O Condado de San Juan () é um dos 33 condados do estado americano do Novo México. A sede do condado é Aztec e sua maior cidade é Farmington.
O condado possui uma área de , dos quais estão cobertos por terra e 66 km² por água, uma população de habitantes, e uma densidade populacional de 9,1 hab/km² (segundo o censo nacional de 2010). É o quinto condado mais populoso do Novo México.
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San Juan