thumb|200px|Vista del claustro con las reformas barrocas tal y como se muestra en la actualidad.El claustro de la Basílica de San Isidoro de León, en la ciudad de León, es una construcción del con la salvedad de conservar el vestigio románico del de su panda sur, pegada al muro norte de la iglesia. Esta galería conservada se considera como parte del claustro románico más antiguo conocido en España.Llamazares, Fernando. Guía de León, página 30.
Se trata del claustro principal, claustro procesional o claustro de Fonseca, que por los tres nombres es conocido. Fue mandado construir en el por el abad Fonseca y de esa obra se conservan las crujías y las bóvedas, habiéndose modificado las arquerías en época barroca. La obra del dejó oculta la galería románica alzando un muro de ladrillo revocado. Este muro fue demolido a mediados del en las reformas llevadas a cabo por el arquitecto Luis Menéndez Pidal. Fue entonces cuando quedó la galería románica al descubierto, con sus canecillos, arcos y capiteles.
En el se rehicieron las fachadas que quedaron tal y como se ven en la actualidad, salvo la que ocultaba la galería románica porque el maestro Durán que llevaba las obras no se atrevió a derribarla a la vista de los desplomes y empujes de la nave central de la iglesia. Estos desplomes se venían conteniendo gracias precisamente al grueso muro ya descrito y derribado en el .
El claustro en sus cuatro lados contenía capillas dedicadas a enterramientos de familias de la nobleza leonesa. A principios del y debido a la ocupación de las tropas francesas, las capillas fueron maltratadas, profanadas y muchas de ellas transformadas en cuadras. Así se mantuvieron durante siglo y medio, abandonadas y descuidadas, hasta que en 1959 empezaron las obras de restauración de todo el claustro y sus capillas. El arquitecto responsable fue Luis Menéndez Pidal, bajo el patrocinio y supervisión del Patronato Artístico Nacional.Viñayo González, Antonio. Real Colegiata de San Isidoro de León. Al filo de medio siglo de restauraciones 1956-2003, página 43
En 1960, con motivo de la celebración del XIV centenario del nacimiento de San Isidoro se hicieron algunos arreglos más para adecentarlo y prepararlo para las ceremonias y se colocaron barandillas de hierro forjado a modo de balcones en los veintitrés huecos del claustro alto. En 1967 Menéndez Pidal colocó unos óculos de piedra en cada vano del claustro alto.
La galería románica thumb|200px|Galería románica del claustro.En los tiempos del rey Fernando I y su esposa Sancha de León () se construyó una galería que rodeaba el ángulo sur occidental del Panteón y se extendía hasta el primer tramo (incluido) de la iglesia. En el este tramo se amplió hasta encontrarse con el saliente del crucero. En el y bajo la tutela del abad Fonseca se construyó el claustro que se puede contemplar en la actualidad, algo modificado en época barroca y restaurado a mediados del .
Al hacerse las obras en el esta galería quedó cegada con un muro de ladrillo bastante grueso en el que se abrieron unos vanos en la parte superior. El muro se elevaba de manera que tapaba también la fachada norte de la iglesia y sus correspondientes modillones. La propuesta de restauración del arquitecto Pidal fue aceptada sin reservas. En el informe proporcionado, Menéndez Pidal señalaba que:Viñayo, Op. Cit. Informe del arquitecto Menéndez Pidal sobre las obras de restauración del claustro de Fonseca
Al derribarse el muro de ladrillo quedaron al descubierto bastantes elementos románicos (cornisa de la nave de la iglesia, columnas, capiteles etc.). Para completar la restauración se pusieron a punto las bóvedas con piedra de toba como se habían hecho en su día las originales.
Capilla de los Salazares Fue concebida como capilla de enterramiento de esta familia. Tras la estancia de las tropas francesas se quedó abandonada y en ruinas hasta su restauración de 1959. Se recuperó la bóveda de escayola del , se limpiaron los muros y se arregló el arco de entrada cerrándolo con una verja. Se derribó el muro postizo de separación con el Panteón, de manera que la capilla quedó incorporada a él. Se colocó en esta capilla la pila bautismal románica que anteriormente estaba en la iglesia.Durante el tiempo que estuvo en la iglesia no fue nunca considerada como pieza valiosa, es más se utilizaba como asiento ocasional, con el consiguiente deterioro.
En esta misma capilla se arregló un espacio privilegiado para colocar la tumba del arquitecto medieval Pedro Deustamben que se hallaba también en la iglesia (como la pila) y servía como asiento a los fieles.
Capilla de los Vacas Está contigua a la de los Salazares y en su origen sirvió como capilla de enterramiento de la familia Vacas y Villagómez. Se hizo una restauración completa de suelo, muros y bóveda. Después se destinó para exposición de la antigua campana de 1086 y del gallo-veleta original que se había bajado de la torre para su limpieza y restauración. Al comprobar su antigüedad y valía, los expertos consideraron que era mejor cuidarlo y protegerlo como pieza de museo. En la torre se puso una copia exacta.
Capilla de San José Había sido capilla funeraria de Tomás Moreno, corregidor de la Ciudad y Reino de León. La restauración fue lo mismo que en las otras capillas: suelo, paredes y techo. Aquí se colocó un crucifijo regalo de la Dirección General de Bellas Artes, copia de un cristo milagroso original de Alcañiz.
Capilla de San Ignacio Perteneció a Pedro de Castro, prior de la catedral, y al capitán Negrete. Se restauró el suelo, paredes y techo y se arregló la entrada. En la actualidad cobija una imagen del Sagrado Corazón junto con el pedestal, altar y comulgatorio, obra de Félix Granda. En las paredes de esta capilla están expuestos dos relieves góticos en piedra con el tema de la Pasión que pertenecieron a un sepulcro de los Quiñones.
Sala de Exposiciones Es un espacio muy amplio, de 15 x 6 m que estuvo dedicado a bodega y almacén. Se puso el suelo nuevo y se limpiaron paredes y techo. Para la puerta se utilizó un arco de medio punto con dovelas, que había aparecido en las excavaciones, y se cerró el vano con una puerta de madera de dos hojas con herrajes.
Capilla de los Inclanes No es una capilla en sí sino un arcosolio metido al final del muro oeste del claustro. Se encontraba en estado lamentable por lo que necesitó de una cuidadosa restauración.
Refectorio antiguo El refectorio o comedor de los monjes se extiende a lo largo de casi toda la panda norte del claustro. Había sido una sala excepcional pero se encontraba en tal estado que necesitó una restauración profunda.La restauración fue costeada por la Dirección General de Bellas Artes y por el Cabildo. Los soldados franceses lo habían convertido en cuadra y desde entonces no se había arreglado nada; incluso estaban las cubetas de los animales estabulados.
Se restauró la puerta de ingreso con el arco de piedra y el alfiz que había pertenecido a la antigua abadía. En el muro oriental se abrió una puerta para comunicar directamente con el espacio anterior a la escalera claustral. Las ventanas también fueron restauradas con maderas nobles y emplomados. Lo mismo se hizo con el suelo y muros. En la actualidad cuelgan de las paredes ocho grandes cuadros de la escuela sevillana, lujosamente enmarcados que presentan el tema de la vida y muerte de San Juan Bautista. Se llevó a cabo también una restauración de las bóvedas del y sus valiosos relieves policromados.
Finalmente la sala fue amueblada con 14 sillones para la presidencia y bancos de estilo español para el público. A partir de 1960 empezó a funcionar como salón de actos solemnes y conferencias que se llamó Salón del Pendón de Baeza.El empresario leonés Antonio del Valle Menéndez costeó los muebles y muchas otras obras de San Isidoro. Se le puede considerar como un moderno mecenas.
Capilla de la Asunción Esta capilla sufrió bastantes reparaciones y renovaciones. La sala está ubicada en el extremo este de la panda norte del claustro, entre la puerta ya descrita del refectorio y el muro y puerta que dan a la escalera monumental o claustral. En origen este espacio correspondía al zaguán al que se entraba desde la calle y que servía de paso hacia el claustro.
La familia Villafañe tomó el patronazgo de este lugar convirtiéndolo en capilla funeraria bajo la advocación de la Asunción. Varias lápidas de enterramiento se pusieron en el suelo sobre las cuales, algún tiempo después se colocaron cinco arcas sepulcrales pertenecientes a antiguos abades y algún otro personaje importante. En la restauración de 1960 el arquitecto Menéndez Pidal trasladó estas arcas al espacio recién restaurado llamado Sala de Exposiciones.
En la restauración de esta capilla se arregló el suelo, muros y techo, así como el arco que comunicaba con el claustro. En este arco y a cada lado de sus jambas se colocaron sendas estatuas de guerreros, muy deterioradas pero restauradas por el escultor Andrés Seoane.Estas estatuas de guerreros estaban en la entrada principal del palacio de los Guzmanes, sede de la Diputación Provincial. Como se encontraban muy maltrechas la Diputación encargó al escultor Seoane una copia exacta. Una vez realizada la obra (en el taller de San Isidoro), Seoane creyó oportuno no deshacerse de los modelos y buscarles un lugar en la Colegiata.
Se hizo también el traslado de un arco de piedra conocido como Capilla del Salvador (que había sido propiedad del regidor de la ciudad Rodríguez Lorenzana), desde la galería románica donde estuvo empotrado. Este arco funerario se instaló en el muro septentrional de la capilla que se está describiendo. En él se colocó una imagen de María con el Niño, de piedra policromada que había pertenecido a la villa de Mansilla de las Mulas. De allí había pasado al museo de la catedral, hasta que el obispo Almarcha decidió ubicarla en la basílica presidiendo por algún tiempo el vestíbulo de entrada al Panteón. Después de este emplazamiento se trasladó a la panda norte del claustro. Como allí corría peligro de deterioro se reinstaló finalmente en esta capilla de la Asunción.
Capilla de la Magdalena Se encuentra al norte de la panda este. Perteneció a la familia del regidor de León, Pedro Joven. Se usa en la actualidad como depósito del museo.
Capilla de los Omañas Perteneció a la familia Omaña y en ella está enterrado Ares de Omaña, personaje que fue ejecutado por su tío el conde de Luna en la Torre de Ordás. También está enterrada Sancha Álvarez de Omaña, madre de Ares. Tampoco esta capilla está restaurada. Conserva en su interior la fragua donde se hicieron las rejas del Panteón a mediados del . Se utiliza como trastero.
Capilla de los Castañones Fue restaurada en 1999, consolidando el suelo y adecentando del artesonado mudéjar de buena factura. Estaba mutilada pues la parte de la cabecera se utilizó para hacer de ella la caja de escalera que conduce a la sacristía. Tenía una gran lápida con inscripción (que seguramente pertenecía a la cabecera) cerrando el hueco de la puerta que da al claustro. Esta lápida se colocó en la parte central del suelo.Actualmente se encuentra en desuso, y en ella están enterrados gran parte de dicha familia perteneciente a la Casa Noble de León (Los Tusinos)
Capilla de los Quiñones