thumb|170px|Águila real (Aquila chrysaetos) en vuelo. La fauna de Escocia es, a grandes rasgos, la típica del noroeste de la zona europea de la región paleártica. Gran parte de los mamíferos más grandes del país fue cazada hasta su extinción en ciertos períodos históricos y la actividad humana también ha introducido varias especies. Los distintos ecosistemas templados de Escocia albergan sesenta y dos especies de mamíferos silvestres, incluyendo una población de gatos monteses, un gran número de focas grises y focas comunes y la colonia más septentrional del mundo de delfines mulares.Matthews (1968) p. 254.
Varias poblaciones de aves de los páramos, incluyendo el gallo lira y el lagópodo escocés, viven en Escocia, y el país tiene zonas de anidación muy extensas aptas para las aves acuáticas como el alcatraz común.Fraser Darling and Boyd (1969) pp. 7, 98–102. El águila real se ha convertido en un icono nacional,Benvie (1994) p. 12. y el pigargo europeo y el águila pescadora han vuelto a colonizar este territorio recientemente. El piquituerto escocés es la única especie vertebrada endémica de las islas británicas.Gooders (1994) p. 273.
Los mares de Escocia se encuentran entre los más productivos del mundo desde el punto de vista biológico; se estima que el número total de especies marinas escocesas supera las cuarenta mil. Existe un sitio conocido como Darwin Mounds, que alberga arrecifes de coral de aguas heladas profundas, descubierto en 1988. En los ríos de Escocia viven cerca de cuatrocientas poblaciones de salmón del Atlántico distintas genéticamente. De las cuarenta y dos especies de peces que viven en las aguas frías del país, la mitad ha llegado allí por la colonización natural y la otra mitad ha sido introducida por el ser humano.
Sólo seis anfibios y cuatro reptiles terrestres son nativos de Escocia, pero muchas especies de invertebrados, poco comunes en Gran Bretaña, viven allí.Miles y Jackman (1991) p. 48. Hay aproximadamente catorce mil especies de insectos, incluyendo algunas abejas y mariposas poco comunes protegidas por las leyes de conservación del ambiente. Las agencias encargadas de la conservación animal en Gran Bretaña están preocupadas por el cambio climático, especialmente por sus consecuencias potenciales en las mesetas montañosas y en la vida acuática, que amenazan gran parte de la fauna de Escocia.Johnston, I. (29.11.2006) "Sea change as plankton head north'". Edimburgo. The Scotsman.
Hábitats thumb|160px|Bosque de pinos silvestres, en Deeside. Escocia tiene una gran variedad de ambientes de clima templado, incluyendo bosques de árboles caducifolios y coníferas, y también páramos, montanos, estuarios, agua dulce, océanos y tundras. Aproximadamente el catorce por ciento de la superficie de Escocia está cubierta por bosques, principalmente en las plantaciones forestales, pero antes de que el ser humano comenzase a ocupar las tierras había muchísimos más bosques caledonios y de árboles con hojas amplias.Aunque nadie niega que estos bosques eran más grandes, los científicos no están de acuerdo sobre la época y la causa de la reducción. Muchos escritores, desde Hector Boece en el siglo XVI hasta el naturalista Frank Fraser Darling en el siglo XX, creían que los bosques eran mucho más extensos en la época de los romanos que en la actualidad. Véase Smout (2007) pp. 20–32. Aunque de carácter muy reducido, pueden encontrarse remanentes del bosque nativo de pinos silvestres. El diecisiete por ciento de Escocia está cubierto por páramos y turbas de ericáceas. Las regiones de Caithness y Sutherland poseen una de las áreas de pantanos más intactas del mundo, en la cual vive una comunidad de animales salvajes. El setenta y cinco por ciento de la tierra de Escocia está clasificada como apta para la agricultura (incluyendo algunos páramos) mientras que las áreas urbanas ocupan aproximadamente el tres por ciento. La costa tiene 11.803 kilómetros de extensión y el número de islas con vegetación terrestre es cercano a ochocientos, seiscientas de ellas ubicadas en la costa occidental. Escocia tiene más del noventa por ciento del volumen y el setenta por ciento de la superficie total del agua dulce presente en el Reino Unido. Hay más de treinta mil lagos de agua dulce y seis mil ríos.
Bajo los auspicios de la Directiva de Hábitats de la Unión Europea, hasta diciembre de 2007 un total de 239 lugares en Escocia que cubren más de 8750 km² han sido aceptados por la Comisión Europea de Áreas Especiales de Conservación (SAC). Los mares de Escocia se encuentran entre los más productivos biológicamente del mundo y contienen más de cuarenta mil especies. Veinticuatro de los sitios aceptados por la SAC son marinos, y otros nueve están sobre la costa, con elementos marinos o no marinos. Estos elementos marinos cubren un área de aproximadamente 350 km². Los Darwin Mounds, que ocupan aproximadamente 100 km², han sido el primer sitio ubicado cerca de la costa aceptado por la SAC."Cerca de la costa" en este contexto significa que no incorpora tierra.
Mamíferos Escocia se cubrió de hielo completamente durante las glaciaciones ocurridas en el Pleistoceno.Excepto el archipiélago de Saint Kilda. Maclean (1972) p. 20. A medida que la temperatura fue aumentando, los mamíferos comenzaron a migrar a través del paisaje. La superficie terrestre de Gran Bretaña albergó sólo a dos tercios de las especies que viajaban hacia Escandinavia, y las islas Hébridas en las afueras de la costa occidental de Escocia proveyeron el hogar de sólo la mitad de estas especies que llegaron a Gran Bretaña.Murray (1973) p. 72. Sesenta y dos especies de mamíferos salvajes viven en Escocia y sus alrededores, incluyendo trece especies marinas. Las poblaciones de un tercio de las especies de mamíferos terrestres se encuentran en un descenso en el número de individuos debido a la contaminación ambiental, la fragmentación de sus hábitats, los cambios en las producciones agrícolas, el clima, y la competencia con las especies introducidas. No hay especies únicas de mamíferos en Escocia, aunque el ratón de campo de Saint Kilda es una subespecie endémica del ratón de campo y duplica el tamaño de éste,Benvie (2004) p. 645. y el topillo de las Orcadas, el cual sólo vive en el archipiélago de las Orcadas, es una subespecie del topillo campesino. Puede haber sido introducido por los primeros ocupantes de la región hace aproximadamente cuatro mil años.
Carnívoros thumb|150px|Gato montés (Felis silvestris). Las especies de mustélidos presentes en Escocia son las mismas que en el resto de Gran Bretaña, excepto que en la región no habitan turones y que Escocia es el baluarte británico de la marta europea,Corbet y Ovenden (1984) pp. 180–86. aunque la pureza de la raza de la última está amenazada por un crecimiento en la población de marta americana del norte de Inglaterra.Benvie (2004) p. 48. Escocia alberga las únicas poblaciones de gato montés europeo en las islas británicas con un total de entre cuatrocientos y dos mil animales, y de la subespecie de zorro rojo Vulpes vulpes vulpes, una raza más común que V. v. crucigera y que existe en dos formas diferentes.Matthews (1968) pp. 231–32. El gato montés está en serio peligro de extinción debido a la poca protección que se le presta.Benvie (2004) p. 18. Hull (2007) pp. 184–89. La exterminación de la población de visón americano, introducidos en Gran Bretaña para extraer su pelaje en la década de 1950, fue llevada a cabo por el patrocinio del Proyecto Visón Hebridean. Estos se han propagado hacia otras áreas en donde los visones son abundantes, como en el Parque Nacional Cairngorms y tal vez también a lo largo de las islas.Haworth, Jenny (3 de febrero de 2009) "National cull may exterminate UK mink". Edimburgo. The Scotsman.
Además de mamíferos que ocasionalmente migran al país, entre las focas sólo están representadas las Phocidae, o focas sin orejas. Dos especies, la foca gris y la foca común están presentes alrededor de la costa escocesa en números muy elevados. En 2002 la población de focas grises de Escocia se estimó en 120.600 animales adultos, lo cual conforma alrededor del treinta y seis por ciento de la población mundial y más del noventa por ciento de la británica. La población en el país de la foca común es de 29.700 ejemplares, aproximadamente el noventa por ciento de los especímenes de Gran Bretaña y el treinta y seis de toda Europa.
Roedores, insectívoros y lagomorfos El 65% de las ardillas rojas de Gran Bretaña viven en Escocia. Esta especie se enfrenta a amenazas que incluyen la competencia con la ardilla de las Carolinas, una especie introducida, y la "Estrategia Escocesa para la Preservación de la Ardilla Roja" provee un plan para fomentar su conservación.El Fondo de Vida Salvaje de Escocia ha anunciado un proyecto de cuatro años de duración a comenzar en el verano de 2009 llamado "Salvando las ardillas rojas de Escocia". Véase "A new era for Scotland's red squirrels?" en Scottish Wildlife (Noviembre de 2008) No. 66. Edimburgo. Una investigación llevada a cabo en 2007 demostró el crecimiento de las poblaciones de las martas, basándose en un programa en que se cazaron en forma selectiva varias ardillas de las Carolinas. Watson, Jeremy (30 de diciembre de 2007) "Tufty's saviour to the rescue". Scotland on Sunday. Edimburgo. En Escocia no hay poblaciones de lirones grises, de lirones castaños, o de ratones de cuello amarillo, y el alcance del ratón de campo está limitado a la parte sur del país. Aunque el ratón de campo de Saint Kilda y el ratón de campo de las Orcadas son endémicos de Escocia, la distribución de las poblaciones no es mayor que la del resto de Gran Bretaña.Corbet y Ovenden (1984) pp. 152, 167–68. Hay colonias de ratas negras en la isla de Inchcolm en Firth of Forth y en las islas Shiant.
Las poblaciones de insectívoros terrestres son por lo general similares a las del resto de Gran Bretaña. La asociación reciente de la Scottish Natural Heritage, el Scottish Executive y la Royal Society for the Protection of Birds para eliminar al erizo europeo de las Hébridas, en donde su introducción ha causado bajas en poblaciones internacionalmente importantes de aves zancudas como el correlimos común, chorlitejo grande y archibebe común, ha causado una controversia considerable, y el sacrificio de erizos fue detenido en 2007. Los animales atrapados han sido devueltos a su hábitat natural. El programa ha reducido el número de individuos; sólo dos fueron atrapados en 2007.Ross, John (3 de noviembre de 2007) "3,2,1... and then there were none". Edimburgo. The Scotsman.
Los únicos lagomorfos que habitan Escocia son las liebres y los conejos. La liebre de montaña es el único miembro nativo de la familia de las liebres y es la especie dominante a lo largo de la mayor parte de las zonas más elevadas del país. La liebre europea y el conejo europeo están presentes; este último fue llevado a Gran Bretaña por los antiguos romanos pero no se esparcieron por el país hasta el .
Artiodáctilos thumb|left|145px|Ciervo rojo (Cervus elaphus).