Desde su nacimiento como repúblicas independientes a principios del , y hasta el año 1998, hubo un conflicto limítrofe entre el Ecuador y el Perú en regiones comprendidas entre la cuenca del Amazonas y la cordillera de los Andes. Los problemas en la delimitación de fronteras entre ambos países tienen su punto de partida cuando la Gran Colombia (estado antecedente de Ecuador, encabezado por Bolívar) anexó los territorios pertenecientes a la Real Audiencia de Quito, de los que serían parte Tumbes, Jaén y Maynas, aunque de facto y de iure hicieron parte del Virreinato del Perú, por lo que voluntariamente habían decidido ser parte del Perú luego que declararan su independencia en 1821. La nueva nación llamada Colombia y conocida actualmente como La Gran Colombia no duró mucho, y se disolvió en 1830, de ella se separó la república de Ecuador como país independiente, con los territorios que habían pertenecido mientras fue parte de La gran Colombia. Sin embargo Ecuador no reclamó ni tomó posesión de las provincias amazónicas. Mientras tanto Perú incluyó estos territorios en su república, alegando en su defensa los principios jurídicos del uti possidetis y la libre determinación de los pueblos.
Llegando a agudizarse la relación entre ambos países en múltiples ocasiones y desembocando en guerras y conflictos de corta duración. El impasse territorial se convirtió durante siglo y medio en el principal factor que dificultó el fortalecimiento de las relaciones peruano-ecuatorianas.
Época del Virreinato
miniatura|300px|Mapa de que comprende todo el distrito de la Audiencia de Quito en 1779. Hasta antes de 1717, el territorio americano del Imperio español estaba dividido en dos grandes dependencias: el Virreinato del Perú y el Virreinato de Nueva España. En ese año, como parte de las reformas borbónicas del rey Felipe V en la ciudad de Segovia, España, se escinde del Virreinato del Perú, uno nuevo, el Virreinato de Nueva Granada, medida decretada el 27 de mayo de 1717 por una Real Cédula.
El Virreinato de Nueva Granada tuvo jurisdicción sobre la Real Audiencia de Santa Fe de Bogotá, Real Audiencia de Panamá, Real Audiencia de Quito y la Capitanía General de Venezuela. En tal sentido, las Reales Audiencias del Virreinato comprendieron los territorios de las actuales Repúblicas de: Venezuela, Colombia, Panamá, Ecuador, norte del Perú, norte y este de Brasil, y el oeste de Guyana. Su capital se situó en Santa Fe de Bogotá.
El rey Felipe V el 5 de noviembre de 1723, suprime temporalmente el Virreinato de Nueva Granada. Por lo cual emitió una Real Cédula, con la que se devuelve la Real Audiencia de Quito al Virreinato del Perú.
Por mandato Real, la Real Audiencia de Quito fue incorporada nuevamente al recreado Virreinato de Nueva Granada el 20 de agosto de 1739. Para entonces, Felipe V firmó en San Ildelfonso, la Cédula de Reerección definitiva del Virreinato de Nueva Granada con los mismos derechos y territorios de la Real Cédula de 1717.
Real Cédula de 1740
El rey de España habría expedido en 1740 una Real Cédula que fijaba los límites definitivos entre la Real Audiencia de Quito y el Virreinato del Perú. Esta Cédula nació en virtud que era necesario determinar con claridad y precisión la limitación de la Audiencia de Quito, respecto de la Audiencia de Lima, para saber hasta qué lugar tenían jurisdicción y autoridad los virreyes de Nueva Granada y de Perú, y evitar en lo posible futuras confusiones, quedando de este modo solucionada la demarcación de ambas audiencias.
La Real Cédula de 1740 dice así:
Dudas de historiadores peruanos sobre la veracidad de la Real Cédula de 1740 De acuerdo con el historiador peruano Percy Cayo Córdova la Real Cédula de 1740 nunca existió, siendo esta una falsificación de la defensa ecuatoriana en el litigio limítrofe contra el Perú. El también historiador Luis Ulloa, en relación con esta real cédula señaló:
El Obispo de Ibarra Federico González Suárez no hace mención alguna de esta cédula en su libro Estudio histórico sobre la Real Cédula del 15 de Julio de 1802, mientras que Julio Tobar Donoso en su Derecho territorial ecuatoriano toma con cautela su existencia:
Real Cédula de 1802
thumb|400px|Comandancia y Capitanía General de Maynas, (en mostaza), las zonas en litigio españolas sobre la amazonia y que España consideraba dentro de la Comandancia de Maynas, mientras que el Imperio portugués lo reclamaba como suyo (en amarillo) Dominios de Portugal (en azul claro) el resto del territorio español (en verde), las líneas son las zonas reclamadas por otros imperios, las líneas azules, (reclamaciones portuguesas), las líneas naranjas (reclamaciones británicas), las líneas rojas (reclamaciones neerlandesas) y las líneas moradas (reclamaciones francesas). La Corona española bajo el reinado de Carlos IV, el 15 de julio de 1802, dictó una Real Cédula, a inspiración de Francisco Requena, según la cual, el Gobierno de Maynas y el Gobierno de Quijos, así como las misiones establecidas en los ríos que desembocan en el Marañón, que pertenecían hasta entonces al territorio de la Real Audiencia de Quito, pasaban a la jurisdicción política y eclesiástica del Virreinato del Perú. Del contenido de esta Real Cédula se deduce claramente que su objetivo principal era detener los avances portugueses a los territorios de la Corona española.
Es necesario analizar las razones y circunstancias que obligaron a la Corona española a dictarla.
La política expansionista de los portugueses en la hoya amazónica, quienes avanzaban incesantes hasta los territorios de la Corona española, especialmente para dedicarse a la caza de indios a los que vendían como esclavos (bandeirantes). Ya desde años atrás, España se había preocupado en delimitar las fronteras de sus colonias sudamericanas con los dominios de Portugal. En octubre de 1777 se firmó el Tratado de San Ildelfonso reconociendo a los ríos Yapurá y Yavari como el límite con Portugal, quedando algunos sectores sin la delimitación exacta y se enviaron sendas comunicaciones a la selva amazónica para que la delimitación se hiciera con base en el conocimiento de la realidad geográfica. Por España se envía a Francisco de Requena, ingeniero jefe de la comisión española de límites y gobernador de Maynas (1779), quien por problemas de entendimiento con la comisión de Portugal, tras nueve años tuvo que retirarse sin haber conseguido que se marcase la línea en toda su extensión.
El abandono de las misiones jesuitas de la selva amazónica, dependientes de Quito, debido a la expulsión de los miembros de dicha orden religiosa de toda la América española, según orden real dada en 1767. Los jesuitas habían realizado una obra muy valiosa de civilización e integración de los nativos de dicha región, y su expulsión marcó el inicio de un periodo de grave decadencia en Maynas, que la Corona española se interesó en revertir. Para sustituir a los jesuitas se pensó en las congregaciones franciscanas del Colegio de Ocopa, que venían colonizando la Región Oriental del Alto Ucayali, pero para ello era necesario unificar la labor de estos operarios religiosos. Requena propuso al respecto la creación del Obispado de Maynas.
Requena remitió un informe escrito al rey de España, donde sostuvo que lo más conveniente para una buena defensa y administración de las misiones de Maynas que permitiera su progreso, era que dejaran de ser parte del Virreinato de Nueva Granada y se uniesen al del Perú. Años después, Requena ocupó un asiento en el Consejo de Indias, en donde en sucesivas alegaciones, defendió verbalmente esta misma posición. Su razón fundamental era que, desde el Virreinato del Perú, las misiones de Maynas «podían ser más pronto auxiliadas, mejor defendidas, y fomentarse algún comercio, por ser accesibles, todo el año, los caminos… a los embarcaderos de Jaén, Moyobamba, Lamas, Plaza Grande y otros puestos, todos en distintos ríos, que dan entrada a todas aquellas misiones». Requena exponía así con la autoridad que le daba el hecho de conocer personalmente toda esa extensa región, que recorriera durante más de diez años. Fueron sus convincentes razones las que motivaron que la Corona le prestara atención y diera la Real Cédula de 1802.Tauro del Pino 2001, tomo 10, p. 1630.
La Real Cédula de 1802 dice:
Ejecución y cumplimiento de la Real Cédula de 1802
Según la posición ecuatoriana, la Real Cédula de 1802 nunca fue cumplida ni ejecutada, pues no recibió el pase del virrey de Nueva Granada y se opuso a su cumplimiento el presidente de Quito. Sin embargo, según los peruanos, el virrey de Nueva Granada, Pedro Mendinueta, al momento de entregar el mando a su sucesor, dejó claramente sentado en su memoria que la Comandancia de Maynas se había segregado de su jurisdicción y agregado al Virreinato del Perú, justificando dicha medida por su lejanía con la capital, Santa Fe. Se sabe también que el presidente de Quito, Barón de Carondelet, consultó al fiscal Iriarte sobre lo dispuesto por la Real Cédula; dicho fiscal opinó que se guarde, cumple y ejecute la cédula, que se pasara a la Real Audiencia una copia legalizada y se comunicara a los gobernadores de Maynas y Quijos. Siguiendo dicha opinión, el Barón de Carondelet informó el 20 de febrero de 1803 al comandante general de Maynas sobre la orden de incorporarse al Virreinato peruano.
La posición ecuatoriana, también sostiene que el Perú, que desde el año de 1823 empezó negociaciones de límites con la Gran Colombia, nunca dio valor alguno para la demarcación de límites a esta real cédula de 1802. Tanto en las negociaciones de los Mosquera, en el convenio de Girón, en los protocolos del tratado de 1829 y en las discusiones del Protocolo Pedemonte-Mosquera, en los cuales se hicieron numerosas alusiones a la nombrada Cédula de 1802, nunca se trató de tomarla como base de demarcaciones territoriales; pero Brasil en el año de 1851, firmó un tratado con el Perú por medio del cual este último país entregaba a la jurisdicción grandes extensiones territoriales, que antaño habían pertenecido, en parte, tanto al Virreinato del Perú como al Virreinato de Nueva Granada. En cambio Brasil reconocía al Perú como su colindante en toda la extensión del río Yavarí y por la geodésica que parte de Tabatinga y va a dar al Río Caquetá en su confluencia con el río Apaporis. Esta Cédula de 1802 era muy conocida, pero nunca se le dio valor antes de 1851, en las demarcaciones territoriales. No fue encontrada en Moyobamba en 1846, como lo afirman algunos. Para que se vea lo usada y movilizada que ha sido, reproducimos a continuación lo que dice el doctor Antonio José Uribe al respecto en su estudio sobre límites con el Brasil:
Pedido de supresión del obispado de Maynas Una vez obtenida la aprobación papal el 28 de mayo de 1803, el rey dictó otra Real Cédula para efectivizar la erección del Obispado de Maynas y la toma de posesión por parte del obispo Sánchez Rangel. El 28 de mayo de 1809 el obispo inauguró su obispado.
El 21 de septiembre de 1811, Sánchez Rangel pidió por carta al rey la supresión del obispado. El obispo no estaba conforme con la extensión del obispado y se hallaba enemistado con el gobernador y con los franciscanos de Ocopa. El Consejo de Indias abrió un expediente y realizó consultas. El 28 de septiembre de 1812, el Consejo de Regencia de España e Indias pidió el "Expediente sobre la erección del Obispado de Maynas y las Cédulas que se expedieron en 1805 acerca de los límites".
El 13 de septiembre de 1813, se dictó una Real Cédula, que dice en su primer artículo que manda a entregar al Ordinario las nuevas Reducciones y Doctrinas que tuviesen más de 10 años de fundación, proveyéndose en eclesiásticos seculares, conforme a las Leyes del Patronato. El 26 de septiembre de 1813, el obispo Sánchez Rangel comunicó al Ministro de Ultramar que solo asistían los religiosos de Quito en Maynas y dijo: es fuerza, pues, si se tratan de hacer justicia que se me ponga en otro Obispado que sea menos penoso.