El parque nacional Arrecifes de Cozumel se considera como parte de la barrera arrecifal denominada “Gran Cinturón de Arrecifes del Atlántico Occidental” (también conocido como “Gran Arrecife Maya” y pertenece al “Sistema Arrecifal Mesoamericano”). La isla de Cozumel se encuentra en su mayor parte rodeada de arrecifes de coral, no obstante el área del parque se encuentra comprendida en la mitad sur de la isla, al sur de los muelles internacionales, y rodeando las costas occidente, sur y una porción de la costa oriental. Constituye un recurso natural de gran importancia para la economía regional, ya que en él se realizan actividades recreativas, de conservación, aprovechamiento, educación, difusión y monitoreo.
A una distancia de 40 km, al noroeste, se encuentra el parque nacional Arrecife de Puerto Morelos, y a una distancia de 60 km, al suroeste, se encuentra el parque nacional Tulum.
Ubicación
Se encuentra en el municipio de Cozumel, en el estado de Quintana Roo, aproximadamente a 16.5 km al oriente de la península de Yucatán, en la zona del Caribe noroccidental. Está localizado en la isla caribeña, abarcando parte de la costa SW, S y SE.. Las coordenadas geográficas extremas son 20° 29’ 02.93” y 20°14’ 27.02” latitud Norte y 86° 53’ 11.54” y 87° 03’ 32.07” longitud Oeste, con una superficie marítimo terrestre total de 11,987-87-50 ha. En la isla de Cozumel existen dos vías de comunicación con el continente: la aérea, a través del Aeropuerto Internacional de Cozumel, con vuelos nacionales e internacionales; y la marítima, desde Playa del Carmen, con embarcaciones que transportan pasajeros y realizan los recorridos hacia la isla en 35 minutos en diferentes horarios; y desde Calica, punta Venado con una compañía naviera, a través del servicio de transbordador.
Fisiografía 200px|thumb|left| Cozumel vista desde el espacio) Probablemente el origen de la isla corresponde a un desprendimiento del margen oriental de la península durante la formación de la cuenca de Yucatán, entre el Mesozoico Tardío y el Cenozoico Temprano. En la isla se presenta una topografía de tipo kárstica, que produce la infiltración del agua pluvial provocando el colapso de techos de cavernas y formando depresiones pedregosas conocidas como dolinas o cenotes. En Cozumel tanto los cenotes como las dolinas son de tamaño pequeño. En el área cercana a Punta Sur existen varios cenotes y dolinas en la selva inmediatamente al norte de la laguna de Colombia, así como una pequeña meseta calcárea en Punta Celarain. La isla está constituida por calizas sedimentarias; probablemente se encuentra, al igual que toda la península de Yucatán, sobre un basamento metamórfico del Paleozoico cubierto por más de 500 m de depósitos, fundamentalmente lechos rojos del Jurásico, que subyacen bajo una sucesión de areniscas y calizas depositadas durante el Cretácico y el Paleoceno, y sobre las que son comunes afloramientos del Terciario. La naturaleza kárstica de la isla impide la formación de ríos en su superficie, ya que toda el agua de lluvia se filtra a través de fracturas y fisuras en el terreno hasta el nivel freático; por lo que los escurrimientos hacia el mar prácticamente no acarrean sólidos en suspensión. Dentro del área se distinguen tres tipos de suelos claramente definidos: los suelos de mesetas calcáreas, que se encuentran en las partes altas, cubiertos por selva mediana subperennifolia; los suelos de barras costeras y playas, cubiertos de matorral costero o cocotero y, por último, los suelos de cuencas cubiertas por vegetación de manglar y otras halófitas.
Hidrología La erosión kárstica de las calizas de la isla de Cozumel ha determinado, por un lado, la ausencia de cauces de agua superficial y, por el otro, la formación de un cuerpo subterráneo de agua dulce que yace sobre las aguas saladas marinas, de mayor densidad. Esta lente de agua dulce alcanza su máximo espesor en la zona centro-oriental de la isla. La alta permeabilidad de las calizas ha sido la causa de serios problemas de abastecimiento de agua dulce en toda la isla, ya que frecuentemente se mezcla el agua dulce del manto freático superior con agua salada de origen marino. En la zona de la Laguna Colombia este problema es muy marcado, fundamentalmente por la alta tasa de evapotranspiración del sistema lagunar y las intrusiones marinas al mismo. En el área del parque se encuentran lagunas con aportes subterráneos de agua dulce y salobre, mezcladas con agua marina. La laguna más conspicua es la Laguna de Chankana’ab, que se encuentra en el parque municipal del mismo nombre, con aporte de aguas salobres subterráneas de la zona central de la isla. En la Punta Sur se encuentran cuatro lagunas: Colombia, El Chiquero, Chunchaka’ab e Istacún, todas ellas relativamente someras (menos de 1.50 m de profundidad).
Relieve submarino y corrientes 200px|thumb|left| Cozumel Pez trompeta (aulostomus maculatus) La característica geomorfológica más notoria de la isla es la presencia de una corta plataforma insular en el margen occidental, que termina entre 20 y 30 m de profundidad, dando lugar al talud insular que se precipita a una pendiente cercana a la vertical, hasta profundidades mayores de 400 m. El origen de esta terraza, que constituye una plataforma insular, no ha sido determinado, pero es muy probable que corresponda a una terraza de erosión, muy comunes en todo el Caribe y que fueron formadas por exposición alternada a ambientes submarinos y subaéreos durante las transgresiones marinas del Pleistoceno.
Sobre el borde de esta terraza submarina, en la porción sur y a sotavento de la isla se encuentra una serie de formaciones arrecifales que, siguiendo el contorno del borde, forman una especie de parapeto arrecifal sobre un talud insular, y que constituye los arrecifes profundos de Cozumel. Estas formaciones arrecifales son discontinuas y están integradas por numerosas estructuras más o menos aisladas entre sí, de dimensión variable y que en conjunto se extienden por más de 9 km, siempre sobre el borde de la plataforma insular en la porción suroeste de la isla. Hacia la región central y norte de la plataforma estas formaciones arrecifales desaparecen y el sustrato calcáreo es colonizado por una rica y diversa comunidad coralina.
El patrón de circulación marina en la región está determinado por la corriente Nor-ecuatorial y la de Guyana, que es una extensión de la Sur-ecuatorial. Estas ingresan al Caribe a través de canales en las Antillas Menores, convirtiéndose en la corriente del Caribe, la cual atraviesa el Caribe y cruza el estrecho de Yucatán para dar origen a numerosos giros importantes en el Golfo de México, así como a la corriente del Golfo.
En el canal entre Cozumel y el macizo continental se presenta una corriente dominante de sur a norte, con una velocidad variable entre uno y tres nudos, dependiendo de la época del año, con un promedio de velocidad de 1.5 nudos. Hay contracorrientes litorales norte-sur que llegan a alcanzar velocidades extremas de 2 nudos, con una duración no mayor a 8 horas diarias. En general, el contenido de nutrimentos en el mar es muy bajo en la región.
Clima Se presenta un clima cálido húmedo con abundantes lluvias en verano, superiores a 40 mm en el mes más seco. La oscilación diaria entre las temperaturas máximas y mínimas es muy pequeña, por lo que la temperatura media de 25.5 °C es uniforme durante casi todos los meses del año, con excepción de la temporada invernal cuando las temperaturas oscilan cerca de los 20 °C. La precipitación pluvial se registra durante todo el año, con máximos valores para el mes de junio y la temporada septiembre-octubre entre 190 y 220 mm y las mínimas en marzo-abril con promedio de 45 mm. La costa de Quintana Roo se encuentra en la trayectoria de los huracanes o ciclones tropicales que se forman en el Atlántico e ingresan al Caribe. La temporada de ciclones comprende los meses de junio a noviembre, de los cuales agosto y septiembre son los meses de más alta incidencia.*
Historia 150px|thumb|left| Investigador Jacques Yves Cousteau Para la historia de la Isla véase el artículo ‘’Cozumel’’ Existe el mito de que fue el investigador submarino Jacques Cousteau quien dio a conocer en 1960 sobre la riqueza de los arrecifes de coral que rodean la isla, lo que hizo que los entusiastas del buceo se enteraran de la existencia de Cozumel., desencadenando en 1965 el inicio del desarrollo turístico, para recibir a los visitantes. Esto sin embargo es falso, ya que Cousteau nunca visitó Cozumel en ese periodo de su vida ni filmó en esa época documental alguno en Cozumel o sus alrededores, zonas que no visitó sino hasta los años 70; por lo demás, aunque se trata de un mito muy extendido, no existe una sola foto del oceanógrafo francés o de su barco en aquella mítica visita a la isla. En realidad, el que filmó los arrecifes fue el cineasta mexicano René Cardona y lo que detonó el turismo en esa etapa en la isla fue un artículo de la revista del American Automobile Asociation, cuyos ejemplares los primeros turistas de esa etapa traían de hecho en las manos cuando llegaban a la isla esperando comprobar las maravillas que narraba el reportero John Richard. El 11 de junio de 1980 se decretó federalmente una “zona de refugio para la protección de la flora y la fauna marinas de la costa occidental de la isla de Cozumel, para la zona comprendida entre la línea de la alta marea de la isóbata de los 50 m, a lo largo de la isla, iniciándose en el muelle fiscal y terminando en el vértice sur denominado Punta Celarain. Decreto En el diario oficial de la federación del 19 de julio de 1996, bajo la administración del presidente Ernesto Zedillo Ponce de León, se publicó el decreto que declara Parque Marino Nacional el área conocida como arrecifes de Cozumel , Quintana Roo, ubicada frente a la costa occidental de la isla, con una superficie de 11,987-87-50 ha.*
Objetivos Proponer y desarrollar acciones y estrategias que conlleven a la protección y conservación de los recursos naturales, así como la restauración de las zonas críticas que así lo requieran Proponer y establecer bases de coordinación interinstitucionales para reforzar las acciones de operación, protección, vigilancia y manejo de recursos. Proponer y establecer bases de concertación con los distintos sectores involucrados para conjuntar esfuerzos en la conservación del área. Lograr la compatibilidad entre el uso sustentable de los recursos naturales del Parque y la protección de los mismos.
Biodiversidad De acuerdo al Sistema Nacional de Información sobre Biodiversidad de la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO) en el Parque Nacional Arrecifes de Cozumel habitan más de 1,200 especies de plantas y animales de las cuales 57 están en categoría de riesgo y 18 son exóticas,
En Cozumel hay varias especies de animales endémicos como el mapache enano (Procon pygmaeus), el tejón de Cozumel (Nasua nelsoni), el ave saltapared de Cozumel (Troglodytes beani), el pinto de Cozumel (Spindalis zena), y el pez de Cozumel (Sanopus splendidus), y también se encuentran especies bajo algún estado de protección como las tortugas marinas (verde, caguama y carey), el caracol reina y el coral negro. Vegetación terrestre 150px|thumb|left| Mangle negro (Avicennia germinans)