miniaturadeimagen|Escudo de armas dado por el rey Carlos I a la región de Honduras. La historia colonial de Honduras comienza en la tercera década del siglo (años después de la llegada de Cristóbal Colón a este territorio en 1502) y termina con la independencia de Honduras en 1821. En este período, el territorio de la actual Honduras está estrechamente ligado a la Capitanía General de Guatemala, adscrita a su vez al Virreinato de Nueva España.
Antecedentes miniaturadeimagen|La playa de Trujillo. Uno de los primeros lugares donde arribaron los conquistadores españoles a inicios del siglo . El almirante Cristóbal Colón, el 14 de agosto de 1502, desembarcó en la costa norte de Honduras, en su cuarto viaje. La primera misa en suelo continental se celebró en lo que hoy es Trujillo. No fue hasta pasados unos veinte años cuando los conquistadores españoles decidieron tomar posesión de estas tierras, en las cuales residían nativos indígenas locales; en el noroeste estaban los pueblos de influencia azteca, como los náhuatl. Habitando el Valle de Naco hasta Trujillo, los descendientes del grupo mayance como los chortís abarcaban la zona de lo que hoy son los departamentos de Cortés, Copán y Ocotepeque.
En cuanto a los lencas, se asentaban en un amplio territorio en lo que actualmente son los departamentos de Comayagua, Francisco Morazán, Intibucá, La Paz, Santa Bárbara y Valle. El resto del territorio estaba habitado por pueblos provenientes del sureste (Nicaragua) entre ellos los misquitos, pechs, tawakas y xicaques.Stone, Doris. Demarcación de las culturas precolombinas del Norte y Centro de Honduras. Revista del Archivo y Biblioteca Nacional, Tomo XIX, No. 2-5, agosto y noviembre de 1940, Tegucigalpa, Honduras, (páginas 65 a 57) Para colonizar este territorio había que enfrentarse a estas tribus organizadas. Según los estudios en subdivisiones, por ejemplo los cares habitaban Intibucá, La Paz, norte de Lempira y sur de Santa Bárbara; los cerquines habitaban el centro y sur de Lempira y sur de Intibucá; los potones estaban localizados al oeste del río Lempa y en territorio salvadoreño. Los lencas estaban en el Valle de Oriente hasta El Salvador.Chapman, Anne. Los Lencas de Honduras en el siglo , (página 28.)
En 1503 empezó a funcionar en Sevilla, la denominada «Capital del Oro», una ciudad de no más de 60 000 habitantes para esos años, la Casa de Contratación de Indias. Con las primeras ordenanzas aprobadas por la monarquía española y con una plantilla de oficiales, esta casa recibió plenas competencias sobre la navegación entre España y las Indias, entre ellas la supervisión del flujo de materiales y productos hacia el nuevo continente y la atribución sobre la emigración. Concediendo o negando el viaje, la Casa debía fiscalizar y registrar las mercancías de ese tráfico marítimo. Desde 1509 hasta 1701 se llevó un registro de pasajeros a Indias; al respecto hay alrededor de catorce libros transcritos al Archivo General de Indias en Sevilla, en los que se detalla nombre del pasajero, padres, lugar de nacimiento, vecindad, edad, estado civil nombre de la esposa si estaba casado, nombre del navío que lo transportaba. En 1511, la corona alentaba a la población a hacerse a la mar, para ir a colonizar las Nuevas Indias, hay gente sobrada e las tierras son estériles, para que de allí vaya toda la más xente de travaxo, por ser pueda.Mörner, Magnus. “La emigración española al Nuevo Mundo antes de 1810. Un informe del estado de la investigación, en Anuario de Estudios Americanos. XXXII, Sevilla, España, 1975. (Página 88)
1520 a 1550 180px|miniaturadeimagen|izquierda|El conquistador don Hernán Cortés desembarca en Honduras tiempo después de la caída de Tenochtitlan.
thumb|350px|La gobernación de Honduras y sus provincias (jurisdicciones de villas y ciudades que reparten encomiendas), y las demás gobernaciones y provincias antes de la creación de la Real Audiencia de los Confines en 1542
Entre 1520 a 1530 hubo una extensiva migración española hacia América, en los indicadores de destino se establece que entre estos años, los españoles extremeños que llegaron a Honduras solo fueron 70, de un total de 12 426, siendo Extremadura el segundo lugar que más inmigrantes ultramarinos registraba.Peter Boyd-Bowman, Universidad Estatal de Nueva York, S.U.N. Y. /Buffalo, U.S.A. (Centro Virtual Cervantes) Por otra parte, la emigración castellana y leonesa, hacia Honduras fue de solo 28, entre un total de 1 009 registrados entre los años de 1521 a 1556.Congreso de Historia del Descubrimiento (1492-1556): actas Tomo II. Editado por la Real Academia de la Historia de España. (página 553)
En 1522 una expedición al mando de Gil González Dávila y Andrés Niño partió hacia el norte y llegaron al occidente de Nicaragua, alcanzando el golfo de Fonseca. Visitaron así el sur de lo que se denominaba Higueras, Guaymuras u Hibueras (Honduras). Después de la exitosa travesía se informó al Gobernador de Panamá, Pedro Arias Dávila (Pedrarias Dávila), sobre los territorios reconocidos. Arias envió a Francisco Hernández de Córdoba a falta de Gil González Dávila, quien se encontraba en la isla de Santo Domingo, para imponer la presencia española en los sitios. Mientras tanto, Hernán Cortés envió a Cristóbal de Olid a tomar posesión de Hibueras o Guaymuras (Honduras). Olid llegó en 1524. Más con la idea de reclamar el territorio para sí mismo, Cortés envió a Francisco de las Casas a tomar posesión en nombre de la corona y de Cortés, quien llegó a Honduras en 1525 con conocimiento de las riquezas del territorio. En el mismo año, la Corona Española ordenó la prohibición de la esclavitud de los sumisos, motivo por el cual los conquistadores provocaron focos de resistencia con el fin de tener pretexto para capturas y reducción a la esclavitud. Al año siguiente (1526), 150 caciques de los territorios de Honduras y Nicaragua se declararon en rebeldía, cuando el ejército indígena liderado por Guatucanola, atacó e incendió la villa minera de Hermosa, donde se lavaba el oro extraído. En la revuelta perdieron la vida los capitanes Grijalva y Hurtado, oficiales de Pedrarias. Al final los gobiernos españoles de León y Honduras, en vez de sofocar la rebelión, dieron lugar a una enemistad.
right|thumb|200px|Capitán Juan de Grijalva Cuéllar
El Emperador Carlos V firmó en Granada las Capitulaciones de la Conquista de Yucatán, el 8 de diciembre de 1526, y los comandantes capitanes Francisco de Montejo y Pedro de Alvarado fueron decisivos al mando de Hernán Cortés. En ese mismo año, la gobernación de Honduras fue establecida nombrándose a Diego López de Salcedo bajo la jurisdicción de la Real Audiencia de Santo Domingo, inicialmente el gobernador residía en Trujillo, pero Pedro de Alvarado estableció la capital en la ciudad de Gracias a Dios, en 1536, durante la pacificación del occidente del territorio disputado con los indios; sin embargo, Francisco de Montejo consideró que la ciudad de Comayagua era la adecuada para ser la capital debido a su situación geográfica y proximidad con todas las minas explotadas. Dicho conflicto sobre la capital de Honduras fue resuelto hasta 1543, con la fundación y establecimiento de la Real Audiencia de los Confines, a la cual los magistrados decidieron tomar como su asiento en Gracias a Dios. Por consiguiente, Gracias fue elevada a capital de Honduras y con jurisdicción sobre Costa Rica, Chiapas, Guatemala, Nicaragua, Panamá, Tabasco y Yucatán, hasta su traslado definitivo a ciudad de Guatemala; después, Comayagua se elevaría como capital hasta la década de 1880.
Diego López de Salcedo, en su gobernación, aprovechando el juicio a Pedrarias en Panamá, entró en Nicaragua hasta el pueblo de León en un intento de extender el territorio de Honduras; junto a él iba Rodrigo del Castillo, Tesorero real, y otros oficiales. El rey nombró a Pedrarias como gobernador de Nicaragua y ordenó que Diego López de Salcedo regresara a Trujillo. Por cuestiones de enemistad, Diego López de Salcedo fue arrestado un 14 de junio de 1528, hasta la llegada de Francisco de Castañeda, quien había sido nombrado Alcalde Mayor por el rey. Pedrarias envió a su teniente Estete a capturar esclavos dentro del territorio hondureño (Trujillo y Olancho), cedido por López de Salcedo, mientras un ejército español proveniente de El Salvador se enfrentó a Estete y le confiscó 2,000 indios cuzcatlecos, los cuales Pedrarias iba a enviar a Perú. El 28 de diciembre del mismo año, López de Salcedo fue liberado, marchó al occidente de Honduras y dejó Trujillo para Pedrarias. Una nueva Cédula Real emitida en 1531 prohibía la esclavitud y capturar indios para tal fin, contrario a ello, Pedrarias había juzgado a 1,000 rebeldes capturados y a los cuales trasladaría en barco hacia su exilio, supuestamente. En 1533 fue nombrado como gobernador de Honduras a Andrés de Cereceda quien suspendió la prohibición de la esclavitud, con el pretexto de necesitar capturar a los rebeldes de Naco que diez años atrás había sido conquistada por Olid y recorrida por los ejércitos al mando de Gil, de Hernán Cortés y de López de Salcedo. Estando de procurador de Honduras Francisco Cava, este hace una petición a Pedro de Alvarado para que venga en socorro y así evitar la pérdida de Honduras, -dicha petición no fue atendida.López de Azcona. Juan Manuel, Ignacio González Casasnovas, Esther Ruiz de Castañeda. Minería iberoamericana: Biografías mineras, 1492-1892. (página 96)
180px|miniaturadeimagen|derecha|El Adelantado don Pedro de Alvarado
Pedro de Alvarado, siendo gobernador de Honduras, envió a Luis Moscoso hacia El Salvador para afianzar sus dominios. Este fundó la villa de San Miguel de la Frontera en 1530, la que quedaría despoblada debido al viaje de Alvarado al Perú. Seguidamente, en 1533, Alvarado concentra su armada en el Golfo de Fonseca, antes de eso, dos de sus naves habían sufrido un naufragio. Informa que solo cuenta con 200 hombres a caballo y con 500 infantes, su capitulación la realizó en enero de 1534, dejando despoblada tanto de españoles, como de indígenas, su gobernación. Alvarado había realizado el repartimiento de Higueras, Hibueras u Honduras en la Villa de San Pedro de Puerto Caballos en 1536. Dicho repartimiento se realizó sobre 167 pueblos divididos entre 15 oficiales de Alvarado y otros personajes. Andrés de Cereceda, contador real, se quedaría con Quimistán, Naco y otros pueblos; Diego García de Celis, Tesorero real, Alonso Ortiz, Alfaro de Sandoval, Jerónimo de San Martín, Miguel García de Liñan, Antonio Talavera, Hernando de Sayavedra (Saavedra), Nicolás de Yrazaga, Alonso Cepero, les quedó Choloma; Andrés Lobon, Francisco del Puerto, Carlos Ginovés, Juan de Rivera, Diego de Hernando, Juan de Valle, Luis del Puerto, les quedó Gualala, Cristóbal Gallego, Juan de Oviedo, Maestre Antonio, Francisco Méndez, Rodrigo Paz, Bernaldo de Cabranes, Rodrigo Gómez Romero, Juan de Lobera, Francisco Vaquero, Juan Gil, piloto de nave, Baltasar Rodríguez, Diego de Latorre, Francisco Martín, Luis Díaz, párroco, Juan Havela, párroco, Estevanía Hernández, Bartolomé Moreno, Hernando de San Martín, Francisco Tarifeño, Juan Padrón y Francisco Martín, tomo nota el escribano real, Gerónimo de San Martín.Revista del Archivo y Biblioteca Nacional, Tegucigalpa, Volumen IV, (páginas 142 al 148)
En 1538, la exportación de las minas hondureñas superaban los 58,770 pesos, entre los meses de agosto de 1540 y marzo de 1542, la producción alcanzó los 200,000 pesos, todo con mano de obra de esclavos negros y algunos indios.