La Unión Soviética lanzó un ultimátum a Lituania antes de la medianoche del 14 de junio de 1940. Los soviéticos, usando un pretexto formal, demandaron que se les permitiera a un número sin especificar de soldados soviéticos entrar en territorio lituano y formar un gobierno prosoviético (posteriormente conocido como la República Socialista Soviética de Lituania). El ultimátum y la consecuente incorporación de Lituania a la URSS derivaron de la división de Europa del Este en las esferas de influencia alemana y rusa pactadas en el Pacto Ribbentrop-Mólotov de agosto de 1939, poco antes del comienzo de la Segunda Guerra Mundial en Europa. Lituania, junto con Letonia y Estonia, había caído bajo influencia rusa. De acuerdo al Tratado lituano-soviético de asistencia mutua de octubre de 1939, Lituania aceptó permitir a unos 20 000 soldados soviéticos estacionarse en varias bases dentro de Lituania a cambio de una porción de la Provincia de Vilna. El comienzo de la Guerra de Invierno con Finlandia retrasaría las acciones soviéticas posteriores para reafirmar el dominio sobre su esfera de influencia, que se retomarían después en la primavera de 1940, mientras Alemania hacía rápidos avances en Europa Occidental. A pesar de la amenaza a su independencia, las autoridades lituanas hicieron poco por organizar un plan de contingencias y no estaban preparados para el ultimátum.

Con las tropas soviéticas ya estacionadas en el país, conforme a lo dispuesto en el Tratado de Asistencia Mutua, fue imposible organizar una resistencia militarmente efectiva.Lane (2001), pp. 37–38 El 15 de junio, Lituania aceptó incondicionalmente el ultimátum y perdió la independencia. Los soviéticos buscaban mostrar al mundo que no se trataba de una anexión u ocupación, sino de una legítima revolución socialista, iniciada por la población local, que pedía la unión a la URSS.Vardys (1997), p. 50 Así, los soviéticos siguieron procedimientos semilegales tales como: tomar el control de las instituciones de gobierno, instalar un nuevo gobierno títere y organizar unas falsas elecciones para el Parlamento Popular (en lituano: "Liaudies Seimas"). Durante su primera sesión, los Seimas proclamaron la creación de la República Socialista Soviética de Lituania y pidieron su admisión en la Unión Soviética. La petición fue oficialmente aceptada por el sóviet supremo de la Unión Soviética el 3 de agosto de 1940. Al mismo tiempo, un proceso prácticamente idéntico se desarrollaba en Letonia y Estonia. Lituania no recobraría la independencia hasta el 11 de marzo de 1990, con la proclamación de la Ley de Restablecimiento del Estado de Lituania.

Antecedentes thumb|right|Stalin y Ribbentrop en la firma del Pacto Ribbentrop-Mólotov.

Los Estados bálticos de Lituania, Letonia y Estonia fueron parte del Imperio Ruso durante el , erigiéndose sus independencias como parte de las secuelas de la Primera Guerra Mundial. El surgimiento de la Alemania nazi en la década de los 30 hizo temer a los soviéticos una eventual invasión alemana, lo que animó a la Unión Soviética a firmar el Pacto Ribbentrop-Mólotov con Alemania en agosto de 1939, en un intento para retrasar esa posibilidad. Alemania inició la Segunda Guerra Mundial poco después con la invasión de Polonia el 1 de septiembre, seguida por la invasión soviética de Polonia el 17 de septiembre. El Protocolo Adicional secreto del Pacto, que fue reforzado por el Tratado Alemán-Soviético de Amistad, Cooperación y Demarcación del 28 de septiembre, dividía vastas zonas del noreste de Europa entre dos esferas de influencia, que se repartían las dos potencias.Eidintas (1999), p. 170 Una delegación lituana fue invitada a Moscú, donde firmó el Tratado de Asistencia Mutua el 10 de octubre de 1939, de acuerdo con el cual la Unión Soviética cedería a Lituania una parte de la Provincia de Vilna, incluyendo la importante ciudad de Vilna, ganada durante la invasión de Polonia. A cambio, tendría derecho a estacionar hasta veinte mil soldados del Ejército Rojo (en la propuesta original eran cincuenta mil) en bases militares permanentes en Lituania.Snyder (2004), p. 82 Las fuentes oficiales soviéticas afirmaron que la presencia militar era necesaria para fortalecer la defensa de una nación débil ante un posible ataque alemán. A la postre, sería el primer paso hacia la ocupación de Lituania, descrito por The New York Times como «virtualmente, un sacrificio de su independencia».

A pesar de los diversos pactos, los temores soviéticos no desaparecieron. Según una postura sostenida desde hacía tiempo por la inteligencia militar rusa, el control del mar Báltico era crucial para la defensa de San Petersburgo, la segunda mayor ciudad de Rusia, y el territorio de los países bálticos se presentaba como una zona de contención entre Alemania y Rusia. Siguiendo esta estrategia, la URSS dio inicio a la Guerra de Invierno en Finlandia después de que ese país rechazara un tratado de asistencia mutua similar que Moscú había ofrecido.Shtromas (2003), p. 246 Stalin se hallaba intimidado por el éxito de los alemanes en Europa, que habían conquistado Dinamarca, Noruega, los Países Bajos, Bélgica y Luxemburgo hasta la primavera de 1940. De acuerdo con Nikita Jrushchov, después de la caída de Francia en mayo, Iósif Stalin expresó su preocupación de que Adolf Hitler pudiera masacrarlos. thumb|left|350px|De acuerdo al Tratado Lituano-Soviético de Asistencia Mutua, Lituania aceptó permitir bases militares soviéticas (marcadas con estrellas negras) a cambio de obtener una parte de la Provincia de Vilna (en naranja).

La situación política en Lituania se mantuvo estable, pese a todo, entre octubre de 1939 y marzo de 1940. Los soviéticos no intervinieron en los asuntos internos lituanosVardys (1997), p. 47 y las tropas rusas se comportaban correctamente en sus bases.Sabaliūnas (1972), p. 158 El 29 de marzo de 1940, el ministro de Exteriores Viacheslav Mólotov pronunció un discurso ante el Soviet Supremo de la Unión Soviética expresando su satisfacción con la ejecución de los tratados de asistencia mutua con Lituania, Letonia y Estonia.Eidintas (1999), p. 174 Mientras que, en público, los políticos lituanos alababan a la Unión Soviética por su generosidad y pregonaban la «tradicional amistad soviético-lituana», en privado entendían que el tratado era una seria amenaza a la independencia de Lituania.Sabaliūnas (1972), pp. 156–157 La actitud popular se reflejó en el eslogan "Vilnius – mūsų, Lietuva – rusų" (Vilna es nuestra, pero Lituania es de Rusia).Anušauskas (2005), p. 43

El Gobierno lituano había estado debatiendo sus opciones y valorando la posibilidad de ocupación desde noviembre de 1939. En ese momento, los enviados lituanos Stasys Lozoraitis, Petras Klimas, y Bronius Kazys Balutis prepararon un memorándum que contenía planes de contingencia. Aconsejaron reforzar el ejército, depositar fondos en el extranjero, revitalizar la Entente báltica de 1934 con Letonia y Estonia, e investigar la posibilidad de establecer de un Gobierno en el exilio.Anušauskas (2005), p. 50 A pesar de que se aprobaron varias resoluciones, no hubo un resultado tangible. Durante el invierno de 1940, las naciones bálticas buscaron mayor cooperación.Rauch (2006), p. 217 Conscientes de sus circunstancias, los tres Gobiernos fueron prudentes en sus comunicados,Misiunas (1993), p. 17 pero de todas formas las conversaciones serían usadas como la prueba de que Lituania conspiraba con Letonia y Estonia para violar el tratado de asistencia mutua.

Aumento de las tensiones Acusaciones iniciales El incremento de las tensiones entre la Unión Soviética y Lituania siguió una progresión paralela a la de los éxitos de Alemania. A mediados de marzo de 1940, la Guerra de invierno contra Finlandia terminó, lo que permitió a los soviéticos concentrar su atención en el control de los países bálticos.Anušauskas (2005), p. 52 En abril, después de la ocupación alemana de Dinamarca, un enviado lituano en Moscú avisó de un aumento de la hostilidad de los diplomáticos soviéticos. Durante el mes de mayo, con la batalla de Francia en su apogeo, los soviéticos intensificaron su presión retórica y diplomática.Lane (2001), pp. 37–38 El 16 de mayo, poco después de la invasión alemana de Luxemburgo, Bélgica y los Países Bajos, el periódico oficial soviético Izvestia publicó un artículo advirtiendo de la ingenuidad de los países pequeños al pretender permanecer neutrales mientras que los gigantes luchaban por su supervivencia.Rauch (2006), p. 218 Entre el 18 y el 25 de mayo, los soviéticos trasladaron equipamiento militar de Vilna a Gaižiūnai, una localización mucho más cercana a Kaunas, donde se establecía el gobierno. La cercanía de esta acción a la entonces capital tuvo una gran carga simbólica.Senn (2007), p. 90 thumb|180px|Viacheslav Mólotov, por entonces ministro de Exteriores soviético.

El 25 de mayo, el día antes de la evacuación de Dunkerque, el ministro de Exteriores soviético Viacheslav Mólotov presentó una nota diplomática acusando al Gobierno lituano de haber secuestrado a tres soldados soviéticos destinados en Lituania de acuerdo a los términos del tratado de asistencia mutua.Misiunas (1993), p. 18 La nota alegaba que dos soldados habían sido torturados para obtener secretos militares soviéticos pero consiguieron huir, y que el tercero, Butáyev, fue asesinado. Ese mismo mes, Butáyev había desertado de su unidad y fue buscado por la policía lituana. Cuando lo descubrieron, se suicidó. El Gobierno lituano contestó que las acusaciones carecían de fundamento, pero prometió una investigación completa del incidente y encargó una comisión especial. Sin embargo, todas las peticiones de información más detallada por parte de la comisión, incluyendo entrevistas, fotografías, descripciones físicas o cualquier dato que hubiese permitido profundizar en la investigación, fueron desatendidas. La posición soviética oficial consistía en que Lituania debía llevar a cabo la investigación por su cuenta y que sus peticiones eran un intento de dejar toda la responsabilidad a los soviéticos.

Negociaciones directas thumb|180px|Antanas Merkys, último primer ministro de la Lituania independiente, de noviembre de 1939 a junio de 1940. El 30 de mayo, las acusaciones se repitieron en un comunicado oficial, publicado por la Agencia Telegráfica de la Unión Soviética (TASS), la agencia de noticias estatal.Senn (2007), p. 91 Ese mismo día, Stasys Lozoraitis, el representante lituano en Roma, fue autorizado a formar un gobierno en el exilio en caso de producirse una ocupación soviética.Misiunas (1993), p. 17 La policía lituana reforzó la seguridad en torno a las bases rusas y arrestaron a 272 individuos sospechosos, pero solo hizo aumentar las críticas de acoso. El ministro de Exteriores Juozas Urbšys ofreció tratar el asunto en unas negociaciones directas en Moscú. Mólotov accedió a hablar, pero solo con el primer ministro Antanas Merkys. El 7 de junio, Merkys llegó a Moscú y los soviéticos reiteraron sus acusaciones de secuestro. Se alegaron otras cuestiones, como que el ministro del Interior Kazys Skučas y el director del Departamento de Seguridad del Estado Augustinas Povilaitis habían provocado a los soldados soviéticos.Senn (2007), p. 92 Durante la segunda reunión el 9 de junio, Mólotov también acusó al gobierno lituano de conspirar con Letonia y Estonia para establecer una unión militar secreta (en referencia a la Entente báltica), violando consecuentemente el pacto de asistencia mutua.Rauch (2006), p. 219