miniatura|300px|Fachada del Colegio Mayor de San Ildefonso, en Alcalá de Henares. El Siglo de Oro español abarca desde la publicación de la Gramática castellana de Nebrija en 1492, hasta la muerte de Calderón en 1681.Luis Joseph Velázquez. Orígenes de la poesía castellana. Málaga; 1754. p.66-7.
Durante esta época se convirtieron en universidades del Imperio, con la Monarquía Hispánica en expansión. Vivero de profesionales de la administración y la política civil y religiosa en la Península, en las Indias y en los territorios hispanos de Europa. Al mismo tiempo, tras los conflictos religiosos de las Reformas, se transforman en bastiones del catolicismo militante, con una proyección internacional que desbordaba sus orígenes peninsulares. Desde finales del , un proceso de decadencia universitaria a la vez que social, se irá acentuando hasta el .Pozo Ruiz A. Estado general de las universidades españolas en el siglo XVIII. 14/05/2012.Aguilar Piñal F. Los comienzos de la crisis universitaria en España: antología de textos del ; introducción y selección de textos. Madrid: Ed. Magisterio Español; 1967.
Importancia miniatura|250px|izquierda|Patio del Palacio o Colegio Mayor de Santa Cruz, en Valladolid. Las universidades españolas participaron activamente en el esplendor cultural del Siglo de Oro, especialmente Salamanca (con Coímbra) gracias al movimiento innovador que supuso la Escuela de Salamanca, pero más adelante, al igual que las demás instituciones universitarias europeas, no fueron el centro del movimiento renovador del pensamiento científico que llevó a la Revolución Científica, papel que correspondió a otras instituciones, como las sociedades científicas y academias y a las propias publicaciones científicas y correspondencia que se intercambiaban los científicos.Ajo y González de Rapariego E. Historia de las Universidades Hispánicas. Origen y desarrollo desde su aparición hasta nuestros días. Madrid: 1957-1977.
En líneas generales la universidad permaneció estancada en las formas repetitivas de la escolástica medieval (magister dixit), tendentes a la perpetuación de los paradigmas dominantes (galenismo, geocentrismo) y lo que se ha venido en llamar neoescolástica. No obstante, sus cátedras y colegios acogieron a personalidades de impresionante altura intelectual, y particularmente las españolas se caracterizaron por protagonizar un movimiento cultural de gran influencia que ha venido recibiendo el nombre de humanismo español, dentro del cual puede acotarse un grupo de autores bajo el nombre de escuela de Salamanca.
Se crearon bajo dos modelos principales, el de colegio-universidad y el de convento-universidad. En el primer modelo la enseñanza universitaria se organizaba en el seno de una comunidad de estudiantes escogidos y becados, cortos en número, austeramente gobernados y sujetos a determinados estatutos fundacionales ("Constituciones"). En el modelo convento-universidad la enseñanza universitaria se organizaba en el seno de una comunidad religiosa previamente existente.De la Fuente V. Historia de las universidades, colegios y demás establecimientos de enseñanza en España. Madrid; 1884-1889.
Universidades mayores y menores miniatura|Patio del Colegio Mayor de Santiago el Zebedeo, en Salamanca. Las tres universidades mayores castellanas de Alcalá, Salamanca y Valladolid adquirieron la categoría de verdaderas universidades de la Monarquía, y actuaron como centros dinámicos de atracción y proyección, atenuando la incidencia de las fuerzas locales.
El resto serían denominadas como universidades menores, que atenderían las necesidades culturales y religiosas de entornos locales, y fueron por ello apoyadas por prohombres y notables destacados. Fueron creadas, en su mayoría, por mecenas eclesiásticos, y algunos seculares, que las dotaron con rentas del diezmo, deuda pública o patrimonios personales. Las cátedras lo fueron en número reducido, limitándose a unas cuantas de gramática latina, derecho o medicina, así como de artes liberales y teología en el caso de los conventos. Las facilidades para realizar estudios locales, sin los costes de desplazamiento y estancias, al tiempo que las menores exigencias y mayor facilidad y baratura de los grados, contribuirían a mermar la clientela de las grandes universidades imperiales, sobre todo en los siglos y .Escartín Sánchez E. Universidades mayores y menores. Una polémica en la Cataluña del siglo XVII. Revista Pedralbes. 2003; (23):187-202.
Colegios mayores y menores
No hay que confundir las instituciones que representan los colegios con las universidades, en especial cuando se las califica de mayores y menores. Un Colegio Mayor era una institución que daba formación universitaria de grados mayores (licenciatura y doctorado), además de dar alojamiento a los estudiantes. A veces eran una especie de prolongación de una Universidad, y otras fueron el germen de una Universidad. Durante el Siglo de Oro español, solamente las universidades mayores tuvieron colegios mayores: Universidad de Alcalá: de San Ildefonso (1499). Universidad de Salamanca: San Bartolomé o Colegio Viejo (1410), de Cuenca (1509), de Santiago el Zebedeo (1519) y de Oviedo (1521). Universidad de Valladolid: de Santa Cruz (1484).Parrado del Olmo JM. Palacio de Santa Cruz (Historia). Universidad de Valladolid. 21/01/2012. miniatura|Fachada de la Universidad de Salamanca. Los Colegios Mayores originalmente estaban destinados a los estudiantes de mérito pero de origen modesto. Con el tiempo se apartaron de sus objetivos iniciales a medida que las plazas que ofertaban fueron monopolizadas por los hijos de la élite política española (aristocracia, nobleza y letrados), fenómeno que alcanzó una rigidez total a partir de mediados del . En un contexto de multiplicación de los títulos y escasez de cargos a desempeñar, estos últimos se aseguraron, por cooptación, el acceso a los colegios de mayor prestigio, la mejor opción como trampolín para acceder a brillantes carreras en las funciones más elevadas de los medios eclesiásticos o en los consejos y audiencias.Colegio Mayor. En: Arrazola L. Enciclopedia española de derecho y administración (tomo IX). Madrid: Imprenta de la Revista de Legislación y Jurisprudencia; 1856. p.694-708.
Los Colegios Menores (o simplemente Colegios) eran donde se daba el grado menor: bachiller; que por entonces ya servía para ejercer una profesión. Había colegios menores tanto en las universidades mayores como en las menores. Fueron especialmente numerosos en Salamanca y en Alcalá.Colegio Menor. En: Arrazola L. Enciclopedia española de derecho y administración (tomo IX). Madrid: Imprenta de la Revista de Legislación y Jurisprudencia; 1856. p.708.Pozo Ruiz A. Los Colegios universitarios y la decadencia universitaria. 14/05/2012.
Modelos universitarios Modelo claustral o medieval: descentralizado y otorgaba el mayor poder al claustro de estudiantes y profesores. Ejemplo: Salamanca o Valladolid. Modelo colegial o colegio-universidad: fundación particular por un prelado o un noble, del que dependían tanto sus objetivos como sus rentas. Funda un colegio con el visto bueno del Vaticano, que crecerá hasta transformarse en universidad. Tenían unas estructuras rígidas y jerarquizadas, siendo presididas por el rector y los colegiales. Ejemplos: Sigüenza, Alcalá, Sevilla, Santiago de Compostela, Baeza, Osuna y Toledo. Modelo conventual o convento-universidad: Convento que se convierte en universidad gracias a la bula papal. Depende de una orden religiosa, que controla y domina la institución universitaria, y nombra al rector y a los profesores. Ejemplo: benedictinos (Irache), jerónimos (El Escorial), jesuitas (Gandía), dominicos (Orihuela, Ávila, Almagro, Tortosa, Solsona, Pamplona). Modelo municipal o estudio municipal: creadas a instancias de los ayuntamientos, eran mantenidas y regidas por las oligarquías locales. Típico de la Corona de Aragón. Ejemplos: Barcelona, Lérida, Valencia, Vich y Zaragoza.Fernández Luzón A. La Universidad de Barcelona en el siglo XVI. Barcelona: Universitat de Barcelona; 2005. ISBN 84-475-2851-0
Distribución de las universidades hispánicas miniaturadeimagen|Mapa con la situación de las universidades españolas desde su creación hasta el fin del Siglo de Oro.
En la península ibérica Se fundaron 9 universidades en la península ibérica durante el medievo (antes de 1475) ampliándose a 32 universidades en torno a 1625. Correspondían 18 universidades a la Corona de Castilla, 12 a la Corona de Aragón, y 2 al Reino de Portugal.Aznar López M, De Gaztelu y Quijano L. El siglo de Fray Luis de León, Salamanca y el Renacimiento. Ministerio de Cultura, Junta de Castilla y León, Universidad de Salamanca; 1991. ISBN 84-7483-784-7
Cronología de su fundación: Antes de 1475: Barcelona, Coimbra/Lisboa, Gerona, Huesca, Lérida, Palencia, Perpiñán, Salamanca y Valladolid. Entre 1475 y 1600: Alcalá, Almagro, Ávila, Baeza, Burgo de Osma, El Escorial, Évora, Gandía, Granada, Irache, Oñate, Orihuela, Osuna, Santiago, Sevilla, Sigüenza, Tarragona, Toledo, Valencia, Vich y Zaragoza. Entre 1600 y 1700: Oviedo, Palma de Mallorca, Pamplona, Solsona y Tortosa. Entre 1700 y 1800: Cervera y La Laguna. Entre 1800 y 1831: Madrid.Rodríguez de San Pedro LE. Las universidades hispanas en la Edad Moderna. Un balance. En: Las universidades hispánicas de la monarquía de los Austrias al centralismo liberal. Congreso Internacional sobre Historia de las Universidades Hispánicas. Salamanca. 2000; 1:12.
La tabla que sigue recoge, en orden cronológico, las universidades en la península ibérica, agrupando primero las de la Corona de Castilla (CC), luego las de la Corona de Aragón (CA) y por último, las del Reino de Portugal (RP). (Se puede ordenar por cualquier campo clicando las flechas de la primera fila.)