thumb|200px|right|Quema de los ídolos y documentos mayas por Fray Diego de Landa. Mural del pintor mexicano Fernando Castro Pacheco. La Inquisición en América se refiere a las ramas de la Inquisición española y portuguesa que tuvieron actividad en los territorios americanos conquistados por estas potencias, desde sus inicios, a principios del , hasta su abolición en la primera mitad del siglo . Se trata de un modelo institucional, de carácter tanto estatal como eclesiástico, que buscaba preservar la supremacía de la fe y dogmas católicos; proscribiendo, persiguiendo y castigando cualquier punto de vista heterodoxo, o herético. En América, la Inquisición con mayor actividad fue la que tuvo lugar en las colonias españolas. Algunos autores, dividen esta última, para su estudio, en tres periodos diferenciados: Inquisición primitiva o preinquisición (1517-1571), que abarca desde los primeros años de vida colonial, hasta la celebración del tercer Concilio Provincial Mexicano y del establecimiento formal de los Tribunales del Santo Oficio de la Inquisición en Lima (1569) Nueva España (1571) y Cartagena de Indias (1610). Inquisición formal(1571-1771) que inició con la formación de los tribunales en las últimas décadas del siglo y terminó con la instauración de las Reformas Borbónicas y la realización del cuarto Concilio Provincial Mexicano, a fines del siglo . Últimos años de la Inquisición en América (1771-1820/30) que tuvo lugar desde las últimas décadas del siglo y se extendió hasta las Revoluciones de Independencia, en el transcurso de la segunda década del siglo . En cuanto a la Inquisición en Brasil, fue establecida el 23 de mayo de 1536, mediante la bula Cum ad nihil magis del Papa Pablo III y duró hasta su abolición el 31 de marzo de 1821,con la diferencia de que Portugal nunca creó un tribunal de la Inquisición en Brasil, sino que operaba mediante visitas, cuyas denuncias se enviaban al tribunal de Lisboa, donde eran analizadas por los inquisidores y devueltas, en dado caso, con una orden de arresto.
Antecedentes en Europa
La Inquisición surge en Francia en 1231, durante la persecución católica a la secta de los albigenses o cátaros. El primer tribunal inquisitorial en territorio peninsular fue instalado en la ciudad de Lérida en Cataluña, que entonces era parte de la Corona de Aragón , bajo el impulso del papa Gregorio IX.
Los Reyes Católicos fueron los que instituyeron en 1478 la Inquisición española, cuyo primer inquisidor general fue el célebre fray Tomás de Torquemada. El primer tribunal se puso en marcha en Sevilla dos años después. Pronto se crearon nuevos tribunales inquisitoriales en los reinos de Castilla y Aragón, sustituyendo a la institución inquisitorial medieval. En 1483, se fundó el Consejo de la Suprema y general Inquisición —conocido como «la suprema»—, máxima autoridad de los tribunales provinciales.
El principal propósito del tribunal era vigilar la sinceridad de las conversiones de judíos y musulmanes, que debían bautizarse católicos para seguir viviendo en España. Con tal motivo, la Pragmática de 1492 y las Instrucciones de 1486, que normaron las funciones del Santo Oficio, extendieron la vigilancia del Tribunal al ámbito de la vida privada de frailes y fieles, con el fin de detectar ritos secretos o costumbres contrarias a la fe y la vida cristianas. Esto incluía condenar, por ejemplo, la adivinación, la idolatría, la brujería, la seducción y la vida conyugal secreta en el caso de los sacerdotes, la bigamia, la homosexualidad, la apostasía, la observancia del ayuno en sábado, el lavarse las manos hasta los codos (considerada costumbre musulmana) y cualquier opinión individual "malsonante" o de connotaciones heréticas.
Los reyes Carlos I (1516-1555) y Felipe II (1555-1598), quienes hicieron frente a la acción cismática de Martín Lutero y otros líderes protestantes, incluso mediante las armas, fortalecieron la autoridad del Santo Oficio con la ayuda de Jonathan Martín máximo mandatario de la Iglesia en España y gran inquisidor que acabó con la imprenta. El protestantismo abjuró de la norma papal que prohibía traducir la Biblia del latín y produjo miles de ejemplares, sobre todo de los evangelios, en lenguas vernáculas. La monarquía y la Iglesia temieron entonces que la libre lectura minara la autoridad de los sacerdotes. Por tal razón se otorgó poder al Tribunal para ejercer, además de la persecución de los delitos contra la fe y los mandamientos, la censura editorial y la represión de la lectura y difusión de los libros incluidos en el Index de la Iglesia.
Llegada a América thumb|right|El Cardenal Cisneros, quien ordenó en 1511 que los obispos americanos cumplieran la función de inquisidores.Desde épocas tempranas del Descubrimiento y la Conquista la monarquía y las autoridades eclesiásticas españolas mostraron su empeño en extender las persecuciones religiosas que estaban en curso en la península ibérica a los nuevos territorios conquistados. El fin primordial era evitar que los judíos y judíos conversos de prácticas "judaizantes", así como cualquier tipo de "herejes", pasaran a América. También las autoridades recibían informes sobre la relajación de las costumbres y la disciplina cristiana en las colonias.
Por esta razón, el 22 de julio de 1511 el inquisidor general de España, el cardenal Francisco Jiménez de Cisneros (figura política principal en la corte hispana), dio una orden para que los obispos americanos actuaran como inquisidores en sus territorios episcopales, ordenándoles que se afanaran en la persecución de los herejes.Royo Mejía, Alberto, Los comienzos de la Inquisición en América. De manera que los obispos, sumaban el encargo a sus funciones habituales como representantes de la justicia eclesiástica "ordinaria", quedando en la categoría intermedia de "inquisidores ordinarios".
Los monarcas españoles continuaron durante todo el distribuyendo cédulas que les ordenaban a los obispos no cejar en su labor como inquisidores. Es el caso de la real cédula del 13 de julio de 1559, dirigida al arzobispo de Lima y a todos los obispos del Perú, para que si se hubiesen pasado a esos territorios "algunos hombres luteranos o de casta de moros o judíos, los castigasen".
En 1519, el cardenal Adriano de Utrecht, nueva cabeza de la Inquisición en España, designaba a los dos primeros comisionados especiales del Santo Oficio en el continente. Eran Alonso Manso, obispo de San Juan de Puerto Rico, y el fraile domínico residente en La Española, Pedro de Córdoba, más conocido por su defensa de los indígenas en causa común con Bartolomé de Las Casas.Royo Mejía, Alberto, Los comienzos de la Inquisición en América. Ambos recibían el grado de "inquisidor apostólico general de Indias".
Pronto otros religiosos irían siendo designado como comisionados de la Inquisión, o "inquisidores apostólicos", con potestad de abrir investigaciones en lugares que apenas estaban siendo conquistados.
Tribunales del Santo Oficio A mediados del diversas autoridades eclesiásticas de América solicitaban a la corona la creación de tribunales de inquisición estables. Por ejemplo, en 1569 el fraile dominico que ejercía como obispo de Quito, Pedro de la Peña, argumentaba en carta a la corte que "tomaron licencia muchos para vivir con más libertad de la que el Santo Evangelio permite, ha habido y hay dada día cosas graves de blasfemias, doctrinas e interpretaciones de Sagrada Escritura y lugares della, libertades grandes en hablar cosas que no entienden, y a cada uno le parece que es doctor. Y como en lo temporal han tenido licencia para se atrever al Rey, en lo espiritual la toman para se atrever a Dios. Casados dos veces hay muchos, una en España y otra por acá; toman alas del favor que les dan algunos de los ministros de S. M., diciendo que por acá no se ha de usar del rigor en estas cosas que en esos reinos".Carta al cardenal Espinoza, presidente del Real Consejo, 15 de marzo de 1569, citada en: Medina, Historia del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición en Chile. El vicario de Tucumán agregaba en 1567: "estamos con temor (de que) no vengan estas provincias a ser peores que las de Alemaña (Alemania)".Carta al cardenal Espinoza, presidente del Real Consejo, 1567, citada en: Medina, Historia del Tribunal del Santo Oficio de la Inquisición en Chile.
Finalmente una cédula real del rey Felipe II dispuso en 1569 la creación de sendos tribunales de la Santa Inquisición, también llamados Tribunal del Santo Oficio, en Lima y la Ciudad de México.Real Cédula de 7 de febrero de 1569, en Anales de la Inquisición de Lima, págs. 2-4, de Ricardo Palma. Estos tribunales tenían jurisdicción sobre los respectivos virreinatos y sus capitanías generales vecinas. La argumentación planteada por el decreto señalaba el temor a que la presencia de herejes y libros prohibidos en América —que de por sí podía constituir una "grande ofensa"— para evitar que pasen ideas diferentes de la línea oficial católica a esos territorios, que pudieran "pervertir" a los indígenas.Leyes de Indias, Libro I, título XIX, ley primera.
En Cartagena de Indias se estableció en 1610 otro tribunal, para aliviar la recargada responsabilidad de los dos anteriores. El cartagenero tuvo autoridad sobre los arzobispados de América Central y del norte de América del Sur, entre ellos Bogotá, Santo Domingo, Panamá, Santiago de Cuba, Santa Marta y Venezuela.
Estadísticas de Henningsen-Contreras para el período 1540-1700 Los datos estadísticos más completos de la actividad de los tribunales inquisitoriales son los presentados por el historiador danés Gustav Henningsen y el español Jaime Contreras, recopilados a partir de las relaciones de causas enviadas por los tribunales locales al Consejo de la Suprema. El número de ejecuciones no contempla, en el caso de México, las de Hernando Alonso (1528), Gonzalo de Morales (1528) y Carlos Ometochtzin (1535), por ser anteriores al establecimiento del tribunal, y en el caso de Perú, no se contempla la ejecución de María Francisca Ana de Castro, por ser posterior a la fecha de su estudio (23 de diciembre de 1736). Tribunal Número conservado de relaciones de causas (período 1540-1700)Henningsen, The Database of the Spanish Inquisition, p. 84. Número de casos reportados en las relaciones de causas conservadas (período 1540-1700)Henningsen, The Database of the Spanish Inquisition, p. 58. Número estimado total de casos (período 1540-1700)Henningsen, The Database of the Spanish Inquisition, p. 84. Numbers in the table are given in approximation. Ejecuciones in persona reportados en las relaciones de causas conservadas (período 1540-1700) Número real de ejecuciones in persona (período 1540-1700)Cartagena (establecida 1610)62699~1.10033Lima (establecida en 1570)921.176~2.2003031México (establecida en 1570)52950~2.4001738América española (total)2062.825~5.7005072Total (España + América + Canarias + Baleares + Cerdeña + Sicilia)1.53144.674~87.000826Al menos 1.080
La Inquisición de Lima thumb|250px|left|Celebración de un Auto de Fe en la Plaza Mayor de Lima.
Historia Por recomendación del Virrey del Perú Francisco Álvarez de Toledo (1569-1581), fueron nombrados por el inquisidor general, cardenal de Sigüenza, como primeros inquisidores de Lima, Andrés de Bustamante y Serván de Cerezuela. El primero falleció en pleno viaje, cerca de Panamá, en junio de 1569. Con la sola presencia de Serván de Cerezuela, el 29 de enero de 1570, fue establecido en Lima el Tribunal de la Inquisición, mediante acto solemne, realizado en la catedral, con asistencia de las principales autoridades civiles y eclesiásticas.