La Historia del departamento de La Guajira es la propia del departamento colombiano, que abarca desde la época de la prehistoria hasta la actualidad.
Prehistoria
Los primeros habitantes en el departamento de La Guajira fueron los de la familia lingüística arawak que llegaron hace años; y posteriormente los de la chibcha que ocuparon el sur, exactamente en la Sierra Nevada. Los de la familia Caribe probablemente se establecieron hace 2000 años; y según estudios, tanto como los arawaks y caribes llegaron al territorio de la planicie guajira y desocuparon otros pobladores que previamente estaban asentados.
Dominio de los pueblos indígenas
Los territorios que en la actualidad conforman el departamento La Guajira estuvieron bajo completo dominio de diferentes pueblos nativo-americanos de las familias lingüísticas arawak, caribe y chibcha. El departamento ya estaba habitado en al sur por los ika, kankuamo, kogui, wiwa y cariachil o cariaquil; en el centro por los guanebucán y caquetío, junto con los guajiro y cocina que, asimismo, se asentaban en el norte con la etnia makuira. Otros pueblos fueron los eneal, anate y coanao.
Desde tiempos antiguos hasta el , y el presente, los distintos pueblos nativo-americanos convivieron de manera pacífica, llegando a compartir solidariamente sus territorios. En el proceso de conformación de naciones, lo que produjo tribus más grandes, muchos clanes desaparecieron por la integración de sus miembros a otros grupos más influyentes; mientras que aún es un misterio la verdad sobre la existencia de otros grupos humanos que desaparecieron sin dejar muchas evidencias de su presencia en el territorio.j
Pueblos arawakos
Estaban asentados en toda la península de La Guajira y la bajiplanicie del centro del departamento. En el norte, estuvieron agrupados en numerosos clanes y tribus, que terminaron agrupándose en pueblos, los cuales establecieron caciques distintivos entre tribales; a diferencia de los pueblos habitantes en el centro, quienes estuvieron determinados de manera distintiva como naciones.
Pueblos chibchas
Las investigaciones arqueológicas determinan que los pueblos chibchas que se asentaron en el departamento de La Guajira, son provenientes de la actual Nicaragua, y llegaron juntos a otros pueblos de esta familia lingüística como los chimila y yukpa. Se ubicaron en la Sierra Nevada de Santa Marta y se autodenominaron «hermanos mayores» —por vivir en tierras altas— y a los pueblos de las planicies como «hermanos menores».
Con el transcurrir del tiempo, demarcaron un territorio compartido con otros pueblos, considerándolo área de su influencia, que en su contexto cultural fue limitado con una línea imaginaria a la que denominaron Línea Negra (Shi Mukshi, en lengua original), en la cual posicionaron centros de rituales religiosos.
Pueblos caribes
Los pueblos caribes se asentaron en el departamento de La Guajira sin determinar un territorio específico para su superficie. Por lo general, eran semi-nomadas igual que otros pueblos arwakos, a diferencia, el pueblo cocina logró establecer como territorio propio la serranía que en la actualidad lleva su nombre, aunque muchos de sus miembros estaban desplegados por toda la planicie central.
Historia del colonialismo europeo en La Guajira
La primera incursión realizada en el territorio por europeos, fue a partir de 1499 por una expedición iniciada el 18 de mayo de ese mismo año, por Juan de la Cosa donde también participaron Alonso de Ojeda y Martín Fernández de Enciso. Los mencionados anteriormente, recorrieron las costas de la península de La Guajira y pensaron que era una isla, a la que llamaron Coquivacoa.
Los territorios que hoy conforman el departamento La Guajira estuvieron integrados a los virreinos coloniales del Perú y Nueva Granada; y por las provincias de Tierra Firme, Santa Marta y Río del Hacha. Su principal actividad económica fue la pesquería de perlas; y los hechos que marcaron su historia fueron las diversas rebeliones de pueblos nativos que se resistían a ser dominados y los múltiples palenques de fugitivos que estuvieron esparcidos por el centro y sur territorio.
El dominio colonialista europeo en el departamento inició en 1502 y finalizó en 1820. Las autoridades coloniales españolas no lograron consolidar su dominio en todo el departamento, por lo que parte del centro y todo el norte, asimismo la Sierra Nevada y la serranía del Perijá, no estuvieron sujetas a la jurisdicción de los europeos colonialistas.
Gobernación de Coquibacoa
Alonso de Ojeda logró convencer a los reyes castellanos y así capituló los territorios que exploró. Los reyes crearon la Gobernación de Coquibacoa en 1502 y nombraron a Ojeda como gobernador, quien de inmediato fundó el 3 de mayo del mismo año, un pequeño poblado colonial de nombre Santa Cruz que sería el primer asentamiento de colonos españoles en Suramérica.
El pequeño pueblo quedaba ubicado en la laguna Castillete, nombrada así por los colonos, la cual abastecía de agua a los habitantes. La economía consistía en la caza y explotación de madera seca, pero la principal era la extracción de perlas que era hecha por los nativos de la zona bajo la fuerza; y fue esta situación la que obligó a los pobladores americanos a expulsar a los invasores colonos del sitio y destruir el asentamiento.
Esta gobernación colonias constituyó en el departamento La Guajira las zonas costeras del golfo de Venezuela y el mar Caribe, hasta el cabo de La Vela. Los reyes castellano la disolvieron en septiembre de su mismo año fundacional, por lo que su efímera existencia sólo duró aproximadamente tres meses.
Provincia de Tierra Firme
El departamento La Guajira estuvo dentro de la jurisdicción de la provincia colonial de Tierra Firme, también conocida como Castilla de Oro, que fue fundada en 1510 y duró hasta 1537. Las diferentes expediciones que se hicieron alrededor de las costas, determinaron para los españoles la presencia de perlas y oro, riqueza de las cuales querían enriquecerse.
Otras expediciones se realizaron muy tierra adentro. Los españoles se dieron cuenta se las posesiones de prendas de oro como aretes, cadenas y taparrabos, que llevaban tradicionalmente los guanebucanes en su cuerpo; lo que significó para este pueblo, un factor de su genocidio debido a que los expedicionarios secuestraban a los individuos de la etnia y les amputaban miembros o asesinaban con el fin de obtener las prendas.
Colonización de perleros
En 1538 arriban a las costas del cabo de La Vela una sociedad de perleros españoles, que habían abandonado la isla de Cubagua —de la actual Venezuela— para asentarse en el departamento. Debido a la dificultad de las condiciones desérticas del ambiente, se trasladaron en dirección al sur; y siguiente a ello tomaron posesión de un poblado habitado en su mayoría de guanebucanes, y familias guajiras; y nombraron al asentamiento como Nuestra Señora Santa María de los Remedios del Río de la Hacha (hoy Riohacha), e impusieron su autoridad en el lugar, asimismo obligaron a los habitantes indígenas contra su voluntad a la extracción de perlas.
Con respecto a la fundación de Riohacha, la historia oficial dice que esta ciudad fue fundada por el expedicionario Alemán Nicolas de Federmann en 1545, cuando este navegó cerca de las costas guajiras previo a finales de los años de 1530 y que sólo llegó hasta el cabo de La Vela. Académicos colombianos como Benjamín Ezpeleta y Marco Tulio Annicchiarico, desmiente la versión oficial sosteniendo, entre otras cosas, que previo al año de la fundación citada, ya Nicolas de Federmann había muerto en 1542, como lo afirman los registros de la época.
Virreinato del Perú
Los territorios que hoy conforman el departamento La Guajira, estuvo sujeto al dominio colonial del Virreinato del Perú entre los siglos y . Durante esta época se establecen encomiendas encargadas de las minas de oro en Dibulla y otras actividades como la extracción perlera, agricultura y actividades comerciales manejadas por chapetones y criollos españoles.
En el contexto de los pueblos nativo-americanos, la economía dependerá del comercio con los europeos colonos (españoles), y con otros de otras potencias colonialistas, holandeses, ingleses y franceses; asimismo entre las mismas etnias nativas. Con respecto a la política, la amenaza de ser dominados por completo, por parte del reino español, suponía una condición constante de supervivencia y resistencia contra el enemigo invasor.
Provincia de Santa Marta
El departamento La Guajira formó parte de la provincia colonial de Santa Marta desde su creación en 1535 hasta 1789. Durante este tiempo se fundaron otras poblaciones como El Molino en 1595 por Pedro Beltrán Valdés y Villa Nueva el 16 de enero de 1662 por Roque de Alba, aunque ya existía un asentamiento conocido como Itoto, donde vivía el cacique Canopan y su tribu —que es llamada con el mismo nombreEl nombre de la tribu canopan se debe al cacique Canopan, quien vivió en el siglo XVII. Los españoles colonizadores la identificaron con este nombre, pues dicho cacique tenía fama en la región por su resistencia a la invasión de los colonos españoles.— y que estaba cercana al poblado Timiguaraco (aldea grande); junto al este con asentamientos de la tribu del cacique Guazara y al sur por la tribu del cacique Uruma.
En 1664 fue fundada Barrancas a orilla del río Ranchería, que el 5 de febrero de 1872 sería rebautizada como San José por fray José Barranco y que por su apellido se re-nombró a San José de los Barrancos. El 24 de junio de 1701 se funda la villa de San Juan Bautista del Río César (hoy San Juan del César) por el capitán y alguacil Salvador Félix Arias, que en realidad era un asentamiento cariachil fundado por el cacique Marocazo; el objeto de ello fue someter al cacique mencionado y otros resistentes como Tupes, Coyaima y Conopán.
Primer virreinato de Nueva Granada
Los territorios que en la actualidad conforman el departamento La Guajira constituyeron, con la provincia de Santa Marta, el virreinato colonial español conocido como Nueva Granada y que funcionó desde su creación por el rey Felipe V de España en 1717 hasta su disolución por su inviabilidad económica en 1723. Durante los casi seis años que duró el virreinato, la parte norte de la provincia —es decir, hoy el departamento La Guajira— fue decayendo por su dificultades económicas; además por las rebeliones que se suscitaron como en 1701 cuando guajiros destruyeron una misión de frailes capuchinos, y además la inmensidad de esclavos fugitivos en numerosos palenques.
Reintegro al virreinato del Perú
300px|thumb|Provincia del Hacha (en el mapa, Río Hacha) a mediados del siglo XVIII. Límites. Norte y oeste: mar Caribe, noreste: colonias holandesas, este: Provincia de Maracaibo y sur: Provincia de Santa Marta
Tras la disolución del virreinato de Nueva Granada, el rey español dispuso el reintegro de la provincia de Santa Marta —a la que entonces pertenecía el departamento— al virreinato del Perú en 1723. Esta época duró aproximadamente quince años hasta 1739, tiempo en que estalló otra resistencia indígena en 1723 donde autoridades españolas fueron atacadas por más de dos mil guajiros, hechos que empeoraron la situación económica para la administración colonial y los criollos españoles, ya que ni había capital suficiente para realizar trabajos como agricultura ni contaban con una seguridad eficiente.
Provincia de Río del Hacha
En 1739, el rey Felipe V de España creó la provincia del Río del Hacha, o simplemente Provincia del Hacha, también conocida como provincia de los Indios Guajiros, constituida por los actuales departamento La Guajira y el norte del departamento del Cesar en Colombia, y el noroeste del Estado Zulia y las islas Los Monjes en Venezuela.