thumb|300px|Diagrama simplificado que ilustra el árbol filogenético de las angiospermas. Se muestran los grandes grupos de angiospermas (angiospermas basales, magnólidas, monocotiledóneas y eudicotiledóneas) en diferentes colores. Basado en APG III.
El sistema de clasificación APG III es la anteúltima versión del sistema para la clasificación de las angiospermas según criterios filogenéticos. Fue publicado en 2009 por un vasto grupo de investigadores que se autodenominó «APG III» (del inglés Angiosperm Phylogeny Group, es decir, «grupo para la filogenia de las angiospermas»). Esta versión sucede y reemplaza a aquellas publicadas en 1998 (denominada APG I)APG I Botanical Journal of the Linnean Society Volume 141 Issue 4 Page 399 - April 2003 doi:10.1046/j.1095-8339.2003.t01-1-00158.x y en 2003 (APG II).APG II. 2003. "An Update of the Angiosperm Phylogeny Group Classification for the orders and families of flowering plants: APG II". Botanical Journal of the Linnean Society. 141, 399-436 (pdf ) En 2016 fue reemplazada por la última versión del sistema, llamado APG IV.
Este sistema de clasificación de plantas es diferente de las anteriores aproximaciones al ordenamiento de las angiospermas, que estaban basadas principalmente en criterios morfológicos. El sistema APG III, al igual que las dos versiones anteriores, se basa en datos moleculares —secuencias de ADN del núcleo celular, de la mitocondria y del cloroplasto— y en el análisis filogenético de los mismos. Intenta, de este modo, ordenar la diversidad de las angiospermas sobre la base de su filogenia, es decir, recuperando la evidencia de una serie de eventos únicos que comprende la historia evolutiva de este grupo de plantas. A través de la filogenia se puede comenzar a entender la diversificación, las regularidades en los patrones de la evolución, o simplemente sugerir cambios evolutivos individuales dentro de un clado. De este modo, se descubrieron relaciones entre las angiospermas que obligaban a deshacerse de muchas hipótesis largamente aceptadas acerca de su evolución. Debido a que el árbol filogenético que se desprendió de los análisis de la filogenia mostraba relaciones entre grupos de plantas muy diferentes a lo que se habían hipotetizado previamente (por ejemplo, que la angiosperma basal es Amborella), los botánicos se vieron obligados a rehacer de forma drástica la clasificación de las plantas. El esfuerzo conjunto derivó en las publicaciones firmadas por los tres sucesivos APG.
APG III ordenó y agrupó a las angiospermas en 415 familias, la mayor parte de las cuales se halla incluida en algunos de los 59 órdenes aceptados por este sistema. Tales órdenes, a su vez, se distribuyen en clados.
Concepto Cada publicación del APG es una caracterización y ordenamiento de todos los órdenes y familias de las angiospermas existentes según su filogenia. Están diseñados para ayudar a la comprensión y a la enseñanza de la filogenia de las angiospermas en un momento dado del conocimiento de los principales clados y de las relaciones dentro y entre cada uno de ellos. Aún no existe una publicación definitiva del APG, ya que todavía se siguen haciendo descubrimientos acerca de la filogenia de varios grupos de angiospermas. De hecho, el árbol filogenético de las angiospermas todavía no está del todo consensuado, ya que hay aún nodos que no tienen un posicionamiento evidente en el árbol. Por esta razón, el sistema de clasificación basado en él todavía se encuentra en pleno desarrollo, y es revisado continuamente, por lo que el APG III no puede ser considerado el sistema de clasificación definitivo de las angiospermas, sino su más reciente aproximación. Una constante puesta al día de la clasificación se encuentra en el Angiosperm Phylogeny Website mantenido por Peter Stevens, uno de los coautores de APG III.Stevens, P. F. (2001 en adelante) Angiosperm Phylogeny Website Versión 9, Junio 2008 y actualizado desde entonces. http://www.mobot.org/MOBOT/research/APweb/ Fecha de acceso: 10 de mayo de 2010.
Como particularidad, este sistema sólo abarca categorías taxonómicas desde las especies hasta los órdenes, y no categoriza los taxones por encima de orden. A los grupos de categoría superiores a orden se los denomina con nombres «informales» (no sujetos a las normas del Código Internacional de Nomenclatura Botánica), por lo que es más apropiado llamarlos clados en lugar de taxones. Esta situación puede cambiar en el futuro debido —por un lado— a la mayor certeza que se tiene acerca de las relaciones filogenéticas entre los grandes grupos de angiospermas y —por el otro— al establecimiento del Código Filogenético de Nomenclatura Biológica («Filocódigo», en inglés «Phylocode»). De hecho, la nomenclatura filogenética, tal como se contempla en el Filocódigo,Cantino, P.D. & de Queiroz, K. 2006. PhyloCode: a Phylogenetic Code of Biological Nomenclature. Version 3a. Website: http://www.phylocode.org . Revised June 16, 2006. es una aproximación a la nomenclatura biológica específicamente diseñada para nombrar clados por referencia explícita a su filogenia.De Queiroz, K. & Cantino, P.D. 2001. Phylogenetic nomenclature and the PhyloCode. Bull. Zool. Nomencl. 58: 254–271.De Queiroz, K. & Gauthier, J. 1990. Phylogeny as a central principle in taxonomy: phylogenetic definitions of taxon names. Syst. Zool. 39: 307–322.De Queiroz, K. & Gauthier, J. 1992. Phylogenetic taxonomy. Annual Rev. Ecol. Syst. 23: 449–480.Pickett, K.M. 2005. Cladistics 21 (2005) 79–82
Novedades introducidas El sistema de clasificación APG III sigue la misma línea que el del APG II y el APG. Las novedades introducidas con respecto a las versiones previas están relacionadas con los recientes descubrimientos en el árbol filogenético, ya que el sistema trata de reflejarlos. Los conocimientos de la filogenia de las angiospermas generados durante la primera década del han determinado varios cambios en la circunscripción de muchas familias y en su clasificación, así como también la adición de algunos órdenes nuevos, tal como se ejemplifica y detalla a continuación.
Nuevos órdenes En el APG III se adoptaron 14 órdenes nuevos, además de los 45 que ya habían sido aceptados en APG II. Los órdenes nuevos son: Amborellales, Berberidopsidales, Bruniales, Buxales, Chloranthales, Escalloniales, Huerteales, Nymphaeales, Paracryphiales, Petrosaviales, Picramniales, Trochodendrales, Vitales y Zygophyllales.
Filogenia de las angiospermas parásitas En APG III se ubicó filogenéticamente a la mayoría de las angiospermas parásitas, buena parte de las cuales no se hallaban incluidas en ningún orden en las versiones previas de APG. Debido a la reducción o a la pérdida de muchos caracteres morfológicos taxonómicamente discriminantes, las afinidades de muchos grupos de plantas micoheterótrofas o parásitas han permanecido sin dilucidar durante décadas. Con el advenimiento de la sistemática molecular, se hicieron disponibles nuevas herramientas para identificar a los parientes fotosintéticos de las plantas micoheterótrofas. Así, los datos moleculares han sido utilizados para inferir las relaciones filogenéticas de muchos clados con especies micoheterótrofas.Cameron KM, Chase MW, Rudall PJ. Recircumscription of the monocotyledonous family Petrosaviaceae to include Japanolirion. Brittonia (2003) 55:214–225 No obstante, los datos moleculares no ofrecen tampoco una respuesta clara y definitiva a las relaciones filogenéticas de este tipo de organismos debido a que, al no ser organismos fotosintéticos, no poseen cloroplastos ni genes de cloroplasto amplificables (los cuales son frecuentemente usados en estudios filogenéticos), o tales genes —cuando existen— son altamente divergentes y las tasas de substitución de los genes nucleares o mitocondriales son muy elevadas, lo que causa un sesgo en las inferencias filogenéticas.Merckx V, Bakker F, Huysmans S, Smets E. Bias and conflict in phylogenetic inference of myco-heterotrophic plants: a case study in Thismiaceae. Cladistics (2009) 25:64–77 Asimismo, la adquisición de muestras representativas de muchos taxones, un factor crítico para realizar una reconstrucción filogenética, es todavía un obstáculo para muchos grupos de micoheterótrofos raros, tales como Corsiaceae, Triuridaceae, Epirixanthes (Polygalaceae), Cheilotheca (Ericaceae) y Thismiaceae.Smith SE, Read DJ. Mycorrhizal symbiosis (2008) 3rd edn. London: Academic Press
Nuevas familias y ubicación de géneros o familias de posición taxonómica incierta Se ubicó en familias a géneros que no habían sido ubicados en familias en APG II, y familias en órdenes, reduciéndose considerablemente el número de taxones que no están incluidos en categorías de orden superior, con respecto a lo que se encontraba en APG II. En este sistema de clasificación quedan solamente 5 taxones (dos pequeñas familias de plantas parásitas y tres géneros) que todavía no se han ubicado en el árbol filogenético de las angiospermas y por lo tanto todavía no fueron ubicados en ningún orden en el APG III.
Gerrardina es un género con dos especies nativas de África. Hacia 1870 el género había sido incluido en las sapindáceas,Oliver, D. 1870. Gerrardina foliosa, Oliv. Hooker's Icon. Pl., Third Series 1: 60. t. 1075 familia que luego fue incluida en las flacurtiáceas, en la que se retuvo a Gerrardina al momento de describirse la segunda especie del género en 1939.Milne-Redhead, E. 1939. Gerrardina eylesiana Milne-Redhead. Hooker's Icon. Pl., Fifth Series 4: 1-2, t. 3390. Sobre la base de los aspectos morfológicos, Gerrardina presentaba varios caracteres en común con los restantes miembros de la familia, pero otros muchos para los cuales difería, por lo que se propuso en 2005 su exclusión de la mencionada familia y la creación de una nueva familia para incluirla, Gerrardinaceae. Esta nueva familia, no obstante, no era posible incluirla fácilmente en ningún orden.Alford, M. H. 2006. Gerrardinaceae: a new family of African flowering plants unresolved among Brassicales, Huerteales, Malvales, and Sapindales. Taxon 55: 959-964. En 2009, gracias a los análisis filogenéticos realizados sobre datos moleculares de una gran cantidad de taxones, fue posible concluir que Gerrardina en realidad se halla circunscrita en el orden Huerteales.Worberg, Andreas; Alford, Mac H.; Quandt, Dietmar; Borsch, Thomas. 2009. Huerteales sister to Brassicales plus Malvales, and newly circumscribed to include Dipentodon, Gerrardina, Huertea, Perrottetia, and Tapiscia. Taxon, Volume 58, Number 2, May 2009 , pp. 468-478(11)
El ejemplo de Gerrardinaceae describe el derrotero de muchas otras familias cuya ubicación taxonómica era desconocida o dudosa y que, gracias a los análisis moleculares realizados en la primera década del año 2000, pudieron asignarse inequívocamente a nuevos órdenes. Estos estudios fueron recogidos por el APG III, de modo que algunas familias fueron reubicadas taxonómicamente, entre las que se encuentran: Hydatellaceae (ahora Nymphaeales), Haptanthaceae (ahora Buxales), Peridiscaceae (ahora Saxifragales), Huaceae (ahora Oxalidales), Centroplacaceae y Rafflesiaceae (ahora ambas del orden Malpighiales), Aphloiaceae, Geissolomataceae y Strasburgeriaceae (ahora todas del orden Crossosomatales), Picramniaceae (Picramniales), Dipentodontaceae y Gerrardinaceae (ahora ambas de Huerteales), Cytinaceae (ahora Malvales), Balanophoraceae (ahora Santalales), Mitrastemonaceae (ahora Ericales) y Boraginaceae (que ahora es considerada al menos un miembro del clado de las lámidas).