EMBOSS é um acrônimo para European Molecular Biology Open Software Suite. EMBOSS é um pacote de análise de código aberto especialmente desenvolvido para as necessidades da comunidade de usuários da biologia molecular e da bioinformática. O software automaticamente lida com dados em uma variedade de formatos e até mesmo permite a recuperação transparente de dados de seqüências a partir da web. Além disso, como bibliotecas extensas são fornecidas com o pacote, é uma plataforma que permite que outros cientistas desenvolvam e lançem softwares em um verdadeiro espírito de código aberto. EMBOSS também integra uma variedade de pacotes atualmente disponíveis e ferramentas para análise de seqüências em um conjunto harmonioso.
O EMBOSS permite a integração com uma ampla gama de pacotes e ferramentas existentes como o BLAST e o ClustalW.
O pacote EMBOSS contém uma variedade de aplicações para alinhamento de sequências, busca rápida em banco de dados com padrões de seqüência, identificação de estruturas secundárias de proteínas (protein motif) (incluindo a análise de domínio), e muito mais.
Grupos de aplicação EMBOSS thumb|300px|PEPWHEEL, uma ferramenta do EMBOSS, analisando a estrutura proteica de uma alfa-hélice proteica. GrupoDescriçãoAcd utilitário de arquivo AcdAlignment consensus Funde seqüências para obter um consensoAlignment differences Encontra diferenças entre as seqüênciasAlignment dot plots Comparações de seqüências tipo dot plotAlignment global Alinhamento global de seqüênciasAlignment local Alinhamento local de seqüênciasAlignment multiple Alinhamento múltiplo de seqüênciasDisplay Mostra seqüênciasEdit Edita seqüênciasEnzyme kinetics Calcula parametros de cinética enzimáticaFeature tables Ferramentas de anotacãoHMM Análise de modelo oculto de MarkovInformation Ajuda geral e informacãoMenus Interfaces de MenusNucleic 2d structure Estrutura secundária de ácidos nucléicosNucleic codon usage Uso de códonsNucleic composition Composição de nucleótidos de um ácido nucleicoNucleic CpG islands Detecção de ilhas CpG e análiseNucleic gene finding Predição de genes e outras características genômicasNucleic motifs Busca de motivos em ácidos nucleicosNucleic mutation Mutação de ácidos nucleicosNucleic primers Predição de iniciadores (primers)Nucleic profiles Geração de perfis de ácidos nucleicosNucleic repeats Detecção de repeticões em ácidos nucleicosNucleic restriction Análise de restrição em seqüências de nucleótidosNucleic RNA folding Análise e métodos de dobramento de ARNNucleic transcription Fatores de transcrição, promotores e previsão de terminadoresNucleic translation Tradução de seqüência de nucleotídeos para seqüências de proteínasPhylogeny consensus Métodos de filogenia por consensoPhylogeny continuous characters Métodos de filogenia por carácter continuoPhylogeny discrete characters Métodos de filogenia por carácter discretoPhylogeny distance matrix Métodos de filogenia por matriz de distânciasPhylogeny gene frequencies Métodos de filogenia por freqüência genicaPhylogeny molecular sequence Análise de seqüências e filogeniaPhylogeny tree drawing Desenho de árvores filogenéticasProtein 2d structure Estrutura secundária das proteínasProtein 3d structure Estrutura terciária das proteínasProtein composition Composição de seqüências proteicasProtein motifs Búsca de motivos proteicosProtein mutation Mutação de proteínasProtein profiles Busca en perfis de proteínasTest Ferramentas de teste, não para uso geralUtils database creation Instalação de bases de dadosUtils database indexing Indexação de bases de dadosUtils misc Ferramentas utilitárias
Ver também Open Bioinformatics Foundation
Ligações externas Homepage of EMBOSS Homepage of EMBnet EMBOSS explorer - web-based GUI for EMBOSS
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