thumb|350px|La Conquista de Siberia de Yermak, una pintura de Vasili Súrikov. La historia de Siberia puede ser rastreada desde las civilizaciones nómadas de los escitas y de los xiongnu, que datan de antes de la era cristiana. Las estepas del sur de Siberia presenciaron una sucesión de imperios nómadas, incluyendo el Imperio túrquico y el Imperio mongol. En la Baja Edad Media, el budismo lamaísta se propagó en las regiones al sur del lago Baikal.
Un hito en la historia de la región fue la llegada de los rusos en los siglos y , contemporánea y en muchos aspectos análoga al asentamiento europeo en el continente americano. Durante el período imperial de la historia rusa, Siberia fue una provincia agrícola que fue usada como lugar de exilio, entre otros de Avvakum, Dostoyevski y los decembristas. El fue testigo de la construcción del ferrocarril Transiberiano, la industrialización y el descubrimiento de vastas reservas de recursos minerales en la región.
Prehistoria thumb|250px|Monte Beluja en las Montañas de Altái. En Diring Yuriakulo, cuenca del Lena, a 140 km al sur de Yakutsk, fueron encontradas herramientas de piedra olduvayenses,Мочанов, Ю.А. (1992) "Древнейший палеолит Диринга и проблема внетропической прародины человека", Новосибирск. que han sido datadas por termoluminiscencia en 260.000 a 370.000 años antes del presente.Waters, M.R.; S.L. Forman and J.M. Pierson (1997) "Diring Yuriakh: a Lower Paleolithic site in central Siberia" Science 275: 1281—1284. Un fragmento de hueso proveniente del dedo de una niña y un molar encontrados en las cuevas de Denísova, en los montes Altái, en un estrato datado en 30.000 a 50.000 adP,Wong, Kate (2010) "No Bones about It: Ancient DNA from Siberia Hints at Previously Unknown Human Relative"; Scientific American, March 24, 2010. pertenecieron, según la secunciación del genoma, a una especie de hominino, por ahora conocido como homínido de Denísova, diferente de los humanos modernos y de los neandertales.Krause, Johannes; Qiaomei Fu; J. M. Good; B. Viola,; M.V. Shunkov; A.P. Derevianko & Svante Pääbo (2010) "The complete mitochondrial DNA genome of an unknown hominin from southern Siberia"; Nature (464): 894-897. En cambio, un húmero encontrado en la Cueva de Okládnikov, también en la región del Altái, que de acuerdo cn la datación por radiocarbono tiene entre 29.900 y 37.800 años, presenta en cambio un ADN mitocondrial del tipo del neandertal.Krause, Johannes; L. Orlando; D. Serre; B.J. Viola; K. Prüfer; M.P. Richards; J.J. Hublin; C. Hänni; A.P. Derevianko & Svante Pääbo (2007) "Neanderthals in central Asia and Siberia"; Nature 449: 902-904.
De acuerdo con la genealogía genética, los primeros Homo sapiens que residieron en Siberia, lo hicieron hace alrededor de unos 45.000 años antes del presente y se expandieron hacia el este y el oeste para poblar América y Europa. Por un yacimiento arqueológico en el río Yana, datado por radiocarbono en 27.000 adP, se sabe que los humanos ya estaban desde esa época, más al norte del círculo polar ártico.Pitul'ko, Vladimir; P. A. Nikolsky; E. Yu. Girya; A. E. Basilyan; V. E. Tumskoy; S. A. Koulakov; S. N. Astakhov; E. Yu. Pavlova and M. A. Anisimov (2004) "The Yana RHS Site: Humans in the Arctic Before the Last Glacial Maximum"; Science 303 (5654): 52-56. En la cuenca del río Aldán se desarrolló la cultura Dyuktái, caracterizada por una industria lítica con bifaces, puntas de proyectil y micronúcleos, descubierta por primera vez en la Cueva Dyuktái, en Yakutia, en estratos que datan hasta 14.000 adP, pero con horizonte se extiende en el tiempo, desde sitios como Ust-Mil 2, Ezhantsy e Ikhine con dataciones de 35.000 adP.Mochanov, Yuri A. and Svetlana A. Fedoseeva (1996)"Dyuktai Cave"; "Ust-Mil 2"; "Ezhantsy"; "Ikhine 1 and 2"; "Kukhtuy 3"; F.H. West (ed.) American beginnings: the prehistory and palaeoecology of Beringia: 164-195, 224-228. University of Chicago Press. La última fase del Pleistoceno de la ocupación humana del nordeste de Asia, se considera relacionado con una difusión y desarrollo de esta cultura.Pitul'ko, Vladimir (2001) "Terminal Pleistocene—Early Holocene occupation in northeast Asia and the Zhokhov assemblage"; Quaternary Science Reviews 20 (1-3): 267-275. En un sitios tardío más al este, en Kujtuy al norte del mar de Ojotsk, no aparecen los micronúcleos y los bifaces apuntan a los encontrados en América.Fiedel, Stuart (1992) Prehistory of the Americas: 38. 2nd edition Cambridge University Press.
En el estrato VII del sitio de Ushki, en la cuenca del río Kamchatka, fueron descubiertos numerosos artefactos de piedra, como puntas de proyectil bifaciales pedunculadas, aovadas y también triangulares,Dikov, Nikolai N. "The Ushki sites, Kamchatka Peninsula"; F.H. West (ed.) American beginnings: the prehistory and palaeoecology of Beringia: 244-250. University of Chicago Press. que recuerdan las de sitios en las Américas. Como este estrato ha sido datado por radiocarbono en 11.000 años adPGoebel, Ted; Michael R. Waters & Margarita Dikova (2003) "The archaeology of Ushki Lake, Kamchatka, and the pleistocene peopling of the America"; Science 301 (5632): 501-505. y resulta por tanto contemporáneo con esos sitios, de los que no puede ser antecesor, pero sí proceder de una fuente cultural común. En el noreste de Asia, la Cultura Sumnagin del final del Pleistoceno, originada en la cuenca media del río Lena hace 10.500 y que se prolongó hasta hace 6500 años, podría estar relacionada con la migración una América al comienzos del Holoceno, en tanto la Cultura Belkachi, que data por lo menos de hace 5.200 años, se corresponde con el horizonte paleoesquimal conocido como Tradición Microlítica Ártica.Mochanov, Yuri A. (1980) "Early Migrations to America in the Light of Study of the Dyuktai Paleolithic Culture in Northeast Asia"; D-L. Browman (ed.) Early Native Americans: Prehistoric Demography, Economy, and Technology: 174-177. The Hague: Mouton.
Las orillas de todos los lagos siberianos que ocuparon las depresiones geográficas durante el período Lacustrino abundan en restos arqueológicos que datan de la era neolítica. Innumerables kurgáns o túmulos, hornos y otros artefactos dan testimonio de una densa población. De hecho, algunos de los primeros artefactos encontrados en el Asia central proceden de Siberia y del Turquestán occidental.Goetz, Phillip W. The New Encyclopaedia Britannica. Encyclopaedia Britannica, Inc, 1991, pág. 724. Durante la gran migración en Asia de este a oeste, muchas poblaciones fueron probablemente impulsadas hacia la frontera norte de la gran Meseta Central Siberiana y, de ahí, compelidos hacia Siberia. Las sucesivas olas de inmigración los forzaron a ir aún más lejos, hacia las tierras áridas del norte. Ya en el I milenio a. C., los productos de seda empezaron a aparecer en Siberia tras haber viajado por la Ruta de la Seda del norte desde China, incluyendo el segmento del camino Hexi.Hogan, C. Michael. Silk Road, North China. En: The Megalithic Portal, ed. A. Burnham
Pueblos autóctonos A pesar de su baja densidad de población, Siberia es una región étnicamente y lingüísticamente muy diversa. Ha estado poblada por decenas de pueblos que pertenecen a familias lingüísticas diferentes y que, por tanto, presuntamente tienen orígenes filogenéticos diversos. Aunque gran parte de Siberia está habitada por pueblos de clasificados como altaicos, es un hecho debatido si todos estos pueblos tienen un origen común ya que la hipótesis altaica ha sido severamente cuestionada.Martine Robbeets & Alexander Savelyev, "Introduction", The Oxford Guide to the Transeurasian Languages (2020, Oxford, pp. 1-3). "The Transeurasian languages are among the most fervently debated language families in modern linguistics..." (pg. 1) Entre los grupos altaicos, filogenéticamente probados están los pueblos túrquicos, una de cuyas ramas el túrquico siberiano se desarrolló en Siberia, los tungúsicos y los mongólicos. Además existe otras pequeñas familias no relacionadas con las anteriores como la yeniseica y en el extremo oriental otras dos familias de lenguas paleosiberianas: la familia yukaghir, y familia chukoto-kamchatka, además de dos lenguas aisladas: nivkh y ainu. Las familias lingüísticas mencionadas se dividen en grupos que hablan lenguas diferentes entre sí por lo que el número de pueblos distintos reconocibles es mucho mayor que el número de familias lingüísticas.
Todas estas lenguas, sin excepción, se hallan en retroceso y están perdiendo hablantes, aunque como grupos étnicos siguen siendo reconocibles, aun cuando muchos de sus miembros sin bilingües en ruso y su lengua ancestral, o sólo monolingües en ruso.
Conquista mongola de Siberia
thumb|250px|El Imperio mongol, ca. 1300 (la zona gris corresponde a la última dinastía timúrida).
Los mongoles habían mantenido desde tiempo estrechas relaciones con los pueblos que habitaban los bosques siberianos (taiga), a los que llamaban «la gente del bosque» (Ойн иргэд). Muchos de ellos, tales como los barga y los uriankhai eran muy distintos de los mongoles ya que mientras las tribus asentadas en los alrededor del lago Baikal hablaban mongol, los del oeste hablaban varias lenguas túrquicas, samoyedas o yeniseianas. En 1206, Gengis Kan había conquistado todas las tribus mongol-turcas de Mongolia y el sur de Siberia. Y su hijo mayor, Jochi, subyugó en 1207 a los habitantes de los bosques siberianos: los oirats, barga, khakas, buriatos, tuviniano, khori-tumed, uriankhais y kirguises.The Secret History of the Mongols, ch.V A continuación, organizó a los siberianos en 3 tumens. Mientras, los barga, buriatos, khoris, keshmitis y bashkirios se organizaron en grupos separados de unos 1000, los telengit, tolos, oirats y kirguizos del Yenisei fueron contados como tumens.C.P.Atwood-Encyclopedia of Mongolia and the Mongol Empire, p.502 Gengis Kan dio a los telengit y a los tolos a lo largo del río Irtysh a un viejo compañero, Qorchi. Gengis también estableció una colonia de artesanos chinos y agricultores en Kem-Kemchik después de la primera fase de la guerra Mongol-Jin. Los Grandes Kanes cobraban tributos y se favorecieron con gerifaltes, pieles, harenes y caballos del Kirguistán.
Siberia occidental quedó bajo el Ulus de Jochi (Imperio de la Horda de Oro).Nagendra Kr Singh, Nagendra Kumar - International Encyclopaedia of Islamic Dynasties, p.271 Los descendientes de Orda Kan, el hijo mayor de Jochi, directamente fueron eliminados de la zona. Se crearon estaciones para una ruta de trineos tirados por perros que cruzaban los pantanos de Siberia occidental para facilitar la recaudación de tributos.
En 1270, Kublai Kan envió a un funcionario chino, con un nuevo grupo de colonos, para servir como juez en las regiones de las cuencas de Kirguisa y Tuvá. Kaidu, nieto de Ugedei, ocupó Siberia central desde 1275. El ejército Yuan comandado por uno de los generales de Kublai, el cumano Tutugh volvió a ocupar las tierras de Kirguistán en 1293 y, desde entonces el Imperio del Gran Khan controló Siberia central y oriental.C.P.Atwood-Encyclopedia of Mongolia and the Mongol Empire, p.503
Janato de Siberia
thumb|200px|El Janato de Siberia en los siglos y .
Con la desintegración de la Horda de Oro a finales del , afloró como poder independiente el Janato de Siberia (1428-1598) con centro en la ciudad de Tiumén y un territorio que abarcaba desde el río Yeniséi hasta los Urales, y desde el océano Ártico a las estepas meridionales bañadas por el río Irttysh y el Ishim. La dinastía Taybughid (una dinastía no borjigina, esto es, que no descendían del clan de la familia de Gengis Kan) compititió con los descendientes de Shibam, un hijo de Jochi y el jan Taibuga se hizo con el poder en 1450. El janato, tártaro túrquico, tenía una población de etnias muy diversas, siendo los principales los tártaros siberianos, khantys, mansis, nenezos y selkup.