«El eclipse del darwinismo» —en inglés The eclipse of Darwinism— fue una frase utilizada por Julian Huxley para describir la situación previa a la síntesis evolutiva moderna en que la evolución fue ampliamente aceptada en los círculos científicos, pero relativamente pocos biólogos creían que la selección natural era el mecanismo principal. Los historiadores de la ciencia como Peter J. Bowler la utilizaron como etiqueta para el periodo dentro de la historia del pensamiento evolutivo desde la década de 1880 a través del primeras décadas del , cuando se desarrolló y exploró una serie de alternativas a la selección natural, porque muchos biólogos consideraban que la selección natural era una suposición errónea por parte de Charles Darwin, y otros sentían que tenía una importancia relativamente menor. Se ha propuesto el término alternativo «la interfase del darwinismo» para evitar la implicación incorrecta de que el supuesto eclipse fue precedido por una vigorosa investigación darwiniana.
Había cuatro principales alternativas a la selección natural en el . La evolución teísta es la creencia de que la evolución está guiada directamente por Dios. La idea de que la evolución se debió a la herencia de características adquiridas durante la vida del organismo se llama neolamarckismo. Ortogénesis fue la creencia de que los organismos se vieron afectados por fuerzas internas o leyes de desarrollo que impulsaron la evolución en determinadas direcciones. Finalmente, el saltacionismo era la idea de que la evolución era en gran parte el producto de mutaciones que crearon grandes nuevas especies en un solo paso.
La evolución teísta desapareció en gran parte de la literatura científica a finales del porque recurrir directamente a causas sobrenaturales llegó a ser visto como poco científico. Las otras alternativas tenían seguidores significativos hasta bien entrado el . No fue hasta que los avances en genética los hicieron parecer cada vez más insostenibles, y el desarrollo de la genética de poblaciones y de la síntesis evolutiva moderna demostraron el poder explicativo de la selección natural, que se abandonaron en gran medida. Ernst Mayr escribió en una fecha tan tardía como 1930 que la mayoría de los libros de texto seguían poniendo énfasis en este tipo de mecanismos no darwinianos.
Alcance La evolución fue ampliamente aceptada en los círculos científicos unos pocos años después de la publicación de El origen de las especies, pero la aceptación de la selección natural como mecanismo de conducción fue mucho menor. A finales del la crítica de la selección natural había alcanzado tal punto de que en 1903 el botánico alemán Eberhardt Dennart escribió que «Ahora estamos de pie en el lecho de muerte del darwinismo», y en 1907 el entomólogo de la Universidad de Stanford Vernon Lyman Kellogg que apoyó la selección natural tuvo que admitir que «... la pura verdad es que la teoría de la selección darwiniana, considerada con respecto a su supuesta capacidad de ser una explicación mecánica suficientemente independiente de la descendencia, está hoy muy desacreditada en el mundo biológico», aunque añadió que había problemas que impedían la aceptación generalizada de cualquiera de las alternativas, pues las grandes mutaciones parecían demasiado raras y no había ninguna evidencia experimental de los mecanismos que podrían apoyar tanto al lamarckismo como a la ortogénesis. Ernst Mayr escribió que una encuesta sobre la literatura de libros de texto y la biología evolutiva mostró que en una fecha tan tardía como 1930 la creencia de que la selección natural fue el factor más importante en la evolución era un punto de vista minoritario, con sólo unos pocos genetistas de poblaciones siendo seleccionistas estrictos.
Evolución teista
La ciencia británica se desarrolló en el sobre la base de la teología natural, que veía la adaptación de especies fijas, como prueba de que habían sido especialmente creadas por un propósito de designio divino. Los conceptos filosóficos del idealismo alemán inspirados en los conceptos de un plan ordenado de la creación armoniosa, que Richard Owen reconciliara con la teología natural como un patrón de homología que muestra evidencia de diseño. Del mismo modo, Louis Agassiz vio la teoría de la recapitulación como el símbolo de un patrón de la secuencia de las creaciones en las que la humanidad era el objetivo de un plan divino. En 1844 Vestiges adaptó el concepto de Agassiz en el evolucionismo teísta. Su anónimo autor Robert Chambers propuso una "ley" del desarrollo progresivo divinamente ordenado, con la transmutación de las especies como una extensión de la teoría de la recapitulación. Esto popularizó la idea, pero fue condenado enérgicamente por la comunidad científica. Agassiz mantuvo firme oposición a la evolución, y después trasladó a América en 1846 su argumento idealista, donde el diseño de un desarrollo ordenado llegó a ser muy influyente. En 1858 Owen propuso con cautela que este hecho podía ser una expresión real de una ley creativa permanente, pero se distanció de los transmutacionistas. Dos años más tarde en su revisión de Darwin sobre El origen de las especies, Owen atacó Darwin al mismo tiempo que apoyó abiertamente a la evolución, expresando que creía en un patrón de la transmutación como ley. Este argumento idealista del diseño fue tomado por otros naturalistas como George Jackson Mivart y el duque de Argyll, que rechazaron la selección natural en conjunto a favor de leyes de desarrollo que guiaban la evolución por senderos preestablecidos.
Muchos de los partidarios de Darwin aceptaron la evolución sobre la base de que se puede conciliar con el diseño. En particular, Asa Gray consideraba que la selección natural era el principal mecanismo de la evolución y trató de conciliarla con la teología natural. Propuso que la selección natural podría ser un mecanismo en el que el problema del mal del sufrimiento produce el mayor bien de la adaptación, pero reconoció que esto tenía dificultades y sugirió que Dios podía influir en las variaciones en los que la selección natural actuaba para guiar la evolución. Para Darwin y Huxley la influencia sobrenatural omnipresente estaba más allá de la investigación científica, y George Frederick Wright, un ministro ordenado que era colega de Gray en el desarrollo de la evolución teísta, hizo hincapié en la necesidad de buscar las causas secundarias o conocidas en lugar de invocar las explicaciones sobrenaturales: "Si dejamos de observar esta regla es el fin de toda ciencia y todo suena a ciencia".
Una versión secular de este naturalismo metodológico fue recibido por una generación más joven de científicos que trataron de investigar las causas naturales del cambio orgánico, y rechazó la evolución teísta de la ciencia. En 1872 el darwinismo en su sentido más amplio de la realidad de la evolución fue aceptado como punto de partida. Alrededor de 1890 solo unos cuantos hombres mayores se aferraban a la idea del diseño en la ciencia, y había desaparecido por completo de los principales debates científicos para 1900. Todavía había inquietud acerca de las implicaciones de la selección natural, y aquellos que buscan un propósito o dirección en la evolución se volvieron hacia el neo-lamarckismo o la ortogénesis que ofrecían explicaciones naturales.
Neolamarkismo Jean-Baptiste Lamarck había propuesto originalmente una teoría sobre la transmutación de las especies que se basaba en gran medida en una unidad progresiva hacia una mayor complejidad. Lamarck también creía, como muchos otros del momento, que las características adquiridas durante el curso de la vida de un organismo podrían ser heredadas por la siguiente generación, y vio esto como un mecanismo secundario de la evolución que produce la adaptación al medio ambiente. Por lo general, estas características incluyen los cambios causados por el uso o desuso de un órgano en particular. Fue este mecanismo de adaptación evolutiva a través de la herencia de caracteres adquiridos que mucho más tarde llegó a ser conocido como el lamarckismo. Aunque Alfred Russel Wallace rechazó completamente el concepto a favor de la selección natural, Charles Darwin siempre incluía lo que llamó Efecto del mayor uso y desuso de las partes, tal como se explica mediante la selección natural en El origen de las especies, dando ejemplos de como los grandes pájaros que se alimentan en tierra desarrollan piernas cada vez más fuertes a través del ejercicio, y sus alas se debilitan más por no volar hasta que, como el avestruz, no podían volar en absoluto.
En el el término «neolamarckismo» llegó a ser asociado con la posición de los naturalistas que vieron la herencia de caracteres adquiridos como el mecanismo evolutivo más importante. Los defensores de esta posición incluían al escritor británico y crítico de Darwin Samuel Butler, el biólogo alemán Ernst Haeckel, los paleontólogos estadounidenses Edward Drinker Cope y Hyatt Alfeo, y el entomólogo estadounidense Alfeo Packard. A su juicio, el lamarckismo era más progresivo y por lo tanto filosóficamente superior a la idea de Darwin de la selección natural, actuando sobre variaciones aleatorias. Butler y Cope creían que esto permitía a los organismos manejar con eficacia su propia evolución, ya que los organismos que desarrollaron nuevos comportamientos cambiarían los patrones de uso de sus órganos y por lo tanto pondrían en marcha el proceso evolutivo. Además, Cope y Haeckel creían que la evolución era un proceso progresivo. La idea de progreso lineal era una parte importante de la teoría de la recapitulación de Haeckel de la evolución, que sostenía que el desarrollo embrionario de un organismo reitera su historia evolutiva. Cope y Hyatt buscaron y pensaron que habían encontrado, los patrones de progresión lineal en el registro fósil. Packard argumentó que la pérdida de la visión de los insectos que viven en cuevas que estudió se explicaba mejor a través de un proceso lamarckiano de atrofia por desuso combinado con la herencia de los caracteres adquiridos. Packard también escribió un libro sobre Lamarck y sus escritos.
Muchos defensores norteamericanos del neolamarckismo fueron fuertemente influenciados por Louis Agassiz y algunos de ellos, incluyendo a Hyatt y Packard, fueron sus alumnos. Agassiz tenía una visión idealista de la naturaleza, vinculada a la teología natural, que hacía hincapié en la importancia del orden y el patrón. Agassiz nunca aceptó la evolución; sus seguidores sí, pero continuaron con su programa de búsqueda de patrones ordenados en la naturaleza, que se consideraban coherentes con la providencia divina, y preferían los mecanismos evolutivos, como el neolamarckismo y la ortogénesis que tenían más probabilidad de producirlos.
En Gran Bretaña, el botánico Henslow George, hijo de John Stevens Henslow que había sido el mentor de Darwin en la Universidad de Cambridge, fue un importante defensor del neolamarckismo. Realizó estudios de cómo el estrés ambiental afecta el desarrollo de las plantas, y escribió que las variaciones inducidas por factores ambientales en gran medida podrían explicar la evolución. El historiador de la ciencia Peter J. Bowler escribe que, como era típico de muchos lamarckianos del , Henslow no parecía comprender la necesidad de demostrar que tales variaciones inducidas por el ambiente sería heredado por los descendientes que se desarrollaron en ausencia de los factores ambientales que los producen, sino que simplemente suponen que sería así.