La Copa de Clubes de la CECAFA 1999 fue la 25.ª edición de este torneo de fútbol a nivel de clubes de África organizado por la CECAFA y que contó con la participación de 12 equipos representantes de África Central y África Oriental 2 equipos más que en la edición anterior con la aparición por primera vez de un representante de Burundi.
El Young Africans SC de Tanzania venció al Villa SC de Uganda en la final disputada en Kampala, Uganda para ganar el título por tercera ocasión, mientras que el campeón defensor Rayon Sport de Ruanda fue eliminado en las semifinales.
Fase de grupos Grupo A
ClubGEPGFGCPts Villa SC 2 0 0 8 0 6 Vital'O FC 1 0 1 1 3 3 KMKM 0 0 2 0 6 0
Grupo B
ClubGEPGFGCPts SC Kiyovu Sport 1 1 0 2 1 4 Mebrat Hail 0 2 0 2 2 2 AFC Leopards 0 1 1 1 2 1
Grupo C
ClubGEPGFGCPts Al-Hilal Omdurmán 2 0 0 5 0 6 Express FC 1 0 1 6 3 3 Naadiga Dekedaha 0 0 2 2 10 0
Grupo D El Red Sea FC de Eritrea abandonó el torneo.
ClubGEPGFGCPts Rayon Sport 1 0 1 3 3 3 Young Africans SC 1 0 1 3 3 3 Red Sea FC abandonó el torneo
Rayon Sport ganó el grupo con un lanzamiento de moneda.
Cuartos de final
Semifinales
Tercer Lugar
Final
Campeón Copa de Clubes de la CECAFA1999Young Africans SC3º Título
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1999 Categoría:Fútbol en 1999