La bahía de São Marcos () es una bahía de la costa atlántica de Brasil, localizada en el estado de Maranhão. En sus costas se sitúa la capital estatal de São Luís y el puerto de Ponta da Madeira
La bahía es un estuario de aproximadamente 100 kilómetros de extensión. En ella desembocan varios ríos, incluyendo el Grajaú, el Mearim y el Pindaré. El Mearim es conocido por sus pororocas.
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