La Copa Intertoto de la UEFA 1999 fue la edición número 5 de la competición. Juventus, West Ham United y Montpellier fueron los campeones.
Primera Ronda Local idaResultadoGlobalLocal vueltaIdaVueltaVålerenga I.F. 1–2 Ventspils || 1-0 || 0-2 |- align=center |align=right|Spartak Varna || 1–8 ||align=left| Sint-Truidense 1-2 0-6Polonia Warszawa || 4–0 ||align=left| Tiligul Tiraspol || 4-0 || 0-0 |- align=center |align=right|Pobeda (p.) 4–4 OD Trencin 3-1 1-3Rudar Velenje || (v.) 2–2 ||align=left| Halmstads BK || 0-0 || 2-2 |- align=center |align=right|Herfølge Boldklub || 0–4 ||align=left| MŠK Žilina 0-2 0-2FCM Bacău 0–2 Ararat Yerevan || 0-1 || 0-1 |- align=center |align=right|Lokomotiv-96 Vitebsk || 3–4 ||align=left| Varteks 1-2 2-2Union Luxembourg 1–7 Vasas || 1-3 || 0-4 |- align=center |align=right|Shelbourne || 0–2 ||align=left| Neuchâtel Xamax 0-0 0-2Ceahlăul Piatra Neamţ || 2–0 ||align=left| Ekranas || 1-0 || 1-0 |- align=center |align=right|Hradec Králové || 1–1 (p.) ||align=left| Gomel 1-0 0-1Hrvatski Dragovoljac 1–2 Newry City || 1-0 || 0-2 |- align=center |align=right|Maccabi Haifa || 2–2 (v.) ||align=left| Qarabağ 1-2 1-0Cementarnica 55 Skopje || 8–2 ||align=left| Kolkheti-1913 Poti || 4-2 || 4-0 |- align=center |align=right|Korotan Prevalje || 0–6 ||align=left| Basel 0-0 0-6Jedinstvo Bihać || 3–1 ||align=left| GÍ Gøta || 3-0 || 0-1 |- align=center |align=right|Aberystwyth Town || 3–4 ||align=left| Floriana 2-2 1-2ÍA Akranes || 6–3 ||align=left| Teuta || 5-1 || 1-2 |- align=center |align=right|Jokerit Helsinki 7–1 Narva Trans 3-0 4-1
Segunda Ronda Local idaResultadoGlobalLocal vueltaIdaVueltaPerugia || 1–0 ||align=left| Pobeda || 1-0 || 0-0 |- align=center |align=right|Duisburgo 2–1 Newry City 2-0 0-1Basel || 4–2 ||align=left| Brno || 0-0 || 4-2 |- align=center |align=right|Cementarnica 55 Skopje || 2–3 ||align=left| Rostselmash 1-1 1-2Brann 3–3 (p.) Varteks || 3-0 || 0-3 |- align=center |align=right|Rudar Velenje || 2–4 ||align=left| Austria Lustenau 1-2 1-2Lokeren || 6–2 ||align=left| ÍA Akranes || 3-1 || 3-1 |- align=center |align=right|MŠK Žilina || 2–4 ||align=left| Metz 2-1 0-3Copenhague 1–4 Polonia Warszawa || 0-3 || 1-1 |- align=center |align=right|Hammarby IF 6–2 Gomel 4-0 2-2Ventspils 1–3 Kocaelispor || 1-1 || 0-2 |- align=center |align=right|Qarabağ || 0–9 ||align=left| Montpellier 0-3 0-6FC Ararat Ereván 1–5 Sint-Truidense|| 0-2 || 1-3 |- align=center |align=right|Neuchâtel Xamax || 0–3 ||align=left| Vasas 0-2 0-1Jokerit Helsinki || 3–2 ||align=left| Floriana || 2-1 || 1-1 |- align=center |align=right|Ceahlăul Piatra Neamţ 5–2 Jedinstvo Bihać 2-1 3-1
Tercera Ronda Local idaResultadoGlobalLocal vueltaIdaVueltaEspanyol 1–4 Montpellier || 0-2 || 1-2 |- align=center |align=right|Ceahlăul Piatra Neamţ || 1–1 (v.) ||align=left| Juventus 1-1 0-0Trabzonspor || 4–2 ||align=left| Perugia || 1-2 || 3-0 (*) |- align=center |align=right|Herenveen 4–0 Hammarby IF 2-0 2-0West Ham United || 2–1 ||align=left| Jokerit Helsinki || 1-0 || 1-1 |- align=center |align=right|Austria Lustenau || 2–2 (v.) ||align=left| Stade Rennais 2-1 0-1Hamburgo || (v.) 3–3 ||align=left| Basel || 0-1 || 3-2 |- align=center |align=right|Sint-Truiden || 2–3 ||align=left| Austria Viena 0-2 2-1Varteks 2–2 (v.) Rostselmash || 1-2 || 1-0 |- align=center |align=right|Kocaelispor || 0–3 ||align=left| Duisburgo 0-3 0-0Lokeren 2–2 (v.) Metz || 1-2 || 1-0 |- align=center |align=right|Polonia Warszawa 4–1 Vasas 2-0 2-1
(*) = Declaración y confiscación.
Ceahlăul Piatra Neamţ - Juventus
Global: 1:1 Avanza la Juventus por Regla del gol de visitante
West Ham United - Jokerit
Global: 2:1
Semifinales Local idaResultadoGlobalLocal vueltaIdaVueltaDuisburgo 1–4 Montpellier || 1-1 || 0-3 |- align=center |align=right|Trabzonspor || 3–6 ||align=left| Hamburgo 2-2 1-4Rostselmash 1–9 Juventus || 0-4 || 1-5 |- align=center |align=right|Stade Rennais 4–2 Austria Viena 2-0 2-2West Ham United || 2–0 ||align=left| Heerenveen || 1-0 || 1-0 |- align=center |align=right|Metz 6–2 Polonia Warszawa 5-1 1-1
Rostov - Juventus
Global: 1:9 West Ham United - Heerenveen
Global: 2:0
Ronda Final Local idaResultadoGlobalLocal vueltaIdaVueltaMontpellier || (p.) 2–2 ||align=left| Hamburgo || 1-1 || 1-1 |- align=center |align=right|Juventus 4–2 Stade Rennais 2-0 2-2West Ham United || 3–2''' Metz 0-1 3-1
Campeones Montpellier H. S. C.(1.º título)Juventus F. C.(1.º título)West Ham United F. C.(1.º título)
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1999 Categoría:Fútbol en 1999