thumb|300px|Mapa da Indonésia.
A Indonésia ocupa a maior parte do Arquipélago Malaio e chega até a Melanésia. O país tem 17 508 ilhas, das quais cerca de 6 000 são habitadas. Se consideradas as ilhas temporárias (periodicamente submersas devido à maré), o número total de ilhas dobra, muitas sem nome ou com nomes idênticos aos de ilhas permanentes. Devido ao fato de que grande parte da Indonésia apresenta atividade sísmica, as ilhas continuam a evoluir em número, dimensões e forma.
As ilhas da Indonésia podem ser agrupadas em:
Grandes Ilhas de Sonda (de oeste para leste, Sumatra, Java, Bornéu e Celebes, bem como ilhas menores adjacentes; Indonésia divide a ilha de Bornéu com Brunei e Malásia); Pequenas Ilhas de Sonda (Bali, Flores, Komodo, Timor e outras; a Indonésia divide a ilha de Timor com Timor-Leste); Molucas (Ternate, Amboina, Halmaera e outras); e Nova Guiné (Indonésia divide-a com a Papua-Nova Guiné)
Ilhas principais
Grandes Ilhas de Sonda Bornéu — dividida ente a Indonésia (Kalimantan), Brunei e os estados malásios de Sabah e Sarawak; Java Sumatra Celebes Nova Guiné — dividida entre a Indonésia (províncias de Papua e de Papua Ocidental) e a Papua-Nova Guiné
Na província de Banten Deli Manuk Panaitan Panjang Sangiang Tinjil Tunda Umang
Na província de Jacarta Arquipélago das Mil Ilhas (Kepulauan Seribu; 105 ilhas, das quais somente 11 são habitadas): Anjo (Pulau Bidadari) Ayer Grande Bira (Pulau Bira Besar) Grande Lancong (Pulau Lancong Besar) Grande Umbrela (Pulau Payung Besar) Escoteiros (Pulau Pramuka) Cipir Coco (Pulau Kelapa) Edam Grande Tigre (Pulau Macan Besar) Esperança (Pulau Harapan) Karya Kelor Kotok Java Felizarda (Pulau Untung Jawa) Onrust Panggang Pantara Arco-Íris (Pulau Pelangi) Sebira Sepa Stingray (Pulau Pari) Tidung
Na província de Java Ocidental Rakit
Na província de Java Central Karimun Java Nusa Kambangan - ilha penitenciária
Na província de Java Oriental Arquipélago de Bawean (kepulauan Bawean) Genteng Iyang Ilha Kambing Ilhas Kangean (arquipélago) (kepulauan Kangean) Madura Masalembu Nusa Barung Puteran Raas Raja Sapudi
Na província de Achém (119 ilhas) Ilha de Achém Asu Babi Ilhas Banyak (arquipélago) (kepulauan Banyak), 99 ilhas Balai Bangkaru Singkilbaru Tuangku Ujung Batu Bawah Breueh Hinako Lasia Weh Simeulue
Na província de Sumatra do Norte (419 ilhas) Arquipélago de Batu (antigas Batoe Eilanden), 51 ilhas Sibuasi Pini Tanahbala Tanahmasa Batumakalele Bau Bawa Ilha Berhala, no estreito de Malaca Hamutaia Imanna Jake Lego Makole Masa Arquipélago de Nias (kepulauan Nias) Simuk Pasu Ilha Samosir, no Lago Toba Sigata Simaleh Wunga
Na província de Sumatra Ocidental Ilhas Mentawai Siberut Sipura (Pulau Sipora) Pagai do Norte Pagai do Sul Pasumpahan
Na província de Lampung Filho de Krakatoa (Pulau Anak Krakatau)
Na província de Riau Rupat Bengkalis Ilha de Padang Rangsang Ilha Tebing Tinggi Basu
Na província das Ilhas de Riau (cerca de 3 200 ilhas) Arquipélago de Natuna (Kepulauan Natuna) Arquipélago de Natuna do Sul Ilha Midai Ilha de Subi Ilha de Panjang (Natuna) Serasan Arquipélago de Anambas Airabu Jemaja Mubur Siantan Matak Tarempah Arquipélago de Natuna Besar Natuna Besar Laut (Natuna) Arquipélago de Tambelan Ilhas Badas (arquipélago) Tembelan Besar Uwi Mendarik Benua Panjantan Arquipélago de Riau Batam Bintan Karimun Rempang Galang Bulan Combol Kundur Karimun (Ilhas de Riau) Ilhas Lingga Ilha Lingga, com ilhas próximas: Alut Singkep, com ilhas próximas: Posik Serak Lalang Sebangka, com ilhas próximas: Senayang Kapas Kentar Mowang Lobam Cempah Bakung Selayar (Ilhas de Riau ) Temiang Mesawak
Na província das Ilhas de Bangka-Belitung Ilha Bangka Belitung Ilha Liat Lepar Mendanau
Na província de Kalimantan Oriental Ilhas de Derawan Kakaban Bunaka Ilhas de Balabalagan Bunyu Mandul Mapat Sebatik Tarakan Maratua
Na província de Kalimantan do Sul Ilhas Laut Kecil Matasiri Kalambau Kadapongan Ilha Laut Sebuku Karamain
Na província de Kalimantan Ocidental
Pandang Tikar Ilhas Karimata Karimata Bawal Galam Maya Karimata
Na província de Celebes do Norte
Ilhas Talaud Karakelong Salebabu Kaburuang Miangas Ilhas de Sangihe Budike Sangir Besar Ilha Kalama Karatikang Ilha Para Ilha Siau Tahulandang Biaro Talisei Bangka (Sangihe) Ilhas Nanusa Ilhas Karakaralong
Na província de Celebes Central
Ilhas Togian Unauna Batudaka Togian Talatakoh Ilha Puah Ilhas Banggai Peleng Banggai Bangkulu Ilhas Bowokan Bowokan Timpaus Ilhas Salabangka Manui
Na província de Celebes do Sul
Ilhas Pabbiring Marasende Doangdoangan Besar Kalukalukuang Dewalakang-Lompo Tanakeke Taka Rewataya Ilhas Sabalana Ilhas Tengah Ilhas Selayar Ilha Kambing Ilha Selayar Tambalongang Kayuadi Tanahjampea Kalao Bonerate Ilhas Takabonerate Ilhas Macan
Na província de Celebes de Sudeste
Ilhas Tukangbesi Wakatobi Ilha Wangiwangi, Kambode Kampenane Timor Kaledupa Hoga Ilha Linea, Tomea Talondano Lineta Binongko Moromaho Cowocowo Kentiole Runduma Anano Karang Kapota (atol) Karang Kaledupa (atol) Karang Koromaha (atol) Karang Kadupa (atol) Ilhas Langkesi Wowoni Buton Muna Siumpu Batuata Kabaena Kakabia Karompa Lompo Kalaotoa Bahulu Labengke Padea Besar
Na província de Bali
Bali Nusa Penida Nusa Lembongan Nusa Ceningan
Na província da Sonda Ocidental
Lombok Sumbawa Sangeang Ilha Moyo
Na província da Sonda Oriental
Arquipélago de Alor (kepulauan Alor) Alor Buaya Kepa Pantar Ilha Pura Tereweng Ilha Kangge Ilha Kura Ilha Sika Ilha Kapas Ilha Batang Ilha Lapang Ilha Rusa Flores Komodo Palu'e Rinca Ilha Rote Savu Rai Hawu (Savu, Sawu, Sabu, Sawoe, Havu, Hawu, awoe) Rai Jua (Rai Djua, Raijua) Rai Dana (Dana) Arquipélago de Solor Adonara Lembata (Lomblen) Solor Sumba Timor—dividida entre o Timor Ocidental, pertencente à Indonésia, e Timor-Leste Semau
Na província das Molucas
Buru, com ilhas adjacentes Ambelau Seram, com ilhas adjacentes Amboina Buano Haruku Kelang Manipa Saparua Arquipélago de Gorong (Kepulauan Gorong) Gorong Manawoka Panjang Arquipélago de Watubela (Kepulauan Watubela)''' Kasiui Tioor Arquipélago de Banda (Kepulauan Banda) Ay Banana (Pulau Pisang) Banda Naira Batukapal Grande Banda (Pulau Banda Besar/Lonthoir) Caranguejo (Pulau Karaka) Hatta (antiga Rozengain) Manuk Manukang Nailaka Run Saaru Ilhas Tayandu (ou Tayahad), 17 ilhas Kaimeer Ilha Kur Manggur Taam Tayandu Walir Arquipélago de Kai (Kepulauan Kai) Grande Kai (Pulau Kai Besar) Pequena Kai (Pulau Kai Kecil) Kaitanimbar Arquipélago de Aru (Kepulauan Aru), 85 ilhas Baun Enu Kobroor Ilha Kola Maikoor Penambulai Trangan Wamar Warilau Wokam Workai Ilhas Jin (Kepulauan Jin) Arquipélago de Tanimbar (Kepulauan Tanimbar), 66 ilhas, das quais apenas 7 habitadas Fordata Larat Maru Molu Nuswotar Selaru Selu Seira Wotap Wuliaru Yamdena Arquipélago de Babar (Kepulauan Babar), 6 ilhas Babar Dai Daweloor Dawera Masela Wetan Arquipélago de Barat Daya (Kepulauan Barat Daya) Damar Maopora Romang Wetar Arquipélago de Sermata (Kepulauan Sermata) Sermata Coco (Pulau Kelapa) Luang Arquipélago de Leti (Kepulauan Leti) Kisar Lakor Leti Moa
Pequenas ilhas vulcânicas no Mar de Banda Nila Serua Teun
Na província das Molucas do Norte
Halmaera, com ilhas adjacentes: Damar (Molucas do Norte) Hasil Machian (Pulau Makian) Mare Morotai Moti Sayafi Ternate Tidore Bacan, com ilhas adjacentes: Kasiruta Kayoa Latalata Mandioli Taneti Morotai, com ilhas adjacentes: Rau Gebe Umera, com ilhas adjacentes: Yu Arquipélago de Loloda do Norte (Kepulauan Loloda Utara) Dagasuli Doi Arquipélago de Widi (Kepulauan Widi) Ilhas Obi, com ilhas adjacentes: Bisa Gomumu Obilatu Tapat Tobalai Arquipélago de Sula (Kepulauan Sula) Lifamatola Mangole Seho Sulabesi Taliabu
Pequenas ilhas vulcânicas nas Molucas do Norte Mayu Pisang (Molucas do Norte) Tifore Lawin Ilhas Boo
Na província de Papua Ocidental (610 ilhas, das quais 35 habitadas)
Arquipélago da Ásia (kepulauan Asia) Fani Igin Miarin Arquipélago de Ayu (kepulauan Ayu) Ilhas Mapia ao norte da Baía de Cenderawasih Ilha Bras Ilha Pegun Bantang (Batangpele), com ilhas adjacentes: Minyahun Penemu Yar Ilhas Kabu (kepulauan Kabu) Ilhas Kalis (kepulauan Kalis) Mansuar, com ilhas adjacentes: Kri Ilhas Raja Ampat (kepulauan Raja Ampat ou Arquipélago dos Quatro Reis): mais de 1 500 ilhas Batanta Gag Ilhas Fam (kepulauan Fam) Misool com ilhas adjacentes: Babi Daram Ketimkerio Polee Wagmab Walib Warakaraket/Warakaget Ilhas Nusela (kepulauan Nusela) Ilhas Rombombo (kepulauan Rombombo) - próximas a Sorong Doom Kabra Tsiof Selawati Waigeo Gam Kawe Me Uranie Wayag Yeben Kofiau Ilhas Sariga (kepulauan Sariga) Selawati, com ilhas adjacentes: Batanta Igiem Jefman/Yefman Warir Sayang Ilhas Su (kepulauan Su) Wai (no estreito de Dampier) Ilhas Segaf, ao sul de Misool. Ilhas Valse Pisang, a leste de Misool.
Outras ilhas na província de Sonda Ocidental
na Baía de Cenderawasih: Ilhas Auri (kepulauan Auri) Meos Waar Rumberpon Ilha Roon Meos Angra
na Baía de Sebakor: Karas Semai
na Baía de Kamrau: Ilha Adi (na regência de Kaimana) Aduma
outras: Sabuda (próxima ao Cabo Fatagar Tuting)
Na província de Papua
Ilhas Biak (kepulauan Biak ou Arquipélago de Schouten): Biak Ilhas Padaido (kepulauan Padaido) Numfor Yapen Mios Num Kaipuri Supiori Ilhas Kumamba (Kepulauan Kumamba) Ilhas Podena (Kep Podena) Ilhas Moor (kepulauan Moor) na Baía de Cenderawasih Komoran Yos Sudarso (Dolak, Kimaam, e a antiga Ilha de Frederik-Hendrik)
Ver também Geografia da Indonésia
Ilhas * Indonesia