insaurralde, Diego de Boroa, Manuel Paramás, Nicolás Mastrilli, Alonso de Barzana, Martin Dobrizhoffer, Pablo Restivo, José Sánchez Labrador, Pedro Montenegro, Roque González de Santa Cruz, Domingo Muriel e José Quiroga.
thumb|200px|left|Juan de los Barrios
Os principais obstáculos à propagação da fé foram o aprendizado das línguas indígenas, o caráter nômade dos carijós, a devastação dos bandeirantes portugueses e os conflitos entre as autoridades políticas e religiosas. Os primeiros missionários usavam músicas e presentes para atrair os carijós, e, depois de aprenderem a falar guarani, passaram a usar canções e orações em guarani para a conversão indígena, alicerces das reduções que eram grandes centros comunitários de aprendizagem e empreendimento. O sucesso das reduções tornou-se motivo de preocupação para o governo, que as desmantelou em 1768, após a expulsão dos jesuítas do Paraguai. À medida que a população católica crescia, também crescia a necessidade de uma hierarquia. A Diocese do Paraguai foi erigida em 1547, e seu fundador foi o espanhol Juan de los Barrios, e sucedido por Pedro de la Torre, até 1572. Durante os primeiros quatro séculos de sua existência, a sé foi governada por apenas 200 anos e no restante esteve em sede vacante. Dos primeiros 40 bispos, apenas 20 vieram para o Paraguai.
Independência e Guerra do Paraguai thumb|right|200px|Batalha de Campo Grande, durante a Guerra do Paraguai, o conflito mais longo e mortal da história sul-americana. No período colonial a Igreja era muito rica e mantinha fazendas em terras do governo. Diversos padres aderiram aos ideais da independência, passando a auxiliar esse processo. A independência ocorreu em 14 de maio de 1811, porém as relações entre Igreja e Estado tenham se tornado relativamente tensas por causa do padroado, que influenciava a indicação de bispos. Em 1822, o ditador José Gaspar de Francia confiscou todas as propriedades da Igreja e transformou os seus conventos em quartéis.
Durante a Guerra do Paraguai, que rivalizou o país contra o Brasil, a Argentina e o Uruguai, ocorreu a crise mais grave entre as duas partes, por ter resultado na execução do bispo Manuel Antonio Palacios em 1868. Não faltavam padres no Paraguai até antes da guerra. Isidro Gavilán reorganizou a hierarquia católica, sendo que a Igreja Católica paraguaia ficou sem um líder por 11 anos. Os primeiros padres do pós-guerra foram ordenados em 1886 pelo bispo Pedro Juan Aponte. Entre eles estavam Juan Sinforiano Bogarín, que mais tarde se tornaria o primeiro arcebispo de Assunção. A Guerra do Paraguai, que também é conhecida como Guerra da Tríplice Aliança, foi o mais longo e mortal conflito da história da América do Sul, vitimando cerca de 3 mil uruguaios, 18 mil argentinos, 50 mil brasileiros e 150 mil paraguaios. O conflito resultou em falta de mão-de-obra masculina adulta, já que a maioria dos homens foram mortos ou mutilados.
Em 1932 eclode uma nova guerra envolvendo o país, desta vez com a Bolívia, conhecida por Guerra do Chaco, sendo os paraguaios os vitoriosos desta vez, após conquistarem vastas áreas da região do Chaco em 1935.
Ditadura thumb|200px|right|Campus da Universidade Católica de Nossa Senhora de Assunção. Em 1954, o general Alfredo Stroessner assumiu o poder em um golpe de Estado apoiado pelo governo dos Estados Unidos. Com um governo a tornar-se cada vez mais repressivo, a Igreja permaneceu sob a proteção do Estado, ainda que se manteve apoiada apenas pelas contribuições dos fiéis. O divórcio propriamente dito não foi reconhecido no Paraguai, mas sim apenas a separação física e financeira. A Universidade Católica de Nossa Senhora de Assunção, fundada em 1960, foi a primeira universidade privada reconhecida oficialmente pelo governo. Além disso, havia escolas primárias e secundárias dirigidas por religiosos em toda o país. Apesar destas escolas, a influência do ensino católico no país não era elevada, e esta tendência continuou nas décadas seguintes, à medida que as forças do liberalismo e do anticlericalismo colidiam com o crescente declínio econômico da região. As ações de Stroessner cada vez mais perdiam apoio de líderes da Igreja, que culparam a sua má gestão sobre a economia do país. Nesse período inicia-se também o aumento de missionários evangélicos no país.
Em 1989, um novo golpe militar, desta vez liderado pelo general Andrés Rodríguez, derrubou Stroessner. Em março de 1999, o cenário político volta a sacudir o país, com a renúncia do presidente Raúl Cubas Grau, acusado do assassinato de seu vice-presidente Luis María Argaña. Tentando evitar o colapso da democracia, líderes da Igreja falavam abertamente sobre a arena política, principalmente o bem-estar social, e denunciaram a corrupção. Em 1997, o governo iniciou um programa de formação, gerido pela Igreja Católica, para formar os militares do país "no respeito pela dignidade humana e numa cultura de paz e reconciliação social". Em 1998, a Nunciatura Apostólica abriu um hospital para crianças portadoras do vírus HIV, administrado pelas Irmãs Vicentinas, em Tablada Nueva, em homenagem ao 20º aniversário do pontificado do Papa João Paulo II.
Atualmente thumb|right|200px|Basílica de Caacupé, um dos principais centros de peregrinação religiosa do Paraguai. Em 2000, havia 323 paróquias atendidas por 250 padres diocesanos e 441 religiosos. Outros religiosos, que incluíam cerca de 180 irmãos e 1.300 irmãs, que dedicavam-se à propagação da fé, ensinando nas 160 escolas primárias e 131 secundárias e ajudando em hospitais, nas missões estabelecidas no interior do país, em abrigos para sem-teto e em outros centros de assistência social.
Apesar de o governo não ter religião oficial, a Igreja frequentemente celebra missas em cerimônias estatais; a própria constituição afirma que em seu artigo 24.º que "as relações entre o Estado e a Igreja Católica baseiam-se na independência, cooperação e autonomia", enquanto que o artigo 82.º reconhece "o papel preponderante da Igreja Católica na formação histórica e cultural da nação". A peregrinação religiosa mais tradicional do Paraguai é ao Santuário da Virgem dos Milagres em Caacupé.
Em 2006, o padre Cristino Chávez, de 43 anos, foi encontrado morto após ingerir veneno, em Acahay. Informações da época ligaram o suicídio à suspensão que o bispo de Carapeguá o impôs após acusações de envolvimento do sacerdote com uma mulher. Em 2 de maio de 2022, o padre brasileiro residente em Santa Rosa del Monday, no Paraguai, Ricardo José Guesser, foi encontrado morto em sua paróquia de Santa Rosa de Lima. Ele teria atentado contra sua própria vida por estar com um quadro grave de depressão.
Em 2011, a 191.ª Assembleia Plenária dos Bispos do Paraguai foi realizada com reflexão sobre a presença da Igreja no país, avaliação d. o andamento da Missão Continental e a crise da família no país. A assembleia também discutiu a crise humanitária da Somália, e naquele 25 de setembro, foi realizada uma coleta nas paróquias de todo o país e o total arrecadado foi enviada ao povo e à Igreja somali através da Caritas Internacional.
thumb|200px|right|Fernando Lugo, ex-bispo teólogo da libertação e presidente deposto do Paraguai.
A crise política de 2012, que culminou no impeachment do presidente Fernando Lugo, ex-bispo paraguaio, levou à chegada ao poder do vice-presidente, Federico Franco, católico praticante, frequentador semanal das missas, que agendou uma reunião com o arcebispo de Assunção pela manhã do mesmo dia. O prelado afirmou que "o Paraguai viveu momentos muito delicados. Mas, neste momento, temos de continuar a dar, cada um, o melhor. Há a necessidade de dar força e continuidade no caminho da justiça e da paz", além de marcar uma missa para aquele mesmo dia, em que abençoou o novo governo, e leu palavras que o Papa Bento XVI endereçou a Franco, afirmando que "neste momento, estamos apoiando as autoridades do país". O então núncio apostólico do Paraguai, Eliseo Antonio Ariotti, disse que o novo presidente contar com o apoio dos católicos. As autoridades da Igreja também cobraram o governo de realizar a reforma agrária, melhorar os serviços públicos de saúde e educação e garantir empregos de qualidade. O ex-presidente e ex-bispo, Fernando Lugo, admitiu ter tido um filho com Viviana Carrillo Cañete. A Igreja se sentiu na obrigação de pedir perdão ao povo paraguaio pela má conduta de seus "pastores e fiéis", sem mencioná-lo diretamente, em 2009. Em 2004, Lugo foi aposentado pelo Vaticano e tornou-se bispo emérito. Passados dois anos, teve de deixar o sacerdócio para disputar a presidência, já que a lei paraguaia impede que sacerdotes sejam candidatos. Além de deixar a batina, ele foi suspenso pelo Papa Bento XVI por ato de rebeldia. Durante uma entrevista em 2012 Dom Edmundo Valenzuela, então arcebispo de Assunção e vice-presidente da Conferência Episcopal do Paraguai, afirmou que Lugo "maculou a imagem da Igreja. Seus atos contradisseram o que ele abraçava. [...] Objetivamente, a Igreja é santa, com o Espirito Santo, com Cristo, mas os escândalos indicam que abandonamos a coerência de vida".
Em 2014, o Papa Francisco enviou um representante ao Paraguai, o cardeal espanhol Santos Abril y Castelló, devido à situação delicada de troca de farpas entre o então arcebispo de Assunção, Dom Eustaquio Pastor Cuquejo Verga, e o de Ciudad del Este, Rogelio Livieres, pela presença de padres acusados de pedofilia, venda indiscriminada de bens da Diocese de Ciudad del Este e desvio do dinheiro, e até mesmo pedido de renúncia de Cuquejo Verga por ser "homossexual". Livieres, membro da Opus Dei, acusou seus companheiros da Conferência Episcopal Paraguaia de permitirem que um religioso, Fernando Lugo, se candidatasse à presidência do país e afirmou que há décadas a Igreja paraguaia é dirigida por bispos de esquerda e simpatizantes da Teologia da Libertação.