thumb|Recitación del Corán en Masjid Istiqlal, Yakarta.
El Islam es la religión predominante en Indonesia, la cual a su vez alberga la mayor población musulmana del mundo, con cerca de 202,9 millones de creyentes, lo que suponía en el año 2009 el 88,2% del total.
La mayoría pertenece a la rama suní, principalmente a la madhab Shafi`i. Por lo general, la comunidad musulmana puede categorizarse en dos vertientes: "modernistas" y "tradicionalistas". Los primeros están fuertemente adheridos a la ortodoxia teológica, al mismo tiempo que abrazan las nuevas formas de aprendizaje. Los segundos tienden a seguir las interpretaciones de los líderes religiosos locales (principalmente en Java) y de los profesores de Islam en las escuelas (pesantren).
Historia
Expansión del Islam (1200–1600)
right|thumb|La gran mezquita de Banda Aceh, en la provincia de Aceh. thumb|right|Mezquita en Medan, Sumatra Septentrional.
Hay pruebas de la entrada de mercaderes árabes musulmanes en Indonesia ya en el . Los nativos eran animistas, hinduistas y budistas. Sin embargo, no fue hasta finales del cuando se comenzó la expansión islámica.
Aunque en un principio fue introducido por medio de los mercaderes árabes musulmanes, este proceso comenzó a arraigarse entre la gente cuando los líderes locales y la realeza comenzaron a convertirse, con la consiguiente imitación de sus súbditos. La expansión islámica prosiguió al casarse dichos comerciantes con las mujeres locales, emparentándose los más acaudalados con la élite gobernante.
Así pues, la expansión musulmana fue encabezada por los crecientes vínculos comerciales fuera del archipiélago. Como norma general, los comerciantes y la realeza de los principales reinos eran los primeros en adoptar la nueva religión. Los reinos dominantes incluían Mataram en la Java Central y los sultanatos de Ternate y Tidore en las islas Maluku al este. A finales del , el islam se había establecido en el norte de Sumatra y a finales del XIV en el noreste de Malaya, Brunéi, el sudoeste de las Filipinas y entre algunos cortesanos en el este de Java. En el se estableció en Malaca y otras áreas de la península Malaya. Mediante la asimilación, el islam había suplantado al hinduismo y al budismo como religiones mayoritarias de Java y Sumatra a finales del . Bali seguía siendo de mayoría hindú y las islas orientales de predominio animista hasta adoptar el islam y el cristianismo en los siglos y .
Mientras se producía este cambio, se toleraban o incorporaron a los rituales musulmanes las influencias culturales del hinduismo y budismo.
A finales del , el poderoso imperio mayapajit en Java se encontraba ya en decadencia. Tras ser derrotado en varias batallas, el último reino hindú en Java cayó bajo el creciente poder del islamizado sultanato de Demak en 1520. La religión islámica en Java empezó en ese momento a expandirse formalmente, muy influenciada por el Wali Sanga (o los Nueve Santos).
Colonización europea thumb|Mezquita en Pati, Java Central, a principios del en Indonesia. Los holandeses en el debido a su riqueza lucrativa por los recursos naturales de la región y el comercio. A las islas Maluku en el archipiélago indonesio se las conocía como las islas de las especias. Las especias naturales del país incluían nuez moscada, pimienta y clavo, todas ellas muy apreciadas. Otras materias apreciadas para el comercio eran sándalo, caucho y teca.
A pesar de que la invasión de Indonesia acabó en un monopolio de los puertos comerciales centrales, este hecho ayudó a la expansión del Islam a medida que los comerciantes locales musulmanes se realojaron en puertos más pequeños y remotos, estableciendo esta fe en las provincias más rurales de la región.
Ya a principios del el islam se convirtió en un llamamiento para resistir el colonialismo. Se produjo un movimiento inspirado por los sabios musulmanes Muhammad 'Abduh para volver a los escrituras originales de la religión. El movimiento construyó escuelas que combinaban el currículum islámico y el secular, siendo el único en su estilo, e instruyó a mujeres como predicadoras para mujeres. Con las actividades de los reformistas y las reacciones de sus oponentes, la sociedad indonesia se estructuró más firmemente con directrices comunitarias (aliran) en lugar de clases sociales.Ricklefs (1991), p. 285
Los ulemas Minangkabau tuvieron un papel importante en los inicios del movimiento reformista. En 1906, Tahir bin Jalaluddin publicó al-Iman, el periódico malayo en Singapur. Cinco años después se publicó el periódico de al-Munir en Padang. A principios del emergió la escuela musulmana modernista en Sumatra Occidental: Adabiah (1909), Diniyah Putri (1911) y Sumatera Thawalib (1915). Posteriormente, el movimiento islámico también se desarrolló en Java con el nacimiento del NU y Muhammadiyah.
Después de la independencia Cuando Indonesia declaró su independencia en 1945, se convirtió en el segundo país con mayor predominio musulmán en el mundo y tras la separación de Bangladés de Pakistán en 1971 pasó al primer puesto. Hoy en día cerca del 88% de los 235 millones de indonesios son musulmanes. En los últimos años se aprecia cierta tendencia hacia una interpretación más ortodoxa del Islam.
Tras la independencia hubo tensiones con la controversia sobre el papel del Islam en la política. Finalmente Indonesia adoptó un código civil en lugar de uno islámico.
En los años del Nuevo Orden durante la presidencia de Suharto se intensificó la fe religiosa entre los musulmanes.Ricklefs (1994), p. 285 Bajo su régimen, se obligó a todos los partidos islámicos a unirse bajo un partido islámico bajo supervisión gubernamental, el Partai Persatuan Pembangunan (Partido por la Unidad y Desarrollo o PPP). Con la dimisión de Suharto en 1998, se derrumbó la estructura que reprimió la religión y la sociedad.
Actualmente los musulmanes están plenamente representados en el parlamento democráticamente elegido. No obstante, hay críticos que aseguran que esto ha llevado a la aparición de grupos extremistas como Laskar Jihad y Jemaah Islamiyah. Abu Bakar Bashir es un ejemplo de un líder extremista, exiliado del país durante el gobierno de Suharto, regresó para restablecer una base de apoyo.
Demografía thumb|left|Mezquita en Bojonegoro, Java Oriental. Los musulmanes son mayoría en la mayor parte de las regiones de Java, Sumatra, Nusatenggara Occidental, las Célebes, las áreas costeras de Kalimantan y Molucas Septentrional. Constituyen minorías en Papúa, Bali, Nusatenggara Oriental, algunos sectores de Sumatra Septentrional, la mayor parte de las zonas interiores de Kalimantan y Célebes Septentrional. En conjunto, estas áreas no-musulmanas constituían originalmente más de un tercio de Indonesia tiempo antes del programa de transmigración promovido por el gobierno de Suharto y la reciente migración interna espontánea.
La migración interior ha alterado la configuración demográfica del país de las últimas tres décadas. Ha aumentado el porcentaje de musulmanes en partes antes de predominio cristiano. A principios de la década de 1990, el cristianismo pasó a ser una minoría por primera vez en algunas áreas de las islas Molucas. Con la transmigración promovida gubernamentalmente desde las áreas densamente pobladas de Java y Madura a las menos pobladas, se favoreció el incremento de la población musulmana en las áreas de reasentamiento. No hay indicios que sugieran que el gobierno intentara crear una mayoría musulmana en áreas cristianas y la mayor parte de la migración islámica parece espontánea. Con independencia a este intento, las consecuencias económicas y políticas del programa de transmigración contribuyó a conflictos religiosos en las Célebes, Célebes Central y en menor medida en Papúa.
Organización thumb|Delegados de la Jong Islamieten Bond (Joven Unión Musulmana) en Youth Pledge, Batavia, en 1928.
La organización social nacional "modernista" líder (Muhammadiyah) tiene presencia por todo el país y cuenta con cerca de 30 millones de seguidores. Fundada en 1912, Muhammadiya posee mezquitas, oratorios, clínicas, orfanatos, albergues, escuelas, bibliotecas públicas y universidades. El 9 de febrero, la dirección y los jefes provinciales de Muhammadiyah acordaron apoyar la campaña presidencial de un antiguo presidente suyo. Esto supuso su primera incursión formal de la organización en la política y generó polémica entre sus miembros.
Nahdlatul Ulama (NU), la mayor organización social "traditionalista", se centra en actividades similares a Muhammadiya y dirige indirectamente la mayoría de las escuelas islámicas del país. Con cerca de 40 millones de seguidores, NU es la mayor organización del Estado y quizás del mundo islámico. Fue fundado en 1926 y tiene presencia por todo el país, recibiendo los mayores apoyos en la Java rural. El islam de muchos de sus seguidores tiene fuertes influencias de la cultura javanesa, con la tendencia a rechazar una doctrica islámica literal o dogmática. Muchos defienden fuertemente los puntos de vista, las interpretaciones y las instrucciones de las figuras religiosas superiores del NU, conocidas como "Kyais" o ulama. La organización propugnan la modernización religiosa y la harmonía comunitaria.
thumb|left|Sede central de Muhammadiyah en Yakarta. Es la segunda mayor organización musulmana en Indonesia.
Existen organizaciones islámicas menores en torno a una amplia gama de orientaciones doctrinales religiosas. En un extremo del espectro se encuentra la controvertida Red Liberal del Islam, que promueve una interpretación pluralista y más liberal del pensamiento islámico. Otros grupos al otro lado del espectro son igual de controvertidos, como Hizbut Tahrir Indonesia, que promueve un califato panislámico, el Consejo Indonesio Mujahedeen, que apoya la implanatación de la Sharia como paso previo a un estado islámico, y los a veces violentos Frente Islámico Pembela. Todavía existen otras pequeñas organizaciones entre medio de estos extremos. El Instituto de Propagación Islámica Indonesio continúa creciendo. Wakhid Sugiyarto, Study of the 'Santrinisation' process
Al margen del predominio de la población suní en el país, una pequeña minoría pertenece a la comunidad Ahmadiyya. No obstante, este grupo mantiene 242 sedes por todo el territorio. En 1980 el Consejo Indonesio de Ulamas publicó una fetua (una opinión legal o decreto publicado por un líder religioso islámico) declarando que los Ahmadis no pueden considerarse como forma legítima de Islam.
Sociedad thumb|Niños estudiando el Corán en Java durante periodo colonial holandés. thumb|right|220px|Una mezquita en Bukittinggi, con techumbre tradicional Minangkabau. En gran medida, las llamativas variaciones en la práctica y la interpretación del Islam en varias partes de Indonesia reflejan su compleja historia, las cuales son una forma mucho menos austera que las practicadas en el Oriente Medio. Siendo introducido progresivamente por varios comerciantes y místicos errantes desde la India, el Islam se afianzó entre los siglos y en las regiones costeras de Sumatra, norte de Java y Kalimantan. Esta religión llegó a estas regiones probablemente bajo la forma de una tradición mística sufista. El sufismo se ganó fácilmente la aceptación local y llegó a mezclarse con las costumbres locales. Sin embargo, la introducción del Islam en las islas no siempre fue pacífica. A medida que ciudades portuarias islamizadas minaban el menguante poder del imperio Mayapajit hindú-budista al este de Java en el , las élites javanesas huyeron a Bali, donde alrededor de 2,5 millones de personas mantuvieron viva su propia versión de hinduismo. A diferencia de la costa de Sumatra, donde el islam fue adoptado por las élites y las masas de forma similar, en parte como forma de contrarrestar el poder económico y político de los reinos hindú-budistas; en el interior de Java las élites lo aceptaron gradualmente y solo como contexto formal, legal y religioso para la cultura religiosa javanesa.