Taxonomia (do grego antigo τάξις, táxis, "arranjo" e νομία, nomia, "método") é a disciplina biológica que define os grupos de organismos biológicos com base em características comuns e dá nomes a esses grupos. Para cada grupo, é dada uma nota. Os grupos podem ser agregados para formar um supergrupo de maior pontuação, criando uma classificação hierárquica.Judd, W.S., Campbell, C.S., Kellog, E.A., Stevens, P.F., Donoghue, M.J. (2007) Taxonomy. In Plant Systematics - A Phylogenetic Approach, Third Edition. Sinauer Associates, Sunderland. Os grupos criados por este processo são referidos como taxa (no singular, táxon). Um exemplo da classificação moderna foi publicado em 2009 pelo Angiosperm Phylogeny Group para todas as famílias de plantas com flores vivas (Sistema APG III).
Definições A definição exata de "taxonomia" varia ligeiramente de fonte para fonte, mas o núcleo da disciplina permanece: a concepção, nomeação e classificação dos grupos de organismos. Nas referências, três definições são encontradas nos livros didáticos. Veja, abaixo:
Teoria e prática de agrupamento de indivíduos em espécies, organizando as espécies em grupos maiores e dando os nomes aos grupos, produzindo assim uma classificação; Um campo da ciência (e principal componente da sistemática) que engloba identificação, descrição, nomenclatura e classificação; A ciência da classificação, em biologia, o arranjo dos organismos em uma classificação.Kirk, P.M., Cannon, P.F., Minter, D.W., Stalpers, J.A. eds. (2008) Taxonomy. In Dictionary of the Fungi, 10th edition. CABI, Netherlands.
Aplicação Taxonomia é uma subdisciplina de biologia e é praticada por biólogos conhecidos como taxonomistas, embora naturalistas entusiastas frequentemente se envolvem em publicações de novos taxa. O trabalho realizado pelos taxonomistas é crucial para a compreensão da biologia em geral. Dois campos de biologia aplicada em que o trabalho taxonômico é de fundamental importância são o estudo da biodiversidade e a conservação. Sem uma taxonomia dos organismos em uma determinada área, estimar a quantidade da diversidade presente não é realista. Como a conservação tornou-se cada vez mais politicamente importante, o trabalho taxonômico impacta não só na comunidade científica, mas na totalidade da sociedade.
Descrições taxonômicas thumb|direita|180px|Espécie-tipo para a Nepenthes smilesii, uma típica planta carnívora. O táxon é definido por sua descrição. Não existem regras fixas que regem a definição dos taxa, mas a nomeação e publicação de novos taxa é regido por um conjunto de regras. Em zoologia, a nomenclatura mais comumente utilizados (superfamília a subespécie), é regulada pelo Código Internacional de Nomenclatura Zoológica. Nas áreas de botânica, Ficologia e micologia, a nomeação dos taxa é regido pelo Código Internacional de Nomenclatura Botânica, dentre as características deste, por exemplo, estão o princípio de prioridade, desde 1842, e a associação do nome de um táxon ao tipo, aceita a partir de 1930.
A descrição inicial de um táxon envolve cinco requisitos principais:International Code of Zoological Nomenclature. How can I describe new species? http://iczn.org/content/how-can-i-describe-new-species
O táxon deve receber um nome com base nas 26 letras do alfabeto latino (um binômio das novas espécies ou uninomial para outros patentes); O nome deve ser único (não pode ter um homônimo); A descrição deve basear-se em pelo menos um Espécie-tipo; Ela deve incluir referências e atributos que tornem o táxon único; Estes quatro primeiros requisitos devem ser publicados em uma obra em que haja um grande número de cópias idênticas, como um registro científico permanente; Segundo o princípio de prioridade, o nome mais antigo validamente publicado prevalece no caso de sinônimos taxonômicos.
Muitas vezes também são incluídas mais informações, como a distribuição geográfica do táxon, notas ecológicas, química, comportamento etc. Os pesquisadores podem chegar a vários taxa, dependendo dos dados disponíveis e os recursos, os métodos variam de simples comparações quantitativa ou qualitativa de características marcantes, análises com computadores das grandes quantidades de dados de sequência de DNA.
Classificação dos organismos A classificação biológica é um passo crítico no processo taxonômico, pois informa hipoteticamente quais são os parentes do táxon. O nome de um táxon funciona como um código de acesso direto à sua literatura, ou seja, às informações já encontradas a respeito deste, exigindo estabilidade. Embora a disciplina de taxonomia em si não lide com as investigações de como os taxa estão relacionados uns com os outros, ela serve para comunicar estes resultados. Para isso, ela classifica em ordens taxonômicas criadas por Carl Von Linné, conhecido como Lineu (em ordem do maior para o menor): Domínio, Reino, Filo, Classe, Ordem, Família, Gênero e Espécie.
Filogenética direita|150px Filogenia é a história genealógica de um grupo de organismos e uma representação hipotética das relações ancestral/descendente e filogenética (cladística) é o ramo da sistemática interessado na reconstrução da filogenia. O sistema de classificação biológica permanece praticamente inalterado em sua estrutura desde 1753. Mas, a maneira como as relações entre estes táxons são investigadas mudou drasticamente nas últimas décadas. Agora, é comum os biólogos elaborarem a classificação com base nos resultados de análises filogenéticas usando dados de sequência de DNA. Como resultado, a filogenética tem impacto direto sobre as classificações taxonômicas, mesmo que não seja parte da taxonomia. Atualmente a filogenética passou a ser considerada fundamental para a moderna sistemática, embora sua utilização para a descrição de novos táxons e para o posicionamento dentro de um esquema de classificação existente não seja obrigatória. Desde seu advento, os taxonomistas estão empenhados em revisar as propostas de classificações preexistentes de modo a atender a filogenia. Frequentemente relações insuspeitas entre seres ou grupos de seres são descobertas conduzindo a grandes revisões nas classificações. Tem sido muito útil também para esclarecer o mais correto posicionamento de espécies e gêneros cuja morfologia tornava difícil uma decisão sobre sua melhor classificação.
Taxonomia numérica Em taxonomia numérica, a taxonomia é exclusivamente com base na análise de Clustering e "união de vizinho" para melhor ajustar as equações numéricas que caracterizam traços mensuráveis de uma série de organismos. É o resultado de uma medida de "distância" evolutiva entre as espécies. O uso deste método tornou-se raro nos tempos modernos, tendo sido em grande parte substituída pelas análises cladísticas, pois a taxonomia numérica é vulnerável a enganos devido a traços de plesiomorfia.
História da taxonomia Primeiros taxonomistas A taxonomia já foi chamada de "profissão mais antiga do mundo", pois nomear e classificar nossos arredores foi provavelmente uma das primeiras coisas que a humanidade fez para poder se comunicar. Foram importantes para saber os nomes das plantas e animais venenosos e comestíveis, e para comunicar essas informações para os outros membros da família ou grupo.
No Oriente, um dos primeiros registros de farmacopeias foi escrito por Shennong, imperador da China (c. 3000 a.C.). Ele queria divulgar informações relacionadas com a agricultura e medicina, e diz-se ter provado centenas de plantas com o objetivo de aprender o seu valor medicinal. Registros são difíceis de interpretar depois de algum tempo, mas ilustrações de plantas medicinais aparecem em pinturas egípcias de c. 1500 a.C..Manktelow, M. (2010) History of Taxonomy. Lecture from Dept. of Systematic Biology, Uppsala University. atbi.eu/summerschool/files/summerschool/Manktelow_Syllabus.pdf. As pinturas mostram claramente que essas sociedades valorizavam e comunicavam o uso de diferentes espécies e tinham uma taxonomia básica.
De Aristóteles até Plínio Registros históricos mostram que a classificação dos organismos informalmente ocorreu nos tempos de Aristóteles (Grécia, 384-322 a.C.),Mayr, E. (1982) The Growth of Biological Thought. Belknap P. of Harvard U.P, Cambridge (Mass.). que foi o primeiro a começar a classificar todas as coisas vivas. Alguns termos que ele deu para os animais, como os invertebrados e vertebrados ainda são comumente usados. Seu aluno Teofrasto (Grécia, 370-285 a.C.) continuou esta tradição e escreveu uma classificação de 480 plantas chamado Historia Plantarum. Vários grupos de plantas reconhecidas atualmente ainda pode ser rastreada até Teofrasto, como Cornus, Açafrão e Narciso. O próximo grande ressurgimento de taxonomistas chegou com Plínio, o Velho (Roma, 23-79 d.C.). Elaborou 160 volumes do trabalho Naturalis Historia, descreveu muitas plantas e deu muitos nomes latinos com nomenclatura binomial.
Taxonomistas Pré-Linnaeus thumb|esquerda|180px|Página de título do Systema Naturae, Leiden, 1735 Só 1 500 anos depois, as obras taxonômicas se tornaram suficientemente ambiciosas para substituir os textos antigos. Isso é muitas vezes creditado ao desenvolvimento das sofisticadas lentes ópticas, o que permitiu o estudo da morfologia dos organismos com muito mais detalhes. Um dos primeiros autores a tirar vantagem deste salto tecnológico foi Andrea Cesalpino (Itália, 1519-1603), que é muitas vezes é referido como "o primeiro taxonomista". Sua grande obra De Plantis saiu em 1583 e descreveu mais de 1 500 espécies de plantas. Duas grandes famílias de plantas que ele primeiro reconheceu ainda estão em uso hoje: o Asteraceae e Brassicaceae. Em seguida, no século XVII, John Ray (Inglaterra, 1627-1705) escreveu muitas obras taxonômicas importantes. Indiscutivelmente a sua maior realização foi Methodus Plantarum Nova (1682), onde publicou mais de 18 000 espécies de plantas. Na época, suas classificações foram a mais complexa produzida por um taxonomista, pois ele baseou seus táxons em muitos caracteres combinados. Os próximos trabalhos taxonômicos importantes foram produzidos por Joseph Pitton de Tournefort (França, 1656-1708). Seu trabalho a partir de 1700, Institutiones Rei Herbariae, incluiu mais de 9 000 espécies em 698 gêneros. Isso influenciou diretamente Carl Linnaeus, pois foi o texto que este usou quando era um jovem estudante.
A era Linnaeus