miniaturadeimagen|La historia de Cuenca ha estado determinada, desde antes de la existencia de la propia ciudad, por las hoces que tallaron los ríos Júcar y Huécar, creando una fortaleza natural en una península rocosa, sobre la que paulatinamente fue creciendo la ciudad. La historia de Cuenca se remonta al Paleolítico Superior, aunque no es hasta la conquista musulmana cuando se construye la fortaleza de Qūnka, que dio origen a la ciudad actual. Ésta se contaba en origen entre las otras tantas de la cora de Santaver (Ercávica), pero fue ganando importancia paulatinamente. El rey cristiano Alfonso VIII la conquistó en 1177 y le otorgó el Fuero de Cuenca, uno de los más prestigiosos de la historia de Castilla. Su economía se centró en la industria textil, de gran renombre durante los siglos y , lo que produjo una gran actividad constructiva. Sin embargo, la pañería se hundió en el , conllevando una drástica pérdida de población, que fue recuperándose a lo largo del siglo siguiente. En 1833 se convirtió en la capital de la nueva provincia de Cuenca, aunque las agitaciones del periodo hicieron que la ciudad se mantuviera en estado precario hasta bien entrado el . En la actualidad, la economía se centra sobre todo en el turismo, potenciado desde que en 1996 su casco antiguo fuese declarado Patrimonio de la Humanidad.
Prehistoria thumb|Pueblos de la Celtiberia:
Los primeros vestigios humanos de la provincia de Cuenca datan del Paleolítico Superior, en torno al 90 000 a.C. La población en la zona se intensifica llegado el Neolítico, surgiendo numerosos asentamientos, sobre todo en cueva. Se ha especulado que fueran los íberos los fundadores de los primeros asentamientos en el área de la ciudad actual, aunque no existen pruebas fehacientes. Las principales tribus de la zona parece que fueron en un principio los beribraces y arévacos, que ya aparecen en las fuentes de Plinio el Viejo. Con la llegada de las invasiones celtas, alrededor del , los olcades tomaron el control de la mayor parte de la actual provincia. También por aquella fecha se asentaron los lobetanos en la Serranía de Cuenca, teniendo su capital en Lobetum, cuyo emplazamiento se desconoce todavía.
Los lobetanos fueron un pueblo de época ibérica, constituido por pastores y agricultores, que podrían haberse fusionado con los turboletas.
Aparecen citados únicamente por Ptolomeo. La mayor parte los autores los sitúan en la sierra de Albarracín. Eran vecinos de los edetanos (ubicados al este), bastetanos (al sur) y celtíberos (al norte). Su capital, Lobetum, se ha identificado con la misma Albarracín, aunque no existen por el momento argumentos arqueológicos válidos para demostrar.su origen, Pedro Bosch opina que podría tratarse de la supervivencia de un grupo de celtas de la cultura de Hallstatt arcaica, y Taracena los entronca con los bebrices o beribraces.
Antigüedad Los cartaginenses, herederos de los fenicios, habían incluido los territorios de los olcades en su dominio, pero no los habían sometido. En el , dentro de sus planes para tomar Sagunto, el general Aníbal decidió distraer la atención romana atacando a las ciudades de los olcades e imponiéndoles altos tributos. El año 218 a. C. los romanos entraron en Hispania e iniciaron la conquista del territorio. En el caso de la serranía conquense, se vio envuelta en varias de las guerras celtíberas. Si bien en la provincia existieron tres importantes ciudades romanas (Segóbriga, Ercávica y Valeria), la zona de la capital estuvo muy poco poblada, habiéndose hallado tan solo vestigios de un pequeño asentamiento cercano al puente del Castellar, a fin de proteger la calzada romana a su paso por el río Júcar.
Edad Media El esquema poblacional romano se perpetuó a la llegada de las invasiones bárbaras, aunque ya con un declive de los centros urbanos romanos. Es durante la posterior invasión musulmana cuando aparece constancia de poblamiento en el emplazamiento actual de Cuenca. Periodo musulmán miniatura|Mapa aproximado de la Cora de Santaver. Aunque no está clara su fundación, ya existía en el año 784 la ciudad de قونكة (Qūnkatu). Su florecimiento se debe a la construcción, por parte de los Banu Di-l-Nun, de una base aprovechando las condiciones geográficas defensivas de las hoces. Esta base estaba integrada dentro de la kura de Santabariya o Shantabariya, castellanizada como Santavería o Santaver. Este topónimo es una arabización de Celtiberia, y su capital se situaba en شنتبرية (Ŝantabarīa), la antigua ciudad romana de Ercávica.
miniatura|Restos del castillo de Cuenca, emplazamiento en el que se halla el germen de la actual ciudad. Se construyó una plaza dependiente del califato de Córdoba al más puro estilo andalusí con una alcazaba en la zona más elevada, una medina con su mezquita aljama en el lugar que hoy ocupa la catedral y un alcázar, todos ellos separados por fosos labrados en la roca viva y fortificados con murallas. Asimismo, se practicó, en la desembocadura del río Huécar un gran estanque a fin de mejorar el sistema defensivo.
El primer gobernador militar que consta fue Sulayman ben Utman, muerto en 768 por el maestro de escuela Sakya ibn Abd al-Wahid, que se declaró en rebeldía enfrentándose a las tropas omeyas de Abderramán I. Hilal al-Madyuni fue nombrado gobernador en 772, enfrentándose a los bereberes de Valencia, hecho por el que fue depuesto y enviado a Córdoba como rehén en 781.
El emir Muhammad I nombró gobernador a Sulayman ben Tawril, que murió en 887. Su hijo Musa se hizo con el gobierno y con 20 000 hombres conquistó Toledo y se mantuvo independiente hasta su muerte en 908. Su nieto Yahyá fue gobernador y señor de Uclés hasta 933, sucediéndole su hijo Fath hasta 936, cuando fue desposeído del dominio de Uclés y en compensación designado gobernador de la plaza de Madrid. Abd al-Rahmán al-Midrás gozaba de la confianza de Almanzor, por lo que el califa le otorgó el título honorífico de “Nasir al-Dawla”. El año 1031 el califato de Córdoba desapareció definitivamente, creándose entonces los primeros reinos de taifas. miniatura|Caja de marfil, realizada en el taller de Cuenca hacia 1050.
Al-Mamún de Toledo formó el más extenso de los reinos de taifas anexionando los reinos de Valencia y Córdoba. Le sucedió su hijo Ismaíl en calidad de príncipe conquense desde 1049. En 1076 el aragonés Sancho Ramírez puso cerco a la plaza de Cuenca sin poder conquistarla. En 1080 Yahyá Al-Qádir perdió Toledo y el valí Saíd ben al-Farach le refugió en Cuenca, donde el Pacto de Cuenca por el que Alfonso VI recibió Zorita y otros castillos a cambio de ayuda militar. También se acuñaron monedas. En 1088 el jefe militar conquense ben Zennun pactó con el rey de Zaragoza, Al-Musta'in II entregarle la fortaleza de Segorbe a cambio de ayuda militar contra el cerco impuesto en Valencia a Al-Qádir.
Como consecuencia de la derrota de Alfonso VI en Sagrajas el rey sevillano Al-Mu'tamid aprovechó para adueñarse de Cuenca pero en 1091 los almorávides atacaron Sevilla y el rey Al-Mutamid envió a su nuera, la princesa Zaida, pidiendo ayuda al leonés Alfonso y ofreciéndole a cambio, para su guarda y custodia, la ciudad de Cuenca entre otras plazas. En 1093 entró un destacamento de tropas cristianas. En las inmediaciones de Cuenca Álvar Fáñez fue derrotado en el verano de 1098 por el general almorávide Ben Aisa. En 1108 Cuenca pasó al control de los almorávides tras la batalla de Ucles. En 1144 el caíd Abu Muhammad Abd Allah ben Fetah al Tagri (El Fronterizo) se rebeló y, al año siguiente, el 17 de mayo, tomó Murcia y se declaró independiente.
En 1147 Muhammad ben Abd Allah ibn Said ben Mardanís, el llamado Rey Lobo o Ben Lope, se proclamó rey de Cuenca, Murcia, Valencia y toda la parte oriental de la península. Independiente, se enfrentó a los almohades hasta el 8 de marzo de 1172 en que murió, no sin antes aconsejar a su hijo Hilal que, dado el avance militar imparable de estos integristas, firmase un pacto con ellos. Un Alfonso VIII de diecisiete años cercó la ciudad pero tras cinco meses de asedio el califa Abu Yaqub Yusuf viene en auxilio de los conquenses obligando al castellano a huir. El califa Yucub, el filósofo Averroes, el historiador Sahib al-Sala (que hizo una detallada descripción de Cuenca) y otros notables almohades entraron en la ciudad para a la población.
Conquista cristiana thumb|Planta aproximada de Cuenca en el , antes de la conquista cristiana. Abu Yacub Yusuf y Alfonso VIII firmaron una tregua de siete años pero en el verano de 1176 los conquenses, junto con los de Alarcón y Moya cometieron algaradas las tierras cristianas de Huete y Uclés rompiendo el pacto. Alfonso VIII convocó a las gentes de Almoguera, Ávila, Atienza, Segovia, Molina, Zamora, La Transierra junto al señor de Albarracín Pedro Ruiz de Azagra, el conde Nuño Pérez de Lara, Pedro Gutiérrez, Álvar Fáñez, Tello Pérez, Nuño Sánchez, el rey de León Fernando y el de Aragón Alfonso El Casto y las Órdenes Militares de Santiago, Calatrava y Montegaudio y puso cerco a la ciudad en el día de la Epifanía del Señor de 1177. El alcaide Abu Beka pidió auxilio al califa Yacub Yúsuf pero éste se encontraba en África atendiendo otros asuntos y denegó la ayuda.
El 27 de julio los conquenses hicieron una salida atacando el campamento cristiano con el objeto de dar un golpe de gracia contra el rey pero solamente lograron matar al conde Nuño Pérez de Lara. El hambre, las enfermedades y los muertos por los continuos ataques de manganas y trabucos, obligan que a mediados de septiembre se rindieran y entregaran la ciudad. Según la tradición, es el 21 de septiembre cuando Alfonso VIII y su séquito entraron triunfantes en Cuenca, que pasó desde entonces a formar parte del reino de Castilla. La población se distribuyó dentro de la ciudad de acuerdo con su religión: los musulmanes quedaron relegados a la zona del alcázar (actual plaza de Mangana), mientras que la judería se estableció en torno a la actual calle de Zapaterías y el resto de la ciudad se dividió en parroquias católicas.
Una vez acabada la conquista, se constituyó en ella un concejo y una sede episcopal y se llevó a cabo una campaña de repoblación. Como resultado, la población de la ciudad aumentó y apareció un buen número de aldeas, todo ello favorecido por el Fuero de Cuenca, que fue el prototipo de muchos de los subsiguientes fueros de Castilla, León, Aragón y Portugal. Este fuero colocaba en una categoría especial a aquellos que poseyeran un caballo de guerra, hecho que propició la creación de Cabildo de Caballeros y Escuderos de Cuenca, que paulatinamente se convirtió en el grupo más poderoso de la ciudad, ocupando los principales puestos de poder. Alfonso X el Sabio le concedió título de ciudad en 1257.
200px|miniaturadeimagen|izquierda|Cornado emitido en la ceca de Cuenca en el reinado de Sancho IV (1284-1295).
Durante los siglos y se empezó a configurar la parte baja de la ciudad, apareciendo los barrios de San Antón y de Tiradores. Aun así, el centro neurálgico de la ciudad sigue estando en la parte alta, entre la plaza Mayor y la plaza del Carmen, donde se reunía el Concejo. Con la desaparición de la orden del Temple en 1313, sus bienes del Humilladero pasaron a los franciscanos y la iglesia de San Pantaleón a los sanjuanistas.