A fase de grupos foi disputada por 48 equipes: os 31 vencedores da fase de play-off, 7 que vão entrar direto, e os 10 perdedores da fase de play-off da Liga dos Campeões.
As equipes apuradas para a fase de grupos foram divididas em 4 potes, de acordo com os seus coeficientes na UEFA e, em seguida, sorteados em doze grupos de quatro equipes cada. Equipes da mesma federação não puderão ser tiradas num mesmo grupo. O sorteio foi realizado em 31 de agosto de 2012 em Mônaco.
Em cada grupo, as equipes jogam entre si em jogos de ida e volta. As jornadas são em 20 de setembro, 4 de outubro, 25 de outubro, 8 de novembro, 22 de novembro e 6 de dezembro de 2012. Os vencedores de cada grupo e os segundos colocados vão para a rodada de 32-avos, onde serão acompanhados pelas 8 equipes terceiro colocadas da fase de grupos da Liga dos Campeões.
Se duas ou mais equipes terminarem iguais em pontos no final dos jogos do grupo, os seguintes critérios serão aplicados para determinar o ranking (em ordem decrescente): maior número de pontos obtidos nos jogos entre as equipes em questão; saldo de gols superior dos jogos disputados entre as equipes em questão; maior número de gols marcados nos jogos disputados entre as equipes em questão; maior número de gols marcados fora de casa nos jogos disputados entre as equipes em questão; se, após a aplicação dos critérios de 1) a 4) para várias equipes, duas equipes ainda têm um ranking igual, os critérios de 1) a 4) serão reaplicados para determinar o ranking destas equipes; saldo de gols de todos os jogos disputados no grupo; maior número de gols marcados em todos os jogos disputados no grupo; maior número de pontos acumulados pelo clube em questão, bem como a sua associação, ao longo das últimas cinco temporadas.
Pote 1Pote 2Pote 3Pote 4 Atlético de Madrid (Defensor do título) Internazionale Lyon Liverpool Marseille Sporting CP PSV Eindhoven Tottenham Hotspur Bayer Leverkusen Bordeaux Twente Stuttgart Basel Metalist Kharkiv Panathinaikos Athletic Bilbao Copenhagen Fenerbahçe Rubin Kazan Napoli Udinese Club Brugge Hapoel Tel Aviv Hannover Lazio Steaua București Sparta Praha Rosenborg Newcastle United Young Boys Levante Genk Borussia Mönchengladbach Partizan Viktoria Plzeň Dnipro Dnipropetrovsk Helsingborg Marítimo Rapid Wien Académica Anzhi Maribor AIK AEL Limassol Ironi Kiryat Shmona Molde Videoton Neftçi Baku
Legenda Classificados à fase de 16-avos de finalEliminados
Horários até 27 de outubro de 2012 (partidas 1-3) estão em CEST (UTC+2), após (partidas 4–6) horários em CET (UTC+1). Grupo A Equipe106312119+2 Anzhi10640274+3 Young Boys1063121412+246114712–5 LIVUDIYOUANZLiverpool–2–32–21–0Udinese0–1–2–31–1Young Boys3–53–1–3–1Anzhi1–02–02–0–
Notas Nota 1: Anzhi irá disputar sua partida em casa no Estádio Lokomotiv de Moscou, Moscou ao invés de seu estádio regular, Dynamo Stadium, Makhachkala, por conta de problemas envolvendo a cidade de Makhachkala e a república autônoma do Daguestão.
Grupo B Equipe Viktoria Plzeň136411114+7 Atlético de Madrid12640274+3 Académica5612369–3 Hapoel Tel-Aviv46114411–7 ATMHAPPLZACAAtlético de Madrid–1–01–02–1Hapoel Tel-Aviv0–3–1–22–0Plzeň1–04–0–3–1Académica2–01–11–1–
Grupo C Equipe Fenerbahçe136411107+3116321116+5 Olympique de Marseille56123911–2 AEL Limassol46114410–6 MARFENMONAELOlympique de Marseille–0–12–25–1Fenerbahçe2–2–0–32–02–02–4–2–0AEL Limassol3–00–10–0–
Notas Nota 2: AEL Limassol irá disputar sua partida em casa no Estádio GSP, Nicósia ao invés de seu estádio regular, o Estádio Tsirion, Limassol.
Grupo D Equipe Bordeaux136411105+5 Newcastle United9623175+2 Marítimo6622246–2 Brugge46114611–5 BORBRUNEWMARBordeaux–4–02–01–0Brugge1–2–2–22–0Newcastle United3–01–0–1–1Marítimo1–12–10–0–
Grupo E Equipe Steaua Bucureşti116321990 Stuttgart8622296+3 Copenhagen8622256–1 Molde6620468–2 STUKOBSTEMOLStuttgart–0–02–20–1Copenhagen0–2–1–12–1Steaua Bucureşti1–51–0–2–0Molde2–01–21–2–
Notas Nota 3: Steaua București irá disputar suas partida em casa no Arena Națională, Bucareste ao invés de seu estádio regular, o Estádio Ghencea, Bucareste.
Grupo F Equipe Dnipro156501168+8 Napoli9630312120 PSV Eindhoven7621387+1 AIK46114514–9 PSVNAPDNYAIKPSV Eindhoven–3–01–21–1Napoli1–3–4–24–0Dnipro2–03–1–4–0AIK1–01–22–3–
Grupo G Equipe Genk12633094+5 Basel9623174+3 Videoton6620468–2 Sporting CP56123410–6 SPOBASGENVIDSporting CP–0–01–12–1Basel3–0–2–21–0Genk2–10–0–3–0Videoton3–02–10–1–
Notas Nota 4: Jogo adiado para o dia seguinte devido as fortes chuvas em Lisboa.
Grupo H Equipe Rubin Kazan146420103+7 Internazionale116321119+2 Neftçi Baku3603348–4 Partizan3603338–5 INTRUBPARNEFInternazionale–2–21–02–2Rubin Kazan3–0–2–01–0Partizan1–31–1–0–0Neftçi Baku1–30–11–1–
Notas Nota 4: Neftçi Baku irá disputar sua partida em casa no Estádio Tofiq Bahramov, Baku ao invés de seu estádio regular, Estádio Ismat Gayibov, Baku.
Grupo I Equipe Lyon166510148+6 Sparta Praha9623196+3 Athletic Bilbao5612379–2 Hapoel Kiryat Shmona26024613–7 LYOBILPRAKIRLyon–2–12–12–0Atlético de Bilbao2–3–0–01–1Sparta Praha1–13–1–3–1Hapoel Kiryat Shmona3–40–21–1–
Notas Nota 5: Hapoel Kiryat Shmona irá disputar sua partida em casa no Estádio Kiryat Eliezer, Haifa ao invés de seu estádio regular, Estádio Municipal, Kiryat Shmona.
Nota 6: Partida suspensa devido a série de atentados em Tel Aviv.
Grupo J Equipe Lazio12633092+7 Tottenham10624084+6 Panathinaikos56123411–7 Maribor46114610–4 TOTPANLAZMARTottenham–3–10–03–1Panathinaikos1–1–1–11–0Lazio0–03–0–1–0Maribor1–13–01–4–
Grupo K Equipe Metalist Kharkiv13641183+5 Bayer Leverkusen13641192+7 Rosenborg6620479–2 Rapid Wien36105414–10 LEVMETROSRAPBayer Leverkusen–0–01–03–0Metalist Kharkiv2–0–2–12–0Rosenborg0–11–2–3–2Rapid Wien0–41–01–2–
Notas Nota 7: Rapid Wien irá disputar suas partida em casa no Ernst-Happel-Stadion, Viena ao invés de seu estádio regular, o Gerhard-Hanappi-Stadion, Viena.
Grupo L Equipe Hannover126330118+3 Levante116321105+5 Helsingborgs46114912–3 Twente46042510–5 TWEHANLEVHELTwente–2–20–01–3Hannover0–0–2–13–2Levante3–02–2–1–0Helsingborgs2–21–21–3–
Categoria:Liga Europa da UEFA de 2012–13