La provincia de Popayán, también llamada gobierno de Popayán durante la época imperial española, fue una entidad administrativa y territorial de la Nueva Granada, creada el 13 de enero de 1537 en el Virreinato del Perú, correspondiendo en aquella época a una de las cuatro grandes provincias en las que se dividía el actual territorio colombiano. En 1717 una Real Cédula expedida por el rey Felipe V de España creó el Virreinato de Nueva Granada, por medio de la cual la provincia fue agregada a este último, siendo adherida a la Presidencia de Quito.
Durante la emancipación de las colonias americanas (1810-1816), Popayán permaneció fiel a la Corona española, dimitiendo de las invitaciones de alianza tanto de Santafé como de las Provincias Unidas. En la época de la Gran Colombia hizo parte del Departamento del Cauca, el cual cubría territorialmente todo lo que hoy es la costa del Pacífico de Colombia.
Posteriormente a la disolución de este país (1830) perteneció a la República de la Nueva Granada, de carácter centralista, hasta que finalmente se implantó el sistema federal en la Nueva Granada en 1858 y la provincia pasó a ser una de las provincias constituyentes del Estado Soberano del Cauca.
Historia Antecedentes miniatura|izquierda|250px|Ruta de la campaña de conquista de Belalcazar. miniatura|izquierda|250px|La nación Pijao.
Antes de la era hispánica, la región estaba dominada por varios grupos aborígenes, tales como los Paeces, Pijaos, Xamundis, Timbas,Gorrones, Guanbas, Malvasaes, Polinderas, Palacees, Tembios y Colazas, entre otros. Estos grupos eran bastante valerosos y belicosos, gobernados de sus Caciques Popayán y su hermano Calambáz. Los españoles aludían a esta zona como el territorio de él Popayán porque este era el jefe natural de todos los poblados. Una proporción de estos grupos se extinguían por diversas causas étnicas (guerras, esclavitud, enfermedades) una vez los españoles llegaron a tierras americanas se acentuaron unos efectos y se atenuaron otros.
Para 1510 se erigieron varias gobernaciones en la costa del Atlántico neogranadino, que iban desde el cabo Gracias a Dios en el actual Nicaragua hasta la península de la Guajira, llegando más tarde hasta el delta del río Orinoco, siendo las primeras en crearse: Santa Marta, Cartagena, que dependían de la Real Audiencia de Santo Domingo, primera en América. La jefatura de las gobernaciones recaía en un gobernador cuya labor, entre otras, consistía en administrar jurídica y militarmente el territorio al cargo. A medida que se asignaban, por designios reales, nuevas jurisdicciones para la exploración de «tierrafirme» y posteriormente los conquistadores apaciguaban el territorio, se iban ampliando o creando nuevas gobernaciones. Estas instituciones servían de apoyo para la exploración de las «nuevas» tierras americanas.
Francisco Pizarro, titular de una jurisdicción Real de exploraciones, conquistas y asentamientos para esta parte de América, aceptó y autorizó las expediciones del capitán Sebastián de Belalcázar como Adelantado suyo, de esta jurisdicción de Pizarro se segrego el territorio original de él Popayán, apaciguado por Belalcázar. Antes de fundar la ciudad de Popayán, la futura provincia se refería con el nombre alusivo indistinto de él Popayán o de Belalcázar y tras aquel evento tomo oficialmente el nombre de la ciudad, quedando jurídica y nominalmente delimitada como provincia de Popayán.
El 24 de diciembre de 1536, uno de los capitanes de Belalcázar, Juan de Ampudia, después de haber combatido con los indios ocupó con sus soldados un sitio llamado la loma de El Azafate, donde habitaba el cacique o yasgüén. La futura capital se nombró Popayán, fue fundada y poblada por Belalcázar el 13 de enero de 1537 con gentes traídas de otras ciudades cercanas que recientemente ya tenía asentadas. Belalcázar fue también el fundador de otras ciudades importantes como Quito y Santiago de Cali, entre otras. Belalcázar delegó la fundación de Pasto en su lugarteniente Lorenzo de Aldana. En el , se decía que iba hacia el norte de Colombia en busca del mítico tesoro de El Dorado.
El 15 de agosto de 1537, una vez alcanzada la conquista final de Popayán, se llevó a cabo la ceremonia de fundación solemne del nuevo asentamiento en Edad Moderna, conservando el nombre indígena alusivo de "Popayán" como topónimo. La ceremonia consistió en una primera misa cantada por el presbítero García Sánchez, en un humilde templo levantado como Catedral sobre el costado sur de la futura plaza. En esta misma ocasión se instaló el primer Cabildo.
Belalcázar había dejado en enero de 1537 como su primer teniente a don Juan de Ampudia y como primer alcalde a don Pedro de Añasco, según cuenta Juan de Castellanos en sus crónicas. Según el libro del Cabildo, para el mes de abril fueron nombrados como alcaldes ordinarios el capitán Juan de Ampudia y Francisco García de Tovar, y los señores Francisco de Ciessa y Luis Vejarano, Bartolomé Álvarez y Martín Alonso de Angulo, como regidores; y Juan de Sepúlveda como escribano público del concejo de esta ciudad, quienes se reunieron para señalar los solares donde se habrían de construir las primeras edificaciones permanentes.
Dominio español miniatura|250px|Carta de la parte occidental de la provincia de Popayán anexa a la audiencia de Quito en 1789, por Juan de Velasco.
La Gobernación de Popayán se extendía desde el valle medio del Magdalena hasta el río Marañón, y desde el océano Pacífico hasta la confluencia de los ríos Negro y Amazonas, incluyendo por tanto las regiones de Quito.
En 1540, Sebastián de Belalcázar fue nombrado primer Gobernador de Popayán. Desde ese momento se instauró el sistema político español en cada ciudad, que incluía Regidores del Cabildo, Alcaldes y Alguaciles y una participación permanente de la Iglesia a través de un clérigo o cura párroco. Belalcázar también trajo de España semillas de cebada, trigo, caña de azúcar, así como numerosos animales domésticos, especialmente ganado vacuno, caballar y porcino, herramientas y muchos elementos más.
Después de 1550 se inició por Buenaventura la sistemática entrada de ganado vacuno y caballar, lo que contribuyó a que se formaran las haciendas de ganado en Popayán y alrededores. Prosiguió la conquista con el sometimiento de más comunidades indígenas, pero simultáneamente se estableció el sistema político que se tradujo en la instauración de una sociedad propia de una nueva era que principiaba la Edad Moderna. La explotación del abundante oro de la región, de significado y uso distinto que en Europa, trajo consigo un enorme poder económico y político para las familias allí establecidas.
Con la creación de la Presidencia de Santa Fe en 1564, la gobernación de Popayán se incluyó como provincia de la mencionada presidencia, separándose a su vez de la quiteña.
El auge minero y comercial, así como la posterior llegada de familias españolas de linaje hicieron de Popayán una ciudad muy importante en el Virreinato de la Nueva Granada. En la ciudad residían los dueños de las minas de oro de Barbacoas y el Chocó, crearon haciendas, construyeron grandes casonas y dotaron a la ciudad de enormes templos con imágenes traídas de España. Conviene subrayar que la economía minera en la Nueva Granada se dio por ciclos. Tuvo un primer escenario en los distritos mineros antioqueños que entró en crisis de 1620-1630 con una recesión que se profundizó hasta 1680. Es aquí donde cobra importancia el escenario de la Gobernación de Popayán, que desde ese momento se convierte en el lugar en el que se amplía el fenómeno minero, con una importancia excepcional en el curso del , y aún en gran parte del . El auge minero en Popayán creó una nueva dinámica a través del comercio de esclavos al punto que podría hablarse de la sociedad esclavista de Popayán, la cual tuvo un gran significado para la época.Díaz López, Zamira (1994). Oro, sociedad y economía. El sistema colonial en la Gobernación de Popayán 1533-1733. Bogotá: Banco de la República de Colombia.
El Marquesado de Nevares es un título nobiliario español creado por el rey Carlos II, con el vizcondado previo de la Vega, mediante real cédula del 18 de abril de 1690, y real despacho expedido el 3 de enero de 1694, en favor de Jerónimo José de la Vega Valdés y Caviedes, gobernador de las islas de Tierra Firme y capitán general de Popayán (Colombia)
La provincia de Popayán formaba parte de la Audiencia de Quito, la cual dependía del Virreinato del Perú. El 27 de mayo de 1717 se estableció el Virreinato de Nueva Granada y se incluyó la Audiencia de Quito junto con la provincia de Popayán. En 1723 el Virreinato de Nueva Granada fue suprimido y la Audiencia de Quito pasó a formar parte del Virreinato del Perú, al igual que la Provincia de Popayán. El 20 de agosto de 1739, el Virreinato de Nueva Granada fue re-erigido y la Audiencia de Quito con la Provincia de Popayán fue incluido de nuevo. Judicialmente, las villas de Cartago, Anserma, Caloto y Toro estaban dentro del distrito de la Real Audiencia de Santafé, mientras que el resto de la provincia de Popayán lo estaba dentro de la jurisdicción de la Real Audiencia de Quito.
Emancipación miniatura|250px|Puente del Humilladero.
En 1810, Santa Fe de Bogotá y otras 15 localidades de la Nueva Granada establecieron Juntas Supremas. Entre estas juntas estaban la de Santa Fe de Antioquia (presidida por Francisco de Ayala), la de Cali (Joaquín de Caizedo y Cuero), la de Cartagena (José María García de Toledo), la de Mompós (José María Salazar y José María Gutiérrez de Caviedes), la de Neiva (José Domingo Falla), la de Pamplona (Domingo Tomás de Burgos), la de Popayán (Miguel Tacón, substituido por Joaquín de Caizedo y Cuero), la de Santa Marta (Víctor de Salcedo), la del Socorro (José Lorenzo Plata), la de Sogamoso (Domingo José Benítez), la de Tunja (Juan Agustín de la Rocha), la de Nóvita (Miguel Antonio Moreno), la de Mariquita (Francisco de Mesa y Armero), la de Girón (Eloy Valenzuela) y la de Citará (José María Valencia). Estas provincias crearon la Primera República independiente de Colombia conocida como Provincias Unidas de la Nueva Granada.
El 3 de julio de 1810 el cabildo de Cali formó una Junta presidida por Miguel Tacón y juró fidelidad a Fernando VII, a la vez que se declaraba separada de Popayán formando así, junto con otros cabildos, las Ciudades Confederadas del Valle del Cauca. El 18 de septiembre del mismo año la ciudad de Ipiales se declaró independiente bajo el mandato de Francisco Sarasti. Cartago se adhirió a la Confederación el 13 de septiembre, por lo cual un mes más tarde Cali propuso que su separación de Popayán fuera reconocida por la Junta de Santafé como provincia separada. La Junta de las Ciudades Confederadas se instaló en Palmira el 1 de febrero de 1811 y desconoció al Consejo de regencia español el 5 de febrero siguiente.
Cuatro días después Popayán juró fidelidad al rey y el 14 de marzo se adhirió a su proclama Tuluá. Entonces Popayán y la Confederación entablaron así una pequeña guerra en la cual vencieron los confederados en el Bajo Palacé (28 de marzo de 1811) y la ciudad de Popayán fue ocupada el 1 de abril, instalando la Junta de las Ciudades Confederadas. Ante tal situación los realistas huyeron entonces a Pasto con el ánimo de realizar una ofensiva para retomar Popayán. Las cercanías de Pasto fueron ocupadas por los patriotas el 10 de agosto de 1811 y tras varias derrotas la ciudad fue ocupada el 22 de septiembre. El 13 de octubre Pasto declaró la independencia y reconoció su hermandad con la Junta de Popayán y la superioridad de la de Santafé. Debido a la presencia de grupos realistas, Pasto se rebeló el 21 de mayo de 1812 y estos asumieron el poder al mando de Tomás de Santa Cruz.
Reconquista e independencia