La Misión de la Unión Africana en Somalia (conocida por sus siglas en español como MUAS) fue una misión de mantenimiento de la paz regional operada por la Unión Africana con la aprobación de las Naciones Unidas en Somalia. Su misión consiste en apoyar al nuevo gobierno somalí, poner en práctica un plan de seguridad nacional, capacitar a las fuerzas de seguridad somalíes y crear un entorno seguro para la entrega de ayuda humanitaria. Como parte de sus funciones, la MUAS por tanto, apoya militarmente a las Fuerzas Armadas de Somalia en su lucha contra Al-Shabaab. Otras milicias y movimientos locales pelean mancomunadamente con la MUAS y el Gobierno de Somalia, los mismos son el Movimiento Ras Kamboni y la milicia Ahlu Sunna Waljama'a.

La MUAS fue creada por la Unión Africana y el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas el 19 de enero de 2007 con un mandato inicial de seis meses. El 21 de febrero de 2007 el Consejo de Seguridad aprobó el mandato de la Misión. Posteriormente se renovó el mandato por seis meses más.

El mandato de la MUAS se extendió por otros seis meses en agosto de 2008 por la Resolución 1831 de la ONU. Cada vez que se sometió a revisión el mandato de esta misión en Somalia fue renovado. Será revisado de nuevo el 16 de enero de 2013.

Origen de la misión La Misión de la Unión Africana en Somalia sustituyó al Osasuna para la Paz en Somalia (IGASOM). La IGASOM fue impulsada por la Autoridad Intergubernamental para el Desarrollo en calidad de misión de entrenamiento en Somalia, había sido aprobada por la Unión Africana el 14 de septiembre de 2006. La IGASOM también fue aprobada por el Consejo de Seguridad de las Naciones Unidas el 6 de diciembre de 2006.

La IGASOM originalmente había sido propuesta para ser aplicada inmediatamente en marzo de 2005 con el objetivo de brindar fuerzas de mantenimiento de la paz.

En ese momento, la Unión de Tribunales Islámicos (UCI) aún no había tomado el control de Mogadiscio y la mayoría de las esperanzas de unidad nacional recaían en el Gobierno Federal de Transición (GFT), que se organizó en Nairobi (Kenia) en 2004, y pretendían establecerse en Baidoa, región de Bay, Somalia.

En mayo de 2006, la situación era radicalmente diferente, ya que la UCI ha sido recientemente contratada por la Alianza para la Restauración de la Paz y contra el Terrorismo o ARPCT y estaba luchando por el control de Mogadiscio en la Segunda Batalla de Mogadiscio. En junio, lograron capturar dicha ciudad. Los combates comenzaron a extenderse a otras partes de la nación y la Unión de Cortes Islámicas comenzaron a apoderarse de mayor cantidad de terreno.

Los planes de la IGASOM continuaron, aunque en julio hubo indicios de oposición por parte de la UCI, que vieron la iniciativa como una injerencia impulsada por los Estados Unidos.

Hasta diciembre de 2006, el Consejo de Seguridad impuso un embargo de armas contra el grupo, pero luego fue levantado parcialmente y se estableció un mandato de la IGASOM por un período de seis meses el 6 de diciembre de 2006.

El 21 de febrero de 2007, el Consejo de Seguridad ed la ONU autorizó a la Unión Africana de desplegar una misión de mantenimiento de la paz con un mandato de seis meses. En marzo de 2007, personal de las Fuerzas Armadas de Uganda se desplegó en terreno de Somalia. El 20 de agosto de 2007 , el Consejo de Seguridad extendió la autorización de la Unión Africana para continuar el despliegue de la MUAS por otros seis meses, y pidió al Secretario General que estudie la posibilidad de sustituir la MUAS con una operación de mantenimiento de la paz de las Naciones Unidas para Somalia.

Despliegue de la misión IGASOM esperaba que se pudiera desplegar al menos 8.000 soldados, financiados con trescientos treinta y cinco millones de dólares por 12 meses. De acuerdo con la Resolución 1725, los estados fronterizos con Somalia no serían elegibles para desplegar tropas bajo el nombre de la IGASOM. Los restantes miembros no limítrofes de la IGAD eran Sudán, Eritrea y Uganda. Debido a la oposición de los países restantes y sumado a esto también la rivalidad existente entre Eritrea y Etiopía la IGAD tuvo que pedir la participación de otros países de la Unión Africana.

Resistencia de la Unión de Cortes Islámicas Ya el 25 de marzo de 2005 el jeque Hassan Aweys de la Unión de Cortes Islámicas advirtió a las fuerzas de paz no serían bienvenidas en el país. Fue citado por la BBC diciendo: "Vamos a luchar ferozmente hasta la muerte contra cualquier fuerza de intervención que llega a Somalia". Sin embargo, en ese momento, la UCI no fue la fuerza política o militar que habría de convertirse más tarde.

Frente a la supremacía de la UCI tras hacerse cargo de la capital, en la Segunda Batalla de Mogadiscio entre mayo y junio de 2006, los observadores de la ONU estaban cada vez más preocupados por el nivel de hostilidad de la UCI a la misión IGASOM.

A pesar de la IGAD y la UCI se reunieron y publicaron un comunicado cordial y formal, en el momento en que las Naciones Unidas aprobaron la Resolución 1725 el 6 de diciembre, la UCI se manifestó de manera abierta y militantemente en contra de que las fuerzas de paz entraran en Somalia, y aseguraron que iban a tratar a las fuerzas de paz como fuerzas hostiles. Debido a las divisiones regionales, también hubo resistencia UCI para permitir que las tropas etíopes fueran parte de la misión. Etiopía, por su parte, estaba receloso de permitir que tropas de Eritrea a sean miembros de la fuerza de paz de la IGAD.

Frente a las amenazas de la UCI, Uganda, el único miembro del IGAD que se había ofrecido abiertamente a enviar fuerzas (un batallón), se retiró al notar la inviabilidad de la misión.

El 23 de diciembre de 2006, el destino y la viabilidad de IGASOM seguían siendo inciertos, aunque la secretaria de Estado de los Estados Unidos, Condoleezza Rice se reunió con el ministro de Relaciones Exteriores de Uganda, Sam Kutesa, para ofrecerle garantías y hacer hincapié en los planes de desplegar IGASOM a principios de 2007.

El 1 de enero de 2007, después de la derrota de la UCI en varias batallas en diciembre de 2006, Uganda renovó su promesa de enviar un batallón de tropas. Entre Uganda y Nigeria (que es un Estado miembro de la Unión Africana, pero no de la IGAD), desplegaron un total de 8.000 soldados de paz. Malaui también se comprometió a enviar fuerzas, mientras que Ghana, Ruanda y Tanzania contemplaron la posibilidad.

Adhesión internacional Después de la derrota de la Unión de Tribunales Islámicos en diciembre de 2006 y enero de 2007 la comunidad internacional comenzó a reunir tanto los compromisos fiscales, así como las fuerzas militares de la misión. Las naciones de la Unión Africana (UA), fuera de la comunidad IGAD se ofrecieron a brindar apoyo.

El 17 de enero de 2007, el embajador de Estados Unidos en Kenia, Michael Ranneberger, dijo que los Estados Unidos donarían cuarenta millones de dólares para apoyar el despliegue de una fuerza de mantenimiento de la paz en Somalia. En 20 de enero, la Unión Europea ofreció 15 millones de apoyo.

El 19 de enero de 2007, la misión fue formalmente definida y aprobada por la Unión Africana en la 69 ª reunión del Consejo de Paz y Seguridad.

El 22 de enero de 2007 Malaui aceptó enviar medio batallón o un batallón entero (que van ampliamente en cualquier momento de 400 a 1.200 soldados) para una misión de paz en Somalia.

El 24 de enero de 2007 Nigeria se dispuso a desplegar un batallón (una fuerza de 850 tropas) para unirse a la misión de paz de Somalia.

El 1 de febrero de 2007 Burundi se unió a la misión de paz, prometiendo enviar hasta 1000 soldados. Pero para el 27 de marzo, se confirmó que las fuerzas de paz de Burundi ascendieron a los 1700 hombres enviados a Somalia

El 2 de febrero de 2007, el Consejo de Seguridad de la ONU acogió con beneplácito el advenimiento de la misión de paz mancomunada entre la Unión Africana y la IGAD.

El 5 de febrero de 2007 Tanzania se ofreció a entrenar militarmente a las tropas somalíes, pero afirmó que no desplegaría fuerzas de paz.

El 9 de febrero de 2007 una reunión de 800 manifestantes somalíes en el norte de Mogadiscio, donde islamismo predomina y por ende el apoyo a la UCI, quemaron banderas de Estados Unidos, Etiopía y Uganda en forma de protesta contra la misión de paz que sería desplegada. Un representante enmascarado, del Movimiento de Resistencia Popular en la Tierra de las Dos Migraciones, dijo que las tropas etíopes serían atacados en sus hoteles, el mismo grupo había hecho una advertencia a las fuerzas de paz por medio de un vídeo. Por esta fecha, Uganda, Nigeria, Ghana, Malaui y Burundi se habían comprometido a la misión de paz, pero las tropas que serían desplegadas no llegarían a las 8.000, número que había sido acordado para materializar el despliegue de esta misión. Uganda desplegó 1.400 soldados y algunos vehículos blindados para un período de una duración de hasta a 9 meses, y la Unión Africana prometió apoyar al contingente con once millones seiscientos mil dólares.

El 16 de febrero de 2007 Uganda anunció que iba a desplegar a 1500 soldados bien experimentados para el sábado 17 de febrero de 2007 bajo el mando del mayor general Karuhanga Levi. Las tropas habían estado entrenando durante dos años en preparación para la misión.

Las tropas de Burundi estaban técnicamente listas para salir a principios de agosto de 2007, pero el equipo prometido por Estados Unidos y Francia aún no había llegado. El 23 de diciembre de 2007, una fuerza de avance de 100 burundeses fue desplegada y otros 100 soldados llegaron el 24 de diciembre. A finales de 2008, 1.700 soldados de Burundi fueron desplegados en Mogadiscio.

Expansión de sus funciones En una reunión a puertas cerradas en Kampala el 22 de julio de 2010, los ministros de la Unión Africana acordaron ampliar el mandato. Pero esta pasó a adoptar un carácter distinto: de ser una misión focalizada en el "mantenimiento de la paz", pasó a ser una misión de "imposición de la paz" pretendiendo eliminar a las milicias de al-Shabaab. La decisión se produjo poco después de los ataques mortales con bombas en la capital de Uganda. Unos días más tarde, en respuesta a la presión de la ONU, la UA acordó no ampliar el mandato, pero permitió que se realizaran ataques preventivos contra Al-Shabaab y prometieron más tropas de otros países africanos en la misión.

El 23 de julio de 2010, Yibuti y Guinea enviaron tropas luego de unirse a la MUAS.

En marzo de 2011 Burundi envió 1000 soldados adicionales a la MUAS, con lo que el número total de efectivos burundeses desplegados ascendió a 4.400.

En febrero de 2012, el Consejo de Seguridad de la ONU permitió el aumento de la cantidad de efectivos desplegados de la MUAS de 12.000 a 17.731. La aprobación se produjo después de una serie de éxitos recientes contra al-Shabaab, que perdió posiciones en el centro y sur del país. Durante el mismo mes, el Comandante Fred Mugisha sugirió que Al-Shabaab estaba "en su más débil situación" y que probablemente "implosionará en un futuro no muy lejano", debido a sucesivas derrotas militares que sufrieron, así como un éxodo hacia la Península arábiga de cientos de combatientes del grupo.

Debido a las exitosas operaciones militares contra los insurgentes islamistas, los Estados Unidos han aumentado sus esfuerzos para entrenar y equipar a las tropas de la MUAS, en un intento de acabar con la insurgencia de Al-Shabaab y limitar su influencia.