thumb|300px|Domínio da Mata Atlântica, segundo o WWF. No domínio da Mata Atlântica existem 131 unidades de conservação federais, 443 estaduais, 14 municipais e 124 privadas, distribuídas por dezesseis estados, com exceção de Goiás, no Brasil. O domínio da Mata Atlântica é provavelmente a região com o maior número de unidades de conservação na América Latina, entretanto, esses números grandiosos não são suficientes, visto que o sistema está longe de ser adequado: ainda assim, as áreas protegidas cobrem menos de 2% do bioma, as áreas de proteção integral protegem apenas 24% dos remanescentes, muitas unidades consistem de fragmentos muito pequenos e isolados, e metade das espécies de vertebrados ameaçadas não se encontram em qualquer área protegida. Outros problemas relacionados são a falta de infraestrutura para se manter as unidades de conservação e uma série de impasses com lideranças indígenas, como observado no Parque Estadual da Ilha do Cardoso, Parque Nacional de Superagüi e no Parque Nacional do Monte Pascoal.

Dentre todas as categorias de unidades de conservação brasileiras, as Reservas Naturais do Patrimônio Natural (RPPN) têm sido as mais importantes para o estabelecimento de novas áreas protegidas, dado que a maior parte dos remanescentes de floresta ainda estão em propriedades particulares. Principalmente na região nordeste, as RPPNs protegem importantes fragmentos com espécies endêmicas e muito ameaçadas de extinção, principalmente de aves. Outra estratégia para criação de novas unidades é a compensação fiscal dada a municípios e estados que possuem áreas protegidas declaradas oficialmente (ICMS Ecológico).

Na Argentina e Paraguai existem importantes unidades de conservação da ecorregião da Floresta Atlântica do Alto Paraná, que no Brasil estão resumidos ao Parque Nacional do Iguaçu, o Parque Estadual Morro do Diabo e o Parque Estadual do Turvo.

As unidades de conservação na província de Misiones, na Serra do Mar e no sul da Bahia constituem mosaicos de grande interesse na conservação, visto que formam os maiores remanescentes contínuos da Mata Atlântica. É proposto, para a manutenção da biodiversidade e de processos ecológicos chaves, a criação de corredores unindo as unidades de conservação de cada uma dessas regiões.

Parques Nacionais

Nome Imagem PaísData de CriaçãoÁrea (ha)DescriçãoAlto Cariri150pxBrasil11 de junho de 201019.264Localizado no sul da Bahia, esta unidade de conservação preserva remanescentes de floresta do complexo de serras do Alto Cariri. É o último local onde ainda se encontra o muriqui-do-norte no estado da Bahia.Aparados da Serra150pxBrasil7 de dezembro de 196913.041,58Localizado entre os estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina, o parque conserva porções significativas de Mata de Araucária e dos pampas. O relevo do parque chama a atenção pela presença de inúmeros desfiladeiros e cânions.Araucárias150pxBrasil19 de outubro de 200512.841É uma das maiores unidades de conservação da Mata de Araucária.CaaguazúParaguai23 de fevereiro de 197616.000Localizado na Serra de Caaguazú, entre os rios Paraguai e Paraná, é uma importante unidade de conservação da Floresta Atlântica do Alto Paraná.Caparaó150pxBrasil24 de maio de 196126.200Localizado entre os estados de Minas Gerais e Espírito Santo, cobrindo grande parte da Serra do Caparaó, consistindo em uma importante unidade de conservação das Florestas da Serra do Mar no Espírito Santo.Cerro Corá150pxParaguai11 de fevereiro de 197612.038Localizado no departamento de Amambay, é um dos maiores trechos de Mata Atlântica no nordeste do Paraguai.Cerro SarambiParaguai30.000Chapada Diamantina150pxBrasil17 de setembro de 1985152.000Importante unidade de conservação por conta de sua beleza cênica e por conservar elementos de transição da Mata Atlântica com a Caatinga.DescobrimentoBrasil20 de abril de 199921.129Forma, junto com outras unidades de conservação, um mosaico de remanescentes das Florestas Costeiras da Bahia. Local de grande biodiversidade, com espécies muito ameaçadas no bioma da Mata Atlântica, como a onça-pintada e o pau-brasil.Iguaçu150pxBrasil10 de janeiro de 1939185.262Maior unidade de conservação do oeste do Paraná, importante não só por sua beleza cênica (onde se localizam as Cataratas do Iguaçu), mas por possuir enorme biodiversidade.Iguazú150pxArgentina9 de outubro de 193467.620Localizada na província de Misiones, consiste no lado argentino das Cataratas do Iguaçu. Grande importância por fazer parte de um corredor ecológico das Florestas do Alto Paraná na Argentina.Ilha Grande150pxBrasil30 de setembro de 199778.875Localizado entre os estados do Mato Grosso do Sul e Paraná, preserva extensas várzeas do rio Paraná, além de parte do único trecho desse rio que ainda não foi represado no Brasil.Itatiaia150pxBrasil14 de junho de 193728.041Localizado entre os estados de Minas Gerais e Rio de Janeiro, preservando ecossistemas relacionados à ecorregião das Florestas da Serra do Mar.Monte Pascoal150pxBrasil22.500Preserva remanescentes de florestas do sul da Bahia. Neste parque se localiza o Monte Pascoal, primeira elevação avistada pela esquadra de Pedro Álvares Cabral, em 1500.Ñacunday150pxParaguai20 de agosto de 19751.688Importante unidade de conservação paraguaia às margens do reservatória da UHE de Itaipu. Neste parque se localiza o Salto Ñacunday que possui notável beleza cênica.Pau BrasilBrasil20 de abril de 199918.934Situado no município de Porto Seguro, preserva importantes remanescentes das florestas do sul da Bahia, sendo um dos maiores reservatórios do pau-brasil. É Património Mundial pela UNESCO.Pontões Capixabas150pxBrasil19 de dezembro de 200217.496Localizado na região noroeste do Espírito Santo, possui inúmeras cadeias montanhosas que atraem pela beleza cênica. O turismo de trilhas, escalada e voos panorâmicos são apreciados por turistas e montanhistas.150pxBrasil6 de agosto de 200214.860É a única unidade de conservação do Rio de Janeiro a preservar o ecossistema da restinga.Saint-Hilaire/Lange150pxBrasil23 de maio de 200124.500Localizado no litoral do Paraná, seu nome é em homenagem ao naturalista francês Auguste de Saint-Hilaire e ao biólogo brasileiro Roberto Ribas Lange.São Joaquim150pxBrasil6 de julho de 196149.300Localizado no estado de Santa Catarina, protegendo importantes remanescentes de floresta neste estado. Relevo bastante irregular, o que confere notável beleza cênica por conta de inúmeras serras.Serra da Bocaina150pxBrasil1 de novembro de 1974131.688Localizado entre os estados do Rio de Janeiro e São Paulo. Junto com outras unidades de conservação, forma o maior trecho contínuo de Mata Atlântica no Brasil. Possui um alto grau de endemismo, e espécies muito ameaçadas na Mata Atlântica, como a onça-pintada.Serra das LontrasBrasil10 de junho de 201011.343,69Junto com a Reserva Biológica de Una, forma importante complexo de remanescentes de floresta do sul da Bahia. Habitam espécies de primatas endêmicas da Mata Atlântica e com risco de extinção, como o macaco-prego-do-peito-amarelo e o mico-leão-de-cara-dourada.Serra do Itajaí150pxBrasil4 de junho de 200457.374Um dos maiores trechos de Mata Atlântica em Santa Catarina.Serra dos Órgãos150pxBrasil30 de novembro de 193920.030Situado na região serrana do Rio de Janeiro, possui grande beleza cênica e atrativos para o alpinismo. Constitui, junto com outras unidades de conservação fluminenses o maior trecho de Mata Atlântica neste estado, com espécies criticamente em perigo no estado, como a onça-parda e o sagui-da-serra-escuro.Serra Geral150pxBrasil20 de maio de 199217.300Localizado no Rio Grande do Sul, é limítrofe ao Parque Nacional de Aparados da Serra, constituindo com este e outras unidades de conservação um importante mosaico de remanescentes de floresta da Mata Atlântica no sul do Brasil.Superagüi150pxBrasil25 de abril de 198921.000Localizado no litoral do Paraná, é uma das mais importantes unidades de conservação do país, por ser o único local onde é encontrado o mico-leão-de-cara-preta.Tijuca150pxBrasil6 de julho de 19613.958,47É considerada a terceira maior floresta urbana do mundo, localizado no Rio de Janeiro. Um dos mais importantes pontos turísticos do Brasil.Ubajara150pxBrasil30 de abril de 19596.300Localizado no Ceará, preserva importantes trechos de brejos de altitude.YbycuiParaguai16 de maio de 19733.804Localizado no departamento de Paraguarí, preserva remanescentes das Florestas do Alto Paraná na Serra de Ybycuí.

Outras Unidades de Conservação Integral Importantes

Existe um grande número de unidades de conservação no domínio da Mata Atlântica, muitas delas pequenas e isoladas. Nesta secção estão listada somente as unidades de conservação que possuem papel chave como "zona núcleo" em importantes corredores ecológicos.