Juan Bautista Álvarez Maldonado (* Salamanca, ? - † Cuzco, c.a. 1608) fue un explorador, conquistador y encomendero español. Gobernador de la región amazónica denominada Nueva Andalucía (actual departamento de Madre de Dios, Perú).
Biografía Nacido probablemente en Salamanca, pasó al Perú junto al licenciado Pedro de la Gasca, participando en las campañas sobre el rebelde Gonzalo Pizarro. Hacia 1564, participó en la fundación del Hospital de Naturales de Lima, como rector. En 1567, el gobernador Lope García de Castro, lo nombró gobernador de una región que se extendía desde Opatari hasta el Mar del Norte, dándole asimismo la gobernación de Moxos y Paititi. Sin embargo, el resultado de su expedición fue decepcionante.
En la relación que Juan Álvarez Maldonado escribió cuando volvió al Cusco, llamada "Relación de la Jornada y descubrimiento del Río Manu" (1572), se describe la rica tierra del Paititi:
En marzo de 1572, nuevamente emprendió la exploración de Manopampa, tierra del cacique Mampio, descubriendo un río al que llamó Lázaro, a catorce leguas de la provincia de los Andes. No obstante, fue llamado por el virrey Toledo para que participe en la invasión de Vilcabamba y ayudara a sujetar a los incas alzados. Se desempeñó como maestre de campo en las acciones de Vitcos y Vilcabamba, y condujo prisionero a Túpac Amaru I en su entrada al Cuzco.
Radicado definitivamente en la Ciudad Imperial, obtuvo las encomiendas de Layosupa, Hatuncolla y Huaro.
Matrimonio y descendencia Se casó en Arequipa con la dama criolla Ana Cornejo, hija del conquistador Miguel Cornejo, fundador y alcalde ordinario de dicha villa, con la cual tuvo los siguientes hijos: Francisco Maldonado de Anaya, casado con Luisa de Santa Cruz, con descendencia femenina. Mariana Cornejo Maldonado, casada en primeras nupcias con el cusqueño Juan Gutiérrez de los Ríos, cuyos descendientes obtendrían el Condado de la Laguna de Chanchacalle, y en segundas nupcias con el almirante Francisco de Alderete Maldonado. Leonor Maldonado y Cornejo, casada con Diego de Zárate e Irarrázabal 15px, con sucesión que entroncaría con los Condes de Villaminaya.
Referencias Alberto Tauro del Pino. Enciclopedia Ilustrada del Perú. Lima: PEISA, 2001.
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