Francisco Henequim (Roterdão, Holanda do Sul, Províncias Unidas dos Países Baixos, 1640 – Mártires, Lisboa, 1684) foi um diplomata holandês, tendo sido o cônsul das Províncias Unidas em Lisboa de 1665 até à sua morte.
Início de vida Francisco Henequim (em holandês: François Hennekijn) nasceu na cidade de Roterdão, na província da Holanda do Sul em 1640. Apesar de holandês, foi-lhe dada a transliteração do mesmo nome em francês, como homenagem a seu avô paterno, flamengo natural de Antuérpia, François Hennequim. Seus pais, João Henequim, um comerciante, industrial e proeminente armador de Roterdão, e Catarina Graswinckel, casaram-se a 1 de fevereiro, na cidade onde a sua mãe vivia, Delft, tendo ido posteriormente viver para Roterdão. Francisco, no entanto, torna-se órfão de mãe em 1647, com cerca de sete anos de idade.
Com a assinatura do tratado de paz entre as Províncias Unidas e Portugal, pondo fim à Guerra Luso-Holandesa, a 6 de agosto de 1661 (e ratificado pelas Províncias Unidas a 24 de maio de 1662), dá-se início a um novo período de paz e prosperidade comercial e diplomática entre ambas as nações na Europa.
Com isto, Francisco vai para Lisboa, sendo eleito como cônsul das Províncias Unidas em Lisboa, a 8 de dezembro de 1665. Francisco vivia na Rua dos Cónegos, na freguesia da Sé (atual Rua da Saudade).
Conhecendo D. Maria da Silva e Castro, natural da freguesia de S. Nicolau, no Porto, senhora de classe social considerável, Francisco apaixona-se, e, apesar das diferenças religiosas, ambos têm uma relação amorosa, gerando um filho ilegítimo em 1680, futuro executado pela Inquisição por heresia, Pedro de Rates Henequim. De acordo com seu filho, Francisco prometera converter-se à religião católica para casar com sua mãe, no entanto sem nunca o ter feito. Por esta ou outra razão desconhecida, denota-se a ausência da mãe logo na infância de Pedro de Rates. Com isto, Francisco torna-se o único progenitor a tentar acompanhar o crescimento da criança, que, apesar de ilegítimo, aperfilha e cuida.
Apesar disto, Francisco adoece em 1684, acabando por falecer nesse ano em Lisboa. Antes de falecer, deixa o seu filho ao cuidado de do funcionário holandês que substituiu seu pai na Embaixada.
Com a sua morte, e sendo protestante, devido às restrições de protestantes serem sepultados em Portugal, então um país católico, foi sepultado no leito do rio Tejo, em baixa-mar.