thumb|Placa situada en la Plaza Consistorial que hace referencia a los Burgos medievales de Pamplona.
Orígenes Las condiciones de su Cuenca han favorecido el asentamiento humano desde el inicio de los tiempos. Los hallazgos de Industria lítica (herramientas de piedra) que se han realizado en las terrazas del río Arga dan testimonio de la ocupación humana de estas tierras hace 75.000 años. Durante la excavación en los años 2001-2003 de la plaza del Castillo se encontró un menhir que no se ha logrado datar.Hallazgos arqueológicos en las obras de construcción del aparcamiento subterráneo de la plaza del Castillo. Pamplona hoy. Actualizado el 29 de agosto de 2009.
Sobre el primer milenio antes de Cristo en el emplazamiento de la actual ciudad de Pamplona se alzaba un poblado de vascones que quizá recibía el nombre de Iruña. o de Bengoda, capital del territorio vascón.<ref name="bengoda" >De Historia general de España y América´´ página 265 Disponible en Google Books </ref> Este territorio acuñó moneda propia, en cuyo reverso aparecía la leyenda Bascunes o Barscunes y en el anverso, aunque no siempre, la de Bengoda que según el historiador y numismático Antonio Beltrán Martínez correspondía a la ceca y capital de los vascones. Cronológicamente podrían corresponder a la segunda mitad del o al a. C.
El nombre euskérico parece derivarse del euskera «Hiri», traducido como «ciudad o villa».Se debe tener en cuenta algún elemento más y las variaciones que suelen darse en euskera entre la i y la u, del mismo modo que Irún en Guipúzcoa, Iruña de Oca en Álava, Urruña (Urrugne) en el País Vasco Francés o "Irunberri" (Lumbier) en Navarra Los pueblos con ese componente (hiri) fueron poblados por motivos estratégicos o comerciales y acabaron siendo centros de referencia comarcales y, en consecuencia, para los naturales eran «la ciudad». Según otros, puede hacer mención al río «Runa» , hoy llamado Arga. Tradicionalmente se ha pensado a partir de una afirmación recogida en la obra de Estrabón, que ese primigenio poblado de Iruña o Bengoda se convirtió en ciudad a través de la fundación de la ciudad de Pompaelo o Pompelo por parte Cneo Pompeyo Magno, contextualizándose dicha fundación en el año 74 a. C. en el marco de la lucha con el ejército de Sertorio que llevaría a Pompeyo a establecer un campamento militar que con el tiempo sería Pamplona. Sin embargo, el hecho de la fundación en sí no es recogido por ninguna de las fuentes clásicas que recogen los avatares de las Guerras Sertorianas.Pompaelo, que recibió el nombre de su fundador, no fue más que una pequeña civitas edificada por legionarios, donde fueron asentados los vascones de la antigua aldea.
La defensa de la ciudad sería relativamente sencilla al estar situada a cierta altura y encontrarse protegida por el río Arga que la rodea, bastando con amurallar solo uno de sus flancos. En casi toda la zona cercana al río existirían entonces zonas boscosas o de arbustos, que aseguraban la subsistencia de los rebaños, el suministro de madera y de algunos frutos. La parte más cercana a la muralla contendría las edificaciones, con el Foro en el centro y una calle desde este hasta la muralla, donde seguramente una puerta se abría en dirección a la zona del Valle del Ebro. Los cultivos se ubicarían en el exterior de la ciudad y en la zona cercana al río. Podría existir una relación clientelar previa de Pompeyo con algún jefe vascón ya que sabemos que nueve personas de la ciudad vascona de Segia recibieron la ciudadanía romana de Cneo Pompeyo Estrabón, padre de Pompeyo Magno, el año 90 a. C., en recompensa por su ayuda en la toma de Ausculum (en el Piceno) durante la guerra de Italia, llamada también guerra mársica.
Posteriormente la ciudad adquiere mayor importancia, como menciona Estrabón:Texto según F. Lasserre, Strabon, Géographie II. Livres III et IV. Les Belles Lettres. París 1966
La Pamplona romana disponía de termas, según los últimos hallazgos arqueológicos de la céntrica Plaza del Castillo, lo que confiere al asentamiento una categoría superior a la que tradicionalmente se había considerado.Los restos fueron destruidos a pesar de la movilización ciudadana, como refleja el artículo de "El País" :"Dos policías heridos en los incidentes de la Plaza del Castillo"; en dicho medio se recoge: "La tensión se ha incrementado sobre manera tras conocerse que los ocho arqueólogos del gabinete Trama que durante un año han dirigido las excavaciones han pedido públicamente al Ayuntamiento que no retire los restos termales romanos hallados en el lugar al considerar que ello supondrá su destrucción. Se trata, según una comisión de expertos españoles, catedráticos en arqueología, del mayor complejo termal romano del norte de España, que, en un informe remitido al Consejo de Europa, instituciones navarras y al juzgado que investiga el proyecto, debería conservarse en su integridad para convertir la plaza en un museo cronológico de dos mil años de antigüedad visitable por la ciudadanía." Según se indica en el mismo artículo, "sólo se conservará una muralla transversal de 120 metros de longitud y los restos del castillo mandado construir por Fernando el Católico."
Edad Media
Visigodos En el el poder romano es heredado por el visigodo, pero estos, al contrario de los romanos, no consiguieron lograr una buena relación con los vascones. La ciudad fue sede episcopal de la iglesia visigoda, y en ella residieron visigodos por las necrópolis de la época que se han hallado. Los musulmanes tendrían también presencia en el intervalo entre los siglos y . La mala relación entre vascones y visigodos ha dado pie a una cierta polémica sobre la presencia de estos en la ciudad.
El Reino de Pamplona
200px|thumb|Cámara de Comptos de Navarra, ejemplo de arquitectura gótica civil. Tras los episodios visigodos, musulmanes y carolingios, en la segunda mitad del la ciudad se afianza en el emergente núcleo cristiano. La dinastía Jimena, en el , vertebra este movimiento social y político y da lugar al Reino de Pamplona, así llamado originariamente perviviendo esta denominación los dos siglos siguientes, hasta que en 1164 tomó el título de Reino de Navarra. Con este cambio nominal se pretendía subrayar la soberanía del territorio, del conjunto de Navarra, y marcar distancias frente a la poderosa corona de Castilla. La expulsión de los musulmanes y la formación del reino de Pamplona atrajo a nuevos pobladores ().
Las guerras de los burgos
En el entorno de la ciudad originaria (Navarrería, donde se encontraban los vascones) surgieron nuevos núcleos de población (San Nicolás, cuya población era más heterogénea y San Cernin mayoritariamente francos), todos ellos con administración y privilegios propios, aunque bajo la autoridad del obispo. thumb|200px|right|Restos de la muralla medieval del burgo de San Cernin, destruida parcialmente por un aparcamiento subterráneo. Esta estructura provocó frecuentes desavenencias y enfrentamientos desde 1213, que culminarían con la destrucción de la «Navarrería» y la masacre de su población en septiembre del año 1276.José Mª Jimeno Jurío; "Retazos de la Historia de Pamplona" pag 125-195;ISBN 84-7681-405-4 Este terreno quedó totalmente abandonado durante casi 50 años.Bixente Serrano Izko; "Navarra. las Tramas de la Historia"pag 139; ISBN 84-932845-9-9
Posteriormente, al repoblarse volvieron a producirse enfrentamientos, hasta que las disputas fueron zanjadas tras la proclamación del Privilegio de la Unión por el rey Carlos III «el Noble» en 1423, unificando la ciudad y destruyendo las murallas que separaban a los burgos.
Guerra civil por la sucesión
Cuando Juan II usurpó la corona al morir la reina Blanca I, desplazando a Carlos, el príncipe de Viana se produjo una guerra civil, que no fue directamente sangrienta pero sí con grandes pérdidas económicas. el sector nobiliario de los beamonteses fueron partidarios del príncipe, mientras que el de los agramonteses lo fueron de Juan II. Pamplona tuvo un predominio beuamontés. La implicación de Fernando II de Aragón hizo que situara tropas castellanas en distintos sitios de Navarra, entre ellos en Pamplona. Finalmente el líder beaumontés Conde de Lerín Luis de Beaumont II fue expulsado, perdiendo definitivamente la guerra. Cuando retornó fue de nuevo expulsado en 1507 con la pérdida de sus pertenencias, y se produjo con el apoyo unánime de los navarros incluidos beaumonteses, produciéndose a su vez la salida de tropas castellanas del reino. Moriría en el exilio al año siguiente, y su hijo Luis de Beaumont III se convertiría en aliado de Fernando II para invadir el reino.
Edad Moderna
Invasión castellano-aragonesa
Fernando II de Aragón, aduciendo derechos dinásticos de su nueva mujer Germana de Foix, llevó a cabo su vieja aspiración de invadir el reino de Navarra. Así el 19 de julio a las órdenes de Fadrique Álvarez de Toledo, el duque de Alba, entró un poderoso ejército de más de 200 000 hombres desde Álava. Junto a ellas cabalgaban el conde de Lerín, Luis de Beaumont III (hijo del fallecido Luis de Beaumont II en el exilio años antes), y su cuñado el duque de Nájera al frente de 700 coraceros reales. El día 23 se instalaron en Arazuri, ya al día siguiente en la Taconera a las puertas de Pamplona. La ciudad -que en aquella época no era la ciudad-fortaleza que se convertiría posteriormente, pues los mismos edificios formaban la muralla- apenas contaba con artillería y en ella vivían entre 6000 y 10 000 personas. El ejército aragonés estaba compuesto por 15.000 hombres pertrechados con veinte piezas de artillería de grueso calibre. El 25 de julio la ciudad firmó la rendición, tras negociación. Otros plazas mantuvieron una mayor resistencia.