right|thumb|200px Una vez que Honduras se declaró independiente de las demás naciones de Centroamérica, se procedió a la organización del nuevo estado hondureño. Sin embargo, esta organización se vio obstaculizada por las rivalidades entre liberales y conservadores, que produjeron el caos político y retrasaron el desarrollo del país.

La agitación política del país, atrajo las ambiciones de individuos y de naciones Centroamericanas y Europeas. Por todo el resto del siglo, los vecinos de Honduras constantemente interfirieron en su política interna.

Incluso la posición geográfica de Honduras jugó en su contra. Ubicada entre las repúblicas de Guatemala, El Salvador y Nicaragua, el país se vio envuelto en una constante lucha con éstas, por la hegemonía regional. Cualquier régimen liberal o conservador, vio a un gobierno de la ideología opuesta en sus fronteras como una posible amenaza. Además, los exiliados de la oposición tendían a exiliarse en los estados cuyos gobiernos compartían su afiliación política. Asimismo, utilizaban a estos estados como plataformas para derrocar a sus gobiernos.

Luego de tantos inconvenientes, le tocó a la administración del doctor Marco Aurelio Soto finalmente, organizar el país, poniendo en marcha códigos modernos en materia civil, penal, de procedimientos, comercio y agricultura con el propósito de modernizar a Honduras y terminar de una buena vez con la arcaica legislación colonial. Esta labor, fue continuada bajo los mandatarios Policarpo Bonilla y Manuel Bonilla, cuyos Códigos de 1906 han prevalecido hasta nuestros días.

Antecedentes

right|thumb|200px|Francisco Morazán La asamblea legislativa de Honduras que se instaló en abril de 1838, tuvo a bien aceptar el decreto del Congreso Federal en el cual se determinaba que los Estados que componían la República Federal de Centroamérica quedaban en libertad de constituirse como repúblicas independientes. El 26 de octubre, la Asamblea Constituyente dictó el siguiente decreto: "El Estado de Honduras es Libre, Soberano e Independiente". Francisco Ferrera jefe de Estado de Honduras en ese entonces, mandó a cumplir esta ley de la Asamblea. El 5 de noviembre del mismo año se libró otro decreto que declaraba a Honduras libre e independiente del antiguo gobierno federal, de los gobiernos de los demás estados de Centroamérica y de cualquier otro gobierno o potencia extranjera.

En 1838 ejercieron el poder ejecutivo en Honduras accidentalmente y en calidad de consejeros, los señores Felipe Medina, José Alvarado y Luis Matute. En enero de 1839 ejercía el poder ejecutivo el consejero Juan Francisco Molina, siendo secretario general Coronado Chávez. El comandante de armas era Francisco Ferrera.

El 18 de enero de 1839 los gobiernos de Honduras y Nicaragua celebraron un tratado de alianza ofensiva y defensiva, que fue según el historiador Robustiano Vera el que trajo la disolución definitiva del sistema federal. Ferrera dio noticias de este tratado a Rafael Carrera quien estaba en armas en Mita desde el 24 de marzo de 1839. En Guatemala gobernaba el General Salazar y contra él se fue Carrera y entró triunfante en la capital el 13 de abril de ese año.

Por causa de este tratado, las fuerzas de Honduras y Nicaragua al mando de Francisco Ferrera invadieron el estado de El Salvador donde se encontraba el General Francisco Morazán. Ferrera fue derrotado, pero volvió a atacar de nuevo en el verano, sólo para sufrir una nueva derrota. Morazán en su afanoso intento por mantener la federación, recuperó brevemente a Guatemala, pero su tropa era escasa y ya sin el apoyo de los que lo habían llevado al poder "fue sitiado por cinco mil salvajes" dice Robustiano Vera. Al día siguiente se retiró y dejó Centroamérica. Dos años más tarde, fue fusilado en Costa Rica en su último intento por restaurar La República Federal de Centroamérica.

La Constitución de 1839 Primer mandato constitucional

Después del fracaso de la federación se inició de inmediato en Honduras la reorganización del estado bajo los principios conservadores. Se procuró terminar de una buena vez, con todo lo relacionado con la federación.

El pueblo eligió una Asamblea Constituyente para reformar la Constitución, pero en su lugar este cuerpo presidido por Don Juan Lindo elaboró un documento completamente nuevo, el cual fue firmado el 11 de enero de 1839. En este documento se acordó la forma de elegir las autoridades supremas del nuevo Estado. Él mismo expresa que tal actividad se hará por medio de elecciones ‘populares directas,’ es decir, en un solo acto del pueblo y no a través de ‘electores primarios,’ como ocurría en tiempos de la Federación.”

En el artículo 46 se estipula que 'el Presidente durará dos años; podrá ser reelecto una sola vez.' En vez de un vicepresidente se decidió por la elección de tres miembros suplentes para el presidente, se tomaron medidas para una legislatura unicameral y un presidente de dos años.

Se convocó al pueblo hondureño para elegir las autoridades supremas. El general Francisco Ferrera se presentó como el único candidato y por ende recibió los únicos 3400 votos emitidos, los cuales no constituían la mayoría.

Su llegada a la presidencia "fue saludada con un movimiento de inconformidad…, censuras y descontento general en el país”. De esta manera, Ferrera se convirtió en el primer mandatario constitucional de Honduras, tomando posesión del cargo el 1 de enero de 1841. Éste recibió el mando de manos José Francisco Zelaya y Ayes quien fungió como presidente por 15 meses (1839-1840).

Según el escritor Zúñiga Huete, durante el primer periodo presidencial de Ferrera se “restableció, por decreto de 13 de junio de 1841, el fuero eclesiástico, abolido bajo el gobierno de Diego Vigil…Dos sacerdotes: Mariano Castejón y el P. Boquín, miembros de la Legislatura, desde sus curules, ponían al conglomerado social a llenar las arcas de la curia eclesiástica, mediante leyes anacrónicas”.

Segundo periodo de Ferrera

left|thumb|165px|El general Francisco Ferrera El 31 de diciembre finalizó el periodo presidencial de Ferrera. El 21 de febrero de 1843 la Cámara de Representantes se volvió a reunir y el 23 del mismo mes decretó la reelección de Francisco Ferrera para un nuevo periodo de dos años. Su segundo periodo estuvo marcado por una serie de levantamientos en el país. Los pueblos de Texiguat, La Plazuela, y Comayagüela se levantaron en armas debido a las pesadas cargas que pesaban sobre ellos.

Asimismo estaban disgustados porque muchos de sus ciudadanos habían sido forzados al exilio. Santos Guardiola fue enviado contra ellos, y no tuvo éxito, aunque afirmó en una proclama que había derrotado a los rebeldes. La guerra se extendió, y Ferrera consideró conveniente dejar la presidencia a cargo de los ministros por un tiempo y tomar personalmente el mando de las fuerzas que operaban contra los insurgentes. Santos Guardiola derrotó a los insurgentes en El Corpus y capturó a los líderes. En diciembre se dio otro levantamiento en Olancho, pero pronto fue sofocado por el presidente Ferrera, quien tomó rigurosas medidas en contra de sus líderes. Para ese entonces, el periodo de Ferrera estaba a punto de expirar.

El segundo período presidencial de Francisco Ferrera finalizó el 31 de diciembre de 1844, fecha en que hizo entrega del poder a un Consejo de Ministros. Al no practicarse elecciones la cámara de diputados, influenciada por Ferrera, nombró como Presidente a Don Coronado Chávez el 8 de enero de 1845. Chávez a cambio le devolvió el favor a Ferrera nombrándolo su ministro de Guerra y jefe de las Fuerzas Armadas.

Durante este periodo fue ejecutado el exjefe de estado, Joaquín Rivera, el 6 de febrero de 1845 luego de que este intentara derrocar a Coronado Chávez. El primero de enero de 1847, concluyó el periodo presidencial de Chávez. Este entregó las riendas del gobierno al Consejo de Ministros integrado por los generales Casto José Alvarado, Francisco Ferrera y José Santos Guardiola, en presencia del Congreso Nacional.

La Constitución de 1848 La administración de Juan Lindo

thumb|180px|A Juan Lindo le pareció corto el período presidencial de dos años. No habiéndose realizado elecciones a nivel popular para Presidente, la Cámara eligió a Francisco Ferrera como sucesor de Coronado Chávez. Pero Ferrera no encontró apoyo por parte de los pueblos y recomendó al conservador Juan Lindo como su sucesor. Ferrera esperaba poder manipular a Lindo, de la misma forma que lo había hecho con Coronado Chávez. Pero con el paso del tiempo, Ferrera se dio cuenta de que Lindo no era para ser manipulado.

Una vez que Lindo asumió la presidencia de Honduras, "le pareció corto el período presidencial é inconveniente el sistema unicameral". Por esta razón, Lindo "convocó una Asamblea Constituyente, la cual dictó la Constitución de 4 de febrero de 1848. En ésta se estableció, por el artículo 20, que el Poder Legislativo del Estado se ejercería por dos Cámaras, una de Diputados y otra de Senadores; y por el artículo 41, que la duración del Presidente y Vicepresidente sería de cuatro años y podrían ser reelegidos una sola vez, sin el intervalo de igual tiempo, si lo fuesen popularmente, pero siendo preciso para ello que la Asamblea general los declarase previamente Buenos servidores del Estado.

Conforme á esta Constitución, Lindo fue elegido Presidente por cuatro años y don Felipe Bustillo Vicepresidente." Durante su periodo presidencial, Lindo hizo un esfuerzo por promover "la educación y mejorar la situación administrativa del país. Juan Lindo es quien "Aprueba los Estatutos de la Academia Literaria de Honduras, y le confiere categoría de Universidad del Estado, el 11 de agosto de 1847. En un acto solemne del 19 de septiembre de 1847, se instala el Claustro Pleno de la Universidad de Honduras." Además, introdujo un impuesto por introducción de mercaderías y creó otro impuesto, para fomentar la instrucción pública.

"A pesar de ser un conservador y amigo de los separatistas guatemaltecos" Lindo "no... dejó de comprender y apreciar la importancia y la necesidad de la unión de los países de la América Central." Debido a esto, mientras fue presidente de Honduras, Juan Lindo apoyó la causa unionista. En el plano internacional, el Presidente Lindo, protestó ante el Gobierno de los Estados Unidos de América por la anexión de Territorios de México.

Fue durante el periodo presidencial de Lindo (1847 a 1852), que los británicos comenzaron a presionar a Honduras, por el pago de la deuda y otros activos. En 1849, una fuerza naval británica ocupó brevemente el puerto de Trujillo. Estos destruyeron propiedad privada y extorsionaron al gobierno local con 1200 pesos. Al año siguiente, el propio vicepresidente de Lindo se rebeló y se le impidió tomar el poder sólo a través de una intervención militar de El Salvador y Nicaragua. Todos estos problemas desanimaron a Lindo a buscar la reelección.

Derrocamiento de Cabañas

thumb|200px|El general Cabañas fue derrocado por Rafael Carrera. "Concluido su período presidencial el 1 de febrero de 1852, Lindo entregó el poder al General José Trinidad Cabañas, quien fue elegido por la Cámara de Representantes."

Durante su presidencia, Cabañas promovió la educación, autorizó la primera concesión para la construcción del ferrocarril a través del norteamericano E.G. Squier y procuró restablecer la República Federal, mediante una reunión en celebrada Tegucigalpa (1852) con representantes de Nicaragua, El Salvador, y Honduras.

Debido a ello, el separatista Rafael Carrera todavía al frente de Guatemala, declaró su objetivo de derrocar a Cabañas. Estas diferencias llevaron a ambas naciones a la guerra.