thumb|220px|right|El estado de Yucatán en sus orígenes, conformado por los actuales estados de Yucatán, Campeche y Quintana Roo. Se llama independencia de Yucatán al proceso de emancipación que ocurre en dos momentos históricos diferentes de esa región de la república de México: el primero está referido al movimiento de independencia de la que fue denominada Capitanía General de Yucatán con respecto del Imperio español que se produce simultáneamente al proceso de la Independencia de México, a lo largo de la segunda década del y que culmina en 1821, gracias al cual Yucatán se adhiere por voluntad de sus ciudadanos a la nación mexicana en 1823. El segundo, a la independencia que decreta la república federal de Yucatán —tal como se había adherido al pacto federal— con relación a la nación mexicana en 1841, primero, y después en 1846, a fin de recuperar su soberanía separándose de México. Yucatán volvió a incorporarse en forma definitiva a México, como un estado más de la federación, el año de 1848.
Yucatán se emancipa de la Corona Española
thumb|right|150px|Pintura mural de José Clemente Orozco representando al Cura Hidalgo. La emancipación política que el Virreinato de la Nueva España alcanzó con relación a su metrópoli fue la consecuencia de un proceso político, social y bélico que se siguió a fin de lograr la soberanía de la nación mexicana. Tal proceso se manifestó en un conflicto armado que comenzó con el Grito de Dolores el 15 de septiembre de 1810 y concluyó el 27 de septiembre de 1821 con la entrada del Ejército Trigarante a la Ciudad de México, después de la firma del Tratado de Córdoba. La guerra de independencia propiamente dicha entre los ejércitos favorables a la causa española y los insurgentes duró poco más de once años.
El movimiento independentista mexicano tiene como marco la Ilustración y las revoluciones liberales de la última parte del . Por esa época la élite ilustrada comenzaba a reflexionar acerca de las relaciones de España con sus antiguos virreinatos. Los cambios en la estructura social y política derivada de las reformas borbónicas, a los que se sumó una profunda crisis económica en Nueva España, también generaron un malestar entre algunos segmentos de la población.
Lo que fue la Independencia de Yucatán
La Capitanía General de Yucatán fue una gobernación y zona administrativa perteneciente al Imperio español, creada en 1565, que estaba bajo la dependencia directa del rey para asuntos militares y de gobierno. Sin embargo, al no contar con Audiencia real, debía acudir a la de México en el Virreinato de Nueva España a fin de solventar los asuntos jurídicos. También el Virrey de la Nueva España, podía nombrar gobernadores interinos en la provincia de Yucatán, mientras que el rey nombraba el definitivo. La "Provincia y Capitanía General de Yucatán" abarcaba los actuales territorios mexicanos de Campeche, Quintana Roo y Yucatán, a la vez que nominalmente le correspondían territorios de Tabasco, del norte del Petén y el actual Belice. En 1786, la Corona española implementó el régimen de intendencias y entonces la Capitanía General de Yucatán cambia de nombre en 1787, a Intendencia-Gobernación de Yucatán, conservando sus mismas leyes, vínculos y extensión territorial.
La Capitanía General fue creada a partir de las conquistas capitaneadas por el Adelantado Francisco de Montejo, que junto con su hijo y su sobrino, homónimos, llegaron a dominar a los grupos mayas que habitaban la Península de Yucatán a la llegada de los españoles, en la primera parte del . Estos grupos mayas que presentaron aguerrida defensa de su territorio, eran los descendientes de los que integraron la coalición de estados que había sido formada y disuelta tiempo antes de la llegada de los europeos y que se había denominado Liga de Mayapán.
La conquista de los mayas fue la más tardía de las que finalmente integraron el Virreinato de la Nueva España, toda vez que los últimos reductos de esta etnia no fueron dominados íntegramente sino hasta el año de 1697 —es decir más de siglo y medio después de la conquista de México—, con la conquista de Tayasal.
Los Sanjuanistas thumb|right|150px|Terraza donde se reunían los sanjuanistas en la iglesia de San Juan.
Los Sanjuanistas fueron un grupo de criollos yucatecos que se reunían en la iglesia de San Juan, de la ciudad de Mérida de Yucatán, en los primeros años del , para discutir entre otras, las ideas independentistas, y que tenían intereses económicos y sociales distintos a los de la Corona española de aquel entonces. Aspiraban a una mayor participación política, haciéndose eco de las ideas de la Ilustración francesa del . Su fundador fue el sacerdote católico Vicente María Velásquez.
Este grupo de personas que en su mayoría eran criollos yucatecos, no creyeron que la mejor opción para luchar por sus intereses fuera la conformación de ejércitos que lucharan y ganaran una guerra de Independencia. A pesar de eso, no fueron indiferentes ante las crisis del poder de la Corona y sus funcionarios. En Yucatán, la lucha fue de una intensa acción política y no exenta de peligros, por la persecución política que suscitó su pensamiento y su conducta.
Se oponían a las ideas de los Sanjuanistas el grupo denominado de los "Rutineros" que estaba conformado por funcionarios de la Corona, clero, y aristocracia, defensores del statu quo y que eran quienes pugnaban, de manera abierta o encubierta, por acallar y perseguir a los Sanjuanistas.
En 1810 los Sanjuanistas comenzaron a reunirse semanalmente en la sacristía de la iglesia de San Juan para discutir las formas prácticas de auxiliar a la educación de los mayas. Unos meses después se unieron los ilustrados Lorenzo de Zavala, Luis Alonso Peón, Pedro Almeida y José Matías Quintana, siendo este último padre de Andrés Quintana Roo. Fue así como se formó la sociedad de los sanjuanistas.
En adición a los propósitos educadores que perseguían, también buscaban que se garantizaran los derechos fundamentales del hombre postulados por la Ilustración y el liberalismo, así como la libertad de imprenta, el sufragio para la elección de funcionarios públicos y el respeto a la libertad municipal.
Al agudizarse la crisis de España tras la invasión francesa en 1808 y la convocatoria para un congreso constituyente en Cádiz, en las reuniones de los Sanjuanistas se discutía sobre la inminente quiebra de la estructura del imperio español. Miguel González Lásteri llegó a Mérida con la Constitución de Cádiz a fines de julio de 1812, pero el gobernador Manuel Artazo y Torredemar se negó a proclamarla, alegando que no tenía una orden para hacerlo. Esto agitó los ánimos de los Sanjuanistas que continuaban reuniéndose. El 25 de septiembre de 1812 el obispo de Yucatán prohibió las reuniones en la iglesia de San Juan, argumentando que los participantes se dedicaban a “soltar proposiciones impías y temerarias” y podían organizar atentados contra las autoridades. Al cura Vicente María Velásquez se le prohibió celebrar la misa.
De acuerdo a lo establecido en la nueva constitución gaditana, se convocó a elecciones para elegir a los Diputados de la provincia y el Ayuntamiento. Los Rutineros ganaron la Diputación Provincial y los Sanjuanistas el Ayuntamiento. El primer alcalde bajo el constitucionalismo colonial fue Francisco Calero. Los sanjuanistas ejercieron el derecho de la libertad de expresión publicando periódicos como “El Misceláneo y El Aristarco Universal”. Pero a la derrota de Napoleón, el rey de España regresó al trono y desconoció la constitución de Cádiz. Esto provocó nuevas contradicciones entre Sanjuanistas y Rutineros.
Los Sanjuanistas continuaron con su activismo y tras haber lanzado una proclama ciudadana en 1819 para rechazar la tiranía, el gobernador Miguel Castro prohibió las reuniones públicas en la plaza de San Juan. El mismo día los Sanjuanistas fueron detenidos y enviados a la prisión de Veracruz San Juan de Ulúa, donde permanecieron presos por tres años hasta 1821.
La Nueva España y la Intendencia de Yucatán se emancipan de España (1821) A pesar de la separación política que existió históricamente en la realidad entre una y otra entidad —la Nueva España y la Capitanía General de Yucatán— a lo largo de trescientos años de coloniaje, puede considerarse indubitablemente que el "Grito de Dolores", como acto simbólico de la emancipación mexicana, fue también el primer acto político emancipador de la Capitanía General de Yucatán. Resulta claro del análisis de los hechos históricos, que Yucatán dependía del gobierno de la Nueva España más allá de las vinculaciones o separaciones estrictamente legales que existieron formalmente. Así lo consideró Albino Acereto Cortés, historiador yucateco del , en su libro Evaluación histórica de las relaciones políticas entre México y Yucatán, quien a la letra dice:
El propio historiador Acereto afirma, según la enciclopedia Yucatán en el tiempo, que mientras en las demás provincias de la Nueva España bastó la lectura del Plan de Iguala para proclamar la independencia de la metrópoli, en Yucatán el proceso fue un poco más complejo ya que, al menos teóricamente, podía la entidad actuar a su arbitrio para elegir el destino que quisiera.
En Yucatán los hechos que condujeron a la proclamación de la independencia fueron del todo incruentos, más allá de las persecuciones políticas que se practicaron desde el poder público hacia los independentistas La independencia se logró habiéndose alcanzado un equilibrio y consenso entre las fuerzas que pudieron haber entrado en pugna y utilizado las armas para dirimir sus diferencias.
Desde temprano en el se habían dado manifestaciones que favorecían la tendencia emancipadora. Se describió antes la presencia y acción de los Sanjuanistas, la persecución de que fueron víctimas, el antagonismo del grupo de los Rutineros hacia los liberales que querían otros aires. Todo ello ocurrió en términos de una relativa paz, para que en septiembre de 1821, proclamado el Plan de Iguala, el gobernador y capitán general de Yucatán Juan María Echeverri, al hacerse perfecto cargo de la situación en México a partir de diversos avisos que recibió de Tabasco y de Campeche con relación a la proclama independentista, se reuniera de urgencia con la Diputación provincial y el Ayuntamiento de Mérida. En esta reunión todas las partes presentes se pronunciaron a favor de la emancipación. Echeverri advierte al término de tal junta que el renunciaría a su cargo por ser incompatible con la situación emergente, renuncia que no se realiza. Acto seguido, convoca a una asamblea con presencia popular y con la asistencia de todas las autoridades militares, civiles y eclesiásticas, incluyendo a los representantes de los Rutineros, como fuerza opositora en un principio a la noción independentista, pero que ahora se encontraba también fundida en el sentimiento generalizado de la emancipación, asamblea en la que se adopta por aclamación unánime la decisión de proclamar la independencia de Yucatán. Se levantó un acta de los acuerdos de esa magna reunión ocurrida en las Casas Consistoriales de Mérida, el 15 de septiembre de 1821 que propiamente se constituye en el Acta de Independencia de Yucatán, cuyo texto dice en su primeros artículos :
Como resultado de esa proclama de independencia, son nombrados también dos comisionados que fueron Juan Rivas Vértiz y Francisco Antonio Tarrazo para pasar a la Ciudad de México, a poner el acuerdo de la independencia yucateca en conocimiento de Agustín de Iturbide y de Juan O'Donojú signatarios de los Tratados de Córdoba.
Yucatán se independiza de la República Mexicana