Las guerras civiles entre los conquistadores del Perú, y denominada desde la corona hispana como campaña de pacificación del Perú, eran los conflictos armados que surgieron entre los conquistadores españoles del desmembrado Imperio incaico por la disputa de los territorios conquistados, así como por el control del poder político de la región denominada como «Perú o Birú» que abarcaba los territorios de los actuales Estados de Bolivia, Ecuador y la República del Perú propiamente. Estas luchas se extendieron de 1537 a 1554, con intervalos de paz relativa. Su punto de partida fue la toma del Cuzco por parte de Diego de Almagro y su culminación ocurrió con el control de la última rebelión de encomenderos encabezada por Francisco Hernández Girón. Poco después, el virrey Andrés Hurtado de Mendoza, inició la pacificación definitiva del Perú.
Las dos primeras fases se pueden resumir como una disputa entre los bandos de Almagro y Pizarro, estos últimos alineados finalmente en torno al representante de la Corona, el visitador Cristóbal Vaca de Castro. Mientras que las dos fases siguientes se definen claramente como la rebelión de los encomenderos en contra de la Corona española, motivada por algunas leyes u ordenanzas que iban contra sus intereses: en el caso de la rebelión de Gonzalo Pizarro, por la supresión de las encomiendas hereditarias, y en el caso de la de Francisco Hernández Girón, por la supresión del trabajo personal de los nativos, entre otras razones.
La Corona española finalmente impuso su autoridad, estableciendo que el Perú sería un Virreinato del Imperio español.
Causas principales La disputa entre los conquistadores españoles por la repartición del Imperio incaico. La raíz de todo ello estuvo en la Capitulación de Toledo, ajustada entre Francisco Pizarro y la Corona española, en la que el primero logró muchos privilegios y mercedes, en desmedro del resto de sus socios, Diego de Almagro y Hernando de Luque. A ello se suma que era práctica común de Pizarro disponer a su antojo del botín, lo que ahondó más las diferencias con su socio Almagro, que se vio marginado en el reparto de las riquezas. Diferencias que los partidarios de cada uno harían suyas y que con el correr del tiempo y de la conquista, se irían ahondando hasta volverse irreconciliables. Particularmente se incubó un odio feroz y mutuo entre Almagro y Hernando Pizarro, hermano de Francisco. Quedaron así definidos dos bandos, los almagristas y los pizarristas, acusándose mutuamente de traición y de no respetar los compromisos. Hay que recalcar que el otro de los socios de la conquista, el sacerdote Luque, no intervino en estas disputas pues murió a poco de haber empezado la conquista. La intervención de la Corona española para fortalecer su presencia en los nuevos territorios nombrando nuevas autoridades y reglamentando dispositivos legales como las famosas Leyes Nuevas. Una de estas leyes disponía la supresión de las encomiendas hereditarias, cuyos titulares, los encomenderos, protestaron enérgicamente, al ver que sus descendientes no gozarían de lo que ellos habían ganado. Otra ley que fue muy impopular entre los encomenderos fue la supresión del trabajo personal de los nativos. Los conquistadores percibían que, a pesar de sus sacrificios para conquistar los reinos del Perú, el rey de España quería imponer otras autoridades, arrebatarles sus tierras e indios para repartirlas entre sus allegados y gozar así de los beneficios de la conquista, logrados con tanto esfuerzo por los conquistadores. Naturalmente, vieron todo ello como una tremenda injusticia y por eso no dudaron en alzarse en armas.
Antecedentes miniaturadeimagen|338x338px|Gobernaciones de Nueva Castilla y Nueva Toledo. La disputa por la ciudad del Cuzco fue la chispa que originó la guerras civiles entre los conquistadores del Perú.Luego de ser ejecutado Atahualpa en Cajamarca, representantes de varias naciones andinas se reunieron con los conquistadores españoles y su líder Francisco Pizarro para ofrecerles su alianza contra los incas. Fue así que marcharon al Cuzco, la capital del imperio, durante ese viaje, Manco Inca (uno de los hijos de Huayna Cápac) se unió a la comitiva de Pizarro y, con su ayuda, derrotó al ejército de Quizquiz que controlaban la ciudad, logrando que el 15 de noviembre de 1533 se produjera el ingreso de las huestes hispanas.
Tomada el Cuzco por Pizarro, dio comienzo al desarrollo del asentamiento español en el área dominada. La Capitulación de Toledo, firmada el 26 de julio de 1529, sentó las bases jurisdiccionales de los territorios conquistados por Pizarro y Almagro. En ella se establecía dos gobernaciones: para Pizarro la Gobernación de Nueva Castilla, que comenzaba en el norte en el pueblo de Teninpulla o Santiago en la boca del río homónimo (al norte del actual Ecuador, en la provincia de Esmeraldas) y se extendía hasta el pueblo de Chincha 257 leguas hacia el sur (se creía que la extensión de territorio estaba cerca de las 200 originalmente). El 21 de mayo de 1534 mediante una Real Cédula el rey concede a Almagro, la Gobernación de Nueva Toledo, que se extendía inmediatamente al sur de la Nueva Castilla, extendiéndose en 200 leguas hacia el sur. Otra Real Cédula del 4 de mayo amplió oficialmente la gobernación de Nueva Castilla de Pizarro a las 270 leguas, llegando a Ica.
En teoría, no debía haber problemas en determinar exactamente donde terminaba la Nueva Castilla y donde comenzaba la Nueva Toledo, pero estalló entonces la controversia: mientras Almagro sostenía que las mediciones de las 270 leguas de la Nueva Castilla debía hacerse siguiendo las sinuosidades de las costas, con sus golfos y caletas, en cambio Pizarro sostenía que debía hacerse siguiendo la línea del meridiano. De acuerdo a la tesis de Almagro, la gobernación de Nueva Castilla terminaba al norte de Lima, y de acuerdo a la de Pizarro, terminaba al sur del Cuzco. Consultada la Corona española, esta daría la razón a Pizarro, pero su resolución llegaría muy tarde.
Convencido de su tesis, Almagro se dispuso a ocupar Cuzco en 1535, alentado por sus partidarios. La guerra civil habría estallado entonces, de no ser que el astuto Pizarro convenciera a su socio a que marchara a la conquista de Chile, situada al sur de su gobernación, pues decíase que era una tierra donde abundaban los metales preciosos y donde hallaría, presumiblemente, un segundo Cuzco. Almagro emprendió entonces la expedición a Chile, partiendo del Cuzco el 3 de julio de 1535. El viaje por Chile fue duro y penoso, no encontrando nada de valor, a pesar de haber llegado hasta la altura del actual Valparaíso. En su mayor parte era un territorio desértico, poblado de indios belicosos. Esta expedición duró alrededor de dos años, y terminó en 1537, con el retorno de Almagro y los restos de sus tropas, que descansaron en Arequipa, antes de marchar hacia el Cuzco.
Guerra entre Francisco Pizarro y Diego de Almagro La captura del Cuzco por Almagro miniaturadeimagen|242x242px|Grabado del libro "Historia General de las Indias" de Francisco López de Gómara (1554) "Almagro en el Cuzco". De vuelta en el Perú, Almagro se enteró del levantamiento de Manco Inca en el Cuzco. Por un lado, desalentado por los resultados de su viaje a Chile, y por otro, creyendo que estaba dentro de su gobernación, decidió tomar la ciudad. Y lo hizo en los precisos momentos en que los hermanos Hernando y Gonzalo Pizarro acababan de disolver el cerco incaico. Era el 8 de abril de 1537, Almagro apresó a los hermanos de Pizarro y se proclamó gobernador del Cuzco.
El gobernador de Nueva Castilla, Francisco Pizarro, se encontraba en la Ciudad de los Reyes, donde acababa de repeler el ataque de las tropas incaicas de Quizu Yupanqui. Al estar cortadas las comunicaciones con el interior, Pizarro ignoraba sobre los sucesos que en esos momentos ocurrían en el Cuzco, esto es, la finalización del cerco de la ciudad por Manco Inca, y la llegada de Almagro después su fracasada expedición a Chile. Creyendo que aún continuaba el cerco incaico, envió a Alonso de Alvarado con 500 soldados españoles, con la misión de pacificar toda la región y apoyar a los españoles que aún estuvieran defendiéndose en el Cuzco.
Expedición auxiliadora de Alonso de Alvarado Ignorando lo que ocurría en el Cuzco, Alvarado salió de Jauja con su ejército y continuó su marcha hacia la ciudad imperial, llegando a las cercanías de Abancay. Instaló su campamento en Cochacaxas, cerca al puente sobre el río Abancay y envió una avanzada al mando de Pedro de Lerma para que averiguara sobre la situación del Cuzco. Por intermedio de un fugitivo español se supo de la ocupación del Cuzco por Almagro y la prisión de Hernando y Gonzalo Pizarro. Esto causó gran consternación entre la gente de Alvarado; la mayoría pidió volver a la costa, pues temían a los almagristas. Pero Alvarado se negó.
Por su parte, Almagro intentó negociar con su rival. Envió dos mensajeros a Alvarado (Diego de Alvarado y Gómez de Alvarado, parientes cercanos del mismo) para avisarle de que no avanzara más en el territorio de su gobernación; le pidió además que se le uniera en su disputa con los Pizarro. Alonso de Alvarado rechazó de mal modo el ofrecimiento; apresó incluso a los mensajeros y respondió que no negociaría nada con Almagro hasta no recibir expresa orden del gobernador Francisco Pizarro, quien era su superior y el único a quien debía lealtad.
Alvarado confiaba en el poderío de sus tropas, pues eran en número similar a las de Almagro, pero ignoraba que en el seno de su ejército ya se había incubado la deserción. Pedro de Lerma se puso en tratos secretos con los almagristas, a quienes ofreció pasarse con 50 soldados bajo su mando. Se cree que lo hizo en venganza por haber sido suplantado por Alvarado en el mando de la expedición.
Almagro quiso seguir negociando con Alvarado, pues no quería desatar la guerra con los hombres de Pizarro, pero presionado por los suyos, salió del Cuzco con 500 soldados y se dirigió al encuentro de Alonso de Alvarado. Llegado a la cercanía del puente de Abancay, una avanzada suya, comandada por Francisco de Chaves, sorprendió y apresó a Pedro Álvarez Holguín y a un grupo de soldados de Alvarado que iban descuidados. Fue el preludio de la victoria almagrista.
Mientras tanto, en su campamento de Cochacaxas, Alvarado se enteraba de la traición de Pedro de Lerma, ordenando su captura. Pero ya era tarde: Lerma logró escapar y pasarse al campo almagrista, junto con otros soldados. Esta deserción sería decisiva para el resultado de la batalla, ya que Lerma descubrió a los almagristas los puntos más favorables para atacar a Alvarado.
Alvarado desplegó sus tropas para resistir a los almagristas: situó delante del puente a un contingente bajo el mando de Gómez de Tordoya; en un vado cercano colocó a Juan Pérez de Guevara y en otro más arriba a Sebastián Garcilaso de la Vega, con sus respectivas tropas, mientras que él quedó con un cuerpo de reserva, para acudir en auxilio en el momento necesario.
Batalla de Abancay Rodrigo Orgóñez, lugarteniente de Almagro, planeó sorprender a las fuerzas de Alvarado. Contaba con el valiosísimo apoyo de soldados incaicos comandados por Paullu Inca (a quien Almagro proclamó Sapa Inca en una ceremonia especial).
En la madrugada del 12 de julio de 1537, aún bajo la oscuridad, Orgóñez atravesó con su caballería el vado principal del río; la corriente era muy rápida y algunos de sus hombres murieron ahogados. Él mismo recibió una pedrada en la boca al saltar a la orilla opuesta, pero no se desanimó, y alentando a los suyos, arrolló con furia a la gente de Juan Pérez de Guevara que defendía aquel lado. Pronto, los partidarios de Lerma se unieron a los almagristas, según lo acordado, y entonces los hombres de Alvarado, no pudiendo distinguir a los amigos de los adversarios, se vieron en confusión total.