Metroid Prime es una tetralogía de videojuegos perteneciente a la saga Metroid de Nintendo. Dicha tetralogía se considera una subsaga de la saga principal de juegos.

Con esta tetralogía se ha adaptado el sistema de juego lineal de los Metroid al 3D. A diferencia de las entregas en 2D, desarrollados por la propia Nintendo, Prime está desarrollada por un estudio americano con sede en Texas, Retro Studios.

Capítulos de la trilogía Metroid Prime está compuesta por cuatro videojuegos:

I.- Metroid Prime (Nintendo GameCube, 2002; Wii, 2009; Nintendo Switch, 2023). II.- Metroid Prime 2: Echoes (Nintendo GameCube, 2004; Wii, 2009). III.- Metroid Prime 3: Corruption (Wii, 2007-2009). IV.- Metroid Prime 4: Beyond (Nintendo Switch; Nintendo Switch 2, 2025).

Gracias al éxito de la serie, se han lanzado otros títulos con el subtítulo Prime para las consolas portátiles Nintendo DS y Nintendo 3DS. Estos son: Metroid Prime Pinball, Metroid Prime: Hunters y Metroid Prime: Federation Force. Estos juegos no guardan relación directa con la serie: Pinball emplea elementos de Metroid Prime para desarrollar un curioso videojuego de pinball, Hunters desarrolla una historia comprendida entre Prime y Echoes, pero que no guarda relación argumental y Federation Force es una historia en la que Samus no es la protagonista, si no que en cambio fuerzas especiales de la Federación Galáctica protagonizan esta aventura. Cabe señalar también que en 2009 se lanzó para Wii Metroid Prime Trilogy, que añade en un solo disco las tres primeras entregas de la saga Prime.

La trilogía Las primeras tres entregas de la saga Prime se sitúan cronológicamente entre Metroid (NES, 1986) y Metroid II: Return of Samus (Game Boy, 1991), mientas que su cuarta entrega se desarrolla antes de los eventos de Metroid Fusion (Game Boy Advance, 2002).

La duración de la historia desarrollada a lo largo de los tres capítulos es de poco más de un año: entre cada capítulos transcurren 6 meses y en el último Samus queda inconsciente durante un mes (lo que hace un total de 13 meses).

La historia de la trilogía gira en torno a una sustancia denominada Phazon, un mutagénico de gran potencial que los Piratas espaciales intentan por todos los medios explotar y sacar el máximo provecho para mejorar sus ejércitos en todos los campos y crear mutaciones verdaderamente letales.

El objetivo de Samus Aran, la cazarrecompensas protagonista, es el de acabar con la contaminación del Phazon en varios planetas. En el último capítulos la propia Samus será corrompida con la sustancia, la cual le dotará de grandes poderes, mientras busca el origen del mutagénico, el planeta Phaaze. La destrucción de dicho lugar supondrá el final de la lucha de Aran contra el Phazon y así el final de la trilogía.

La historia Antecedentes: Metroid y los sucesos posteriores La Federación Galáctica contrata a Samus Aran para exterminar a todos los organismos denominados Metroids del planeta Zebes y así echar por tierra los planes de los piratas espaciales y su líder, Mother Brain (Cerebro Madre) de utilizar a las criaturas para atacar a la civilización galáctica. Samus debía también acabar con los soldados Ridley y Kraid del ejército pirata.

Cumplida la misión Samus y los supervivientes piratas abandonan Zebes. Pero lejos de haber sido vencidos, los piratas espaciales buscan un planeta donde poder establecer una nueva base militar y laboratorios. Poco tienen que buscar hasta dar con Tallon IV, lugar donde una vez vivieron los Chozo, seres mitad hombre mitad pájaro que dejaron los restos de su civilización y su legado tras abandonar el planeta. Casualmente, Samus Aran pasó su infancia bajo la tutela de los Chozo, tras la muerte de sus padres por un ataque pirata a su planeta natal K-2L. Samus fue inyectada con sangre chozo quienes la entrenaron para ser guerrera y la enfundaron un traje, el Traje Climático de Samus Aran. Pero Samus no se crio en Tallon IV, sino con los Chozo que vivieron en Zebes.

El motivo que hizo a los Chozo huir de su planeta fue precisamente el que hizo que los piratas espaciales se fijaran en Tallon IV: una sustancia, que los piratas denominarían Phazon, abundaba en el planeta y se trataba de un agente color azulado con asombrosas capacidades mutagénicas que, si no destruía todo rastro de vida, mutaba a las criaturas del planeta en formas crueles y peligrosas. Había llegado junto con un meteorito que hizo blanco en Tallon IV. Cuando la catástrofe del impacto había pasado los Chozo se dieron cuenta de que el meteorito había traído consigo la muerte, el Phazon. Lucharon contra él y lograron encerrar la fuente principal de la sustancia, el cráter del impacto, bajo un gran templo Chozo cuya entrada solo se abriría si se poseían los 12 artefactos Chozo necesarios. Pero pese a todos sus esfuerzos, los Chozo se vieron obligados a abandonar su hogar.

Los piratas espaciales construyen laboratorios en el planeta y ascensores para una comunicación más fácil entre las zonas del lugar, y así comienzan sus investigaciones del desconocido mutagénico con vidas autóctonas varias y con un cargamento de Metroids que habían conseguido salvar tras la frustración de sus planes en Zebes.

Metroid Prime Samus capta una señal de socorro de la fragata Orpheon de los piratas espaciales y se dirige allí para investigar. Cuando llega descubre que casi la totalidad de la tripulación ha sido aniquilada por los experimentos que estaban realizando. Tras acabar con una gran criatura (el Parásito Reina), se activa el sistema de autodestrucción de la nave. En su huida Samus pierde todas sus habilidades debido a una explosión y ve huir a su enemigo Ridley, resucitado por los piratas, al planeta Tallon IV, que se encontraba cerca de la fragata en ruinas.

Al llegar a la superficie Samus descubre los restos de una civilización que tuvo que abandonar su hogar por culpa de un horror. En el planeta Samus descubre una gran templo que, según los Chozo, contenía el gran horror, el gusano, que había acabado con tantas vidas en el planeta.

Samus se adentra en las ruinas de la civilización Chozo y poco a poco comienza a abrirse paso por las cavernas subterráneas Magmoor y las simas heladas de Phendrana al mismo tiempo que va recuperando su equipo. Así Samus descubre dos instalaciones piratas, los laboratorios principales de Phendrana y las minas de Phazon, cerca del cráter del impacto, instalaciones especialmente construidas para la extracción y experimentación del Phazon, y que los piratas se encuentran realizando experimentos con el Phazon del planeta aplicándolo a estudios varios, interesados especialmente en los Metroids.

Tras recuperar su equipo y adquirir numerosas mejoras, entre ellas un traje mutado con el propio Phazon, y desbaratar los proyectos de los piratas espaciales Samus se lanza a la búsqueda de los doce artefactos Chozo necesarios para abrir la entrada al cráter del impacto para así encontrarse con el origen de todos los problemas e intentar buscar una solución.

Cuando los consigue regresa al templo. Pero antes de abrir la entrada Samus es atacada por Ridley, resucitado como Meta Ridley, mejorado con armaduras y armas mutadas con Phazon. Tras acabar con él Samus accede al interior del cráter del impacto donde descubre una variación roja extremadamente letal del Phazon y se encuentra cara a cara con el origen de todo el mal: el denominado Metroid Prime.

Tras una dura batalla Samus logra derrotar a la criatura y huir del cráter. En su intento por escapar Samus es temporalmente retenida por los restos moribundos del Metroid Prime que le quitan su traje de Phazon.

Finalmente Samus logra escapar y abandona en su nave el planeta habiendo restaurado el equilibrio del lugar. Poco a poco Tallon IV se recupera de la catástrofe.

Pero en lo más profundo del cráter del impacto, en los restos del Metroid Prime se engendra una nueva pesadilla, una pesadilla más cercana a Samus que nunca...

Metroid Prime 2: Echoes

Seis meses después de la aventura de Samus en Tallon IV, la cazarrecompensas es contratada por La Federación Galáctica para ir en busca de un batallón de marines federados y prestarles asistencia. La Federación hacía 8 días que había perdido el contacto con una fragata en el planeta Éter.

Samus llega al planeta. Realiza un aterrizaje forzoso y la nave queda inutilizada, la cual rápidamente inicia el lento proceso de autorreparación.

Samus comienza a explorar las zonas cerca de la nave y descubre unas instalaciones de la federación. Según avanza es atacada por varios soldados aparentemente muertos. En lo más profundo de las instalaciones descubre varias cantidades de Phazon, pero hay algo más... descubre una forma sombría está absorbiendo estas cantidades de Phazon. Rápidamente Samus ve qué es: se trata de una forma siniestra creada por Phazon a imagen y semejanza de la propia Samus Aran: Samus Oscura, resurrección del derrotado Metroid Prime que había logrado sobrevivir gracias a absorber el traje de Phazon de Samus en su huida del cráter de Tallon IV. Samus descubre algo más, una especie de portal en el que se adentra Samus Oscura. Aran la sigue y es transportada a una especia de lado oscuro de las instalaciones. Rápidamente regresa a través del portal y continúa con su investigación.

Samus logra encontrar la fragata accidentada de la Federación con toda su tripulación muerta. Los informes de los marines son aterradores. Samus continúa hasta dar con un templo. En el interior encuentra una forma de vida que se muestra pacífica. Se trata de U-Mos, de la raza de los Luminarios, pobladores del planeta. U-Mos habla con Samus y le cuenta qué ha ocurrido al mismo tiempo que le pide un favor. Un meteorito había caído en Éter y había empezado a contaminar el planeta con la sustancia que portaba, que no era otra que el Phazon. Por si fuera poco, el choque del meteoro había provocado una fisura interdimensional que había realizado una "copia oscura" de Éter: Éter Oscuro que había dado lugar a la aparición de una especie conocidos como la Horda. Inmediatamente estalló la guerra entre los Luminarios y los guerreros de la Horda por el control del lado no-oscuro de Éter. La Horda había logrado arrebatar a los Luminarios la energía de sus templos que se hallaban ahora en los templos del lado oscuro. El favor de U-Mos no era otro que recuperar a energía robada y eliminar al Emperador Oscuro, jefe supremo de la Horda.

Samus, por supuesto, acepta la misión y rápidamente se pone manos a la obra abandonando el cometido de la Federación Galáctica, pues poco podía hacer por la ya derrotada armada federada.

A medida que Samus avanza en su aventura por los yermos de Agón, las ciénagas de Torvus y el inmenso espacio tecnológico de la Fortaleza y sus respectivos lados oscuros va adquiriendo sus poderes de costumbres y nuevas armas y visores de tecnología luminaria. Poco a poco va restaurando la energía de Éter según recupera las fuentes de energía robadas de la Horda en Ëter Oscuro. Pero Samus no solo tiene que hacer frente a los soldados de la raza oscura: su eco, Samus Oscura, y los piratas espaciales también dificultarán el propósito de Samus. Nuevamente los piratas espaciales están haciendo lo imposible por estudiar y sacar el máximo partido al Phazon, mienttas que Samus Oscura se dedica a alimentarse de la sustancia.

Samus se enfrenta a su enemiga en dos ocasiones a lo largo de la aventura. Cuando finalmente Samus obtiene todos sus poderes y recupera la energía de tres templos se dispone a encontrar las llaves para acceder al último templo, el Templo de Cielo, que no es otros sino el templo donde se encuentra U-Mos, pero en Éter Oscuro. Una vez localizadas todas las llaves Samus accede al templo donde se encuentra cara a cara con el Emperador Oscuro. Una vez derrotado Samus adquiere la última fuente de energía, por lo que Éter Oscuro entra en un estado inestable y se inicia la cuenta atrás para su destrucción.