Aún hoy se debate la fecha de fundación del Club Atlético Peñarol, discutiéndose si esta tuvo lugar en 1891 o en 1913, existiendo expertos que argumentan tanto en favor de una como de otra postura.

Quienes sostienen la teoría de 1891 lo hacen por considerar al club como continuador del CURCC fundado precisamente en ese año. Por otra parte, quienes plantean que la fecha de fundación del club habría sido en el año 1913, lo hacen argumentando que se trata de un club nuevo, con nuevas autoridades y nuevo padrón social, sin continuidad con el club fundado en 1891.

Central Uruguay Railway Cricket Club (1891-1913) thumb|250px|C.U.R.C.C. en 1900, año en que ganó su primer título. El Central Uruguay Railway Cricket Club fue fundado el 28 de septiembre de 1891, gracias al impulso de empleados y obreros del Central Uruguay Railway Company of Montevideo, Limited (CUR), compañía de propiedad inglesa que operaba en Uruguay desde 1878. De los 118 miembros impulsores del club, 72 eran de nacionalidad inglesa, 45 uruguayos y uno alemán. Debido a lo complicado que resultaba el nombre de la institución para la época, el club fue habitualmente conocido como CURCC o Peñarol, este último en referencia a la localidad del mismo nombre ubicada a 10 km de Montevideo y en donde se encontraban las instalaciones del CUR y el club en aquellos años. El primer presidente de la nobel institución fue Frank Henderson, quien permaneció en dicho cargo hasta 1899.

En 1892, el CURCC incorporó el fútbol a sus prácticas deportivas, dejando de esta manera relegados al Rugby y al Cricket, deportes que habían tenido preponderancia en el club hasta ese momento. El primer encuentro disputado por el club de fútbol fue frente a un combinado de alumnos del English High y finalizó con victoria del CURCC por 2 tantos a 0. En 1895, el club escogió como capitán a Julio Negrón, siendo este el primer futbolista uruguayo del club en ostentar dicho galardón, ya que hasta ese instante solamente jugadores ingleses habían tenido esa distinción.

Ya en 1900, el CURCC se constituyó, junto con Uruguay Athletic, Deutscher Fussball Klub y Albion, como uno de los entes fundadores de la Uruguay Association Football League, debutando en la competencia oficial de esta el 10 de junio frente a Albion con victoria de 2 a 1, los primeros goles oficiales del club fueron anotados por Guillermo Davies. Ese mismo año disputó el primer clásico frente a Nacional, en el que se impuso por 2 a 0. A fines de dicha temporada el CURCC se adjudicó por primera ocasión el Campeonato Uruguayo, logro que repitió al año siguiente. En 1903, el CURCC fue el primer club en convertir más de diez goles en un partido oficial por el Campeonato Uruguayo, luego de derrotar a Triunfo por 12 a 0, marca que fue batida por Montevideo Wanderers en 1908.Double Digits Domestical

thumb|right|250px|Equipo del C.U.R.C.C. de 1905. Tras ser testigo de las primeras consagraciones de Nacional, además de la suspensión del campeonato a causa de la Guerra Civil en 1904, el CURCC se alzó nuevamente con Campeonato Uruguayo en 1905 y 1907. No obstante, este año asumió la administración del CUR W. Bayne, quien rechazó presidir el club argumentando los continuos problemas económicos y laborales que este acarreaba, siendo de esta manera el primer administrador del CUR en negarse a ser presidente del CURCC, pasando a ocupar este cargo a partir de entonces empleados de menor rango de la empresa inglesa y siendo este el punto de partida de una serie de conflictos entre la empresa y el club que finalizarían con la escisión de este último en 1913.

En 1908, el club se retiró de la liga uruguaya como protesta por la calendarización del torneo, retornando la temporada siguiente; ese mismo año se acentuaron los desencuentros con el CUR luego de que un grupo de hinchas del CURCC quemase uno de los vagones que se utilizaban para transportar a los jugadores de equipos rivales.

Luego de un nuevo campeonato en 1911, al año siguiente se organizó una comisión de estudio a fin de reformar los estamentos del CURCC, entre las propuestas se incluyó la participación de socios que no fuesen empleados del CUR, así como el cambio de nombre de la institución a CURCC Peñarol. En junio de 1913, la asamblea directiva del CURCC desestimó estas propuestas; el motivo principal de esta decisión fue que la empresa deseaba disociar al club de la Villa Peñarol a causa de los prejuicios que en torno a esta se habían formado, relacionados principalmente con la violencia. No obstante, en noviembre de ese año el CURCC aprueba la entrega de la sección de fútbol a los hinchas en vista de la intención de estos de continuar con el club aunque este fuese disuelto, petición que había sido entregada por estos al CURCC el 15 de noviembre de 1913. Finalmente el 13 de diciembre de ese mismo año, la sección de fútbol se separó completamente del CURCC, tomando el nombre de CURCC Peñarol.

Es en este punto donde surge el principal dilema, ya que mientras algunos afirman que CURCC Peñarol sería la continuación de la rama fútbolística del club fundado en 1891, otra postura señala que el CURCC Peñarol constituyó desde un primer momento una entidad totalmente independiente, la cual no guarda relación alguna, más allá de heredar su tradición, con el CURCC, el cual desapareció definitivamente en 1915, estipulando en su acta de disolución la cesión de todos sus bienes al Hospital Británico.

Amateurismo (1913-1931) El 12 de marzo de 1914 el CURCC cambió oficialmente su nombre por el de Club Atlético Peñarol, siendo aprobado el cambio por la Liga Uruguaya, entidad rectora del fútbol uruguayo en esa época, y todos sus clubes asociados el 14 de marzo. Finalmente, el 13 de mayo de ese año el poder ejecutivo otorgó personalidad jurídica al club.

miniatura|250px|Plantel de Peñarol en 1921. En sus primeros años bajo la denominación de Peñarol, el club no consiguió realizar grandes actuaciones, siendo durante este período el acontecimiento más importante la inauguración del estadio Las Acacias el 19 de abril de 1916. Los primeros campeonatos del club, con su nombre actual, llegaron en 1918 y 1920. En 1921 Peñarol, que había ganado el campeonato uruguayo anterior, quiso jugar la Copa Aldao con Racing (campeón de la Asociación Amateurs de Football) en lugar de enfrentar a Huracán (ganador de la Asociación del Fútbol Argentino), pero el artículo 7 de la Asociación no permitía que sus afiliados disputaran encuentros contra clubes de la disidente Asociación Amateur Argentina.

En septiembre de 1922, pocos días antes de viajar a Brasil para disputar la Copa América, Peñarol exigió a la AUF que la selección uruguaya no enfrentara a la argentina, que era defendida por jugadores que participaban en la AFA, afiliada a la FIFA. Peñarol amenazó que si la AUF mantenía su posición, no cedería a sus jugadores para el torneo. Finalmente la AUF mantuvo su postura, y fue a disputar la Copa América sin jugadores de Peñarol. En octubre de ese año, y ya con una grieta política establecida, Peñarol y Central pidieron autorización para jugar amistosos contra Racing e Independiente, la que fue negada por autoridades de la AUF, a pesar de advertir que en caso contrario abandonarían el Campeonato Uruguayo si no se les autorizaba. Finalmente, aurinegros y palermitanos disputan amistosos contra Avellaneda, Racing e Independiente, por lo que fueron desafiliados de la AUF, dando origen al cisma del fútbol uruguayo.

miniatura|220px|Jugadores aurinegros en 1929. Mientras tanto, Peñarol y Central, reunidos en la sede carbonera, fundaron la Federación Uruguaya de Football, que organizara sus propios campeonatos de manera paralela a los de la AUF, y de la que se consagró campeón en 1924. Dentro de la FUF existieron varios equipos nuevos, muchos surgidos en honor a Peñarol, como "Peñarol del Plata", "Roland Moor" o "Roberto Chery Montevideo".

Luego de mantenerse durante tres años el Cisma y tras haber fracasado varios intentos de reunificación, una representación de la prensa de Montevideo solicitó la intervención mediadora del presidente de la república, José Serrato. El fallo, decretado en octubre de 1926, determinó que en 1926 se estableciera un Consejo Provisorio de Football Nacional para terminar con la grieta existente. En 1926, Peñarol se adjudicó la Copa del Consejo Provisorio, competencia surgida para reunificar al fútbol uruguayo. Desde 1927, Peñarol continuó disputando con normalidad los campeonatos de la AUF.

Tras realizar por primera vez una gira por Europa en 1927, Peñarol volvió a alzarse con el Campeonato Uruguayo en 1928 y 1929. En este último año se declaró a Julio María Sosa como primer presidente honorario del club. Al año siguiente, Peñarol disputó por primera vez un partido oficial en el Centenario de Montevideo, el cual finalizó con victoria por 1-0 sobre Olimpia.

Profesionalismo y primeros títulos (1932-1959) miniatura|170px|Severino Varela campeón uruguayo con Peñarol en 1938. El 29 de abril de 1932, la AUF instauró oficialmente el profesionalismo, siendo el debut de Peñarol frente a River Plate. Ese mismo año Peñarol obtuvo su primer campeonato profesional con 17 victorias en 27 partidos, lo que le permitió acumular 40 puntos, 5 por encima de su más cercano perseguidor Rampla Juniors. También en 1932, el club disputó su primer clásico frente a Nacional en el profesionalismo, que acabó con victoria «aurinegra» por 2 a 0.

Tras ubicarse segundo en las temporadas 1933, en la cual Pedro Young se transformó en el primer goleador del club en un torneo profesional con 33 tantos, y 1934, Peñarol ganó el primero de 4 campeonatos de manera consecutiva, entre 1935 y 1938, además del Torneo Competencia en 1936. Durante este período el club nombró a Francisco Tochetti como segundo presidente honorario de la institución.

Peñarol cerró la década de los años 1930 con un subcampeonato, tras perder en partido de definición frente a Nacional, en un campeonato marcado por la primera huelga de futbolistas profesionales en Uruguay.

Los años 1940 comenzaron con Peñarol ubicándose nuevamente en la segunda posición. Situación en la cual se mantuvo hasta 1943. Al año siguiente, Peñarol volvió a consagrarse campeón del campeonato uruguayo tras derrotar en doble partido de definición a Nacional, 0 a 0 y 3 a 2, con goles de Luis Prais, Obdulio Varela y Ernesto Vidal. En 1945 el club repitió el título esta vez con Nicolás Falero y Raúl Schiaffino como goleadores del torneo con 21 conquistas. Aquel año además compró los terrenos del Palacio Peñarol.

Tras la huelga decretada por la Mutual Uruguaya de Futbóleres Profesionales en 1948 que conllevo una nueva suspensión del Campeonato Uruguayo, en 1949 Peñarol obtuvo una nueva corona con 4 puntos de ventaja por sobre Nacional y con Óscar Míguez como máximo anotador del torneo. A aquel equipo se le conoce como La Máquina del 49'.

Luego de posicionarse segundo en 1950, en 1951 Peñarol fue nuevamente campeón de Uruguay, en el año que licitó las obras para la construcción del Palacio Peñarol, el cual fue finalmente inaugurado en 1955. La década de los años 1950 continuó con la obtención de los campeonatos nacionales en 1953, décima estrella profesional del club, 1954, 1958 y 1959.

Campeón de América y del Mundo (1960-1969) thumb|250px|Peñarol campeón de la Copa Libertadores de América en 1966.