El puerto de Almería fue en el uno de los principales puertos de la base naval del Califato de Córdoba.
|thumb|Catedral-Fortaleza de Almería. Con la muerte de Hixem II, se desmorona el Califato de Córdoba apareciendo los Reinos de Taifas en el , en el que Almería se independiza bajo el mandato de Jairán. Sigue cobrando importancia, llegando a ser, como reino independiente, una de las taifas más prósperas. La ciudad tenía al menos quince puertas, que guardaban la entrada a una ciudad de cerca de un millón de metros cuadrados, laberíntica y abigarrada. De todas esas puertas, los contemporáneos destacaban por su belleza tres de ellas, que tenían un raro patio interior (en toda la España musulmana, solo había dos ejemplos más de este tipo de puertas: una en Sevilla y otra en Granada). Llegó a contar con 10 000 telares, que creaban maravillosos tejidos de seda, entre los que destacaban un “tejido de Almería” que era exportado a casi todo el mundo árabe. Las crónicas medievales destacan la actividad comercial de la ciudad y de la prontitud con que los almerienses hacían frente a los pagos. No solo los tejidos, sino esclavos (Pechina y Verdún eran los comercios de esclavos más grandes de toda Europa), orfebrería y mármol (se han encontrado lápidas funerarias de mármol de Macael hasta en Nigeria) eran su fuerte. El puerto almeriense era uno de los más importantes del Mediterráneo en época califal, de taifas y con los almorávides. Estos últimos dieron cobijo a piratas, convirtiendo al puerto no solo en la envidia sino, también, en el terror de sus enemigos.
El investigador Florentino Castro Guisasola publicó en 1930 el libro El esplendor de Almería en el siglo XI. La Almería musulmana está presente en muchos textos medievales, como el Romance del Conde Arnaldo o Las Serranillas, del Marqués de Santillana. Los árabes también cantaron las magnificencias de la ciudad, como el sabio almeriense del , Ibn Jatima, en su libro Ventajas de Almería respecto a los otros países de España.
Lo que se ha venido llamando siglo de oro de la ciudad rozaba su cénit cuando el Papa Eugenio III convocó una cruzada contra la ciudad. Cristianos del sur de Europa se reunieron para acabar con la cruel Almería, como la llamaban los juglares de la época. En el sur de Francia, los romances comparaban Almería con una “piscina” que lavaría los pecados de aquellos que se unieran a la cruzada. El conde Ramón Berenguer de Barcelona, Alfonso VII de León, el rey García Ramírez IV de Navarra y Álava (nieto del Cid) o el conde Guillermo VI de Montpellier junto con genoveses y pisanos (que veían como una infranqueable competencia el emporio del puerto de la ciudad y que habían sufrido los ataques de su flota), se dieron cita ante las murallas de Almería. Cada uno traía entre sus huestes a lo más granado de la caballería europea, nombres protagonistas de romances medievales (como el conde de Astorga, Ramiro Flores de Guzmán, llamado la “Flor de las Flores” en el “Poema de Almería”, compuesto a raíz de la conquista). Tras una breve pero intensa resistencia, las murallas fueron asaltadas por doce puntos. Alfonso VII no quiso negociar paz alguna. De los habitantes de la ciudad, 10 000 pudieron huir milagrosamente hacia Murcia y 20.000 se refugiaron en la Alcazaba. De estos últimos, la mayoría de los varones fueron acuchillados. Alfonso VII, “el Sultancillo”, como le llamaban despreciativamente los almerienses, devastó Almería y destruyó sistemáticamente las industrias de la ciudad en 1147. thumb|left|La ciudad vieja.
El botín fue repartido entre los soldados, si bien los nobles se llevaron la mejor parte. Los jefes genoveses se apropiaron del “Sacro Catino”, una gran fuente de esmeralda finamente tallada a seis puntas en la que, según la tradición, Jesucristo sirvió el cordero en la última cena. Alfonso VII se llevó partes de la gran mezquita, que depositó en el Monasterio de las Huelgas de Burgos, y ricos tejidos, con los que sería confeccionada la famosa casulla de San Juan de Ortega. El conde de Barcelona se llevó las espectaculares puertas de la Puerta de Pechina, forradas de cuero de buey y tachonadas con clavos de bronce, cuya última pista nos lleva a la capilla vieja de la Universidad de Barcelona.
Tras diez años de dominio castellano, hasta 1157, los almohades lograrían recuperar la ciudad e intentan devolverle su antiguo esplendor, sin conseguirlo. Los granadinos la hacen luego su puerto principal. Es destacable el asedio que volvió a sufrir en 1309 por parte de las tropas de Jaime II de Aragón, que no pudieron con la sólida resistencia almeriense. En esta época, Almería es el escenario de batallas, incursiones y razzias entre los cristianos de Murcia y los moros de Granada. Y en esta época probablemente tiene origen el dicho: Cuando Almería era Almería, Granada era su alquería, Málaga su puerta y Murcia su huerta.
Durante el , las luchas por el trono del reino de Granada se irán sucediendo, proclamándose rey de Almería Abdalá El Zagal, reinado que durará poco tiempo porque el 26 de diciembre de 1489, los Reyes Católicos conquistan la ciudad y El Zagal les entrega las llaves de Almería.
Almería en época musulmana se dividía en tres barrios:
El núcleo primitivo fue La Medina. El arrabal de Al-Hawd (El Aljibe), actuales barrios de La Chanca y Pescadería. El arrabal de La Musalla que se extendía desde la actual calle de La Reina hasta la Rambla Obispo Orberá.
Al brusco deterioro de las prosperidad de Almería se añadió una sucesión de terremotos, dos de los cuales fueron terribles: el de 1518, que elimina para siempre la Vera musulmana, matando a todos sus habitantes, y el de 1522, que se dejó sentir hasta en las Azores, y que devastó Almería por completo, convirtiéndola casi en un solar y siendo la principal causa de la destrucción de la práctica totalidad de los edificios que los árabes habían levantado en ella, así como de la catedral antigua. Estos terremotos y la esquilmación demográfica hacen que apenas haya mención a Almería hasta la modernidad. Es en el cuando resurge su puerto debido a la extracción minera y la exportación de uva de Berja y Ohanes. Fue designada capital de la provincia homónima en la nueva reasignación de finales de este siglo.
Período antiguo: desde los fenicios hasta los visigodos miniaturadeimagen|Cuenco de Los Millares. Almería es parte de la zona central de la Cultura arqueológica de Los Millares y la de El Argar, sucesora esta última, acabada hace unos 3.200 años, de aquella primera, de unos 5.500 años de antigüedad.
Las culturas de la Edad de los Metales mantuvieron contacto con civilizaciones de todo el Mediterráneo, prueba de ello son las colonias que pueblos como los fenicios fundaron años más tarde, en el Abdera (Adra) y Baria (Villaricos) fueron las más importantes, centros eminentemente comerciales y pesqueros que mantenían a su vez contactos con navegantes griegos. El control fenicio se convirtió en cartaginés cuando la civilización púnica se extendió por el SE peninsular, control que se extinguiría el año 209 a. C. con la II Guerra Púnica. De la época fenicia y cartaginesa se conservan numerosos restos, en Vera, Los Vélez y Dalías. miniaturadeimagen|Baco de Chirivel Almería cayó en las manos de Roma durante la campaña de Escipión el Africano contra los cartagineses. Los romanos la llamaron Portus Magnus, quedando la ciudad enclavada en la Hispania Ulterior. Plinio el Viejo la menciona en su obra; no en vano se convirtió en uno de los puertos más importantes del S de Hispania. Roma trajo la organización territorial, las vías de comunicación y los impuestos, y explotó sistemáticamente los recursos mineros del territorio, entre ellos el mármol de Macael. Se fortaleció el comercio, especialmente el del garum, sabrosa salsa de pescado y especias muy apreciada en la época y cuya fórmula exacta se desconoce aún hoy. En Adra y Torregarcía y en la capital, en el mismo Parque Nicolás Salmerón, se conservan salinas y factorías de salazón de esta época. Otros restos de gran importancia son el Dionisio de Chirivel, el sarcófago de Berja, el Daymún (templo funerario de época tardorromana) de El Ejido y el puente y restos de vía romana de Bayanna, a las afueras de la capital.
Almería fue ocupada más tarde por vándalos y visigodos. Tras un breve periodo de ocupación bizantina (el SE español fue el único territorio peninsular en su poder durante varios años), Suintila integra definitivamente a Almería en el reino visigodo el año 621 y expulsa a las fuerzas de Bizancio. En esos años, mantuvieron su importancia las antiguas poblaciones de Abdera, Urci y Baria.
Periodo musulmán
Quedan pocos siglos para que Almería alcance su primer cénit histórico, político y socioeconómico. La gran historia de Almería comienza en efecto con la ocupación musulmana, iniciada el año 713 a manos fundamentalmente de poblaciones de origen bereber y árabe yemení, cuya más pronta aportación fue la remodelación sustancial del paisaje y método agrícola.
El origen último de Almería capital está en efecto en Pechina, pues poco después de su fundación se crearía un asentamiento costero y una atalaya, dependientes de aquella, que recibirían el nombre de Al Mariyyat Bayyana. Para remontarse a su fundación, hay que decir que Bayyana, en el día de hoy el pueblo de Pechina situado en las orillas del río Andarax, era la capital de la Cora, teniendo su auge entre el hasta mediados del . Tras el ataque Fatimí al arrabal de Bayyana, Abderramán III decide, en 955, amurallar el poblado primitivo de la ciudad, La Medina, que se había formado alrededor de la atalaya, Bayyana - Almariyat (la atalaya que la importante República de Pechina tenía en la costa), y mandó edificar una fortaleza para defensa de la ciudad). Almería era una población total y radicalmente islámica. La Almería musulmana llegó a ser una ciudad grandiosa. Después de Córdoba, era la ciudad más influyente y próspera de la península y una de las más ricas de todo el orbe islámico. Con posterioridad, en el año 965, se construye una Mezquita Mayor como lugar de oración y recogimiento. El almirante de la flota, que residía en Almería, era de facto el segundo poder en la España de la época y tenía a su disposición un número de 300 naves que fondeaban en el puerto, el más importante del califato. Ibn Maymun fue el más grande de estos almirantes de Almería, al que Almanzor envenenó, envidioso de su poder.
El periodo musulmán se divide en dos fases, separadas por un breve periodo de ocupación cristiana, el decenio entre 1147 a 1157, en que los ejércitos de Alfonso VII ocuparon la ciudad y los alrededores. No obstante, aunque breves, estos diez años supusieron una ruptura insalvable en el crecimiento de la Almería musulmana. La primera fase destacable va así pues desde la fundación oficial de la ciudad en 955 hasta 1147, y la segunda desde 1157 a 1489.